Protein–RNA interactions for Protein: Q8NEL0

CCDC54, Coiled-coil domain-containing protein 54, humanhuman

Predictions only

Length 328 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
CCDC54Q8NEL0 AC093503.3-201ENST00000624917 2352 ntBASIC16.65■□□□□ 0.26
CCDC54Q8NEL0 SLC16A3-221ENST00000617373 2048 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC16.65■□□□□ 0.26
CCDC54Q8NEL0 SLC16A3-222ENST00000619321 2015 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC16.65■□□□□ 0.26
CCDC54Q8NEL0 WWOX-205ENST00000539474 1670 ntTSL 5 BASIC16.65■□□□□ 0.26
CCDC54Q8NEL0 C12orf42-208ENST00000548883 1336 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC16.65■□□□□ 0.26
CCDC54Q8NEL0 ARHGAP9-202ENST00000393797 2912 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC16.65■□□□□ 0.26
CCDC54Q8NEL0 PGAP3-206ENST00000579146 2220 ntTSL 2 BASIC16.65■□□□□ 0.26
CCDC54Q8NEL0 NAPRT-203ENST00000435154 1877 ntTSL 2 BASIC16.65■□□□□ 0.26
CCDC54Q8NEL0 SAAL1-204ENST00000529318 1503 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC16.65■□□□□ 0.26
CCDC54Q8NEL0 TMEM110-201ENST00000355083 4769 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.65■□□□□ 0.26
CCDC54Q8NEL0 MARCH1-203ENST00000503008 5877 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.65■□□□□ 0.26
CCDC54Q8NEL0 RNF167-205ENST00000571816 1728 ntAPPRIS P3 TSL 5 BASIC16.65■□□□□ 0.26
CCDC54Q8NEL0 ATIC-205ENST00000435675 2275 ntTSL 2 BASIC16.65■□□□□ 0.26
CCDC54Q8NEL0 ZBTB4-202ENST00000380599 5866 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.64■□□□□ 0.25
CCDC54Q8NEL0 NIPAL2-202ENST00000430223 4496 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.64■□□□□ 0.25
CCDC54Q8NEL0 AC004408.2-201ENST00000623613 2777 ntBASIC16.64■□□□□ 0.25
CCDC54Q8NEL0 ARHGAP11A-201ENST00000361627 5898 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.64■□□□□ 0.25
CCDC54Q8NEL0 PCCA-201ENST00000376279 2418 ntTSL 2 BASIC16.64■□□□□ 0.25
CCDC54Q8NEL0 C1orf50-201ENST00000372525 996 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.64■□□□□ 0.25
CCDC54Q8NEL0 FKBP2-202ENST00000394540 1002 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.64■□□□□ 0.25
CCDC54Q8NEL0 ZPBP-203ENST00000419417 1095 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC16.64■□□□□ 0.25
CCDC54Q8NEL0 MAP2K4P1-201ENST00000438453 1195 ntBASIC16.64■□□□□ 0.25
CCDC54Q8NEL0 LEF1-AS1-203ENST00000507799 459 ntTSL 3 BASIC16.64■□□□□ 0.25
CCDC54Q8NEL0 ZNF696-204ENST00000520333 605 ntTSL 5 BASIC16.64■□□□□ 0.25
CCDC54Q8NEL0 AF274858.3-202ENST00000569906 755 ntTSL 3 BASIC16.64■□□□□ 0.25
CCDC54Q8NEL0 AC091138.1-202ENST00000578967 457 ntTSL 2 BASIC16.64■□□□□ 0.25
CCDC54Q8NEL0 FXYD1-204ENST00000588081 645 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.64■□□□□ 0.25
CCDC54Q8NEL0 AC083880.1-201ENST00000608266 535 ntBASIC16.64■□□□□ 0.25
CCDC54Q8NEL0 ITSN2-201ENST00000355123 6300 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC16.64■□□□□ 0.25
CCDC54Q8NEL0 CCDC106-201ENST00000308964 1546 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.64■□□□□ 0.25
CCDC54Q8NEL0 RENBP-201ENST00000369997 1322 ntTSL 5 BASIC16.64■□□□□ 0.25
CCDC54Q8NEL0 NOL3-204ENST00000564053 1592 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC16.64■□□□□ 0.25
