Protein–RNA interactions for Protein: P25940

COL5A3, Collagen alpha-3(V) chain, humanhuman

Predicted RBP Predictions only

Length 1,745 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
COL5A3P25940 VEGFA-222ENST00000520948 1199 ntTSL 1 (best) BASIC24.09■■□□□ 1.45
COL5A3P25940 HDDC3-205ENST00000559898 1024 ntTSL 1 (best) BASIC24.09■■□□□ 1.45
COL5A3P25940 AC009084.1-201ENST00000566869 317 ntTSL 5 BASIC24.09■■□□□ 1.45
COL5A3P25940 ADORA1-208ENST00000618295 862 ntTSL 1 (best) BASIC24.09■■□□□ 1.45
COL5A3P25940 LITAF-220ENST00000620789 692 ntTSL 5 BASIC24.09■■□□□ 1.45
COL5A3P25940 FAM3A-204ENST00000369643 1521 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC24.09■■□□□ 1.45
COL5A3P25940 AL391422.3-201ENST00000603791 2761 ntBASIC24.09■■□□□ 1.45
COL5A3P25940 DHRS3-204ENST00000616661 1722 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.09■■□□□ 1.45
COL5A3P25940 KRT16P3-203ENST00000580621 1939 ntTSL 1 (best) BASIC24.09■■□□□ 1.45
COL5A3P25940 MAFG-AS1-201ENST00000582106 1895 ntTSL 1 (best) BASIC24.09■■□□□ 1.45
COL5A3P25940 TXNDC5-201ENST00000379757 2964 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.08■■□□□ 1.45
COL5A3P25940 PDLIM2-204ENST00000397760 1847 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.08■■□□□ 1.45
COL5A3P25940 DBNL-219ENST00000490734 2004 ntTSL 2 BASIC24.08■■□□□ 1.45
COL5A3P25940 TMEM150B-201ENST00000326652 943 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.08■■□□□ 1.45
COL5A3P25940 TREX2-203ENST00000338525 2116 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.08■■□□□ 1.45
COL5A3P25940 ENTPD8-201ENST00000344119 2111 ntTSL 1 (best) BASIC24.08■■□□□ 1.45
COL5A3P25940 CARD9-201ENST00000371732 2123 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.08■■□□□ 1.45
COL5A3P25940 SDR39U1-201ENST00000399395 1233 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.08■■□□□ 1.45
COL5A3P25940 CT47A4-201ENST00000415858 1298 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.08■■□□□ 1.45
COL5A3P25940 CT47A9-201ENST00000417256 1298 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.08■■□□□ 1.45
COL5A3P25940 CT47A6-201ENST00000419194 1298 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC24.08■■□□□ 1.45
COL5A3P25940 CT47A10-201ENST00000430448 1298 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.08■■□□□ 1.45
COL5A3P25940 AC069368.1-202ENST00000437723 750 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC24.08■■□□□ 1.45
COL5A3P25940 CT47A5-201ENST00000439466 1298 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.08■■□□□ 1.45
COL5A3P25940 CT47A3-201ENST00000441330 1298 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.08■■□□□ 1.45
COL5A3P25940 CT47A8-201ENST00000457977 1298 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.08■■□□□ 1.45
COL5A3P25940 CT47A2-201ENST00000458218 1298 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.08■■□□□ 1.45
COL5A3P25940 GSTZ1-218ENST00000557053 580 ntTSL 3 BASIC24.08■■□□□ 1.45
COL5A3P25940 NUTF2-205ENST00000568396 1179 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC24.08■■□□□ 1.45
