Protein–RNA interactions for Protein: O75150

RNF40, E3 ubiquitin-protein ligase BRE1B, humanhuman

Predictions only

Length 1,001 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
RNF40O75150 PHF23-205ENST00000571362 1768 ntTSL 2 BASIC27.13■■□□□ 1.93
RNF40O75150 HSD17B1-201ENST00000225929 1265 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC27.13■■□□□ 1.93
RNF40O75150 U2AF1L5-201ENST00000610664 897 ntAPPRIS P5 TSL 1 (best) BASIC27.13■■□□□ 1.93
RNF40O75150 TMEM55B-201ENST00000250489 1961 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC27.12■■□□□ 1.93
RNF40O75150 CENPV-201ENST00000299736 1165 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.12■■□□□ 1.93
RNF40O75150 AGPS-202ENST00000409888 815 ntTSL 4 BASIC27.12■■□□□ 1.93
RNF40O75150 CALM3-209ENST00000597743 577 ntTSL 4 BASIC27.12■■□□□ 1.93
RNF40O75150 KLC2-205ENST00000394078 1557 ntTSL 5 BASIC27.12■■□□□ 1.93
RNF40O75150 MSX1-201ENST00000382723 1939 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.12■■□□□ 1.93
RNF40O75150 CYB5R3-201ENST00000352397 2124 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.11■■□□□ 1.93
RNF40O75150 HYAL2-202ENST00000395139 2136 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.1■■□□□ 1.93
RNF40O75150 RP9-201ENST00000297157 1121 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC27.1■■□□□ 1.93
RNF40O75150 P2RX2-203ENST00000350048 1344 ntTSL 1 (best) BASIC27.1■■□□□ 1.93
RNF40O75150 CAMKK1-201ENST00000158166 2459 ntTSL 1 (best) BASIC27.1■■□□□ 1.93
RNF40O75150 CNIH2-203ENST00000528852 1524 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC27.1■■□□□ 1.93
RNF40O75150 CAPNS1-204ENST00000587718 1558 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC27.09■■□□□ 1.93
RNF40O75150 C5orf66-AS1-201ENST00000507035 843 ntTSL 2 BASIC27.09■■□□□ 1.93
RNF40O75150 GRPEL2-204ENST00000513661 546 ntTSL 2 BASIC27.09■■□□□ 1.93
RNF40O75150 CAPN10-208ENST00000404753 2570 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC27.09■■□□□ 1.93
RNF40O75150 AL135925.1-201ENST00000605920 1701 ntBASIC27.09■■□□□ 1.93
RNF40O75150 FADD-201ENST00000301838 1841 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.09■■□□□ 1.93
RNF40O75150 TAZ-205ENST00000475699 1862 ntTSL 1 (best) BASIC27.08■■□□□ 1.93
RNF40O75150 LRRC61-202ENST00000359623 1877 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC27.07■■□□□ 1.92
RNF40O75150 ATP6V1E2-204ENST00000522587 1559 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC27.05■■□□□ 1.92
RNF40O75150 GTF2IP1-204ENST00000616377 2632 ntTSL 2 BASIC27.05■■□□□ 1.92
RNF40O75150 PCYT2-206ENST00000571105 1628 ntTSL 5 BASIC27.05■■□□□ 1.92
RNF40O75150 DEDD-212ENST00000545495 2329 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC27.05■■□□□ 1.92
RNF40O75150 CCND3-202ENST00000372988 2133 ntTSL 1 (best) BASIC27.05■■□□□ 1.92
RNF40O75150 SERPING1-205ENST00000403558 2231 ntTSL 5 BASIC27.04■■□□□ 1.92
RNF40O75150 TCAM1P-201ENST00000463377 452 ntTSL 3 BASIC27.04■■□□□ 1.92
RNF40O75150 VIPR2-203ENST00000402066 1926 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC27.04■■□□□ 1.92
RNF40O75150 NOG-201ENST00000332822 1892 ntAPPRIS P1 BASIC27.03■■□□□ 1.92
RNF40O75150 FAAP20-202ENST00000378546 729 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.03■■□□□ 1.92
