Protein–RNA interactions for Protein: Q53F19

NCBP3, Nuclear cap-binding protein subunit 3, humanhuman

Known RBP Predictions only

Length 620 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
NCBP3Q53F19 DUX4L15-201ENST00000611059 1267 ntBASIC33.42■■■□□ 2.94
NCBP3Q53F19 DUX4L23-201ENST00000615195 1269 ntBASIC33.42■■■□□ 2.94
NCBP3Q53F19 DUX4L24-201ENST00000617576 1269 ntBASIC33.42■■■□□ 2.94
NCBP3Q53F19 DUX4L22-201ENST00000618238 1269 ntBASIC33.42■■■□□ 2.94
NCBP3Q53F19 DUX4L20-201ENST00000619712 1269 ntBASIC33.42■■■□□ 2.94
NCBP3Q53F19 DUX4L21-201ENST00000622058 1269 ntBASIC33.42■■■□□ 2.94
NCBP3Q53F19 DUX4L10-201ENST00000622460 1267 ntBASIC33.42■■■□□ 2.94
NCBP3Q53F19 DUX4L25-201ENST00000624915 1269 ntBASIC33.42■■■□□ 2.94
NCBP3Q53F19 PCK2-202ENST00000396973 1830 ntTSL 1 (best) BASIC33.42■■■□□ 2.94
NCBP3Q53F19 CDH23-208ENST00000461841 2000 ntTSL 5 BASIC33.41■■■□□ 2.94
NCBP3Q53F19 HS3ST6-201ENST00000454677 1273 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC33.41■■■□□ 2.94
NCBP3Q53F19 LAPTM4B-203ENST00000521545 915 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC33.41■■■□□ 2.94
NCBP3Q53F19 RRAGC-201ENST00000373001 2732 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC33.41■■■□□ 2.94
NCBP3Q53F19 ACTR3B-201ENST00000256001 2216 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC33.4■■■□□ 2.94
NCBP3Q53F19 U2AF2-206ENST00000590551 1104 ntTSL 3 BASIC33.39■■■□□ 2.94
NCBP3Q53F19 DUX4L11-201ENST00000611504 1267 ntBASIC33.38■■■□□ 2.93
NCBP3Q53F19 DUX4L12-201ENST00000614593 1267 ntBASIC33.38■■■□□ 2.93
NCBP3Q53F19 DUX4L14-201ENST00000621227 1267 ntBASIC33.38■■■□□ 2.93
NCBP3Q53F19 CHML-204ENST00000638121 920 ntTSL 2 BASIC33.38■■■□□ 2.93
NCBP3Q53F19 BCAP31-201ENST00000345046 1589 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC33.38■■■□□ 2.93
NCBP3Q53F19 RUNX2-203ENST00000371436 1588 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC33.38■■■□□ 2.93
NCBP3Q53F19 FZD2-201ENST00000315323 2112 ntAPPRIS P1 BASIC33.37■■■□□ 2.93
NCBP3Q53F19 ANKRD16-201ENST00000191063 1567 ntTSL 3 BASIC33.37■■■□□ 2.93
NCBP3Q53F19 SMARCD3-203ENST00000392811 2018 ntTSL 1 (best) BASIC33.36■■■□□ 2.93
NCBP3Q53F19 TSPOAP1-AS1-203ENST00000579527 2042 ntTSL 2 BASIC33.36■■■□□ 2.93
NCBP3Q53F19 ST6GALNAC6-203ENST00000373142 2448 ntTSL 1 (best) BASIC33.36■■■□□ 2.93
NCBP3Q53F19 SLC35D2-203ENST00000375259 1361 ntTSL 1 (best) BASIC33.35■■■□□ 2.93
NCBP3Q53F19 AC110285.7-201ENST00000624417 1536 ntBASIC33.35■■■□□ 2.93
NCBP3Q53F19 GADD45G-201ENST00000252506 1065 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC33.35■■■□□ 2.93
NCBP3Q53F19 RP9-201ENST00000297157 1121 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC33.35■■■□□ 2.93
NCBP3Q53F19 TMEM147-202ENST00000392204 935 ntTSL 2 BASIC33.35■■■□□ 2.93
NCBP3Q53F19 AURKAIP1-203ENST00000338370 1072 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC33.34■■■□□ 2.93
NCBP3Q53F19 TXNL4A-208ENST00000588162 752 ntTSL 2 BASIC33.34■■■□□ 2.93
NCBP3Q53F19 AC018358.1-201ENST00000631079 1402 ntBASIC33.34■■■□□ 2.93
