Protein–RNA interactions for Protein: Q8IX90

SKA3, Spindle and kinetochore-associated protein 3, humanhuman

Predictions only

Length 412 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
SKA3Q8IX90 AC004980.1-204ENST00000429707 299 ntBASIC16.87■□□□□ 0.29
SKA3Q8IX90 PPP1R14BP5-201ENST00000440334 435 ntBASIC16.87■□□□□ 0.29
SKA3Q8IX90 ASH1L-AS1-202ENST00000456633 911 ntTSL 2 BASIC16.87■□□□□ 0.29
SKA3Q8IX90 MRPL2-207ENST00000487429 905 ntTSL 1 (best) BASIC16.87■□□□□ 0.29
SKA3Q8IX90 AC008550.1-201ENST00000511500 884 ntBASIC16.87■□□□□ 0.29
SKA3Q8IX90 REXO2-216ENST00000544196 452 ntTSL 3 BASIC16.87■□□□□ 0.29
SKA3Q8IX90 EIF3J-AS1-205ENST00000560750 1093 ntTSL 3 BASIC16.87■□□□□ 0.29
SKA3Q8IX90 CDIPT-204ENST00000563415 1047 ntTSL 3 BASIC16.87■□□□□ 0.29
SKA3Q8IX90 KANSL1-AS1-203ENST00000572973 424 ntTSL 3 BASIC16.87■□□□□ 0.29
SKA3Q8IX90 AC233702.5-201ENST00000584107 538 ntBASIC16.87■□□□□ 0.29
SKA3Q8IX90 AP006294.2-201ENST00000641667 209 ntBASIC16.87■□□□□ 0.29
SKA3Q8IX90 SH2B3-201ENST00000341259 5406 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.87■□□□□ 0.29
SKA3Q8IX90 RUNX2-202ENST00000371432 5487 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC16.87■□□□□ 0.29
SKA3Q8IX90 ARHGAP28-203ENST00000383472 2295 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC16.87■□□□□ 0.29
SKA3Q8IX90 CASTOR1-202ENST00000407689 1623 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.87■□□□□ 0.29
SKA3Q8IX90 DDAH2-211ENST00000375787 1330 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC16.87■□□□□ 0.29
SKA3Q8IX90 PTPRE-201ENST00000254667 5331 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.87■□□□□ 0.29
SKA3Q8IX90 FLYWCH1-201ENST00000253928 5037 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC16.87■□□□□ 0.29
SKA3Q8IX90 PNKP-207ENST00000596014 1665 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.87■□□□□ 0.29
SKA3Q8IX90 RPS6KB2-201ENST00000312629 1733 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.87■□□□□ 0.29
SKA3Q8IX90 GABRD-205ENST00000638771 1707 ntAPPRIS ALT2 TSL 3 BASIC16.87■□□□□ 0.29
SKA3Q8IX90 FLT1-201ENST00000282397 7092 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.87■□□□□ 0.29
SKA3Q8IX90 WISP2-201ENST00000190983 1403 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.87■□□□□ 0.29
SKA3Q8IX90 SLC6A9-201ENST00000357730 2168 ntTSL 1 (best) BASIC16.87■□□□□ 0.29
SKA3Q8IX90 AMDHD2-201ENST00000293971 1459 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.86■□□□□ 0.29
SKA3Q8IX90 TMPRSS5-201ENST00000299882 2232 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC16.86■□□□□ 0.29
SKA3Q8IX90 ZNF839-202ENST00000442396 2987 ntAPPRIS P3 TSL 5 BASIC16.86■□□□□ 0.29
SKA3Q8IX90 SGO1-209ENST00000442720 2266 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC16.86■□□□□ 0.29
SKA3Q8IX90 UBTF-203ENST00000393606 2683 ntTSL 1 (best) BASIC16.86■□□□□ 0.29
SKA3Q8IX90 NECAB3-202ENST00000375238 1942 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.86■□□□□ 0.29
SKA3Q8IX90 PRR14-203ENST00000542965 2316 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.86■□□□□ 0.29
SKA3Q8IX90 GOLGA3-203ENST00000456883 5496 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC16.86■□□□□ 0.29
