Protein–RNA interactions for Protein: Q9P1Q0

VPS54, Vacuolar protein sorting-associated protein 54, humanhuman

Predictions only

Length 977 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
VPS54Q9P1Q0 PCK2-202ENST00000396973 1830 ntTSL 1 (best) BASIC29.38■■■□□ 2.29
VPS54Q9P1Q0 RHOC-202ENST00000339083 1418 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.38■■■□□ 2.29
VPS54Q9P1Q0 SNX15-202ENST00000377244 1939 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.38■■■□□ 2.29
VPS54Q9P1Q0 TMEM150A-202ENST00000334462 1518 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.37■■■□□ 2.29
VPS54Q9P1Q0 FKBP1A-210ENST00000614856 562 ntTSL 2 BASIC29.37■■■□□ 2.29
VPS54Q9P1Q0 RAB40C-201ENST00000248139 2699 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.36■■■□□ 2.29
VPS54Q9P1Q0 TMEM9-201ENST00000367330 1959 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC29.36■■■□□ 2.29
VPS54Q9P1Q0 CHML-204ENST00000638121 920 ntTSL 2 BASIC29.36■■■□□ 2.29
VPS54Q9P1Q0 TSPOAP1-AS1-203ENST00000579527 2042 ntTSL 2 BASIC29.36■■■□□ 2.29
VPS54Q9P1Q0 BMP8A-201ENST00000331593 1692 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.36■■■□□ 2.29
VPS54Q9P1Q0 NFYB-205ENST00000551727 1727 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC29.36■■■□□ 2.29
VPS54Q9P1Q0 AC142086.6-201ENST00000621154 1765 ntBASIC29.35■■■□□ 2.29
VPS54Q9P1Q0 MTMR1-214ENST00000542156 1227 ntTSL 1 (best) BASIC29.35■■■□□ 2.29
VPS54Q9P1Q0 BMP7-204ENST00000450594 1857 ntTSL 2 BASIC29.34■■■□□ 2.29
VPS54Q9P1Q0 U2AF2-206ENST00000590551 1104 ntTSL 3 BASIC29.34■■■□□ 2.29
VPS54Q9P1Q0 EBPL-201ENST00000242827 914 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.33■■■□□ 2.29
VPS54Q9P1Q0 C5orf66-AS1-201ENST00000507035 843 ntTSL 2 BASIC29.33■■■□□ 2.29
VPS54Q9P1Q0 PDCD2-209ENST00000542896 1082 ntTSL 2 BASIC29.33■■■□□ 2.29
VPS54Q9P1Q0 FAH-213ENST00000561421 1549 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.33■■■□□ 2.29
VPS54Q9P1Q0 AC110285.7-201ENST00000624417 1536 ntBASIC29.33■■■□□ 2.29
VPS54Q9P1Q0 HOMER2-202ENST00000450735 1950 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC29.33■■■□□ 2.29
VPS54Q9P1Q0 TMEM187-201ENST00000369982 1880 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.32■■■□□ 2.28
VPS54Q9P1Q0 SSBP3-202ENST00000357475 1533 ntTSL 1 (best) BASIC29.32■■■□□ 2.28
VPS54Q9P1Q0 NXNL1-201ENST00000301944 946 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.32■■■□□ 2.28
VPS54Q9P1Q0 MIR7108-201ENST00000614319 87 ntBASIC29.32■■■□□ 2.28
VPS54Q9P1Q0 PROC-203ENST00000409048 1586 ntTSL 5 BASIC29.31■■■□□ 2.28
VPS54Q9P1Q0 GSR-206ENST00000546342 1482 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC29.31■■■□□ 2.28
VPS54Q9P1Q0 AP002414.2-202ENST00000590929 1450 ntBASIC29.31■■■□□ 2.28
VPS54Q9P1Q0 DUX4L13-201ENST00000554103 1267 ntBASIC29.31■■■□□ 2.28
VPS54Q9P1Q0 RNF166-209ENST00000567844 633 ntTSL 5 BASIC29.31■■■□□ 2.28
VPS54Q9P1Q0 DUX4L15-201ENST00000611059 1267 ntBASIC29.31■■■□□ 2.28
VPS54Q9P1Q0 DUX4L23-201ENST00000615195 1269 ntBASIC29.31■■■□□ 2.28
VPS54Q9P1Q0 DUX4L24-201ENST00000617576 1269 ntBASIC29.31■■■□□ 2.28