NCBP3Q53F19 ZDHHC23-206ENST00000498275 2055 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC33.33■■■□□ 2.93
NCBP3Q53F19 CCDC61-204ENST00000595358 1817 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC33.33■■■□□ 2.93
NCBP3Q53F19 SNX15-202ENST00000377244 1939 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC33.33■■■□□ 2.93
NCBP3Q53F19 BMP7-204ENST00000450594 1857 ntTSL 2 BASIC33.31■■■□□ 2.92
NCBP3Q53F19 GPR25-201ENST00000304244 1224 ntAPPRIS P1 BASIC33.31■■■□□ 2.92
NCBP3Q53F19 AGPS-202ENST00000409888 815 ntTSL 4 BASIC33.31■■■□□ 2.92
NCBP3Q53F19 SSBP3-202ENST00000357475 1533 ntTSL 1 (best) BASIC33.31■■■□□ 2.92
NCBP3Q53F19 MNX1-201ENST00000252971 2174 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC33.3■■■□□ 2.92
NCBP3Q53F19 TMEM200C-201ENST00000383490 1920 ntAPPRIS P1 BASIC33.3■■■□□ 2.92
NCBP3Q53F19 AC013394.1-201ENST00000629685 808 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC33.3■■■□□ 2.92
NCBP3Q53F19 HOMER2-202ENST00000450735 1950 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC33.3■■■□□ 2.92
NCBP3Q53F19 MACF1-219ENST00000484793 834 ntTSL 2 BASIC33.29■■■□□ 2.92
NCBP3Q53F19 FAM117A-201ENST00000240364 2365 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC33.28■■■□□ 2.92
NCBP3Q53F19 RPS2-210ENST00000530225 765 ntTSL 2 BASIC33.28■■■□□ 2.92
NCBP3Q53F19 TAZ-201ENST00000369776 1596 ntTSL 1 (best) BASIC33.28■■■□□ 2.92
NCBP3Q53F19 CAPNS1-204ENST00000587718 1558 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC33.28■■■□□ 2.92
NCBP3Q53F19 TRADD-201ENST00000345057 1877 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC33.28■■■□□ 2.92
NCBP3Q53F19 EMID1-203ENST00000404820 2118 ntTSL 5 BASIC33.28■■■□□ 2.92
NCBP3Q53F19 C17orf97-201ENST00000360127 1839 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC33.28■■■□□ 2.92
NCBP3Q53F19 DCUN1D5-201ENST00000260247 1337 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC33.28■■■□□ 2.92
NCBP3Q53F19 PLSCR3-202ENST00000535512 2067 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC33.27■■■□□ 2.92
NCBP3Q53F19 ABHD17C-202ENST00000558464 1976 ntTSL 1 (best) BASIC33.26■■■□□ 2.91
NCBP3Q53F19 TMEM187-201ENST00000369982 1880 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC33.26■■■□□ 2.91
NCBP3Q53F19 HOMER3-202ENST00000392351 1557 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC33.26■■■□□ 2.91
NCBP3Q53F19 SV2B-203ENST00000545111 2099 ntTSL 2 BASIC33.25■■■□□ 2.91
NCBP3Q53F19 DCDC2C-201ENST00000399143 1476 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC33.25■■■□□ 2.91
NCBP3Q53F19 WSB2-201ENST00000315436 2646 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC33.25■■■□□ 2.91
NCBP3Q53F19 C5orf66-AS1-201ENST00000507035 843 ntTSL 2 BASIC33.24■■■□□ 2.91
NCBP3Q53F19 CAAP1-205ENST00000520187 773 ntTSL 5 BASIC33.24■■■□□ 2.91
NCBP3Q53F19 KANSL1L-207ENST00000452086 2334 ntTSL 1 (best) BASIC33.24■■■□□ 2.91
NCBP3Q53F19 CLEC3B-202ENST00000428034 752 ntTSL 2 BASIC33.23■■■□□ 2.91
NCBP3Q53F19 RRAD-202ENST00000420652 1476 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC33.23■■■□□ 2.91
NCBP3Q53F19 PQLC1-203ENST00000397778 2555 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC33.22■■■□□ 2.91