SKA3Q8IX90 CDC42EP2-201ENST00000279249 2023 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.86■□□□□ 0.29
SKA3Q8IX90 HR-202ENST00000381418 6336 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.86■□□□□ 0.29
SKA3Q8IX90 BIK-201ENST00000216115 953 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.86■□□□□ 0.29
SKA3Q8IX90 AC012618.2-201ENST00000428058 849 ntBASIC16.86■□□□□ 0.29
SKA3Q8IX90 CCK-203ENST00000434608 747 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.86■□□□□ 0.29
SKA3Q8IX90 NME6-209ENST00000442597 757 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.86■□□□□ 0.29
SKA3Q8IX90 ALKAL1-202ENST00000523939 536 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC16.86■□□□□ 0.29
SKA3Q8IX90 AL354712.1-201ENST00000563570 477 ntTSL 3 BASIC16.86■□□□□ 0.29
SKA3Q8IX90 AC006504.5-207ENST00000586220 487 ntTSL 2 BASIC16.86■□□□□ 0.29
SKA3Q8IX90 ZNF599-203ENST00000588760 948 ntTSL 2 BASIC16.86■□□□□ 0.29
SKA3Q8IX90 SMAD7-207ENST00000589634 1278 ntAPPRIS ALT1 TSL 4 BASIC16.86■□□□□ 0.29
SKA3Q8IX90 FXYD3-214ENST00000605677 633 ntTSL 2 BASIC16.86■□□□□ 0.29
SKA3Q8IX90 CD177P1-201ENST00000606252 935 ntBASIC16.86■□□□□ 0.29
SKA3Q8IX90 NTAN1-211ENST00000622833 1049 ntTSL 2 BASIC16.86■□□□□ 0.29
SKA3Q8IX90 NTAN1-212ENST00000624579 1115 ntTSL 2 BASIC16.86■□□□□ 0.29
SKA3Q8IX90 ABBA01031674.1-201ENST00000635145 728 ntBASIC16.86■□□□□ 0.29
SKA3Q8IX90 CYGB-201ENST00000293230 2158 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.86■□□□□ 0.29
SKA3Q8IX90 ZNF843-203ENST00000618063 1765 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC16.86■□□□□ 0.29
SKA3Q8IX90 AC005082.1-201ENST00000413042 2259 ntBASIC16.86■□□□□ 0.29
SKA3Q8IX90 STOML1-209ENST00000564777 1849 ntTSL 1 (best) BASIC16.86■□□□□ 0.29
SKA3Q8IX90 SH3GLB2-202ENST00000372559 1365 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.86■□□□□ 0.29
SKA3Q8IX90 LSM12-201ENST00000293406 2308 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.86■□□□□ 0.29
SKA3Q8IX90 CORO1B-201ENST00000341356 1881 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.86■□□□□ 0.29
SKA3Q8IX90 BST1-201ENST00000265016 1480 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC16.86■□□□□ 0.29
SKA3Q8IX90 BRAF-201ENST00000288602 2480 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.86■□□□□ 0.29
SKA3Q8IX90 MEN1-209ENST00000394376 3034 ntAPPRIS P3 TSL 5 BASIC16.86■□□□□ 0.29
SKA3Q8IX90 P3H4-202ENST00000393928 2601 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC16.85■□□□□ 0.29
SKA3Q8IX90 NDUFA10-203ENST00000404554 1557 ntTSL 5 BASIC16.85■□□□□ 0.29
SKA3Q8IX90 OTOP2-201ENST00000331427 2147 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC16.85■□□□□ 0.29
SKA3Q8IX90 AC012414.5-201ENST00000564214 1602 ntTSL 5 BASIC16.85■□□□□ 0.29
SKA3Q8IX90 TULP1-201ENST00000229771 2162 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC16.85■□□□□ 0.29
SKA3Q8IX90 FAM239A-202ENST00000438107 2155 ntTSL 5 BASIC16.85■□□□□ 0.29
SKA3Q8IX90 CHMP6-201ENST00000325167 1664 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.85■□□□□ 0.29
SKA3Q8IX90 PLEKHG5-206ENST00000377748 5221 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC16.85■□□□□ 0.29