RNF40O75150 BTBD19-203ENST00000450269 1572 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC27.03■■□□□ 1.92
RNF40O75150 R3HDM4-208ENST00000626716 138 ntTSL 5 BASIC27.03■■□□□ 1.92
RNF40O75150 AJAP1-201ENST00000378190 2383 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC27.02■■□□□ 1.92
RNF40O75150 ESRRA-203ENST00000406310 2218 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC27.02■■□□□ 1.92
RNF40O75150 NXPH3-201ENST00000328741 2179 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.02■■□□□ 1.92
RNF40O75150 MAD2L2-207ENST00000376692 1118 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.02■■□□□ 1.92
RNF40O75150 ANKRD53-201ENST00000272421 2185 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC27.02■■□□□ 1.92
RNF40O75150 NOXA1-201ENST00000341349 1678 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.01■■□□□ 1.92
RNF40O75150 DDX42-201ENST00000359353 2783 ntTSL 5 BASIC27.01■■□□□ 1.91
RNF40O75150 PARD6A-201ENST00000219255 1248 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC27.01■■□□□ 1.91
RNF40O75150 GADD45G-201ENST00000252506 1065 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.01■■□□□ 1.91
RNF40O75150 HSD17B1P1-201ENST00000590052 955 ntBASIC27.01■■□□□ 1.91
RNF40O75150 QDPR-201ENST00000281243 1648 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.01■■□□□ 1.91
RNF40O75150 C16orf95-205ENST00000567970 1031 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC27■■□□□ 1.91
RNF40O75150 RHEB-201ENST00000262187 2075 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.99■■□□□ 1.91
RNF40O75150 AL139393.2-201ENST00000608721 2025 ntBASIC26.99■■□□□ 1.91
RNF40O75150 COMMD7-201ENST00000278980 1900 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC26.99■■□□□ 1.91
RNF40O75150 RASSF5-204ENST00000580449 1932 ntTSL 1 (best) BASIC26.99■■□□□ 1.91
RNF40O75150 CACNG7-203ENST00000391767 2688 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC26.99■■□□□ 1.91
RNF40O75150 PIK3R2-208ENST00000617642 1446 ntTSL 5 BASIC26.99■■□□□ 1.91
RNF40O75150 CHPT1-201ENST00000229266 1585 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC26.98■■□□□ 1.91
RNF40O75150 AURKAIP1-203ENST00000338370 1072 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.98■■□□□ 1.91
RNF40O75150 ST6GALNAC6-204ENST00000373144 2406 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC26.98■■□□□ 1.91
RNF40O75150 SLC35D2-203ENST00000375259 1361 ntTSL 1 (best) BASIC26.97■■□□□ 1.91
RNF40O75150 TSPAN11-203ENST00000545802 1649 ntTSL 1 (best) BASIC26.97■■□□□ 1.91
RNF40O75150 PLPPR3-201ENST00000359894 2387 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC26.97■■□□□ 1.91
RNF40O75150 EBPL-201ENST00000242827 914 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.96■■□□□ 1.91
RNF40O75150 ING2-201ENST00000302327 1189 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.96■■□□□ 1.91
RNF40O75150 CLDND1-226ENST00000513287 999 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC26.96■■□□□ 1.91
RNF40O75150 HNRNPAB-206ENST00000506339 1747 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC26.96■■□□□ 1.91
RNF40O75150 KIAA2013-201ENST00000376572 2815 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.95■■□□□ 1.91
