Protein–RNA interactions for Protein: Q8IWP9

CCDC28A, Coiled-coil domain-containing protein 28A, humanhuman

Predictions only

Length 274 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
CCDC28AQ8IWP9 SLC16A3-214ENST00000582743 2002 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.16■□□□□ 0.98
CCDC28AQ8IWP9 BMP7-202ENST00000395864 1746 ntTSL 5 BASIC21.16■□□□□ 0.98
CCDC28AQ8IWP9 FCRLB-205ENST00000367948 1977 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.15■□□□□ 0.98
CCDC28AQ8IWP9 ADGRA2-202ENST00000412232 5651 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.15■□□□□ 0.98
CCDC28AQ8IWP9 KCTD5-201ENST00000301738 2482 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.14■□□□□ 0.98
CCDC28AQ8IWP9 ACSS1-202ENST00000376726 2244 ntTSL 2 BASIC21.14■□□□□ 0.97
CCDC28AQ8IWP9 NRG1-210ENST00000520407 1955 ntTSL 1 (best) BASIC21.14■□□□□ 0.97
CCDC28AQ8IWP9 GCLC-209ENST00000514004 2356 ntTSL 1 (best) BASIC21.14■□□□□ 0.97
CCDC28AQ8IWP9 DYRK2-203ENST00000393555 2209 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC21.13■□□□□ 0.97
CCDC28AQ8IWP9 YAP1-210ENST00000615667 5398 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC21.13■□□□□ 0.97
CCDC28AQ8IWP9 COMMD7-201ENST00000278980 1900 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC21.13■□□□□ 0.97
CCDC28AQ8IWP9 FJX1-201ENST00000317811 2450 ntAPPRIS P1 BASIC21.13■□□□□ 0.97
CCDC28AQ8IWP9 AP2M1-202ENST00000382456 2091 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC21.13■□□□□ 0.97
CCDC28AQ8IWP9 CHCHD4-202ENST00000396914 1405 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.12■□□□□ 0.97
CCDC28AQ8IWP9 THRA-209ENST00000584985 2421 ntTSL 1 (best) BASIC21.12■□□□□ 0.97
CCDC28AQ8IWP9 MPST-201ENST00000341116 1504 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC21.12■□□□□ 0.97
CCDC28AQ8IWP9 ID4-201ENST00000378700 2344 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.12■□□□□ 0.97
CCDC28AQ8IWP9 TARSL2-207ENST00000615656 2356 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC21.11■□□□□ 0.97
CCDC28AQ8IWP9 GNPTAB-206ENST00000549940 1678 ntTSL 1 (best) BASIC21.11■□□□□ 0.97
CCDC28AQ8IWP9 TBL1X-201ENST00000217964 5871 ntTSL 1 (best) BASIC21.1■□□□□ 0.97
CCDC28AQ8IWP9 ANKRD65-203ENST00000454272 1506 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC21.1■□□□□ 0.97
CCDC28AQ8IWP9 PRKAR1B-203ENST00000403562 1917 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.1■□□□□ 0.97
CCDC28AQ8IWP9 SLC52A2-201ENST00000329994 1896 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.1■□□□□ 0.97
CCDC28AQ8IWP9 ZC3H14-202ENST00000302216 2560 ntTSL 1 (best) BASIC21.1■□□□□ 0.97
CCDC28AQ8IWP9 GDF1-201ENST00000247005 2517 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.09■□□□□ 0.97
CCDC28AQ8IWP9 CERS1-204ENST00000623882 2517 ntTSL 1 (best) BASIC21.09■□□□□ 0.97
CCDC28AQ8IWP9 ZNF692-201ENST00000306601 1931 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC21.09■□□□□ 0.97
CCDC28AQ8IWP9 NPAS3-210ENST00000551492 2817 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC21.09■□□□□ 0.97
CCDC28AQ8IWP9 NKPD1-202ENST00000589776 1950 ntAPPRIS P1 BASIC21.08■□□□□ 0.97
CCDC28AQ8IWP9 FEZ2-203ENST00000379245 2097 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.08■□□□□ 0.97
CCDC28AQ8IWP9 MAGI2-208ENST00000522391 4878 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC21.08■□□□□ 0.97
CCDC28AQ8IWP9 NKX3-2-201ENST00000382438 2801 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.08■□□□□ 0.96
CCDC28AQ8IWP9 DACT2-202ENST00000366796 2028 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.07■□□□□ 0.96