SKA3Q8IX90 RNF212-202ENST00000382968 2335 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC16.85■□□□□ 0.29
SKA3Q8IX90 RBM45-201ENST00000286070 1785 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC16.85■□□□□ 0.29
SKA3Q8IX90 ENOPH1-203ENST00000509635 1874 ntTSL 3 BASIC16.85■□□□□ 0.29
SKA3Q8IX90 HTRA3-201ENST00000307358 2541 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.85■□□□□ 0.29
SKA3Q8IX90 COX7A1-201ENST00000292907 762 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.85■□□□□ 0.29
SKA3Q8IX90 LIME1-201ENST00000309546 1178 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC16.85■□□□□ 0.29
SKA3Q8IX90 POMC-202ENST00000380794 1295 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC16.85■□□□□ 0.29
SKA3Q8IX90 POLR2J-202ENST00000393794 784 ntTSL 1 (best) BASIC16.85■□□□□ 0.29
SKA3Q8IX90 VKORC1-204ENST00000394971 664 ntTSL 5 BASIC16.85■□□□□ 0.29
SKA3Q8IX90 FAM86C1-203ENST00000426628 952 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC16.85■□□□□ 0.29
SKA3Q8IX90 PEX26-203ENST00000428061 815 ntTSL 1 (best) BASIC16.85■□□□□ 0.29
SKA3Q8IX90 KCNMA1-220ENST00000481070 896 ntTSL 2 BASIC16.85■□□□□ 0.29
SKA3Q8IX90 Z85996.1-201ENST00000494644 937 ntBASIC16.85■□□□□ 0.29
SKA3Q8IX90 AC092718.1-201ENST00000501068 1088 ntTSL 1 (best) BASIC16.85■□□□□ 0.29
SKA3Q8IX90 ISG20-210ENST00000560741 800 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC16.85■□□□□ 0.29
SKA3Q8IX90 AP001412.1-201ENST00000608405 714 ntBASIC16.85■□□□□ 0.29
SKA3Q8IX90 AL049637.2-201ENST00000641778 930 ntBASIC16.85■□□□□ 0.29
SKA3Q8IX90 AL031985.4-201ENST00000642138 673 ntBASIC16.85■□□□□ 0.29
SKA3Q8IX90 MLF2-201ENST00000203630 1969 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.85■□□□□ 0.29
SKA3Q8IX90 ABHD13-201ENST00000375898 5338 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.85■□□□□ 0.29
SKA3Q8IX90 WIPF1-202ENST00000359761 2003 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC16.85■□□□□ 0.29
SKA3Q8IX90 GPBAR1-202ENST00000519574 1382 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.85■□□□□ 0.29
SKA3Q8IX90 CEP85L-205ENST00000419517 2079 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC16.85■□□□□ 0.29
SKA3Q8IX90 MARC2-202ENST00000366913 2134 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.85■□□□□ 0.29
SKA3Q8IX90 TSC22D4-202ENST00000393991 1469 ntTSL 2 BASIC16.85■□□□□ 0.29
SKA3Q8IX90 HSDL1-202ENST00000434463 1493 ntTSL 2 BASIC16.85■□□□□ 0.29
SKA3Q8IX90 ISOC2-203ENST00000438389 1566 ntTSL 2 BASIC16.85■□□□□ 0.29
SKA3Q8IX90 UBE2Q2-204ENST00000561851 1582 ntTSL 2 BASIC16.85■□□□□ 0.29
SKA3Q8IX90 COL9A3-201ENST00000343916 2485 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.85■□□□□ 0.29
SKA3Q8IX90 ACTR3B-203ENST00000397282 1692 ntTSL 2 BASIC16.85■□□□□ 0.29
SKA3Q8IX90 PCGF3-208ENST00000470161 1652 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.85■□□□□ 0.29
SKA3Q8IX90 STARD3-209ENST00000544210 1666 ntTSL 2 BASIC16.85■□□□□ 0.29
SKA3Q8IX90 TEX21P-204ENST00000641479 1693 ntBASIC16.85■□□□□ 0.29
SKA3Q8IX90 TMEM151A-201ENST00000327259 2562 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.84■□□□□ 0.29
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 39 ms