Protein–RNA interactions for Protein: Q9BY43

CHMP4A, Charged multivesicular body protein 4a, humanhuman

Predictions only

Length 222 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
CHMP4AQ9BY43 C19orf25-202ENST00000436106 2403 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.33■■□□□ 1.49
CHMP4AQ9BY43 SEC11C-202ENST00000509791 2054 ntTSL 1 (best) BASIC24.33■■□□□ 1.49
CHMP4AQ9BY43 RIMBP3-201ENST00000619918 6105 ntAPPRIS P1 BASIC24.33■■□□□ 1.49
CHMP4AQ9BY43 HCK-206ENST00000518730 1742 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24.33■■□□□ 1.49
CHMP4AQ9BY43 LIMS2-207ENST00000409808 2315 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC24.33■■□□□ 1.49
CHMP4AQ9BY43 MLF2-201ENST00000203630 1969 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.33■■□□□ 1.49
CHMP4AQ9BY43 FOXD4-201ENST00000382500 1974 ntAPPRIS P1 BASIC24.33■■□□□ 1.49
CHMP4AQ9BY43 TMED4-201ENST00000289577 2203 ntTSL 2 BASIC24.33■■□□□ 1.49
CHMP4AQ9BY43 BAD-201ENST00000309032 929 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.33■■□□□ 1.49
CHMP4AQ9BY43 BUB3-202ENST00000368859 667 ntTSL 3 BASIC24.33■■□□□ 1.49
CHMP4AQ9BY43 AP000523.1-201ENST00000398242 1049 ntBASIC24.33■■□□□ 1.49
CHMP4AQ9BY43 TMPOP1-202ENST00000424642 1267 ntBASIC24.33■■□□□ 1.49
CHMP4AQ9BY43 AC012618.3-203ENST00000426044 917 ntTSL 2 BASIC24.33■■□□□ 1.49
CHMP4AQ9BY43 AC073343.2-202ENST00000430844 532 ntTSL 4 BASIC24.33■■□□□ 1.49
CHMP4AQ9BY43 AL451069.1-201ENST00000455414 634 ntTSL 1 (best) BASIC24.33■■□□□ 1.49
CHMP4AQ9BY43 MVB12A-204ENST00000528515 686 ntTSL 5 BASIC24.33■■□□□ 1.49
CHMP4AQ9BY43 CDKN3-209ENST00000556102 938 ntTSL 5 BASIC24.33■■□□□ 1.49
CHMP4AQ9BY43 TMEM249-203ENST00000565365 975 ntAPPRIS P2 TSL 3 BASIC24.33■■□□□ 1.49
CHMP4AQ9BY43 TH-202ENST00000333684 1535 ntTSL 1 (best) BASIC24.33■■□□□ 1.49
CHMP4AQ9BY43 EPDR1-201ENST00000199448 2599 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC24.33■■□□□ 1.48
CHMP4AQ9BY43 WAS-201ENST00000376701 1849 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.33■■□□□ 1.48
CHMP4AQ9BY43 SNX19-209ENST00000530356 1562 ntTSL 2 BASIC24.33■■□□□ 1.48
CHMP4AQ9BY43 PEX16-202ENST00000378750 1335 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.33■■□□□ 1.48
CHMP4AQ9BY43 CAB39-203ENST00000410084 1324 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.33■■□□□ 1.48
CHMP4AQ9BY43 LONP1-203ENST00000585374 2882 ntTSL 5 BASIC24.32■■□□□ 1.48
CHMP4AQ9BY43 KLHL14-201ENST00000358095 1884 ntTSL 1 (best) BASIC24.32■■□□□ 1.48
CHMP4AQ9BY43 MBIP-203ENST00000416007 1648 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC24.32■■□□□ 1.48
CHMP4AQ9BY43 FO681492.1-203ENST00000622861 1362 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC24.32■■□□□ 1.48
CHMP4AQ9BY43 ANXA8-208ENST00000611843 2174 ntTSL 2 BASIC24.32■■□□□ 1.48
CHMP4AQ9BY43 MSANTD2-202ENST00000374979 2349 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.32■■□□□ 1.48
CHMP4AQ9BY43 CSPG5-201ENST00000264723 4080 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC24.32■■□□□ 1.48
CHMP4AQ9BY43 INGX-201ENST00000359239 846 ntBASIC24.32■■□□□ 1.48