COL5A3P25940 MAZ-201ENST00000219782 2698 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC24.08■■□□□ 1.45
COL5A3P25940 BTNL9-210ENST00000515271 1444 ntTSL 2 BASIC24.08■■□□□ 1.45
COL5A3P25940 ZNF821-221ENST00000611294 1833 ntTSL 3 BASIC24.08■■□□□ 1.45
COL5A3P25940 GPR27-201ENST00000304411 2447 ntAPPRIS P1 BASIC24.08■■□□□ 1.45
COL5A3P25940 PTPRN2-204ENST00000404321 1374 ntTSL 5 BASIC24.08■■□□□ 1.44
COL5A3P25940 AC007375.3-201ENST00000600936 2314 ntBASIC24.08■■□□□ 1.44
COL5A3P25940 MAP3K7CL-206ENST00000399928 1904 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.08■■□□□ 1.44
COL5A3P25940 CBR1-205ENST00000530908 1924 ntTSL 1 (best) BASIC24.08■■□□□ 1.44
COL5A3P25940 CAMKV-205ENST00000467248 1688 ntTSL 2 BASIC24.07■■□□□ 1.44
COL5A3P25940 PNN-202ENST00000553331 656 ntTSL 3 BASIC24.07■■□□□ 1.44
COL5A3P25940 LIMD2-211ENST00000583211 1298 ntTSL 3 BASIC24.07■■□□□ 1.44
COL5A3P25940 TBCB-205ENST00000585746 875 ntTSL 3 BASIC24.07■■□□□ 1.44
COL5A3P25940 TMIGD2-202ENST00000595645 1212 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24.07■■□□□ 1.44
COL5A3P25940 AL513523.2-201ENST00000633218 660 ntTSL 3 BASIC24.07■■□□□ 1.44
COL5A3P25940 DMPK-205ENST00000458663 2548 ntTSL 5 BASIC24.07■■□□□ 1.44
COL5A3P25940 SPSB3-201ENST00000301717 1449 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.07■■□□□ 1.44
COL5A3P25940 HOXB1-202ENST00000577092 1414 ntBASIC24.07■■□□□ 1.44
COL5A3P25940 KLHL21-206ENST00000610898 1945 ntTSL 1 (best) BASIC24.07■■□□□ 1.44
COL5A3P25940 SDF4-201ENST00000263741 2079 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC24.07■■□□□ 1.44
COL5A3P25940 CD19-206ENST00000567541 1707 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24.07■■□□□ 1.44
COL5A3P25940 TH-203ENST00000352909 1889 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.07■■□□□ 1.44
COL5A3P25940 MRPL3-202ENST00000425847 1457 ntTSL 2 BASIC24.07■■□□□ 1.44
COL5A3P25940 MTX1-202ENST00000368376 1632 ntTSL 1 (best) BASIC24.07■■□□□ 1.44
COL5A3P25940 MGAT4B-201ENST00000292591 2446 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.07■■□□□ 1.44
COL5A3P25940 SUMO3-204ENST00000411651 1921 ntTSL 2 BASIC24.07■■□□□ 1.44
COL5A3P25940 MRPL43-208ENST00000370242 884 ntTSL 2 BASIC24.07■■□□□ 1.44
COL5A3P25940 FAM239B-201ENST00000381106 1099 ntTSL 2 BASIC24.07■■□□□ 1.44
COL5A3P25940 KLK12-205ENST00000529888 735 ntTSL 1 (best) BASIC24.07■■□□□ 1.44
COL5A3P25940 TRMT112-203ENST00000535750 823 ntTSL 2 BASIC24.07■■□□□ 1.44
COL5A3P25940 LINC01582-202ENST00000561215 452 ntTSL 4 BASIC24.07■■□□□ 1.44
COL5A3P25940 SMIM22-203ENST00000588500 525 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24.07■■□□□ 1.44
COL5A3P25940 DEDD2-204ENST00000595337 1894 ntAPPRIS P3 TSL 3 BASIC24.06■■□□□ 1.44
COL5A3P25940 MRM1-204ENST00000614766 1857 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.06■■□□□ 1.44
COL5A3P25940 DRAM2-201ENST00000286692 2246 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.06■■□□□ 1.44
COL5A3P25940 MAFG-202ENST00000392366 1743 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.06■■□□□ 1.44
COL5A3P25940 INSL3-201ENST00000317306 755 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.06■■□□□ 1.44
