Protein–RNA interactions for Protein: P39060

COL18A1, Collagen alpha-1(XVIII) chain, humanhuman

Predictions only

Length 1,754 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
COL18A1P39060 CHPT1-205ENST00000549872 2001 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC34.43■■■■□ 3.1
COL18A1P39060 RASL10A-202ENST00000401450 1720 ntTSL 2 BASIC34.43■■■■□ 3.1
COL18A1P39060 SOD3-201ENST00000382120 1526 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC34.42■■■■□ 3.1
COL18A1P39060 ZNF470-206ENST00000601902 1640 ntTSL 1 (best) BASIC34.42■■■■□ 3.1
COL18A1P39060 EPB41L4A-AS2-201ENST00000623705 1396 ntBASIC34.42■■■■□ 3.1
COL18A1P39060 MCCD1-201ENST00000376191 955 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC34.41■■■■□ 3.1
COL18A1P39060 CCDC160-202ENST00000517294 1790 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC34.41■■■■□ 3.1
COL18A1P39060 C14orf80-203ENST00000354560 1553 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC34.4■■■■□ 3.1
COL18A1P39060 MXD3-208ENST00000513063 861 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC34.4■■■■□ 3.1
COL18A1P39060 QDPR-208ENST00000513615 1188 ntTSL 2 BASIC34.4■■■■□ 3.1
COL18A1P39060 C1orf232-201ENST00000634842 643 ntAPPRIS P5 TSL 5 BASIC34.4■■■■□ 3.1
COL18A1P39060 FOXO6-202ENST00000641094 1476 ntAPPRIS P1 BASIC34.4■■■■□ 3.1
COL18A1P39060 PRRX2-201ENST00000372469 1311 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC34.39■■■■□ 3.1
COL18A1P39060 MZT2B-201ENST00000281871 933 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC34.39■■■■□ 3.1
COL18A1P39060 MZT2A-201ENST00000309451 624 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC34.39■■■■□ 3.1
COL18A1P39060 MED25-210ENST00000612854 801 ntTSL 5 BASIC34.39■■■■□ 3.1
COL18A1P39060 MED25-213ENST00000620467 1293 ntTSL 1 (best) BASIC34.39■■■■□ 3.1
COL18A1P39060 MED25-214ENST00000622402 642 ntTSL 5 BASIC34.39■■■■□ 3.1
COL18A1P39060 FADS3-201ENST00000278829 1779 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC34.38■■■■□ 3.09
COL18A1P39060 GAL3ST3-203ENST00000527878 1599 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC34.38■■■■□ 3.09
COL18A1P39060 AL590677.1-201ENST00000438431 380 ntTSL 5 BASIC34.38■■■■□ 3.09
COL18A1P39060 RAB4B-203ENST00000594800 1173 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC34.37■■■■□ 3.09
COL18A1P39060 MOB2-207ENST00000614710 705 ntTSL 5 BASIC34.37■■■■□ 3.09
COL18A1P39060 E2F4-201ENST00000379378 2096 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC34.37■■■■□ 3.09
COL18A1P39060 ZMYND19-201ENST00000298585 1375 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC34.36■■■■□ 3.09
COL18A1P39060 CMPK2-203ENST00000458098 1224 ntTSL 1 (best) BASIC34.36■■■■□ 3.09
COL18A1P39060 INPP4A-203ENST00000409463 1565 ntTSL 1 (best) BASIC34.35■■■■□ 3.09
COL18A1P39060 CCDC37-AS1-202ENST00000506660 986 ntTSL 1 (best) BASIC34.35■■■■□ 3.09
COL18A1P39060 GNG10-201ENST00000374293 1491 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC34.34■■■■□ 3.09
COL18A1P39060 C20orf24-201ENST00000342422 896 ntTSL 2 BASIC34.34■■■■□ 3.09
COL18A1P39060 C20orf24-202ENST00000344795 1114 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC34.34■■■■□ 3.09
COL18A1P39060 SSBP3-202ENST00000357475 1533 ntTSL 1 (best) BASIC34.33■■■■□ 3.09
