Protein–RNA interactions for Protein: Q13107

USP4, Ubiquitin carboxyl-terminal hydrolase 4, humanhuman

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Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
USP4Q13107 CHRNB1-201ENST00000306071 2557 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.01■□□□□ 0.79
USP4Q13107 HOXB9-201ENST00000311177 2581 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.01■□□□□ 0.79
USP4Q13107 PGR-201ENST00000263463 2496 ntTSL 1 (best) BASIC20.01■□□□□ 0.79
USP4Q13107 HERPUD2-201ENST00000311350 2474 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.01■□□□□ 0.79
USP4Q13107 ZNF324B-202ENST00000545523 2368 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.01■□□□□ 0.79
USP4Q13107 NBL1-209ENST00000548815 1953 ntAPPRIS P3 TSL 3 BASIC20.01■□□□□ 0.79
USP4Q13107 PLSCR3-212ENST00000576201 1965 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.01■□□□□ 0.79
USP4Q13107 PRSS33-204ENST00000576886 1755 ntTSL 1 (best) BASIC20.01■□□□□ 0.79
USP4Q13107 ENTPD6-201ENST00000354989 2708 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC20.01■□□□□ 0.79
USP4Q13107 SHISA7-201ENST00000376325 6033 ntAPPRIS P2 TSL 2 BASIC20.01■□□□□ 0.79
USP4Q13107 NUDT8-201ENST00000301490 809 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC20.01■□□□□ 0.79
USP4Q13107 HRAS-201ENST00000311189 894 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.01■□□□□ 0.79
USP4Q13107 COMMD1-201ENST00000311832 911 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.01■□□□□ 0.79
USP4Q13107 ST8SIA1-202ENST00000381424 1036 ntTSL 1 (best) BASIC20.01■□□□□ 0.79
USP4Q13107 CCR12P-201ENST00000446203 998 ntBASIC20.01■□□□□ 0.79
USP4Q13107 ZNF706-204ENST00000518336 501 ntAPPRIS P1 TSL 4 BASIC20.01■□□□□ 0.79
USP4Q13107 LINC01465-201ENST00000408887 1940 ntBASIC20.01■□□□□ 0.79
USP4Q13107 PRELID3A-201ENST00000336990 1715 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC20.01■□□□□ 0.79
USP4Q13107 RTN1-202ENST00000342503 1703 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC20.01■□□□□ 0.79
USP4Q13107 PRELID3A-202ENST00000440960 1716 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.01■□□□□ 0.79
USP4Q13107 SOBP-201ENST00000317357 5245 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC20.01■□□□□ 0.79
USP4Q13107 CPLX3-201ENST00000395018 2082 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.01■□□□□ 0.79
USP4Q13107 CEP78-202ENST00000376597 2618 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC20.01■□□□□ 0.79
USP4Q13107 UBE2H-201ENST00000355621 5151 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.01■□□□□ 0.79
USP4Q13107 DPH1-201ENST00000263083 2221 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC20■□□□□ 0.79
USP4Q13107 WDR41-208ENST00000507029 1553 ntTSL 2 BASIC20■□□□□ 0.79
USP4Q13107 LEFTY2-202ENST00000420304 2085 ntTSL 2 BASIC20■□□□□ 0.79
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USP4Q13107 BOLA3-202ENST00000327428 639 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20■□□□□ 0.79
USP4Q13107 ZCCHC24-201ENST00000372333 906 ntTSL 2 BASIC20■□□□□ 0.79
USP4Q13107 C6orf48-206ENST00000375641 602 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC20■□□□□ 0.79
USP4Q13107 CT47A1-201ENST00000433030 1288 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20■□□□□ 0.79
USP4Q13107 ELOVL2-AS1-202ENST00000456616 903 ntTSL 1 (best) BASIC20■□□□□ 0.79
USP4Q13107 AL929554.1-201ENST00000568665 460 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC20■□□□□ 0.79
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USP4Q13107 CENPX-206ENST00000580435 710 ntTSL 1 (best) BASIC20■□□□□ 0.79
USP4Q13107 FP565260.3-205ENST00000620481 816 ntTSL 5 BASIC20■□□□□ 0.79
USP4Q13107 AC011511.1-201ENST00000452032 1956 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC20■□□□□ 0.79
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USP4Q13107 ZNF281-202ENST00000367352 2933 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC20■□□□□ 0.79