NCBP3Q53F19 FAM120AOS-202ENST00000423591 1800 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC33.21■■■□□ 2.91
NCBP3Q53F19 SYT12-205ENST00000527043 1661 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC33.21■■■□□ 2.91
NCBP3Q53F19 EBPL-201ENST00000242827 914 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC33.21■■■□□ 2.91
NCBP3Q53F19 HTR6-201ENST00000289753 1984 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC33.2■■■□□ 2.91
NCBP3Q53F19 BX255925.1-201ENST00000566954 1854 ntBASIC33.2■■■□□ 2.9
NCBP3Q53F19 LINC01003-201ENST00000564834 1764 ntBASIC33.19■■■□□ 2.9
NCBP3Q53F19 ATP8B2-201ENST00000368487 1523 ntTSL 1 (best) BASIC33.19■■■□□ 2.9
NCBP3Q53F19 NXNL1-201ENST00000301944 946 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC33.19■■■□□ 2.9
NCBP3Q53F19 TRIM52-AS1-203ENST00000509252 529 ntTSL 3 BASIC33.19■■■□□ 2.9
NCBP3Q53F19 RNF166-209ENST00000567844 633 ntTSL 5 BASIC33.19■■■□□ 2.9
NCBP3Q53F19 TSPAN3-203ENST00000424443 1530 ntTSL 2 BASIC33.18■■■□□ 2.9
NCBP3Q53F19 ING2-201ENST00000302327 1189 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC33.18■■■□□ 2.9
NCBP3Q53F19 MFSD12-202ENST00000389395 2039 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC33.18■■■□□ 2.9
NCBP3Q53F19 SHF-208ENST00000560734 1731 ntTSL 3 BASIC33.16■■■□□ 2.9
NCBP3Q53F19 U2AF1-203ENST00000398137 1019 ntTSL 1 (best) BASIC33.16■■■□□ 2.9
NCBP3Q53F19 MTMR1-214ENST00000542156 1227 ntTSL 1 (best) BASIC33.16■■■□□ 2.9
NCBP3Q53F19 PDCD2-209ENST00000542896 1082 ntTSL 2 BASIC33.16■■■□□ 2.9
NCBP3Q53F19 U2AF1L5-212ENST00000639996 1019 ntTSL 1 (best) BASIC33.16■■■□□ 2.9
NCBP3Q53F19 MAPKAPK2-201ENST00000294981 2171 ntTSL 1 (best) BASIC33.16■■■□□ 2.9
NCBP3Q53F19 CAPNS1-201ENST00000246533 1918 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC33.15■■■□□ 2.9
NCBP3Q53F19 SERPING1-205ENST00000403558 2231 ntTSL 5 BASIC33.15■■■□□ 2.9
NCBP3Q53F19 CR559946.2-201ENST00000623684 991 ntBASIC33.15■■■□□ 2.9
NCBP3Q53F19 HDHD5-202ENST00000336737 1799 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC33.14■■■□□ 2.9
NCBP3Q53F19 AC008813.1-201ENST00000536597 885 ntBASIC33.14■■■□□ 2.9
NCBP3Q53F19 MIR3648-2-201ENST00000581792 180 ntBASIC33.14■■■□□ 2.9
NCBP3Q53F19 MIR3648-1-201ENST00000615959 180 ntBASIC33.14■■■□□ 2.9
NCBP3Q53F19 SHOX2-201ENST00000389589 2072 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC33.14■■■□□ 2.9
NCBP3Q53F19 HSD17B1-201ENST00000225929 1265 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC33.13■■■□□ 2.89
NCBP3Q53F19 HES6-205ENST00000409356 528 ntTSL 2 BASIC33.13■■■□□ 2.89
NCBP3Q53F19 RANBP1-202ENST00000402752 1132 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC33.12■■■□□ 2.89
NCBP3Q53F19 REXO4-201ENST00000371935 1899 ntTSL 3 BASIC33.12■■■□□ 2.89
NCBP3Q53F19 SLC16A3-214ENST00000582743 2002 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC33.11■■■□□ 2.89
NCBP3Q53F19 TMEM55B-202ENST00000398020 1696 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC33.11■■■□□ 2.89
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 14.7 ms