Protein–RNA interactions for Protein: Q9Y3X0

CCDC9, Coiled-coil domain-containing protein 9, humanhuman

Known RBP Predictions only

Length 531 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
CCDC9Q9Y3X0 UCK1-201ENST00000372208 2063 ntTSL 1 (best) BASIC34.43■■■■□ 3.1
CCDC9Q9Y3X0 COPRS-201ENST00000302362 968 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC34.42■■■■□ 3.1
CCDC9Q9Y3X0 TBX2-AS1-203ENST00000590421 861 ntTSL 2 BASIC34.42■■■■□ 3.1
CCDC9Q9Y3X0 AC135983.2-203ENST00000454486 1613 ntBASIC34.41■■■■□ 3.1
CCDC9Q9Y3X0 AL121899.1-202ENST00000411839 536 ntTSL 5 BASIC34.41■■■■□ 3.1
CCDC9Q9Y3X0 C16orf59-202ENST00000483320 1709 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC34.41■■■■□ 3.1
CCDC9Q9Y3X0 TUBB6-201ENST00000317702 2064 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC34.4■■■■□ 3.1
CCDC9Q9Y3X0 ADAMTS13-203ENST00000371910 1074 ntTSL 1 (best) BASIC34.4■■■■□ 3.1
CCDC9Q9Y3X0 ARL6IP4-208ENST00000439686 796 ntAPPRIS ALT2 TSL 3 BASIC34.4■■■■□ 3.1
CCDC9Q9Y3X0 GKAP1-203ENST00000376371 1778 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC34.39■■■■□ 3.1
CCDC9Q9Y3X0 ARL8A-204ENST00000614750 1727 ntTSL 3 BASIC34.39■■■■□ 3.1
CCDC9Q9Y3X0 AQP1-203ENST00000409899 1009 ntTSL 1 (best) BASIC34.39■■■■□ 3.1
CCDC9Q9Y3X0 PYY2-202ENST00000441253 1076 ntTSL 1 (best) BASIC34.39■■■■□ 3.1
CCDC9Q9Y3X0 COQ2-202ENST00000311469 1641 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC34.38■■■■□ 3.09
CCDC9Q9Y3X0 EIF5A-211ENST00000576930 1439 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC34.38■■■■□ 3.09
CCDC9Q9Y3X0 FMR1-219ENST00000621453 1864 ntTSL 1 (best) BASIC34.37■■■■□ 3.09
CCDC9Q9Y3X0 TOMM40-201ENST00000252487 1707 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC34.36■■■■□ 3.09
CCDC9Q9Y3X0 TOMM40-202ENST00000405636 1709 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC34.36■■■■□ 3.09
CCDC9Q9Y3X0 LYPD6B-204ENST00000409876 1248 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC34.36■■■■□ 3.09
CCDC9Q9Y3X0 UBE2I-213ENST00000566587 1098 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC34.36■■■■□ 3.09
CCDC9Q9Y3X0 PI4KAP1-202ENST00000611748 1906 ntTSL 1 (best) BASIC34.35■■■■□ 3.09
CCDC9Q9Y3X0 PELI3-203ENST00000524466 1671 ntTSL 1 (best) BASIC34.35■■■■□ 3.09
CCDC9Q9Y3X0 ZNF688-203ENST00000563276 1492 ntTSL 2 BASIC34.34■■■■□ 3.09
CCDC9Q9Y3X0 NIT1-201ENST00000368007 1749 ntTSL 2 BASIC34.34■■■■□ 3.09
CCDC9Q9Y3X0 AC055876.1-201ENST00000430589 895 ntTSL 2 BASIC34.34■■■■□ 3.09
CCDC9Q9Y3X0 AC148477.1-201ENST00000537720 476 ntTSL 3 BASIC34.34■■■■□ 3.09
CCDC9Q9Y3X0 AC011448.1-201ENST00000555938 1100 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC34.34■■■■□ 3.09
CCDC9Q9Y3X0 SOD3-201ENST00000382120 1526 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC34.34■■■■□ 3.09
CCDC9Q9Y3X0 AC127502.1-201ENST00000399971 1502 ntBASIC34.34■■■■□ 3.09
CCDC9Q9Y3X0 CAPNS1-204ENST00000587718 1558 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC34.33■■■■□ 3.09
CCDC9Q9Y3X0 ANAPC13-201ENST00000354910 1209 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC34.33■■■■□ 3.09