VPS54Q9P1Q0 DUX4L22-201ENST00000618238 1269 ntBASIC29.31■■■□□ 2.28
VPS54Q9P1Q0 DUX4L20-201ENST00000619712 1269 ntBASIC29.31■■■□□ 2.28
VPS54Q9P1Q0 DUX4L21-201ENST00000622058 1269 ntBASIC29.31■■■□□ 2.28
VPS54Q9P1Q0 DUX4L10-201ENST00000622460 1267 ntBASIC29.31■■■□□ 2.28
VPS54Q9P1Q0 DUX4L25-201ENST00000624915 1269 ntBASIC29.31■■■□□ 2.28
VPS54Q9P1Q0 RRAD-202ENST00000420652 1476 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.3■■■□□ 2.28
VPS54Q9P1Q0 TBCC-201ENST00000372876 1616 ntAPPRIS P1 BASIC29.3■■■□□ 2.28
VPS54Q9P1Q0 GSX1-201ENST00000302945 1663 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.29■■■□□ 2.28
VPS54Q9P1Q0 SERPING1-205ENST00000403558 2231 ntTSL 5 BASIC29.29■■■□□ 2.28
VPS54Q9P1Q0 NRBF2-202ENST00000435510 1816 ntTSL 2 BASIC29.29■■■□□ 2.28
VPS54Q9P1Q0 EFEMP2-201ENST00000307998 2034 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.28■■■□□ 2.28
VPS54Q9P1Q0 ANKRD16-201ENST00000191063 1567 ntTSL 3 BASIC29.28■■■□□ 2.28
VPS54Q9P1Q0 RANBP1-202ENST00000402752 1132 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC29.28■■■□□ 2.28
VPS54Q9P1Q0 MFSD12-202ENST00000389395 2039 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC29.28■■■□□ 2.28
VPS54Q9P1Q0 AC013394.1-201ENST00000629685 808 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC29.27■■■□□ 2.28
VPS54Q9P1Q0 CAPNS1-201ENST00000246533 1918 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC29.26■■■□□ 2.27
VPS54Q9P1Q0 CAAP1-205ENST00000520187 773 ntTSL 5 BASIC29.26■■■□□ 2.27
VPS54Q9P1Q0 HTR6-201ENST00000289753 1984 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.26■■■□□ 2.27
VPS54Q9P1Q0 DDAH2-212ENST00000375789 1688 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC29.25■■■□□ 2.27
VPS54Q9P1Q0 DDAH2-213ENST00000375792 1688 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.25■■■□□ 2.27
VPS54Q9P1Q0 TMEM147-202ENST00000392204 935 ntTSL 2 BASIC29.25■■■□□ 2.27
VPS54Q9P1Q0 SLC16A3-214ENST00000582743 2002 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.25■■■□□ 2.27
VPS54Q9P1Q0 SLC35D2-203ENST00000375259 1361 ntTSL 1 (best) BASIC29.25■■■□□ 2.27
VPS54Q9P1Q0 ING2-201ENST00000302327 1189 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.24■■■□□ 2.27
VPS54Q9P1Q0 ZNF775-201ENST00000329630 2257 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.24■■■□□ 2.27
VPS54Q9P1Q0 EVC-203ENST00000509451 1960 ntTSL 1 (best) BASIC29.24■■■□□ 2.27
VPS54Q9P1Q0 CLEC3B-202ENST00000428034 752 ntTSL 2 BASIC29.23■■■□□ 2.27
VPS54Q9P1Q0 PEX7-203ENST00000541292 945 ntTSL 5 BASIC29.23■■■□□ 2.27
VPS54Q9P1Q0 CR559946.2-201ENST00000623684 991 ntBASIC29.23■■■□□ 2.27
VPS54Q9P1Q0 DCDC2C-201ENST00000399143 1476 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC29.23■■■□□ 2.27
VPS54Q9P1Q0 HOMER3-202ENST00000392351 1557 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC29.22■■■□□ 2.27
VPS54Q9P1Q0 FAAH-201ENST00000243167 2094 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.22■■■□□ 2.27
VPS54Q9P1Q0 HYAL2-202ENST00000395139 2136 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.22■■■□□ 2.27
