Protein–RNA interactions for Protein: P08670

VIM, Vimentin, humanhuman

Known RBP Predictions only

Length 466 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
VIMP08670 DNAH9-209ENST00000579828 1986 ntTSL 2 BASIC25.39■■□□□ 1.66
VIMP08670 AL031258.1-201ENST00000623562 325 ntBASIC25.39■■□□□ 1.66
VIMP08670 KLC1-203ENST00000347839 2271 ntTSL 5 BASIC25.38■■□□□ 1.65
VIMP08670 C8orf58-206ENST00000614574 1955 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC25.38■■□□□ 1.65
VIMP08670 ACSS1-202ENST00000376726 2244 ntTSL 2 BASIC25.37■■□□□ 1.65
VIMP08670 MXRA7-202ENST00000375036 1950 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC25.37■■□□□ 1.65
VIMP08670 GATS-205ENST00000436886 2726 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.37■■□□□ 1.65
VIMP08670 AC020928.2-201ENST00000588717 2197 ntBASIC25.37■■□□□ 1.65
VIMP08670 CEBPB-201ENST00000303004 1956 ntAPPRIS P1 BASIC25.36■■□□□ 1.65
VIMP08670 PRELID2-207ENST00000511435 1894 ntAPPRIS ALT1 TSL 2 BASIC25.36■■□□□ 1.65
VIMP08670 MYCL-202ENST00000372816 1688 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC25.36■■□□□ 1.65
VIMP08670 UNCX-201ENST00000316333 2048 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.36■■□□□ 1.65
VIMP08670 NXPH4-201ENST00000349394 1804 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.35■■□□□ 1.65
VIMP08670 LCNL1-201ENST00000408973 1839 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC25.35■■□□□ 1.65
VIMP08670 ECI1-207ENST00000570258 1512 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC25.34■■□□□ 1.65
VIMP08670 GRK6-206ENST00000507633 1660 ntTSL 5 BASIC25.34■■□□□ 1.65
VIMP08670 DACT1-206ENST00000556859 2239 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC25.34■■□□□ 1.65
VIMP08670 MSX2-202ENST00000507785 1188 ntTSL 2 BASIC25.33■■□□□ 1.65
VIMP08670 CCDC136-206ENST00000464832 1720 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC25.32■■□□□ 1.64
VIMP08670 D2HGDH-203ENST00000403782 2208 ntTSL 2 BASIC25.32■■□□□ 1.64
VIMP08670 CDKN2D-202ENST00000393599 1422 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.32■■□□□ 1.64
VIMP08670 HNRNPL-201ENST00000221419 2471 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.32■■□□□ 1.64
VIMP08670 OTUD5-201ENST00000156084 2740 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC25.32■■□□□ 1.64
VIMP08670 MORF4L1-203ENST00000426013 1880 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.32■■□□□ 1.64
VIMP08670 ECI1-201ENST00000301729 1541 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC25.32■■□□□ 1.64
VIMP08670 ARMC10-204ENST00000425331 2443 ntTSL 2 BASIC25.32■■□□□ 1.64
VIMP08670 SNX5-201ENST00000377759 2270 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.32■■□□□ 1.64
VIMP08670 PURG-202ENST00000475541 2875 ntAPPRIS P1 BASIC25.31■■□□□ 1.64
VIMP08670 FAM78B-202ENST00000354422 1475 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC25.31■■□□□ 1.64
VIMP08670 PINK1-201ENST00000321556 2660 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.31■■□□□ 1.64
VIMP08670 MBOAT7-205ENST00000431666 2471 ntTSL 1 (best) BASIC25.3■■□□□ 1.64
VIMP08670 CCDC160-202ENST00000517294 1790 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC25.3■■□□□ 1.64
VIMP08670 SV2B-203ENST00000545111 2099 ntTSL 2 BASIC25.3■■□□□ 1.64
VIMP08670 CCNYL1-203ENST00000392209 1952 ntTSL 2 BASIC25.29■■□□□ 1.64
VIMP08670 ANO1-202ENST00000355303 4790 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC25.29■■□□□ 1.64
VIMP08670 TOP2B-204ENST00000435706 5389 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC25.29■■□□□ 1.64
VIMP08670 AP001107.7-201ENST00000533287 272 ntTSL 2 BASIC25.29■■□□□ 1.64
VIMP08670 PIK3R2-208ENST00000617642 1446 ntTSL 5 BASIC25.29■■□□□ 1.64
VIMP08670 TSPOAP1-AS1-205ENST00000580022 2337 ntTSL 2 BASIC25.28■■□□□ 1.64
VIMP08670 GDF1-201ENST00000247005 2517 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.28■■□□□ 1.64
VIMP08670 CERS1-204ENST00000623882 2517 ntTSL 1 (best) BASIC25.28■■□□□ 1.64
VIMP08670 SLC16A11-201ENST00000308009 1803 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC25.28■■□□□ 1.64
VIMP08670 ALG2-203ENST00000476832 1880 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.28■■□□□ 1.64
VIMP08670 SLC9A3-201ENST00000264938 2584 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC25.27■■□□□ 1.64
VIMP08670 AC145676.1-201ENST00000514988 2004 ntBASIC25.26■■□□□ 1.63
VIMP08670 FAAP20-204ENST00000400919 1413 ntTSL 3 BASIC25.26■■□□□ 1.63
VIMP08670 GCLC-209ENST00000514004 2356 ntTSL 1 (best) BASIC25.26■■□□□ 1.63
VIMP08670 TOMM40-201ENST00000252487 1707 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC25.26■■□□□ 1.63
VIMP08670 TOMM40-202ENST00000405636 1709 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC25.26■■□□□ 1.63
VIMP08670 MAD2L2-201ENST00000235310 1860 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC25.26■■□□□ 1.63