CCDC9Q9Y3X0 CMPK2-203ENST00000458098 1224 ntTSL 1 (best) BASIC34.33■■■■□ 3.09
CCDC9Q9Y3X0 LSM6-202ENST00000502781 1352 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC34.33■■■■□ 3.09
CCDC9Q9Y3X0 MAP4K3-211ENST00000484274 407 ntTSL 2 BASIC34.32■■■■□ 3.08
CCDC9Q9Y3X0 SAMD1-202ENST00000533683 2164 ntAPPRIS P5 TSL 1 (best) BASIC34.32■■■■□ 3.08
CCDC9Q9Y3X0 AL592293.1-201ENST00000502889 1188 ntBASIC34.31■■■■□ 3.08
CCDC9Q9Y3X0 FAHD1-204ENST00000615972 757 ntTSL 5 BASIC34.31■■■■□ 3.08
CCDC9Q9Y3X0 HOMER3-202ENST00000392351 1557 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC34.31■■■■□ 3.08
CCDC9Q9Y3X0 MAPK3-203ENST00000395199 1074 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC34.3■■■■□ 3.08
CCDC9Q9Y3X0 RPS2-210ENST00000530225 765 ntTSL 2 BASIC34.29■■■■□ 3.08
CCDC9Q9Y3X0 MOB2-207ENST00000614710 705 ntTSL 5 BASIC34.29■■■■□ 3.08
CCDC9Q9Y3X0 MIR1-1HG-202ENST00000624914 1220 ntTSL 1 (best) BASIC34.29■■■■□ 3.08
CCDC9Q9Y3X0 MARCKSL1-201ENST00000329421 1699 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC34.28■■■■□ 3.08
CCDC9Q9Y3X0 AC126177.7-201ENST00000547904 679 ntBASIC34.28■■■■□ 3.08
CCDC9Q9Y3X0 AC131212.1-201ENST00000613771 668 ntBASIC34.28■■■■□ 3.08
CCDC9Q9Y3X0 ZDHHC3-203ENST00000342790 1336 ntTSL 5 BASIC34.28■■■■□ 3.08
CCDC9Q9Y3X0 NPC2-207ENST00000555619 1035 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC34.27■■■■□ 3.08
CCDC9Q9Y3X0 SULT4A1-201ENST00000330884 2468 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC34.26■■■■□ 3.08
CCDC9Q9Y3X0 AC133552.2-201ENST00000619106 1032 ntBASIC34.26■■■■□ 3.08
CCDC9Q9Y3X0 PSMG3-202ENST00000288607 1391 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC34.25■■■■□ 3.07
CCDC9Q9Y3X0 ERFE-207ENST00000546354 1065 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC34.25■■■■□ 3.07
CCDC9Q9Y3X0 C7orf50-202ENST00000397098 2131 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC34.25■■■■□ 3.07
CCDC9Q9Y3X0 MSRB2-201ENST00000376510 1803 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC34.25■■■■□ 3.07
CCDC9Q9Y3X0 PNMT-201ENST00000269582 1253 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC34.24■■■■□ 3.07
CCDC9Q9Y3X0 LY6H-201ENST00000342752 951 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC34.24■■■■□ 3.07
CCDC9Q9Y3X0 RSPO4-202ENST00000400634 722 ntTSL 1 (best) BASIC34.24■■■■□ 3.07
CCDC9Q9Y3X0 LY6H-202ENST00000414417 1056 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC34.24■■■■□ 3.07
CCDC9Q9Y3X0 LY6H-203ENST00000430474 925 ntAPPRIS P3 TSL 3 BASIC34.24■■■■□ 3.07
CCDC9Q9Y3X0 AC090241.2-201ENST00000602329 432 ntTSL 4 BASIC34.24■■■■□ 3.07
CCDC9Q9Y3X0 CHST12-204ENST00000618655 2131 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC34.24■■■■□ 3.07
CCDC9Q9Y3X0 CRELD2-203ENST00000404488 1577 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC34.23■■■■□ 3.07
CCDC9Q9Y3X0 SH3GLB2-201ENST00000372554 1985 ntTSL 1 (best) BASIC34.23■■■■□ 3.07
CCDC9Q9Y3X0 AC009831.1-201ENST00000580420 1582 ntBASIC34.23■■■■□ 3.07
CCDC9Q9Y3X0 MAPK8IP1P1-201ENST00000574657 1439 ntBASIC34.22■■■■□ 3.07