RNF40O75150 AC004837.3-201ENST00000420748 565 ntTSL 4 BASIC26.95■■□□□ 1.9
RNF40O75150 HES7-202ENST00000541682 1674 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC26.95■■□□□ 1.9
RNF40O75150 RANBP1-202ENST00000402752 1132 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC26.94■■□□□ 1.9
RNF40O75150 HNRNPAB-204ENST00000504898 1785 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC26.94■■□□□ 1.9
RNF40O75150 EVC-203ENST00000509451 1960 ntTSL 1 (best) BASIC26.93■■□□□ 1.9
RNF40O75150 FKBP1A-210ENST00000614856 562 ntTSL 2 BASIC26.93■■□□□ 1.9
RNF40O75150 CLK2-201ENST00000355560 2120 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC26.93■■□□□ 1.9
RNF40O75150 TNFSF12-201ENST00000293825 1553 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.92■■□□□ 1.9
RNF40O75150 HOXB3-212ENST00000498678 2196 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC26.92■■□□□ 1.9
RNF40O75150 MORF4L1-202ENST00000379535 2274 ntTSL 2 BASIC26.92■■□□□ 1.9
RNF40O75150 DNAJC21-201ENST00000342382 2309 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.91■■□□□ 1.9
RNF40O75150 BRD4-212ENST00000630599 726 ntTSL 2 BASIC26.91■■□□□ 1.9
RNF40O75150 PSMG1-201ENST00000331573 2154 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.91■■□□□ 1.9
RNF40O75150 RRAD-202ENST00000420652 1476 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.9■■□□□ 1.9
RNF40O75150 DUX4L13-201ENST00000554103 1267 ntBASIC26.9■■□□□ 1.9
RNF40O75150 DUX4L15-201ENST00000611059 1267 ntBASIC26.9■■□□□ 1.9
RNF40O75150 DUX4L23-201ENST00000615195 1269 ntBASIC26.9■■□□□ 1.9
RNF40O75150 DUX4L24-201ENST00000617576 1269 ntBASIC26.9■■□□□ 1.9
RNF40O75150 DUX4L22-201ENST00000618238 1269 ntBASIC26.9■■□□□ 1.9
RNF40O75150 DUX4L20-201ENST00000619712 1269 ntBASIC26.9■■□□□ 1.9
RNF40O75150 DUX4L21-201ENST00000622058 1269 ntBASIC26.9■■□□□ 1.9
RNF40O75150 DUX4L10-201ENST00000622460 1267 ntBASIC26.9■■□□□ 1.9
RNF40O75150 DUX4L25-201ENST00000624915 1269 ntBASIC26.9■■□□□ 1.9
RNF40O75150 SLC16A3-214ENST00000582743 2002 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.9■■□□□ 1.9
RNF40O75150 ATPAF1-202ENST00000371937 1827 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.9■■□□□ 1.9
RNF40O75150 SLC9A3R2-201ENST00000424542 2194 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.9■■□□□ 1.9
RNF40O75150 OTUD5-203ENST00000396743 2682 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC26.89■■□□□ 1.9
RNF40O75150 ABHD17AP3-201ENST00000503096 1137 ntBASIC26.89■■□□□ 1.9
RNF40O75150 SDCCAG3-201ENST00000298537 2314 ntTSL 1 (best) BASIC26.89■■□□□ 1.89
RNF40O75150 EI24-212ENST00000615917 1407 ntTSL 2 BASIC26.89■■□□□ 1.89
RNF40O75150 KANSL1L-207ENST00000452086 2334 ntTSL 1 (best) BASIC26.88■■□□□ 1.89
RNF40O75150 H2AFV-204ENST00000350771 687 ntTSL 2 BASIC26.88■■□□□ 1.89
RNF40O75150 VEGFA-208ENST00000417285 1081 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC26.88■■□□□ 1.89
RNF40O75150 MYLIP-202ENST00000356840 1666 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.88■■□□□ 1.89
RNF40O75150 BATF3-201ENST00000243440 980 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.87■■□□□ 1.89
RNF40O75150 METRNL-202ENST00000570778 967 ntTSL 5 BASIC26.87■■□□□ 1.89
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 28.3 ms