Protein–RNA interactions for Protein: Q96JC1

VPS39, Vam6/Vps39-like protein, humanhuman

Predictions only

Length 886 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
VPS39Q96JC1 ATPAF2-206ENST00000474627 1564 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.23■□□□□ 0.67
VPS39Q96JC1 SEMA3B-210ENST00000611067 2292 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC19.23■□□□□ 0.67
VPS39Q96JC1 AGER-207ENST00000375076 1492 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.23■□□□□ 0.67
VPS39Q96JC1 MRC2-201ENST00000303375 5988 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.23■□□□□ 0.67
VPS39Q96JC1 VEGFB-201ENST00000309422 1380 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC19.23■□□□□ 0.67
VPS39Q96JC1 PSMG4-209ENST00000473000 4603 ntTSL 2 BASIC19.23■□□□□ 0.67
VPS39Q96JC1 FGFR3-205ENST00000440486 4287 ntAPPRIS P3 TSL 5 BASIC19.23■□□□□ 0.67
VPS39Q96JC1 EI24-201ENST00000278903 2455 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.23■□□□□ 0.67
VPS39Q96JC1 SYBU-232ENST00000533171 2498 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC19.23■□□□□ 0.67
VPS39Q96JC1 MRAP-201ENST00000303645 935 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC19.23■□□□□ 0.67
VPS39Q96JC1 AC008667.2-201ENST00000504413 469 ntTSL 3 BASIC19.23■□□□□ 0.67
VPS39Q96JC1 C17orf107-202ENST00000521575 1275 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC19.23■□□□□ 0.67
VPS39Q96JC1 TP53I11-215ENST00000531928 1078 ntTSL 3 BASIC19.23■□□□□ 0.67
VPS39Q96JC1 AL160396.2-202ENST00000636692 566 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC19.23■□□□□ 0.67
VPS39Q96JC1 EIF5-201ENST00000216554 5945 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.23■□□□□ 0.67
VPS39Q96JC1 DLK1-202ENST00000341267 4722 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.23■□□□□ 0.67
VPS39Q96JC1 DBNL-219ENST00000490734 2004 ntTSL 2 BASIC19.23■□□□□ 0.67
VPS39Q96JC1 TNPO2-201ENST00000356861 4962 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC19.23■□□□□ 0.67
VPS39Q96JC1 RELB-201ENST00000221452 2294 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC19.23■□□□□ 0.67
VPS39Q96JC1 FBLN1-201ENST00000262722 2251 ntTSL 1 (best) BASIC19.23■□□□□ 0.67
VPS39Q96JC1 EPOR-201ENST00000222139 2411 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.23■□□□□ 0.67
VPS39Q96JC1 ACSS3-201ENST00000261206 2666 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC19.23■□□□□ 0.67
VPS39Q96JC1 UVSSA-207ENST00000511216 2927 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC19.23■□□□□ 0.67
VPS39Q96JC1 AL138781.2-201ENST00000617896 1843 ntBASIC19.23■□□□□ 0.67
VPS39Q96JC1 C12orf42-208ENST00000548883 1336 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC19.23■□□□□ 0.67
VPS39Q96JC1 SIX5-203ENST00000560168 1975 ntTSL 4 BASIC19.23■□□□□ 0.67
VPS39Q96JC1 CPXM2-204ENST00000615851 2512 ntTSL 5 BASIC19.22■□□□□ 0.67
VPS39Q96JC1 ANKIB1-201ENST00000265742 6081 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.22■□□□□ 0.67
VPS39Q96JC1 TM9SF1-206ENST00000528669 2425 ntTSL 5 BASIC19.22■□□□□ 0.67
VPS39Q96JC1 CLDND1-203ENST00000394181 2170 ntTSL 1 (best) BASIC19.22■□□□□ 0.67
VPS39Q96JC1 STARD3-209ENST00000544210 1666 ntTSL 2 BASIC19.22■□□□□ 0.67
VPS39Q96JC1 AC069152.1-201ENST00000438030 544 ntBASIC19.22■□□□□ 0.67
VPS39Q96JC1 LEF1-AS1-203ENST00000507799 459 ntTSL 3 BASIC19.22■□□□□ 0.67
VPS39Q96JC1 AP001458.2-201ENST00000528405 577 ntAPPRIS P1 TSL 4 BASIC19.22■□□□□ 0.67
VPS39Q96JC1 TXNL4A-203ENST00000585474 1185 ntTSL 1 (best) BASIC19.22■□□□□ 0.67
VPS39Q96JC1 AC008687.6-201ENST00000596318 630 ntBASIC19.22■□□□□ 0.67
VPS39Q96JC1 VIM-AS1-202ENST00000605833 918 ntTSL 3 BASIC19.22■□□□□ 0.67