CCDC9Q9Y3X0 UBE2D2-205ENST00000505548 1113 ntTSL 1 (best) BASIC34.22■■■■□ 3.07
CCDC9Q9Y3X0 AC007029.1-201ENST00000604183 313 ntBASIC34.22■■■■□ 3.07
CCDC9Q9Y3X0 MLST8-203ENST00000397124 1691 ntAPPRIS P3 TSL 5 BASIC34.22■■■■□ 3.07
CCDC9Q9Y3X0 WDR86-204ENST00000477459 1428 ntTSL 2 BASIC34.21■■■■□ 3.07
CCDC9Q9Y3X0 G6PC3-201ENST00000269097 1533 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC34.21■■■■□ 3.07
CCDC9Q9Y3X0 RASGRP2-204ENST00000377487 642 ntTSL 2 BASIC34.21■■■■□ 3.07
CCDC9Q9Y3X0 DCDC2C-201ENST00000399143 1476 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC34.2■■■■□ 3.07
CCDC9Q9Y3X0 KRT8P33-201ENST00000508125 1423 ntBASIC34.2■■■■□ 3.06
CCDC9Q9Y3X0 TMEM238-201ENST00000444469 1000 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC34.19■■■■□ 3.06
CCDC9Q9Y3X0 BHLHE23-202ENST00000612929 1109 ntBASIC34.19■■■■□ 3.06
CCDC9Q9Y3X0 AC093390.2-201ENST00000638628 1007 ntTSL 5 BASIC34.19■■■■□ 3.06
CCDC9Q9Y3X0 FAM78B-201ENST00000338353 1597 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC34.19■■■■□ 3.06
CCDC9Q9Y3X0 IGFBP3-202ENST00000381083 1050 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC34.18■■■■□ 3.06
CCDC9Q9Y3X0 AL157400.5-201ENST00000507624 621 ntBASIC34.18■■■■□ 3.06
CCDC9Q9Y3X0 MED25-210ENST00000612854 801 ntTSL 5 BASIC34.18■■■■□ 3.06
CCDC9Q9Y3X0 MED25-213ENST00000620467 1293 ntTSL 1 (best) BASIC34.18■■■■□ 3.06
CCDC9Q9Y3X0 MED25-214ENST00000622402 642 ntTSL 5 BASIC34.18■■■■□ 3.06
CCDC9Q9Y3X0 TMEM151B-201ENST00000438774 1140 ntAPPRIS ALT2 TSL 3 BASIC34.17■■■■□ 3.06
CCDC9Q9Y3X0 TIE1-210ENST00000538015 1140 ntTSL 1 (best) BASIC34.17■■■■□ 3.06
CCDC9Q9Y3X0 FLVCR1-AS1-203ENST00000426161 892 ntTSL 1 (best) BASIC34.16■■■■□ 3.06
CCDC9Q9Y3X0 HOXB3-210ENST00000489475 1845 ntTSL 2 BASIC34.16■■■■□ 3.06
CCDC9Q9Y3X0 ZNF470-206ENST00000601902 1640 ntTSL 1 (best) BASIC34.15■■■■□ 3.06
CCDC9Q9Y3X0 PAOX-206ENST00000480071 1324 ntTSL 1 (best) BASIC34.15■■■■□ 3.06
CCDC9Q9Y3X0 HSPB6-202ENST00000587965 711 ntTSL 2 BASIC34.14■■■■□ 3.06
CCDC9Q9Y3X0 RASSF7-202ENST00000397583 1928 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC34.13■■■■□ 3.05
CCDC9Q9Y3X0 LTC4S-205ENST00000486713 496 ntTSL 2 BASIC34.13■■■■□ 3.05
CCDC9Q9Y3X0 CARS2-201ENST00000257347 1879 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC34.12■■■■□ 3.05
CCDC9Q9Y3X0 AC010980.1-201ENST00000587192 1142 ntBASIC34.12■■■■□ 3.05
CCDC9Q9Y3X0 TAZ-201ENST00000369776 1596 ntTSL 1 (best) BASIC34.11■■■■□ 3.05
CCDC9Q9Y3X0 REST-210ENST00000638187 1334 ntTSL 5 BASIC34.11■■■■□ 3.05
CCDC9Q9Y3X0 VIPR2-204ENST00000421760 717 ntTSL 3 BASIC34.11■■■■□ 3.05
CCDC9Q9Y3X0 FAM120C-203ENST00000477084 1140 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC34.11■■■■□ 3.05
CCDC9Q9Y3X0 AC009299.2-201ENST00000482477 511 ntBASIC34.11■■■■□ 3.05
CCDC9Q9Y3X0 THA1P-201ENST00000590384 1145 ntBASIC34.11■■■■□ 3.05
CCDC9Q9Y3X0 GRK6-206ENST00000507633 1660 ntTSL 5 BASIC34.09■■■■□ 3.05
CCDC9Q9Y3X0 PEX7-203ENST00000541292 945 ntTSL 5 BASIC34.09■■■■□ 3.05
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 21.4 ms