COL18A1P39060 EID2-201ENST00000390658 1629 ntAPPRIS P1 BASIC34.33■■■■□ 3.09
COL18A1P39060 LOR-201ENST00000368742 1230 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC34.33■■■■□ 3.09
COL18A1P39060 TXNL4A-208ENST00000588162 752 ntTSL 2 BASIC34.33■■■■□ 3.09
COL18A1P39060 MAZ-205ENST00000562337 1574 ntTSL 3 BASIC34.33■■■■□ 3.09
COL18A1P39060 MRPL23-202ENST00000381519 643 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC34.32■■■■□ 3.08
COL18A1P39060 MRPL23-205ENST00000397298 736 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC34.32■■■■□ 3.08
COL18A1P39060 AC004987.1-201ENST00000428627 508 ntBASIC34.31■■■■□ 3.08
COL18A1P39060 SAP25-204ENST00000622764 1031 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC34.31■■■■□ 3.08
COL18A1P39060 LMNTD2-201ENST00000329451 2084 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC34.3■■■■□ 3.08
COL18A1P39060 TSPY13P-201ENST00000338964 914 ntBASIC34.3■■■■□ 3.08
COL18A1P39060 MKRN1-202ENST00000443720 1601 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC34.29■■■■□ 3.08
COL18A1P39060 KCTD15-206ENST00000588881 1211 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC34.29■■■■□ 3.08
COL18A1P39060 MORF4L1-203ENST00000426013 1880 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC34.29■■■■□ 3.08
COL18A1P39060 SLC16A11-201ENST00000308009 1803 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC34.29■■■■□ 3.08
COL18A1P39060 CRELD2-203ENST00000404488 1577 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC34.28■■■■□ 3.08
COL18A1P39060 GNAS-AS1_1.1-201ENST00000621898 103 ntBASIC34.28■■■■□ 3.08
COL18A1P39060 SLC9A3-AS1-207ENST00000607286 1357 ntTSL 5 BASIC34.28■■■■□ 3.08
COL18A1P39060 COL13A1-212ENST00000520133 1833 ntTSL 5 BASIC34.28■■■■□ 3.08
COL18A1P39060 PSMG4-207ENST00000451246 824 ntTSL 3 BASIC34.27■■■■□ 3.08
COL18A1P39060 HOMER3-207ENST00000594794 903 ntTSL 5 BASIC34.27■■■■□ 3.08
COL18A1P39060 PPP1R14A-201ENST00000301242 777 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC34.26■■■■□ 3.07
COL18A1P39060 RUNX2-205ENST00000465038 1770 ntAPPRIS P4 TSL 5 BASIC34.26■■■■□ 3.07
COL18A1P39060 KLHL35-204ENST00000539798 1936 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC34.25■■■■□ 3.07
COL18A1P39060 GPR137-202ENST00000377702 1478 ntTSL 1 (best) BASIC34.25■■■■□ 3.07
COL18A1P39060 IZUMO4-202ENST00000395301 1021 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC34.25■■■■□ 3.07
COL18A1P39060 MEST-211ENST00000437945 1455 ntTSL 5 BASIC34.24■■■■□ 3.07
COL18A1P39060 LYPD6B-204ENST00000409876 1248 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC34.23■■■■□ 3.07
COL18A1P39060 ECEL1P2-201ENST00000461596 1295 ntBASIC34.23■■■■□ 3.07
COL18A1P39060 ATP5G2P3-201ENST00000429083 425 ntBASIC34.22■■■■□ 3.07
COL18A1P39060 FEZ1-201ENST00000278919 1748 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC34.22■■■■□ 3.07
COL18A1P39060 ZNF787-203ENST00000610935 1925 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC34.22■■■■□ 3.07
COL18A1P39060 COPRS-201ENST00000302362 968 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC34.21■■■■□ 3.07
COL18A1P39060 SLC16A8-201ENST00000320521 1878 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC34.21■■■■□ 3.07
COL18A1P39060 ITPKA-201ENST00000260386 1824 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC34.21■■■■□ 3.07