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USP4Q13107 ACAP3-201ENST00000353662 2280 ntTSL 1 (best) BASIC20■□□□□ 0.79
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USP4Q13107 BCKDK-202ENST00000287507 1907 ntTSL 1 (best) BASIC20■□□□□ 0.79
USP4Q13107 GTF2IRD2B-210ENST00000629105 1910 ntTSL 5 BASIC20■□□□□ 0.79
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USP4Q13107 LIMS2-207ENST00000409808 2315 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC19.99■□□□□ 0.79
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USP4Q13107 TLK2-202ENST00000343388 3227 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC19.99■□□□□ 0.79
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USP4Q13107 EDARADD-201ENST00000334232 858 ntTSL 1 (best) BASIC19.99■□□□□ 0.79
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USP4Q13107 CCT5-205ENST00000506600 1939 ntTSL 2 BASIC19.99■□□□□ 0.79
USP4Q13107 NUBP2-201ENST00000262302 1413 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.99■□□□□ 0.79
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USP4Q13107 TYMS-201ENST00000323224 1327 ntTSL 1 (best) BASIC19.99■□□□□ 0.79
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USP4Q13107 FFAR3-201ENST00000327809 1796 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.98■□□□□ 0.79
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USP4Q13107 NGLY1-202ENST00000280700 2473 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.98■□□□□ 0.79
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USP4Q13107 C17orf58-204ENST00000580729 2065 ntTSL 5 BASIC19.98■□□□□ 0.79
USP4Q13107 SRMS-201ENST00000217188 1516 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.98■□□□□ 0.79
USP4Q13107 CHP2-201ENST00000300113 2382 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.98■□□□□ 0.79
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USP4Q13107 LTBR-211ENST00000543190 785 ntTSL 3 BASIC19.98■□□□□ 0.79
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USP4Q13107 SQSTM1-216ENST00000626660 274 ntTSL 5 BASIC19.98■□□□□ 0.79
USP4Q13107 EPHX4-201ENST00000370383 1437 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.98■□□□□ 0.79
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USP4Q13107 TSC22D4-202ENST00000393991 1469 ntTSL 2 BASIC19.98■□□□□ 0.79
USP4Q13107 FST-201ENST00000256759 2519 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.98■□□□□ 0.79
USP4Q13107 SEPHS1-206ENST00000545675 2988 ntTSL 1 (best) BASIC19.98■□□□□ 0.79
USP4Q13107 PAQR4-203ENST00000572687 2251 ntTSL 2 BASIC19.97■□□□□ 0.79
USP4Q13107 P2RY6-210ENST00000542092 1674 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC19.97■□□□□ 0.79
USP4Q13107 ZBTB33-202ENST00000557385 2346 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.97■□□□□ 0.79
USP4Q13107 CSNK1D-203ENST00000392334 2047 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC19.97■□□□□ 0.79
USP4Q13107 RNF32-208ENST00000432459 1893 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.97■□□□□ 0.79
USP4Q13107 PRPS1-203ENST00000372428 1748 ntTSL 2 BASIC19.97■□□□□ 0.79
USP4Q13107 ISM2-207ENST00000493585 1739 ntTSL 1 (best) BASIC19.97■□□□□ 0.79
USP4Q13107 CECR2-202ENST00000342247 6178 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC19.97■□□□□ 0.79
USP4Q13107 PAX3-201ENST00000258387 958 ntTSL 1 (best) BASIC19.97■□□□□ 0.79
USP4Q13107 PRICKLE4-202ENST00000394260 1035 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC19.97■□□□□ 0.79
USP4Q13107 PRICKLE4-203ENST00000394263 1155 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC19.97■□□□□ 0.79
USP4Q13107 RNF146-204ENST00000476956 884 ntTSL 2 BASIC19.97■□□□□ 0.79
USP4Q13107 PSMB5-205ENST00000493471 1117 ntTSL 1 (best) BASIC19.97■□□□□ 0.79
USP4Q13107 CXXC5-AS1-201ENST00000514287 577 ntTSL 4 BASIC19.97■□□□□ 0.79
USP4Q13107 TPM1-226ENST00000560959 925 ntTSL 2 BASIC19.97■□□□□ 0.79
USP4Q13107 ZNF667-AS1-206ENST00000591797 535 ntTSL 5 BASIC19.97■□□□□ 0.79
USP4Q13107 NTF6B-201ENST00000591913 560 ntBASIC19.97■□□□□ 0.79
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