CHMP4AQ9BY43 UQCRQ-201ENST00000378665 586 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.32■■□□□ 1.48
CHMP4AQ9BY43 SPAG16-207ENST00000432529 1250 ntTSL 1 (best) BASIC24.32■■□□□ 1.48
CHMP4AQ9BY43 AC022154.1-201ENST00000600303 766 ntTSL 3 BASIC24.32■■□□□ 1.48
CHMP4AQ9BY43 EML2-220ENST00000589876 2364 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24.32■■□□□ 1.48
CHMP4AQ9BY43 CACNA1A-218ENST00000635895 8657 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC24.32■■□□□ 1.48
CHMP4AQ9BY43 CACNA1A-257ENST00000638009 8665 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24.32■■□□□ 1.48
CHMP4AQ9BY43 THOP1-202ENST00000395212 1877 ntTSL 2 BASIC24.32■■□□□ 1.48
CHMP4AQ9BY43 FUT4-201ENST00000358752 6059 ntAPPRIS P1 BASIC24.32■■□□□ 1.48
CHMP4AQ9BY43 TM9SF1-203ENST00000524835 1938 ntTSL 2 BASIC24.31■■□□□ 1.48
CHMP4AQ9BY43 GALNT13-201ENST00000392825 5536 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC24.31■■□□□ 1.48
CHMP4AQ9BY43 FP475955.4-201ENST00000623131 1990 ntBASIC24.31■■□□□ 1.48
CHMP4AQ9BY43 OBSL1-204ENST00000404537 5841 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.31■■□□□ 1.48
CHMP4AQ9BY43 GALNT10-202ENST00000377661 3778 ntTSL 5 BASIC24.31■■□□□ 1.48
CHMP4AQ9BY43 MPG-201ENST00000219431 1193 ntAPPRIS P4 TSL 3 BASIC24.31■■□□□ 1.48
CHMP4AQ9BY43 PRDX5-201ENST00000265462 893 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.31■■□□□ 1.48
CHMP4AQ9BY43 ANGPTL4-201ENST00000301455 1879 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.31■■□□□ 1.48
CHMP4AQ9BY43 BEX3-204ENST00000372645 913 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.31■■□□□ 1.48
CHMP4AQ9BY43 AP001059.1-201ENST00000442785 523 ntTSL 3 BASIC24.31■■□□□ 1.48
CHMP4AQ9BY43 KLC1-208ENST00000452929 2453 ntTSL 5 BASIC24.31■■□□□ 1.48
CHMP4AQ9BY43 AC002467.1-201ENST00000457510 657 ntTSL 3 BASIC24.31■■□□□ 1.48
CHMP4AQ9BY43 KRT18P21-201ENST00000515767 1272 ntBASIC24.31■■□□□ 1.48
CHMP4AQ9BY43 LINC01024-205ENST00000521563 939 ntTSL 3 BASIC24.31■■□□□ 1.48
CHMP4AQ9BY43 PLD4-204ENST00000540372 2007 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC24.31■■□□□ 1.48
CHMP4AQ9BY43 APAF1-210ENST00000551964 5444 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC24.31■■□□□ 1.48
CHMP4AQ9BY43 SLC25A3-201ENST00000188376 1909 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC24.31■■□□□ 1.48
CHMP4AQ9BY43 STXBP2-203ENST00000441779 1914 ntTSL 2 BASIC24.31■■□□□ 1.48
CHMP4AQ9BY43 TMEM91-210ENST00000542945 1610 ntTSL 2 BASIC24.31■■□□□ 1.48
CHMP4AQ9BY43 PCDHAC2-203ENST00000615316 3011 ntBASIC24.31■■□□□ 1.48
CHMP4AQ9BY43 SH2B3-201ENST00000341259 5406 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.31■■□□□ 1.48
CHMP4AQ9BY43 ABCC5-204ENST00000392579 1848 ntTSL 1 (best) BASIC24.31■■□□□ 1.48
CHMP4AQ9BY43 ACTL6B-201ENST00000160382 1537 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.3■■□□□ 1.48
CHMP4AQ9BY43 ZHX3-212ENST00000558993 1528 ntTSL 5 BASIC24.3■■□□□ 1.48
CHMP4AQ9BY43 AR-204ENST00000504326 3615 ntTSL 1 (best) BASIC24.3■■□□□ 1.48
CHMP4AQ9BY43 NPTX1-201ENST00000306773 5122 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.3■■□□□ 1.48
CHMP4AQ9BY43 PCID2-202ENST00000337344 1898 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC24.3■■□□□ 1.48