CCDC28AQ8IWP9 CACNA1H-210ENST00000638323 8048 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC21.07■□□□□ 0.96
CCDC28AQ8IWP9 FAM107B-211ENST00000468747 2633 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.07■□□□□ 0.96
CCDC28AQ8IWP9 AC008738.5-201ENST00000587312 482 ntTSL 3 BASIC21.07■□□□□ 0.96
CCDC28AQ8IWP9 NDEL1-201ENST00000334527 2372 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.07■□□□□ 0.96
CCDC28AQ8IWP9 OLIG2-202ENST00000382357 2578 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.06■□□□□ 0.96
CCDC28AQ8IWP9 EXOSC6-201ENST00000435634 5153 ntAPPRIS P1 BASIC21.06■□□□□ 0.96
CCDC28AQ8IWP9 HOXB3-207ENST00000472863 1909 ntTSL 2 BASIC21.06■□□□□ 0.96
CCDC28AQ8IWP9 NFKBIA-209ENST00000557389 1537 ntTSL 2 BASIC21.06■□□□□ 0.96
CCDC28AQ8IWP9 RAX2-202ENST00000555978 2145 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.06■□□□□ 0.96
CCDC28AQ8IWP9 IL17RE-203ENST00000421412 2158 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.05■□□□□ 0.96
CCDC28AQ8IWP9 PHLPP1-201ENST00000262719 6390 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.05■□□□□ 0.96
CCDC28AQ8IWP9 EBF4-210ENST00000609451 2012 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC21.05■□□□□ 0.96
CCDC28AQ8IWP9 PIK3R2-207ENST00000617130 2187 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.04■□□□□ 0.96
CCDC28AQ8IWP9 LRIG1-202ENST00000383703 5283 ntTSL 1 (best) BASIC21.04■□□□□ 0.96
CCDC28AQ8IWP9 TMEM202-AS1-202ENST00000565181 2325 ntBASIC21.04■□□□□ 0.96
CCDC28AQ8IWP9 HOXA10-201ENST00000283921 2541 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC21.04■□□□□ 0.96
CCDC28AQ8IWP9 TNFSF12-201ENST00000293825 1553 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.04■□□□□ 0.96
CCDC28AQ8IWP9 CDK9-201ENST00000373264 2463 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.03■□□□□ 0.96
CCDC28AQ8IWP9 U2AF2-202ENST00000450554 3022 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC21.03■□□□□ 0.96
CCDC28AQ8IWP9 EGR4-201ENST00000436467 2377 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.03■□□□□ 0.96
CCDC28AQ8IWP9 TMEM150C-201ENST00000449862 1990 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.03■□□□□ 0.96
CCDC28AQ8IWP9 AC091060.1-201ENST00000623524 1766 ntBASIC21.02■□□□□ 0.96
CCDC28AQ8IWP9 CPTP-201ENST00000343938 2190 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC21.02■□□□□ 0.96
CCDC28AQ8IWP9 SLBP-206ENST00000489418 1977 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC21.02■□□□□ 0.96
CCDC28AQ8IWP9 ZBTB22-208ENST00000431845 2651 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.01■□□□□ 0.95
CCDC28AQ8IWP9 FSD1-201ENST00000221856 1831 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.01■□□□□ 0.95
CCDC28AQ8IWP9 FAM89B-202ENST00000449319 1337 ntTSL 1 (best) BASIC21.01■□□□□ 0.95
CCDC28AQ8IWP9 GALNT12-201ENST00000375011 2735 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.99■□□□□ 0.95
CCDC28AQ8IWP9 P2RX5-201ENST00000225328 2309 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC20.99■□□□□ 0.95
CCDC28AQ8IWP9 SP5-201ENST00000375281 2033 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.99■□□□□ 0.95
CCDC28AQ8IWP9 BIN1-202ENST00000316724 2693 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC20.99■□□□□ 0.95
CCDC28AQ8IWP9 OSBPL5-208ENST00000478260 2653 ntTSL 2 BASIC20.99■□□□□ 0.95
CCDC28AQ8IWP9 CDIPT-201ENST00000219789 2353 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.99■□□□□ 0.95
CCDC28AQ8IWP9 FSD1L-208ENST00000495708 1906 ntTSL 1 (best) BASIC20.99■□□□□ 0.95
