Protein–RNA interactions for Protein: Q13428

TCOF1, Treacle protein, humanhuman

Known RBP Predictions only

Length 1,488 aa.

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Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
TCOF1Q13428 BLOC1S3-202ENST00000587722 732 ntAPPRIS P1 BASIC38.96■■■■□ 3.83
TCOF1Q13428 SSBP3-202ENST00000357475 1533 ntTSL 1 (best) BASIC38.95■■■■□ 3.83
TCOF1Q13428 FGF18-201ENST00000274625 1986 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC38.95■■■■□ 3.83
TCOF1Q13428 G6PC3-201ENST00000269097 1533 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC38.95■■■■□ 3.83
TCOF1Q13428 CIB2-201ENST00000258930 1598 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC38.93■■■■□ 3.82
TCOF1Q13428 CHST11-203ENST00000547956 936 ntTSL 2 BASIC38.93■■■■□ 3.82
TCOF1Q13428 KIF13A-207ENST00000502704 1330 ntTSL 1 (best) BASIC38.93■■■■□ 3.82
TCOF1Q13428 HOXB3-212ENST00000498678 2196 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC38.93■■■■□ 3.82
TCOF1Q13428 SSTR4-201ENST00000255008 1427 ntAPPRIS P1 BASIC38.93■■■■□ 3.82
TCOF1Q13428 AC027237.3-202ENST00000558617 1778 ntTSL 2 BASIC38.93■■■■□ 3.82
TCOF1Q13428 C9orf50-201ENST00000372478 1620 ntAPPRIS P2 TSL 2 BASIC38.92■■■■□ 3.82
TCOF1Q13428 BAX-202ENST00000345358 793 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC38.92■■■■□ 3.82
TCOF1Q13428 GNAI2-202ENST00000313601 2464 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC38.91■■■■□ 3.82
TCOF1Q13428 NEUROG2-201ENST00000313341 2287 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC38.9■■■■□ 3.82
TCOF1Q13428 MAPK3-205ENST00000395202 1008 ntTSL 1 (best) BASIC38.9■■■■□ 3.82
TCOF1Q13428 SP8-201ENST00000361443 1714 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC38.9■■■■□ 3.82
TCOF1Q13428 TMEM150A-202ENST00000334462 1518 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC38.9■■■■□ 3.82
TCOF1Q13428 PDF-201ENST00000288022 1158 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC38.88■■■■□ 3.81
TCOF1Q13428 AC005540.1-201ENST00000413911 919 ntTSL 3 BASIC38.88■■■■□ 3.81
TCOF1Q13428 AC078883.1-202ENST00000450443 1397 ntTSL 3 BASIC38.87■■■■□ 3.81
TCOF1Q13428 TPT1-202ENST00000379055 948 ntTSL 2 BASIC38.87■■■■□ 3.81
TCOF1Q13428 HSD17B12-202ENST00000395700 994 ntTSL 1 (best) BASIC38.87■■■■□ 3.81
TCOF1Q13428 GPX1-201ENST00000419349 1106 ntBASIC38.87■■■■□ 3.81
TCOF1Q13428 KLHL21-203ENST00000463043 667 ntTSL 5 BASIC38.87■■■■□ 3.81
TCOF1Q13428 MPP6-203ENST00000409761 1703 ntTSL 5 BASIC38.87■■■■□ 3.81
TCOF1Q13428 LACTBL1-202ENST00000618559 1500 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC38.87■■■■□ 3.81
TCOF1Q13428 LAGE3-201ENST00000357360 949 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC38.86■■■■□ 3.81
TCOF1Q13428 TXNL4A-208ENST00000588162 752 ntTSL 2 BASIC38.86■■■■□ 3.81
TCOF1Q13428 LSM6-202ENST00000502781 1352 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC38.86■■■■□ 3.81
TCOF1Q13428 TAF10-201ENST00000299424 1215 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC38.86■■■■□ 3.81