CHMP4AQ9BY43 GPR31-201ENST00000366834 2059 ntAPPRIS P1 BASIC24.3■■□□□ 1.48
CHMP4AQ9BY43 FARSA-207ENST00000588025 2057 ntTSL 5 BASIC24.3■■□□□ 1.48
CHMP4AQ9BY43 DGCR6-201ENST00000331444 1214 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.3■■□□□ 1.48
CHMP4AQ9BY43 MLLT10-205ENST00000377100 1136 ntTSL 2 BASIC24.3■■□□□ 1.48
CHMP4AQ9BY43 LY6L-201ENST00000562505 988 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC24.3■■□□□ 1.48
CHMP4AQ9BY43 AC005606.2-201ENST00000564438 614 ntTSL 2 BASIC24.3■■□□□ 1.48
CHMP4AQ9BY43 NUDT16L1-203ENST00000586252 922 ntTSL 3 BASIC24.3■■□□□ 1.48
CHMP4AQ9BY43 AL138966.2-201ENST00000621997 464 ntBASIC24.3■■□□□ 1.48
CHMP4AQ9BY43 AL158211.5-201ENST00000623583 2518 ntBASIC24.3■■□□□ 1.48
CHMP4AQ9BY43 SORCS3-201ENST00000369699 5530 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC24.3■■□□□ 1.48
CHMP4AQ9BY43 EFHC1-206ENST00000635760 2030 ntTSL 5 BASIC24.3■■□□□ 1.48
CHMP4AQ9BY43 ST3GAL3-205ENST00000347631 1324 ntTSL 5 BASIC24.3■■□□□ 1.48
CHMP4AQ9BY43 FKBP3-202ENST00000396062 1346 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.3■■□□□ 1.48
CHMP4AQ9BY43 TPBGL-201ENST00000562197 2793 ntAPPRIS P1 BASIC24.3■■□□□ 1.48
CHMP4AQ9BY43 TTBK1-202ENST00000304139 2449 ntTSL 5 BASIC24.3■■□□□ 1.48
CHMP4AQ9BY43 CHMP4A-201ENST00000347519 1393 ntTSL 1 (best) BASIC24.29■■□□□ 1.48
CHMP4AQ9BY43 UBE2Q2-204ENST00000561851 1582 ntTSL 2 BASIC24.29■■□□□ 1.48
CHMP4AQ9BY43 PRMT8-202ENST00000382622 2366 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.29■■□□□ 1.48
CHMP4AQ9BY43 UBQLN4P1-201ENST00000461599 1801 ntBASIC24.29■■□□□ 1.48
CHMP4AQ9BY43 PRICKLE4-202ENST00000394260 1035 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC24.29■■□□□ 1.48
CHMP4AQ9BY43 PRICKLE4-203ENST00000394263 1155 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC24.29■■□□□ 1.48
CHMP4AQ9BY43 AC004448.5-201ENST00000579897 567 ntTSL 5 BASIC24.29■■□□□ 1.48
CHMP4AQ9BY43 PITPNB-211ENST00000634017 1017 ntAPPRIS ALT1 TSL 2 BASIC24.29■■□□□ 1.48
CHMP4AQ9BY43 PRRT1-202ENST00000375150 1726 ntTSL 1 (best) BASIC24.29■■□□□ 1.48
CHMP4AQ9BY43 CDC14B-208ENST00000463569 1734 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC24.29■■□□□ 1.48
CHMP4AQ9BY43 CXorf40A-208ENST00000434353 1524 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC24.29■■□□□ 1.48
CHMP4AQ9BY43 DOCK9-206ENST00000427887 4176 ntTSL 1 (best) BASIC24.29■■□□□ 1.48
CHMP4AQ9BY43 NAT8L-201ENST00000331662 5571 ntTSL 1 (best) BASIC24.29■■□□□ 1.48
CHMP4AQ9BY43 DUSP1-201ENST00000239223 2019 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.28■■□□□ 1.48
CHMP4AQ9BY43 IFRD1-201ENST00000005558 1834 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.28■■□□□ 1.48
CHMP4AQ9BY43 BLACE-201ENST00000378120 2456 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.28■■□□□ 1.48
CHMP4AQ9BY43 GPR142-201ENST00000335666 1437 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.28■■□□□ 1.48
CHMP4AQ9BY43 CORO1B-201ENST00000341356 1881 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.28■■□□□ 1.48
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 24.9 ms