Protein–RNA interactions for Protein: P28360

MSX1, Homeobox protein MSX-1, humanhuman

Predictions only

Length 303 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
MSX1P28360 MAGI2-215ENST00000628980 6212 ntTSL 5 BASIC23.28■■□□□ 1.32
MSX1P28360 SNX24-201ENST00000261369 2158 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.27■■□□□ 1.32
MSX1P28360 DERA-201ENST00000428559 1705 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.27■■□□□ 1.32
MSX1P28360 HMCES-202ENST00000389735 1763 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.27■■□□□ 1.32
MSX1P28360 AC100797.4-201ENST00000631653 1827 ntBASIC23.26■■□□□ 1.31
MSX1P28360 DNPEP-201ENST00000273075 2425 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC23.26■■□□□ 1.31
MSX1P28360 ING2-201ENST00000302327 1189 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.26■■□□□ 1.31
MSX1P28360 TESK1-206ENST00000620767 2438 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC23.25■■□□□ 1.31
MSX1P28360 VEGFA-208ENST00000417285 1081 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.25■■□□□ 1.31
MSX1P28360 GSX2-202ENST00000503800 1181 ntTSL 5 BASIC23.25■■□□□ 1.31
MSX1P28360 ZNF470-206ENST00000601902 1640 ntTSL 1 (best) BASIC23.25■■□□□ 1.31
MSX1P28360 EFNA1-202ENST00000368407 1926 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.25■■□□□ 1.31
MSX1P28360 CERS2-205ENST00000368954 2505 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.25■■□□□ 1.31
MSX1P28360 ARHGAP22-202ENST00000374170 2107 ntTSL 5 BASIC23.24■■□□□ 1.31
MSX1P28360 ABHD17AP3-201ENST00000503096 1137 ntBASIC23.24■■□□□ 1.31
MSX1P28360 DUX4L13-201ENST00000554103 1267 ntBASIC23.24■■□□□ 1.31
MSX1P28360 DUX4L15-201ENST00000611059 1267 ntBASIC23.24■■□□□ 1.31
MSX1P28360 DUX4L23-201ENST00000615195 1269 ntBASIC23.24■■□□□ 1.31
MSX1P28360 DUX4L24-201ENST00000617576 1269 ntBASIC23.24■■□□□ 1.31
MSX1P28360 DUX4L22-201ENST00000618238 1269 ntBASIC23.24■■□□□ 1.31
MSX1P28360 DUX4L20-201ENST00000619712 1269 ntBASIC23.24■■□□□ 1.31
MSX1P28360 DUX4L21-201ENST00000622058 1269 ntBASIC23.24■■□□□ 1.31
MSX1P28360 DUX4L10-201ENST00000622460 1267 ntBASIC23.24■■□□□ 1.31
MSX1P28360 DUX4L25-201ENST00000624915 1269 ntBASIC23.24■■□□□ 1.31
MSX1P28360 CHML-204ENST00000638121 920 ntTSL 2 BASIC23.24■■□□□ 1.31
MSX1P28360 CLK2-201ENST00000355560 2120 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC23.24■■□□□ 1.31
MSX1P28360 EBPL-201ENST00000242827 914 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.23■■□□□ 1.31
MSX1P28360 ADGRB2-204ENST00000398542 5176 ntTSL 5 BASIC23.23■■□□□ 1.31
MSX1P28360 ANKS1B-203ENST00000341752 2115 ntTSL 2 BASIC23.23■■□□□ 1.31
MSX1P28360 ANKRD16-201ENST00000191063 1567 ntTSL 3 BASIC23.23■■□□□ 1.31
MSX1P28360 TESK1-201ENST00000336395 2421 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.22■■□□□ 1.31
MSX1P28360 AC027237.3-202ENST00000558617 1778 ntTSL 2 BASIC23.22■■□□□ 1.31
MSX1P28360 GSR-206ENST00000546342 1482 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.22■■□□□ 1.31
MSX1P28360 RUNX2-203ENST00000371436 1588 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC23.22■■□□□ 1.31
