Protein–RNA interactions for Protein: Q9UPQ0

LIMCH1, LIM and calponin homology domains-containing protein 1, humanhuman

Predictions only

Length 1,083 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
LIMCH1Q9UPQ0 SBDS-201ENST00000246868 1631 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC22.6■■□□□ 1.21
LIMCH1Q9UPQ0 MARK1-203ENST00000402574 5273 ntTSL 1 (best) BASIC22.6■■□□□ 1.21
LIMCH1Q9UPQ0 NBPF21P-201ENST00000425093 1451 ntBASIC22.6■■□□□ 1.21
LIMCH1Q9UPQ0 CCDC27-201ENST00000294600 2176 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.6■■□□□ 1.21
LIMCH1Q9UPQ0 PODXL2-201ENST00000342480 2186 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.6■■□□□ 1.21
LIMCH1Q9UPQ0 AATK-AS1-203ENST00000637878 1306 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC22.6■■□□□ 1.21
LIMCH1Q9UPQ0 RASD1-201ENST00000225688 1746 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.6■■□□□ 1.21
LIMCH1Q9UPQ0 SRCIN1-213ENST00000617146 7058 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC22.6■■□□□ 1.21
LIMCH1Q9UPQ0 TIMM13-201ENST00000215570 1973 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.6■■□□□ 1.21
LIMCH1Q9UPQ0 NEFHP1-201ENST00000412845 2629 ntBASIC22.6■■□□□ 1.21
LIMCH1Q9UPQ0 YBEY-205ENST00000397694 534 ntTSL 1 (best) BASIC22.6■■□□□ 1.21
LIMCH1Q9UPQ0 LINC01786-202ENST00000453732 389 ntTSL 2 BASIC22.6■■□□□ 1.21
LIMCH1Q9UPQ0 AC226101.2-201ENST00000458252 747 ntTSL 2 BASIC22.6■■□□□ 1.21
LIMCH1Q9UPQ0 CYB561-214ENST00000582034 1193 ntTSL 2 BASIC22.6■■□□□ 1.21
LIMCH1Q9UPQ0 AC068987.5-201ENST00000642069 987 ntAPPRIS P1 BASIC22.6■■□□□ 1.21
LIMCH1Q9UPQ0 DUSP15-209ENST00000486996 1651 ntTSL 2 BASIC22.6■■□□□ 1.21
LIMCH1Q9UPQ0 ADAMTS9-202ENST00000459780 2871 ntTSL 1 (best) BASIC22.6■■□□□ 1.21
LIMCH1Q9UPQ0 TMEM155-201ENST00000337677 2313 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC22.6■■□□□ 1.21
LIMCH1Q9UPQ0 BCAP29-202ENST00000379117 1946 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC22.6■■□□□ 1.21
LIMCH1Q9UPQ0 CIRBP-215ENST00000588030 1509 ntAPPRIS P3 TSL 5 BASIC22.6■■□□□ 1.21
LIMCH1Q9UPQ0 GRM5-201ENST00000305432 4475 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC22.6■■□□□ 1.21
LIMCH1Q9UPQ0 ACY1-201ENST00000404366 1473 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.6■■□□□ 1.21
LIMCH1Q9UPQ0 DYNC1LI2-201ENST00000258198 4515 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.6■■□□□ 1.21
LIMCH1Q9UPQ0 SLC3A2-202ENST00000377889 1993 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.59■■□□□ 1.21
LIMCH1Q9UPQ0 MGARP-201ENST00000398955 1339 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.59■■□□□ 1.21
LIMCH1Q9UPQ0 ANKRD40-201ENST00000285243 4184 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.59■■□□□ 1.21
LIMCH1Q9UPQ0 HSPB8-201ENST00000281938 2152 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.59■■□□□ 1.21
LIMCH1Q9UPQ0 ACVR1B-201ENST00000257963 4563 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.59■■□□□ 1.21
LIMCH1Q9UPQ0 CCDC106-201ENST00000308964 1546 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.59■■□□□ 1.21
LIMCH1Q9UPQ0 ZNF326-202ENST00000361911 1538 ntTSL 1 (best) BASIC22.59■■□□□ 1.21