TCOF1Q13428 MDFIC-203ENST00000423503 474 ntTSL 1 (best) BASIC38.86■■■■□ 3.81
TCOF1Q13428 TSR3-201ENST00000007390 1243 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC38.86■■■■□ 3.81
TCOF1Q13428 ACOT7-201ENST00000361521 2429 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC38.85■■■■□ 3.81
TCOF1Q13428 PHOX2A-201ENST00000298231 1699 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC38.84■■■■□ 3.81
TCOF1Q13428 IGFBP2-201ENST00000233809 1439 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC38.83■■■■□ 3.81
TCOF1Q13428 SPATA33-209ENST00000579310 1490 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC38.83■■■■□ 3.81
TCOF1Q13428 MAP3K8-203ENST00000375322 932 ntTSL 2 BASIC38.83■■■■□ 3.81
TCOF1Q13428 LDLRAD4-218ENST00000592991 1640 ntTSL 1 (best) BASIC38.83■■■■□ 3.81
TCOF1Q13428 RPUSD1-208ENST00000567114 1835 ntTSL 2 BASIC38.82■■■■□ 3.8
TCOF1Q13428 FHL2-202ENST00000344213 1769 ntTSL 1 (best) BASIC38.81■■■■□ 3.8
TCOF1Q13428 YAP1-204ENST00000526343 2393 ntTSL 5 BASIC38.81■■■■□ 3.8
TCOF1Q13428 COPZ2-210ENST00000621465 895 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC38.81■■■■□ 3.8
TCOF1Q13428 HOXD-AS2-201ENST00000426965 927 ntTSL 1 (best) BASIC38.8■■■■□ 3.8
TCOF1Q13428 RNF126P1-201ENST00000567452 1320 ntBASIC38.8■■■■□ 3.8
TCOF1Q13428 PHF20L1-207ENST00000395379 1998 ntTSL 5 BASIC38.8■■■■□ 3.8
TCOF1Q13428 EFNA3-201ENST00000368408 1782 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC38.79■■■■□ 3.8
TCOF1Q13428 FAM168B-201ENST00000389915 944 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC38.79■■■■□ 3.8
TCOF1Q13428 TMEM114-202ENST00000568335 899 ntTSL 3 BASIC38.79■■■■□ 3.8
TCOF1Q13428 FKBP1A-205ENST00000439640 1583 ntTSL 3 BASIC38.79■■■■□ 3.8
TCOF1Q13428 FOXE3-201ENST00000335071 1981 ntAPPRIS P1 BASIC38.78■■■■□ 3.8
TCOF1Q13428 MIR219A2-201ENST00000608502 1504 ntBASIC38.78■■■■□ 3.8
TCOF1Q13428 PPP1CC-208ENST00000551676 1581 ntTSL 2 BASIC38.77■■■■□ 3.8
TCOF1Q13428 HNRNPUL1-221ENST00000617305 1018 ntTSL 1 (best) BASIC38.76■■■■□ 3.8
TCOF1Q13428 AC100797.4-201ENST00000631653 1827 ntBASIC38.76■■■■□ 3.8
TCOF1Q13428 CDC34-201ENST00000215574 1471 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC38.76■■■■□ 3.79
TCOF1Q13428 MYCL-202ENST00000372816 1688 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC38.75■■■■□ 3.79
TCOF1Q13428 CDKN3-202ENST00000335183 893 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC38.74■■■■□ 3.79
TCOF1Q13428 AQP1-203ENST00000409899 1009 ntTSL 1 (best) BASIC38.74■■■■□ 3.79
TCOF1Q13428 AC060814.1-201ENST00000554326 538 ntBASIC38.74■■■■□ 3.79
TCOF1Q13428 CDKN3-211ENST00000611205 874 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC38.74■■■■□ 3.79
TCOF1Q13428 DCBLD1-201ENST00000296955 1979 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC38.74■■■■□ 3.79
TCOF1Q13428 RPARP-AS1-205ENST00000596045 431 ntTSL 3 BASIC38.73■■■■□ 3.79
TCOF1Q13428 AGAP3-216ENST00000479901 1881 ntTSL 5 BASIC38.73■■■■□ 3.79
TCOF1Q13428 ST7-205ENST00000393446 2114 ntTSL 5 BASIC38.73■■■■□ 3.79
TCOF1Q13428 FOXQ1-201ENST00000296839 2309 ntAPPRIS P1 BASIC38.72■■■■□ 3.79