VPS54Q9P1Q0 AC187653.1-201ENST00000506382 702 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC29.22■■■□□ 2.27
VPS54Q9P1Q0 PVT1-219ENST00000523427 938 ntTSL 3 BASIC29.22■■■□□ 2.27
VPS54Q9P1Q0 GABRA5-203ENST00000400081 2761 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC29.22■■■□□ 2.27
VPS54Q9P1Q0 SV2B-203ENST00000545111 2099 ntTSL 2 BASIC29.21■■■□□ 2.27
VPS54Q9P1Q0 C17orf97-201ENST00000360127 1839 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC29.2■■■□□ 2.27
VPS54Q9P1Q0 CCDC61-204ENST00000595358 1817 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC29.2■■■□□ 2.27
VPS54Q9P1Q0 ZIC2-201ENST00000376335 2983 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.2■■■□□ 2.26
VPS54Q9P1Q0 TMEM55B-202ENST00000398020 1696 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC29.19■■■□□ 2.26
VPS54Q9P1Q0 C14orf80-203ENST00000354560 1553 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC29.19■■■□□ 2.26
VPS54Q9P1Q0 SCCPDH-201ENST00000366510 2503 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.19■■■□□ 2.26
VPS54Q9P1Q0 CHST11-202ENST00000546689 756 ntTSL 2 BASIC29.19■■■□□ 2.26
VPS54Q9P1Q0 TMEM200C-201ENST00000383490 1920 ntAPPRIS P1 BASIC29.19■■■□□ 2.26
VPS54Q9P1Q0 MAPKAPK2-201ENST00000294981 2171 ntTSL 1 (best) BASIC29.19■■■□□ 2.26
VPS54Q9P1Q0 SYT12-205ENST00000527043 1661 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.18■■■□□ 2.26
VPS54Q9P1Q0 GADD45G-201ENST00000252506 1065 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.18■■■□□ 2.26
VPS54Q9P1Q0 U2AF1-203ENST00000398137 1019 ntTSL 1 (best) BASIC29.18■■■□□ 2.26
VPS54Q9P1Q0 U2AF1L5-212ENST00000639996 1019 ntTSL 1 (best) BASIC29.18■■■□□ 2.26
VPS54Q9P1Q0 C11orf80-218ENST00000540737 1786 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC29.18■■■□□ 2.26
VPS54Q9P1Q0 P2RX2-203ENST00000350048 1344 ntTSL 1 (best) BASIC29.18■■■□□ 2.26
VPS54Q9P1Q0 ABHD17C-202ENST00000558464 1976 ntTSL 1 (best) BASIC29.17■■■□□ 2.26
VPS54Q9P1Q0 COL13A1-203ENST00000398969 2267 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC29.17■■■□□ 2.26
VPS54Q9P1Q0 HES6-205ENST00000409356 528 ntTSL 2 BASIC29.17■■■□□ 2.26
VPS54Q9P1Q0 TRIM52-AS1-203ENST00000509252 529 ntTSL 3 BASIC29.17■■■□□ 2.26
VPS54Q9P1Q0 MIR3648-2-201ENST00000581792 180 ntBASIC29.17■■■□□ 2.26
VPS54Q9P1Q0 TXNL4A-208ENST00000588162 752 ntTSL 2 BASIC29.17■■■□□ 2.26
VPS54Q9P1Q0 MIR3648-1-201ENST00000615959 180 ntBASIC29.17■■■□□ 2.26
VPS54Q9P1Q0 GDI1-215ENST00000630693 786 ntTSL 4 BASIC29.17■■■□□ 2.26
VPS54Q9P1Q0 TSPAN3-203ENST00000424443 1530 ntTSL 2 BASIC29.16■■■□□ 2.26
VPS54Q9P1Q0 AGPS-202ENST00000409888 815 ntTSL 4 BASIC29.16■■■□□ 2.26
VPS54Q9P1Q0 TAZ-201ENST00000369776 1596 ntTSL 1 (best) BASIC29.16■■■□□ 2.26
VPS54Q9P1Q0 MACF1-219ENST00000484793 834 ntTSL 2 BASIC29.15■■■□□ 2.26
VPS54Q9P1Q0 WTAP-206ENST00000621533 2109 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC29.15■■■□□ 2.26
VPS54Q9P1Q0 ATP8B2-201ENST00000368487 1523 ntTSL 1 (best) BASIC29.15■■■□□ 2.26
VPS54Q9P1Q0 HAND2-201ENST00000359562 2780 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.14■■■□□ 2.26
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 53.3 ms