COL18A1P39060 AC092647.5-201ENST00000426595 1732 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC34.2■■■■□ 3.07
COL18A1P39060 SLC35D2-201ENST00000253270 1613 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC34.2■■■■□ 3.07
COL18A1P39060 ILDR2-208ENST00000529387 1238 ntTSL 5 BASIC34.2■■■■□ 3.07
COL18A1P39060 RARRES2P1-201ENST00000474487 481 ntBASIC34.19■■■■□ 3.06
COL18A1P39060 SEC11C-204ENST00000587834 1202 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC34.19■■■■□ 3.06
COL18A1P39060 AC148477.1-201ENST00000537720 476 ntTSL 3 BASIC34.18■■■■□ 3.06
COL18A1P39060 DSG2-202ENST00000585206 1081 ntTSL 2 BASIC34.18■■■■□ 3.06
COL18A1P39060 OPRD1-202ENST00000621425 1217 ntTSL 1 (best) BASIC34.18■■■■□ 3.06
COL18A1P39060 GUK1-208ENST00000366728 842 ntTSL 2 BASIC34.17■■■■□ 3.06
COL18A1P39060 MMP28-203ENST00000612672 1092 ntTSL 1 (best) BASIC34.17■■■■□ 3.06
COL18A1P39060 IRX1-201ENST00000302006 1858 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC34.17■■■■□ 3.06
COL18A1P39060 TMEM150A-202ENST00000334462 1518 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC34.17■■■■□ 3.06
COL18A1P39060 MIR1-1HG-202ENST00000624914 1220 ntTSL 1 (best) BASIC34.16■■■■□ 3.06
COL18A1P39060 C19orf12-207ENST00000592153 1504 ntTSL 1 (best) BASIC34.16■■■■□ 3.06
COL18A1P39060 EFNA1-202ENST00000368407 1926 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC34.15■■■■□ 3.06
COL18A1P39060 SH3GL3-202ENST00000427482 1806 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC34.14■■■■□ 3.06
COL18A1P39060 MARCH11-201ENST00000332432 1741 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC34.13■■■■□ 3.05
COL18A1P39060 TUSC1-201ENST00000358022 2052 ntAPPRIS P1 BASIC34.12■■■■□ 3.05
COL18A1P39060 UBE2I-213ENST00000566587 1098 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC34.12■■■■□ 3.05
COL18A1P39060 ZDHHC3-203ENST00000342790 1336 ntTSL 5 BASIC34.11■■■■□ 3.05
COL18A1P39060 HOXD8-201ENST00000313173 1917 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC34.11■■■■□ 3.05
COL18A1P39060 AC007029.1-201ENST00000604183 313 ntBASIC34.11■■■■□ 3.05
COL18A1P39060 PRELID2-207ENST00000511435 1894 ntAPPRIS ALT1 TSL 2 BASIC34.1■■■■□ 3.05
COL18A1P39060 FAM78B-201ENST00000338353 1597 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC34.1■■■■□ 3.05
COL18A1P39060 BCL7C-201ENST00000215115 1740 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC34.1■■■■□ 3.05
COL18A1P39060 HNRNPAB-202ENST00000358344 1796 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC34.1■■■■□ 3.05
COL18A1P39060 ATPAF1-202ENST00000371937 1827 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC34.09■■■■□ 3.05
COL18A1P39060 FLVCR1-AS1-203ENST00000426161 892 ntTSL 1 (best) BASIC34.09■■■■□ 3.05
COL18A1P39060 AC027237.3-202ENST00000558617 1778 ntTSL 2 BASIC34.09■■■■□ 3.05
COL18A1P39060 IL17D-201ENST00000304920 1861 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC34.08■■■■□ 3.05
COL18A1P39060 KLF16-204ENST00000617223 1133 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC34.08■■■■□ 3.05
COL18A1P39060 AL121899.1-202ENST00000411839 536 ntTSL 5 BASIC34.08■■■■□ 3.05
COL18A1P39060 AC129492.7-201ENST00000622992 756 ntBASIC34.08■■■■□ 3.05
COL18A1P39060 DHRS13-203ENST00000426464 1569 ntTSL 2 BASIC34.07■■■■□ 3.04
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 14.1 ms