LIMCH1Q9UPQ0 CEACAM3-201ENST00000344550 1022 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.59■■□□□ 1.21
LIMCH1Q9UPQ0 OGG1-209ENST00000383826 1069 ntTSL 5 BASIC22.59■■□□□ 1.21
LIMCH1Q9UPQ0 GAS7-202ENST00000396115 929 ntTSL 5 BASIC22.59■■□□□ 1.21
LIMCH1Q9UPQ0 HLA-L-209ENST00000420110 1011 ntBASIC22.59■■□□□ 1.21
LIMCH1Q9UPQ0 MAGI2-AS3-209ENST00000448195 774 ntTSL 3 BASIC22.59■■□□□ 1.21
LIMCH1Q9UPQ0 LINC01578-208ENST00000557147 490 ntTSL 3 BASIC22.59■■□□□ 1.21
LIMCH1Q9UPQ0 COQ10B-201ENST00000263960 2239 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.59■■□□□ 1.21
LIMCH1Q9UPQ0 CASC2-205ENST00000454781 2216 ntTSL 1 (best) BASIC22.59■■□□□ 1.21
LIMCH1Q9UPQ0 RPH3A-203ENST00000543106 2581 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC22.59■■□□□ 1.21
LIMCH1Q9UPQ0 RPS6KB2-201ENST00000312629 1733 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.59■■□□□ 1.21
LIMCH1Q9UPQ0 GRB10-205ENST00000401949 2627 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.59■■□□□ 1.21
LIMCH1Q9UPQ0 GSEC-202ENST00000629441 1572 ntTSL 2 BASIC22.59■■□□□ 1.21
LIMCH1Q9UPQ0 YY1AP1-213ENST00000405763 2011 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.58■■□□□ 1.21
LIMCH1Q9UPQ0 PTGIR-201ENST00000291294 2107 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.58■■□□□ 1.21
LIMCH1Q9UPQ0 RIMBP3B-201ENST00000620804 6105 ntAPPRIS P1 BASIC22.58■■□□□ 1.21
LIMCH1Q9UPQ0 KANSL1-218ENST00000638275 5352 ntTSL 5 BASIC22.58■■□□□ 1.21
LIMCH1Q9UPQ0 SEPT8-216ENST00000620483 4335 ntTSL 5 BASIC22.58■■□□□ 1.21
LIMCH1Q9UPQ0 LDLRAD4-211ENST00000587757 2171 ntTSL 2 BASIC22.58■■□□□ 1.21
LIMCH1Q9UPQ0 DCLK2-207ENST00000635524 2153 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC22.58■■□□□ 1.21
LIMCH1Q9UPQ0 MEA1-201ENST00000244711 1089 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.58■■□□□ 1.21
LIMCH1Q9UPQ0 MAGI2-AS3-202ENST00000422093 762 ntTSL 1 (best) BASIC22.58■■□□□ 1.21
LIMCH1Q9UPQ0 C1orf52-203ENST00000471115 1219 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.58■■□□□ 1.21
LIMCH1Q9UPQ0 ZNF529-AS1-202ENST00000475219 1033 ntTSL 1 (best) BASIC22.58■■□□□ 1.21
LIMCH1Q9UPQ0 SCARA5-203ENST00000518030 1074 ntTSL 1 (best) BASIC22.58■■□□□ 1.21
LIMCH1Q9UPQ0 KCTD10-211ENST00000540411 866 ntTSL 1 (best) BASIC22.58■■□□□ 1.21
LIMCH1Q9UPQ0 ZNF264-205ENST00000599653 705 ntTSL 2 BASIC22.58■■□□□ 1.21
LIMCH1Q9UPQ0 MAGIX-206ENST00000615626 1057 ntTSL 1 (best) BASIC22.58■■□□□ 1.21
LIMCH1Q9UPQ0 NTRK1-201ENST00000358660 2492 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC22.58■■□□□ 1.21
LIMCH1Q9UPQ0 CDK11A-205ENST00000378633 2458 ntTSL 1 (best) BASIC22.58■■□□□ 1.21
LIMCH1Q9UPQ0 SLC22A17-204ENST00000397267 2455 ntAPPRIS P4 TSL 5 BASIC22.58■■□□□ 1.21
LIMCH1Q9UPQ0 NBL1-212ENST00000621723 2133 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC22.58■■□□□ 1.2
LIMCH1Q9UPQ0 NPIPA8-201ENST00000525596 1565 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.58■■□□□ 1.2
LIMCH1Q9UPQ0 MCC-208ENST00000514701 2855 ntTSL 2 BASIC22.58■■□□□ 1.2
LIMCH1Q9UPQ0 MYC-205ENST00000524013 2150 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC22.57■■□□□ 1.2
LIMCH1Q9UPQ0 PODNL1-203ENST00000538371 1826 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC22.57■■□□□ 1.2