TCOF1Q13428 AL139393.2-201ENST00000608721 2025 ntBASIC38.71■■■■□ 3.79
TCOF1Q13428 CTSZ-201ENST00000217131 1495 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC38.71■■■■□ 3.79
TCOF1Q13428 MAP4K3-211ENST00000484274 407 ntTSL 2 BASIC38.71■■■■□ 3.79
TCOF1Q13428 AC012354.3-201ENST00000623734 483 ntBASIC38.71■■■■□ 3.79
TCOF1Q13428 ATOH7-201ENST00000373673 1480 ntAPPRIS P1 BASIC38.7■■■■□ 3.79
TCOF1Q13428 PMS1-220ENST00000618056 1468 ntTSL 5 BASIC38.7■■■■□ 3.79
TCOF1Q13428 NRBF2-202ENST00000435510 1816 ntTSL 2 BASIC38.7■■■■□ 3.79
TCOF1Q13428 AGO3-204ENST00000397828 1035 ntTSL 2 BASIC38.69■■■■□ 3.78
TCOF1Q13428 NTF6A-201ENST00000591175 560 ntBASIC38.69■■■■□ 3.78
TCOF1Q13428 BCAP31-201ENST00000345046 1589 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC38.68■■■■□ 3.78
TCOF1Q13428 SNX15-202ENST00000377244 1939 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC38.66■■■■□ 3.78
TCOF1Q13428 CGREF1-203ENST00000402394 1906 ntAPPRIS P2 TSL 2 BASIC38.66■■■■□ 3.78
TCOF1Q13428 NRXN1-228ENST00000628364 2444 ntTSL 5 BASIC38.66■■■■□ 3.78
TCOF1Q13428 KCTD17-202ENST00000403888 1763 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC38.66■■■■□ 3.78
TCOF1Q13428 C1orf122-201ENST00000373042 973 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC38.66■■■■□ 3.78
TCOF1Q13428 ACOT1-202ENST00000557556 1271 ntTSL 1 (best) BASIC38.66■■■■□ 3.78
TCOF1Q13428 DNPEP-201ENST00000273075 2425 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC38.65■■■■□ 3.78
TCOF1Q13428 CEP120-209ENST00000515110 606 ntTSL 3 BASIC38.65■■■■□ 3.78
TCOF1Q13428 IL17D-201ENST00000304920 1861 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC38.64■■■■□ 3.78
TCOF1Q13428 PGM5P2-201ENST00000613141 1980 ntTSL 1 (best) BASIC38.64■■■■□ 3.78
TCOF1Q13428 MED25-210ENST00000612854 801 ntTSL 5 BASIC38.63■■■■□ 3.77
TCOF1Q13428 MED25-213ENST00000620467 1293 ntTSL 1 (best) BASIC38.63■■■■□ 3.77
TCOF1Q13428 MED25-214ENST00000622402 642 ntTSL 5 BASIC38.63■■■■□ 3.77
TCOF1Q13428 ST7-202ENST00000323984 2142 ntTSL 5 BASIC38.63■■■■□ 3.77
TCOF1Q13428 ST7-207ENST00000393449 2127 ntTSL 5 BASIC38.63■■■■□ 3.77
TCOF1Q13428 CRELD2-203ENST00000404488 1577 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC38.63■■■■□ 3.77
TCOF1Q13428 EPB41L4A-AS2-201ENST00000623705 1396 ntBASIC38.63■■■■□ 3.77
TCOF1Q13428 ARMC10-211ENST00000541300 2266 ntTSL 1 (best) BASIC38.63■■■■□ 3.77
TCOF1Q13428 TTC39C-209ENST00000584250 1048 ntTSL 1 (best) BASIC38.62■■■■□ 3.77
TCOF1Q13428 GAL3ST3-203ENST00000527878 1599 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC38.62■■■■□ 3.77
TCOF1Q13428 AC092296.2-201ENST00000589470 999 ntBASIC38.61■■■■□ 3.77
TCOF1Q13428 RUNDC3A-206ENST00000590941 1675 ntTSL 1 (best) BASIC38.61■■■■□ 3.77
TCOF1Q13428 CMPK2-203ENST00000458098 1224 ntTSL 1 (best) BASIC38.6■■■■□ 3.77
TCOF1Q13428 AC022413.1-201ENST00000624602 984 ntBASIC38.6■■■■□ 3.77
TCOF1Q13428 MXD3-208ENST00000513063 861 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC38.59■■■■□ 3.77
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