VIMP08670 ENKD1-201ENST00000243878 1579 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.25■■□□□ 1.63
VIMP08670 TBCC-201ENST00000372876 1616 ntAPPRIS P1 BASIC25.25■■□□□ 1.63
VIMP08670 GSX1-201ENST00000302945 1663 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.25■■□□□ 1.63
VIMP08670 C11orf95-202ENST00000433688 5716 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC25.25■■□□□ 1.63
VIMP08670 GATA4-209ENST00000622443 1982 ntTSL 5 BASIC25.24■■□□□ 1.63
VIMP08670 FKBP1A-205ENST00000439640 1583 ntTSL 3 BASIC25.23■■□□□ 1.63
VIMP08670 IRAK1-205ENST00000429936 2127 ntTSL 5 BASIC25.23■■□□□ 1.63
VIMP08670 TSEN34-204ENST00000429671 1912 ntTSL 2 BASIC25.23■■□□□ 1.63
VIMP08670 SP5-201ENST00000375281 2033 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.22■■□□□ 1.63
VIMP08670 CPLX1-203ENST00000505203 2011 ntTSL 2 BASIC25.22■■□□□ 1.63
VIMP08670 ST6GALNAC2-201ENST00000225276 2170 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.22■■□□□ 1.63
VIMP08670 PIM3-201ENST00000360612 2369 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.22■■□□□ 1.63
VIMP08670 NAGS-201ENST00000293404 2182 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.21■■□□□ 1.63
VIMP08670 SLCO3A1-201ENST00000318445 5115 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.21■■□□□ 1.63
VIMP08670 NRARP-201ENST00000356628 1770 ntAPPRIS P1 BASIC25.21■■□□□ 1.63
VIMP08670 CD6-206ENST00000452451 1782 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC25.21■■□□□ 1.63
VIMP08670 TBC1D10A-201ENST00000215790 2077 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC25.21■■□□□ 1.63
VIMP08670 CTU1-201ENST00000421832 2087 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC25.21■■□□□ 1.63
VIMP08670 DSG2-201ENST00000261590 5831 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.2■■□□□ 1.63
VIMP08670 PPM1B-202ENST00000345249 1713 ntTSL 1 (best) BASIC25.2■■□□□ 1.63
VIMP08670 CYS1-201ENST00000381813 2738 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.2■■□□□ 1.62
VIMP08670 BTBD19-203ENST00000450269 1572 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC25.19■■□□□ 1.62
VIMP08670 DVL3-201ENST00000313143 5254 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.19■■□□□ 1.62
VIMP08670 KCNC3-201ENST00000376959 5447 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC25.19■■□□□ 1.62
VIMP08670 CDK9-201ENST00000373264 2463 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.18■■□□□ 1.62
VIMP08670 CDPF1-201ENST00000314567 1875 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC25.18■■□□□ 1.62
VIMP08670 UBE2L6-201ENST00000287156 1354 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.18■■□□□ 1.62
VIMP08670 SNAI3-AS1-204ENST00000567997 2048 ntBASIC25.17■■□□□ 1.62
VIMP08670 AC100797.4-201ENST00000631653 1827 ntBASIC25.17■■□□□ 1.62
VIMP08670 CLEC3B-201ENST00000296130 936 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.17■■□□□ 1.62
VIMP08670 AC093323.1-202ENST00000635031 2045 ntBASIC25.17■■□□□ 1.62
VIMP08670 MYLIP-202ENST00000356840 1666 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.17■■□□□ 1.62
VIMP08670 DHFR-203ENST00000505337 1719 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC25.16■■□□□ 1.62
VIMP08670 FLT1-202ENST00000539099 1911 ntTSL 1 (best) BASIC25.15■■□□□ 1.62
VIMP08670 PREB-201ENST00000260643 2166 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.15■■□□□ 1.62
VIMP08670 MYPOP-201ENST00000322217 1890 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.15■■□□□ 1.62
VIMP08670 CADPS-203ENST00000383710 5471 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC25.15■■□□□ 1.62
VIMP08670 UBE2J2-202ENST00000349431 1733 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.15■■□□□ 1.62
VIMP08670 HAS1-205ENST00000601714 2086 ntTSL 1 (best) BASIC25.14■■□□□ 1.62
VIMP08670 ARMC10-202ENST00000323716 2635 ntTSL 1 (best) BASIC25.14■■□□□ 1.62
VIMP08670 MISP3-202ENST00000587086 1535 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC25.14■■□□□ 1.62
VIMP08670 DLX2-202ENST00000466293 1852 ntTSL 2 BASIC25.14■■□□□ 1.61
VIMP08670 PIP5K1C-203ENST00000539785 2289 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC25.14■■□□□ 1.61
VIMP08670 HABP4-202ENST00000375251 2304 ntTSL 1 (best) BASIC25.13■■□□□ 1.61
VIMP08670 TP53I13-201ENST00000301057 1530 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC25.13■■□□□ 1.61
VIMP08670 AC127502.1-201ENST00000399971 1502 ntBASIC25.13■■□□□ 1.61
VIMP08670 DCAF15-201ENST00000254337 2278 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.13■■□□□ 1.61
VIMP08670 PCSK6-218ENST00000619160 3093 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC25.12■■□□□ 1.61
VIMP08670 PCYT2-202ENST00000538721 1765 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.12■■□□□ 1.61
VIMP08670 TMEM185A-208ENST00000611119 2662 ntTSL 2 BASIC25.12■■□□□ 1.61
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 19.7 ms