LIMCH1Q9UPQ0 EGLN2-201ENST00000303961 2102 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.57■■□□□ 1.2
LIMCH1Q9UPQ0 MARK2-201ENST00000350490 2903 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.57■■□□□ 1.2
LIMCH1Q9UPQ0 PSEN1-203ENST00000394157 1249 ntTSL 2 BASIC22.57■■□□□ 1.2
LIMCH1Q9UPQ0 LINC00708-201ENST00000428165 916 ntTSL 1 (best) BASIC22.57■■□□□ 1.2
LIMCH1Q9UPQ0 LINC00969-218ENST00000452844 583 ntTSL 3 BASIC22.57■■□□□ 1.2
LIMCH1Q9UPQ0 LINC01881-205ENST00000456398 1235 ntTSL 5 BASIC22.57■■□□□ 1.2
LIMCH1Q9UPQ0 LINC00969-221ENST00000457233 1279 ntTSL 1 (best) BASIC22.57■■□□□ 1.2
LIMCH1Q9UPQ0 HLA-A-209ENST00000638375 975 ntBASIC22.57■■□□□ 1.2
LIMCH1Q9UPQ0 IL6R-208ENST00000622330 1496 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.57■■□□□ 1.2
LIMCH1Q9UPQ0 Z98044.1-201ENST00000632503 1764 ntBASIC22.57■■□□□ 1.2
LIMCH1Q9UPQ0 LTBP3-217ENST00000530785 2461 ntTSL 2 BASIC22.57■■□□□ 1.2
LIMCH1Q9UPQ0 DGKI-202ENST00000424189 4163 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC22.57■■□□□ 1.2
LIMCH1Q9UPQ0 RNF146-201ENST00000309649 2624 ntAPPRIS P3 TSL 4 BASIC22.57■■□□□ 1.2
LIMCH1Q9UPQ0 EGFR-202ENST00000342916 2239 ntTSL 1 (best) BASIC22.57■■□□□ 1.2
LIMCH1Q9UPQ0 NR1H2-210ENST00000598168 1915 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC22.57■■□□□ 1.2
LIMCH1Q9UPQ0 IDH3G-202ENST00000370092 1712 ntTSL 5 BASIC22.57■■□□□ 1.2
LIMCH1Q9UPQ0 COMMD7-202ENST00000446419 1343 ntAPPRIS ALT1 TSL 2 BASIC22.57■■□□□ 1.2
LIMCH1Q9UPQ0 CDKN2B-AS1-217ENST00000585267 1337 ntTSL 1 (best) BASIC22.57■■□□□ 1.2
LIMCH1Q9UPQ0 AC083805.3-201ENST00000619560 1315 ntTSL 3 BASIC22.57■■□□□ 1.2
LIMCH1Q9UPQ0 PLIN5-201ENST00000381848 2470 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.56■■□□□ 1.2
LIMCH1Q9UPQ0 RTEL1-204ENST00000370003 2273 ntTSL 2 BASIC22.56■■□□□ 1.2
LIMCH1Q9UPQ0 HACE1-202ENST00000369125 3102 ntTSL 2 BASIC22.56■■□□□ 1.2
LIMCH1Q9UPQ0 SLC38A10-201ENST00000288439 2708 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC22.56■■□□□ 1.2
LIMCH1Q9UPQ0 CPSF3-201ENST00000238112 2345 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.56■■□□□ 1.2
LIMCH1Q9UPQ0 IZUMO2-201ENST00000293405 728 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC22.56■■□□□ 1.2
LIMCH1Q9UPQ0 C10orf91-201ENST00000321248 1257 ntTSL 1 (best) BASIC22.56■■□□□ 1.2
LIMCH1Q9UPQ0 PTPMT1-202ENST00000326674 768 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.56■■□□□ 1.2
LIMCH1Q9UPQ0 DUSP23-201ENST00000368107 756 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.56■■□□□ 1.2
LIMCH1Q9UPQ0 C1orf50-201ENST00000372525 996 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.56■■□□□ 1.2
LIMCH1Q9UPQ0 GPSM1-203ENST00000392944 1111 ntTSL 3 BASIC22.56■■□□□ 1.2
LIMCH1Q9UPQ0 DHRS4-206ENST00000558581 1143 ntTSL 1 (best) BASIC22.56■■□□□ 1.2
LIMCH1Q9UPQ0 C1QL1P1-201ENST00000568105 661 ntBASIC22.56■■□□□ 1.2
LIMCH1Q9UPQ0 AIPL1-209ENST00000575265 2111 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.56■■□□□ 1.2
LIMCH1Q9UPQ0 MTDHP1-201ENST00000605323 784 ntBASIC22.56■■□□□ 1.2
LIMCH1Q9UPQ0 IL15RA-222ENST00000622442 1160 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.56■■□□□ 1.2
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 24.1 ms