MSX1P28360 LDLRAD4-218ENST00000592991 1640 ntTSL 1 (best) BASIC23.22■■□□□ 1.31
MSX1P28360 RANBP1-202ENST00000402752 1132 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC23.21■■□□□ 1.31
MSX1P28360 STARD10-220ENST00000545082 1085 ntTSL 3 BASIC23.21■■□□□ 1.31
MSX1P28360 DPF1-202ENST00000412732 2303 ntTSL 1 (best) BASIC23.21■■□□□ 1.31
MSX1P28360 ADAP1-201ENST00000265846 2363 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.21■■□□□ 1.31
MSX1P28360 U2AF1-201ENST00000291552 962 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC23.2■■□□□ 1.3
MSX1P28360 TMEM147-202ENST00000392204 935 ntTSL 2 BASIC23.2■■□□□ 1.3
MSX1P28360 U2AF1L5-202ENST00000619610 813 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.2■■□□□ 1.3
MSX1P28360 BMP8A-201ENST00000331593 1692 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.19■■□□□ 1.3
MSX1P28360 RRAD-202ENST00000420652 1476 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.19■■□□□ 1.3
MSX1P28360 PPP4R4-202ENST00000328839 876 ntTSL 1 (best) BASIC23.19■■□□□ 1.3
MSX1P28360 AP000911.3-201ENST00000526377 1130 ntTSL 3 BASIC23.19■■□□□ 1.3
MSX1P28360 EIF5A-208ENST00000573542 1089 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC23.19■■□□□ 1.3
MSX1P28360 TMEM150A-202ENST00000334462 1518 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.18■■□□□ 1.3
MSX1P28360 RHOC-202ENST00000339083 1418 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.18■■□□□ 1.3
MSX1P28360 GNAS-207ENST00000354359 1975 ntTSL 1 (best) BASIC23.18■■□□□ 1.3
MSX1P28360 GNAS-210ENST00000371085 1972 ntTSL 1 (best) BASIC23.18■■□□□ 1.3
MSX1P28360 COMMD7-201ENST00000278980 1900 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC23.18■■□□□ 1.3
MSX1P28360 GNAS-211ENST00000371095 1931 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC23.18■■□□□ 1.3
MSX1P28360 DTNBP1-212ENST00000622898 1305 ntTSL 1 (best) BASIC23.18■■□□□ 1.3
MSX1P28360 MEX3D-201ENST00000402693 2850 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC23.18■■□□□ 1.3
MSX1P28360 RALY-201ENST00000246194 1789 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC23.18■■□□□ 1.3
MSX1P28360 MAF-201ENST00000326043 2646 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC23.18■■□□□ 1.3
MSX1P28360 OVOL2-201ENST00000278780 1555 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.18■■□□□ 1.3
MSX1P28360 PROC-203ENST00000409048 1586 ntTSL 5 BASIC23.18■■□□□ 1.3
MSX1P28360 AC110285.7-201ENST00000624417 1536 ntBASIC23.18■■□□□ 1.3
MSX1P28360 METRNL-202ENST00000570778 967 ntTSL 5 BASIC23.17■■□□□ 1.3
MSX1P28360 TXNL4A-208ENST00000588162 752 ntTSL 2 BASIC23.17■■□□□ 1.3
MSX1P28360 TBCC-201ENST00000372876 1616 ntAPPRIS P1 BASIC23.17■■□□□ 1.3
MSX1P28360 IL17D-201ENST00000304920 1861 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.17■■□□□ 1.3
MSX1P28360 AP002414.2-202ENST00000590929 1450 ntBASIC23.17■■□□□ 1.3
MSX1P28360 GSX1-201ENST00000302945 1663 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.16■■□□□ 1.3