CCDC54Q8NEL0 PCBP3-206ENST00000400314 2202 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC16.64■□□□□ 0.25
CCDC54Q8NEL0 METTL21A-203ENST00000411432 4805 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC16.63■□□□□ 0.25
CCDC54Q8NEL0 IRX1P1-201ENST00000438849 1838 ntBASIC16.63■□□□□ 0.25
CCDC54Q8NEL0 LPCAT3-201ENST00000261407 2268 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.63■□□□□ 0.25
CCDC54Q8NEL0 LGALS9C-212ENST00000583322 1602 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC16.63■□□□□ 0.25
CCDC54Q8NEL0 C6orf89-203ENST00000373685 1400 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC16.63■□□□□ 0.25
CCDC54Q8NEL0 AC120498.9-201ENST00000339021 3867 ntBASIC16.63■□□□□ 0.25
CCDC54Q8NEL0 MAP3K6-207ENST00000493901 4309 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC16.63■□□□□ 0.25
CCDC54Q8NEL0 CCDC34-201ENST00000317945 2109 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC16.63■□□□□ 0.25
CCDC54Q8NEL0 HBEGF-201ENST00000230990 2386 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.63■□□□□ 0.25
CCDC54Q8NEL0 GJB6-204ENST00000400066 1927 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.63■□□□□ 0.25
CCDC54Q8NEL0 TMEM53-205ENST00000372244 1472 ntTSL 2 BASIC16.63■□□□□ 0.25
CCDC54Q8NEL0 YAP1-209ENST00000537274 5350 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC16.63■□□□□ 0.25
CCDC54Q8NEL0 SNAI3-201ENST00000332281 1732 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.63■□□□□ 0.25
CCDC54Q8NEL0 FEM1AP3-201ENST00000403722 1741 ntBASIC16.63■□□□□ 0.25
CCDC54Q8NEL0 DDX51-202ENST00000397333 4718 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.63■□□□□ 0.25
CCDC54Q8NEL0 ETV4-201ENST00000319349 2429 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.63■□□□□ 0.25
CCDC54Q8NEL0 MIR935-201ENST00000401179 91 ntBASIC16.63■□□□□ 0.25
CCDC54Q8NEL0 C2orf82-203ENST00000409533 561 ntAPPRIS P2 TSL 4 BASIC16.63■□□□□ 0.25
CCDC54Q8NEL0 AC079145.1-201ENST00000416575 541 ntTSL 2 BASIC16.63■□□□□ 0.25
CCDC54Q8NEL0 TSPY21P-201ENST00000433481 731 ntBASIC16.63■□□□□ 0.25
CCDC54Q8NEL0 AC069152.1-201ENST00000438030 544 ntBASIC16.63■□□□□ 0.25
CCDC54Q8NEL0 NCBP2-207ENST00000452404 1133 ntTSL 2 BASIC16.63■□□□□ 0.25
CCDC54Q8NEL0 TTTY14-205ENST00000454875 544 ntTSL 2 BASIC16.63■□□□□ 0.25
CCDC54Q8NEL0 RGMA-211ENST00000557420 989 ntTSL 3 BASIC16.63■□□□□ 0.25
CCDC54Q8NEL0 FAM219B-212ENST00000565772 1249 ntTSL 1 (best) BASIC16.63■□□□□ 0.25
CCDC54Q8NEL0 AC007216.1-201ENST00000570197 601 ntTSL 4 BASIC16.63■□□□□ 0.25
CCDC54Q8NEL0 GTF2IRD2B-206ENST00000614064 573 ntTSL 1 (best) BASIC16.63■□□□□ 0.25
CCDC54Q8NEL0 P4HB-203ENST00000439918 1502 ntTSL 5 BASIC16.63■□□□□ 0.25
CCDC54Q8NEL0 PPFIA1-202ENST00000389547 4133 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC16.63■□□□□ 0.25
CCDC54Q8NEL0 SYBU-232ENST00000533171 2498 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC16.63■□□□□ 0.25
CCDC54Q8NEL0 PSMG4-209ENST00000473000 4603 ntTSL 2 BASIC16.63■□□□□ 0.25
CCDC54Q8NEL0 PRR5-ARHGAP8-201ENST00000352766 2043 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC16.63■□□□□ 0.25
CCDC54Q8NEL0 SDHAP1-207ENST00000440850 2000 ntBASIC16.63■□□□□ 0.25