COL5A3P25940 LINC00265-3P-201ENST00000447588 903 ntBASIC24.06■■□□□ 1.44
COL5A3P25940 AC074051.2-201ENST00000565115 352 ntBASIC24.06■■□□□ 1.44
COL5A3P25940 FUT5-202ENST00000588525 1988 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.06■■□□□ 1.44
COL5A3P25940 AC012615.6-201ENST00000593201 1697 ntTSL 2 BASIC24.06■■□□□ 1.44
COL5A3P25940 BUB3-201ENST00000368858 1361 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC24.06■■□□□ 1.44
COL5A3P25940 BEST2-201ENST00000042931 1908 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.06■■□□□ 1.44
COL5A3P25940 OGG1-217ENST00000449570 1948 ntTSL 5 BASIC24.06■■□□□ 1.44
COL5A3P25940 WIPF1-203ENST00000392546 2180 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC24.06■■□□□ 1.44
COL5A3P25940 SIGIRR-220ENST00000531205 1649 ntTSL 2 BASIC24.06■■□□□ 1.44
COL5A3P25940 RPRM-201ENST00000325926 1471 ntAPPRIS P1 BASIC24.05■■□□□ 1.44
COL5A3P25940 AKNA-205ENST00000374079 2138 ntTSL 1 (best) BASIC24.05■■□□□ 1.44
COL5A3P25940 PAIP1-203ENST00000436644 1734 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC24.05■■□□□ 1.44
COL5A3P25940 CDC14B-208ENST00000463569 1734 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC24.05■■□□□ 1.44
COL5A3P25940 FAM182B-201ENST00000376403 1681 ntAPPRIS P5 TSL 1 (best) BASIC24.05■■□□□ 1.44
COL5A3P25940 HIKESHI-207ENST00000533986 1694 ntTSL 1 (best) BASIC24.05■■□□□ 1.44
COL5A3P25940 NUS1P1-201ENST00000446295 882 ntBASIC24.05■■□□□ 1.44
COL5A3P25940 AL445472.1-201ENST00000452532 1007 ntTSL 2 BASIC24.05■■□□□ 1.44
COL5A3P25940 AC106795.1-205ENST00000512851 1056 ntBASIC24.05■■□□□ 1.44
COL5A3P25940 SPINK2-205ENST00000616980 677 ntTSL 5 BASIC24.05■■□□□ 1.44
COL5A3P25940 ASAH1-251ENST00000637561 929 ntTSL 2 BASIC24.05■■□□□ 1.44
COL5A3P25940 SSH3-202ENST00000308298 2046 ntTSL 2 BASIC24.05■■□□□ 1.44
COL5A3P25940 TDRD10-202ENST00000368482 2331 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC24.05■■□□□ 1.44
COL5A3P25940 GBX2-203ENST00000551105 1307 ntTSL 1 (best) BASIC24.05■■□□□ 1.44
COL5A3P25940 LINC00167-201ENST00000530583 1419 ntBASIC24.05■■□□□ 1.44
COL5A3P25940 RPRD1A-201ENST00000357384 1850 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC24.04■■□□□ 1.44
COL5A3P25940 ART5-201ENST00000359918 1241 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.04■■□□□ 1.44
COL5A3P25940 TK1-205ENST00000590862 642 ntTSL 3 BASIC24.04■■□□□ 1.44
COL5A3P25940 ABHD14B-204ENST00000461108 1397 ntTSL 2 BASIC24.04■■□□□ 1.44
COL5A3P25940 MYBL2-202ENST00000396863 2704 ntTSL 2 BASIC24.04■■□□□ 1.44
COL5A3P25940 SRP9-203ENST00000366839 1596 ntTSL 1 (best) BASIC24.04■■□□□ 1.44
COL5A3P25940 USF2-202ENST00000343550 1523 ntTSL 1 (best) BASIC24.04■■□□□ 1.44
COL5A3P25940 CCK-202ENST00000396169 1527 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.04■■□□□ 1.44
COL5A3P25940 VEGFA-204ENST00000372064 2909 ntTSL 1 (best) BASIC24.04■■□□□ 1.44
COL5A3P25940 TMC6-212ENST00000589553 2389 ntTSL 2 BASIC24.04■■□□□ 1.44
COL5A3P25940 AC093734.1-201ENST00000416100 242 ntTSL 3 BASIC24.04■■□□□ 1.44
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 25.9 ms