MSX1P28360 CAAP1-205ENST00000520187 773 ntTSL 5 BASIC23.16■■□□□ 1.3
MSX1P28360 PCSK6-201ENST00000331826 2309 ntTSL 5 BASIC23.15■■□□□ 1.3
MSX1P28360 EXOC3L4-201ENST00000380069 2293 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.15■■□□□ 1.3
MSX1P28360 BCL7B-202ENST00000411832 1458 ntTSL 2 BASIC23.15■■□□□ 1.3
MSX1P28360 ACTG1-210ENST00000575842 2256 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.15■■□□□ 1.3
MSX1P28360 NRBF2-202ENST00000435510 1816 ntTSL 2 BASIC23.15■■□□□ 1.3
MSX1P28360 FEZ1-201ENST00000278919 1748 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.14■■□□□ 1.3
MSX1P28360 HES6-205ENST00000409356 528 ntTSL 2 BASIC23.14■■□□□ 1.29
MSX1P28360 C14orf80-203ENST00000354560 1553 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.14■■□□□ 1.29
MSX1P28360 THAP11-201ENST00000303596 2114 ntAPPRIS P1 BASIC23.14■■□□□ 1.29
MSX1P28360 PDPK1-203ENST00000389224 2416 ntTSL 2 BASIC23.13■■□□□ 1.29
MSX1P28360 DRD5P2-201ENST00000421395 2012 ntBASIC23.13■■□□□ 1.29
MSX1P28360 PTPRF-216ENST00000617451 1129 ntTSL 5 BASIC23.13■■□□□ 1.29
MSX1P28360 FTCD-201ENST00000291670 1905 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.13■■□□□ 1.29
MSX1P28360 TSPAN3-203ENST00000424443 1530 ntTSL 2 BASIC23.13■■□□□ 1.29
MSX1P28360 CCNYL1-203ENST00000392209 1952 ntTSL 2 BASIC23.12■■□□□ 1.29
MSX1P28360 GGA1-204ENST00000381756 2107 ntTSL 1 (best) BASIC23.12■■□□□ 1.29
MSX1P28360 ARL6IP4-211ENST00000454885 1318 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.11■■□□□ 1.29
MSX1P28360 FAH-213ENST00000561421 1549 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.11■■□□□ 1.29
MSX1P28360 RRAGC-201ENST00000373001 2732 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.1■■□□□ 1.29
MSX1P28360 MRPL51-201ENST00000229238 1234 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.1■■□□□ 1.29
MSX1P28360 PEX7-203ENST00000541292 945 ntTSL 5 BASIC23.1■■□□□ 1.29
MSX1P28360 BCAP31-201ENST00000345046 1589 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.1■■□□□ 1.29
MSX1P28360 HOMER3-202ENST00000392351 1557 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC23.1■■□□□ 1.29
MSX1P28360 LACTB-201ENST00000261893 1972 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.09■■□□□ 1.29
MSX1P28360 CHST11-202ENST00000546689 756 ntTSL 2 BASIC23.09■■□□□ 1.29
MSX1P28360 UBALD1-203ENST00000587649 707 ntTSL 3 BASIC23.09■■□□□ 1.29
MSX1P28360 PLSCR3-209ENST00000574401 2032 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.08■■□□□ 1.29
MSX1P28360 DCDC2C-201ENST00000399143 1476 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC23.08■■□□□ 1.29
MSX1P28360 TAZ-201ENST00000369776 1596 ntTSL 1 (best) BASIC23.08■■□□□ 1.29
MSX1P28360 PCK2-202ENST00000396973 1830 ntTSL 1 (best) BASIC23.08■■□□□ 1.28
MSX1P28360 SDCCAG3-201ENST00000298537 2314 ntTSL 1 (best) BASIC23.07■■□□□ 1.28
MSX1P28360 SNX15-202ENST00000377244 1939 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.07■■□□□ 1.28
MSX1P28360 ATP8B2-201ENST00000368487 1523 ntTSL 1 (best) BASIC23.07■■□□□ 1.28
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 40.4 ms