CCDC28AQ8IWP9 HAS1-205ENST00000601714 2086 ntTSL 1 (best) BASIC20.98■□□□□ 0.95
CCDC28AQ8IWP9 AKT1-203ENST00000407796 2710 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.98■□□□□ 0.95
CCDC28AQ8IWP9 TERF2-201ENST00000254942 2983 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.98■□□□□ 0.95
CCDC28AQ8IWP9 TMEM80-202ENST00000397512 1572 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC20.97■□□□□ 0.95
CCDC28AQ8IWP9 AOC3-207ENST00000617500 2392 ntTSL 4 BASIC20.97■□□□□ 0.95
CCDC28AQ8IWP9 AMER2-202ENST00000515384 3197 ntAPPRIS P1 BASIC20.97■□□□□ 0.95
CCDC28AQ8IWP9 EPS8L1-205ENST00000586329 2130 ntTSL 5 BASIC20.97■□□□□ 0.95
CCDC28AQ8IWP9 DEXI-201ENST00000331808 1561 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.97■□□□□ 0.95
CCDC28AQ8IWP9 RGS7-204ENST00000366565 2494 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC20.97■□□□□ 0.95
CCDC28AQ8IWP9 TM9SF3-201ENST00000371142 6141 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.96■□□□□ 0.95
CCDC28AQ8IWP9 PCOLCE2-201ENST00000295992 2021 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.96■□□□□ 0.95
CCDC28AQ8IWP9 CHPT1-205ENST00000549872 2001 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC20.96■□□□□ 0.95
CCDC28AQ8IWP9 CPOX-201ENST00000264193 2825 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.96■□□□□ 0.95
CCDC28AQ8IWP9 ZDHHC16-204ENST00000370842 1877 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC20.96■□□□□ 0.95
CCDC28AQ8IWP9 PTPRM-201ENST00000332175 6095 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC20.95■□□□□ 0.94
CCDC28AQ8IWP9 SNF8-202ENST00000502492 2319 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC20.95■□□□□ 0.94
CCDC28AQ8IWP9 LRRC75A-201ENST00000409083 2656 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC20.95■□□□□ 0.94
CCDC28AQ8IWP9 CACNA1H-202ENST00000358590 8069 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC20.95■□□□□ 0.94
CCDC28AQ8IWP9 BARHL1-201ENST00000263610 2341 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.95■□□□□ 0.94
CCDC28AQ8IWP9 TOP1MT-208ENST00000519148 1868 ntTSL 2 BASIC20.94■□□□□ 0.94
CCDC28AQ8IWP9 WRNIP1-205ENST00000618555 2651 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.94■□□□□ 0.94
CCDC28AQ8IWP9 AL139393.2-201ENST00000608721 2025 ntBASIC20.94■□□□□ 0.94
CCDC28AQ8IWP9 AC006077.2-201ENST00000623591 457 ntBASIC20.94■□□□□ 0.94
CCDC28AQ8IWP9 CLK2-203ENST00000368361 2166 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC20.94■□□□□ 0.94
CCDC28AQ8IWP9 CACNG8-201ENST00000270458 8747 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC20.94■□□□□ 0.94
CCDC28AQ8IWP9 ATMIN-201ENST00000299575 4884 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.94■□□□□ 0.94
CCDC28AQ8IWP9 ODC1-201ENST00000234111 2653 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.94■□□□□ 0.94
CCDC28AQ8IWP9 KAT8-206ENST00000543774 1846 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC20.94■□□□□ 0.94
CCDC28AQ8IWP9 ONECUT3-201ENST00000382349 8318 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC20.94■□□□□ 0.94
CCDC28AQ8IWP9 UNCX-201ENST00000316333 2048 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.94■□□□□ 0.94
CCDC28AQ8IWP9 CD151-202ENST00000397420 1648 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC20.93■□□□□ 0.94
CCDC28AQ8IWP9 CAMK2N1-201ENST00000375078 2336 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.93■□□□□ 0.94
CCDC28AQ8IWP9 ALG2-203ENST00000476832 1880 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.93■□□□□ 0.94
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 91.1 ms