CCDC54Q8NEL0 DTWD1-202ENST00000403028 1584 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.63■□□□□ 0.25
CCDC54Q8NEL0 LINC01586-201ENST00000506090 1840 ntTSL 2 BASIC16.63■□□□□ 0.25
CCDC54Q8NEL0 SMPD3-203ENST00000563226 2093 ntTSL 1 (best) BASIC16.63■□□□□ 0.25
CCDC54Q8NEL0 LINC00315-201ENST00000441947 2323 ntTSL 5 BASIC16.63■□□□□ 0.25
CCDC54Q8NEL0 DDHD1-201ENST00000323669 5503 ntTSL 2 BASIC16.63■□□□□ 0.25
CCDC54Q8NEL0 HIC1-201ENST00000322941 3053 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC16.63■□□□□ 0.25
CCDC54Q8NEL0 PEX16-210ENST00000532681 1639 ntTSL 3 BASIC16.63■□□□□ 0.25
CCDC54Q8NEL0 GTF3C5-201ENST00000342018 1905 ntTSL 5 BASIC16.62■□□□□ 0.25
CCDC54Q8NEL0 CROCCP3-202ENST00000420820 1947 ntBASIC16.62■□□□□ 0.25
CCDC54Q8NEL0 SLC47A1-202ENST00000395585 1998 ntTSL 1 (best) BASIC16.62■□□□□ 0.25
CCDC54Q8NEL0 XKR7-201ENST00000562532 7844 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.62■□□□□ 0.25
CCDC54Q8NEL0 TACO1-201ENST00000258975 1469 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.62■□□□□ 0.25
CCDC54Q8NEL0 FAM57A-201ENST00000301324 2013 ntTSL 1 (best) BASIC16.62■□□□□ 0.25
CCDC54Q8NEL0 PPM1B-201ENST00000282412 2606 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC16.62■□□□□ 0.25
CCDC54Q8NEL0 AC138356.1-201ENST00000330539 2086 ntTSL 2 BASIC16.62■□□□□ 0.25
CCDC54Q8NEL0 VWA8-AS1-201ENST00000611103 2079 ntTSL 2 BASIC16.62■□□□□ 0.25
CCDC54Q8NEL0 AL390860.1-201ENST00000449298 1541 ntTSL 1 (best) BASIC16.62■□□□□ 0.25
CCDC54Q8NEL0 TNFRSF8-202ENST00000413146 2363 ntTSL 1 (best) BASIC16.62■□□□□ 0.25
CCDC54Q8NEL0 UBQLN4P1-201ENST00000461599 1801 ntBASIC16.62■□□□□ 0.25
CCDC54Q8NEL0 VMO1-201ENST00000328739 766 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.62■□□□□ 0.25
CCDC54Q8NEL0 PSEN1-203ENST00000394157 1249 ntTSL 2 BASIC16.62■□□□□ 0.25
CCDC54Q8NEL0 GCC2-AS1-202ENST00000440975 574 ntTSL 4 BASIC16.62■□□□□ 0.25
CCDC54Q8NEL0 C1orf52-203ENST00000471115 1219 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.62■□□□□ 0.25
CCDC54Q8NEL0 FBXO27-207ENST00000600828 1557 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC16.62■□□□□ 0.25
CCDC54Q8NEL0 FOXP4-205ENST00000409208 3341 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC16.62■□□□□ 0.25
CCDC54Q8NEL0 ENTPD6-202ENST00000360031 2766 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC16.62■□□□□ 0.25
CCDC54Q8NEL0 MINDY2-202ENST00000450403 4820 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC16.62■□□□□ 0.25
CCDC54Q8NEL0 SENP5-201ENST00000323460 6308 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.62■□□□□ 0.25
CCDC54Q8NEL0 SHISA6-202ENST00000409168 7262 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC16.62■□□□□ 0.25
CCDC54Q8NEL0 RPH3A-203ENST00000543106 2581 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC16.62■□□□□ 0.25
CCDC54Q8NEL0 SIX5-203ENST00000560168 1975 ntTSL 4 BASIC16.62■□□□□ 0.25
CCDC54Q8NEL0 KTI12-201ENST00000371614 1714 ntAPPRIS P1 BASIC16.62■□□□□ 0.25
CCDC54Q8NEL0 EDN3-204ENST00000371028 2397 ntAPPRIS P4 TSL 5 BASIC16.62■□□□□ 0.25
CCDC54Q8NEL0 ADAMTS8-201ENST00000257359 4010 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.61■□□□□ 0.25
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 22.5 ms