VPS39Q96JC1 CD24-202ENST00000610952 802 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC19.22■□□□□ 0.67
VPS39Q96JC1 LINC01586-201ENST00000506090 1840 ntTSL 2 BASIC19.22■□□□□ 0.67
VPS39Q96JC1 C6orf223-202ENST00000439969 2757 ntTSL 2 BASIC19.22■□□□□ 0.67
VPS39Q96JC1 RNF146-203ENST00000368314 2369 ntAPPRIS ALT1 TSL 2 BASIC19.22■□□□□ 0.67
VPS39Q96JC1 THOP1-201ENST00000307741 4804 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.22■□□□□ 0.67
VPS39Q96JC1 CFP-203ENST00000396992 1592 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC19.22■□□□□ 0.67
VPS39Q96JC1 RNF167-205ENST00000571816 1728 ntAPPRIS P3 TSL 5 BASIC19.22■□□□□ 0.67
VPS39Q96JC1 ETFA-202ENST00000433983 1346 ntTSL 2 BASIC19.22■□□□□ 0.67
VPS39Q96JC1 PRR7-202ENST00000502922 1345 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC19.22■□□□□ 0.67
VPS39Q96JC1 LINC01819-201ENST00000422351 2156 ntTSL 5 BASIC19.22■□□□□ 0.67
VPS39Q96JC1 PDLIM2-207ENST00000409417 1487 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.22■□□□□ 0.67
VPS39Q96JC1 ARHGEF28-203ENST00000426542 6118 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC19.22■□□□□ 0.67
VPS39Q96JC1 MLLT1-201ENST00000252674 4507 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.21■□□□□ 0.67
VPS39Q96JC1 TMEM250-201ENST00000418388 2823 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.21■□□□□ 0.67
VPS39Q96JC1 CBX1-202ENST00000393408 2422 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.21■□□□□ 0.67
VPS39Q96JC1 RAX2-201ENST00000555633 2414 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.21■□□□□ 0.67
VPS39Q96JC1 CFC1-201ENST00000259216 1046 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.21■□□□□ 0.67
VPS39Q96JC1 CFC1B-201ENST00000281882 1071 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.21■□□□□ 0.67
VPS39Q96JC1 SIM2-201ENST00000290399 4442 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.21■□□□□ 0.67
VPS39Q96JC1 VMO1-201ENST00000328739 766 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.21■□□□□ 0.67
VPS39Q96JC1 TREX2-204ENST00000370212 861 ntTSL 5 BASIC19.21■□□□□ 0.67
VPS39Q96JC1 TREX2-205ENST00000370231 1255 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC19.21■□□□□ 0.67
VPS39Q96JC1 PLA2R1-202ENST00000392771 5160 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC19.21■□□□□ 0.67
VPS39Q96JC1 TREX2-207ENST00000393862 907 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC19.21■□□□□ 0.67
VPS39Q96JC1 TCAIM-203ENST00000396078 2178 ntTSL 1 (best) BASIC19.21■□□□□ 0.67
VPS39Q96JC1 BID-205ENST00000399774 2167 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.21■□□□□ 0.67
VPS39Q96JC1 NCBP2-207ENST00000452404 1133 ntTSL 2 BASIC19.21■□□□□ 0.67
VPS39Q96JC1 AC099522.1-201ENST00000505955 881 ntTSL 3 BASIC19.21■□□□□ 0.67
VPS39Q96JC1 ETS1-208ENST00000535549 4594 ntTSL 1 (best) BASIC19.21■□□□□ 0.67
VPS39Q96JC1 AC113189.1-201ENST00000570444 327 ntTSL 3 BASIC19.21■□□□□ 0.67
VPS39Q96JC1 EML2-AS1-202ENST00000591087 838 ntTSL 3 BASIC19.21■□□□□ 0.67
VPS39Q96JC1 KBTBD2-201ENST00000304056 3745 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.21■□□□□ 0.67
VPS39Q96JC1 AGTR1-201ENST00000349243 2356 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.21■□□□□ 0.67
VPS39Q96JC1 ITGB5-201ENST00000296181 4372 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.21■□□□□ 0.67
VPS39Q96JC1 ACVR1B-205ENST00000541224 1791 ntTSL 2 BASIC19.21■□□□□ 0.67
VPS39Q96JC1 TACO1-201ENST00000258975 1469 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.21■□□□□ 0.67
VPS39Q96JC1 ZNF302-214ENST00000613363 2893 ntAPPRIS ALT2 TSL 4 BASIC19.21■□□□□ 0.67
VPS39Q96JC1 C19orf84-202ENST00000574814 1318 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC19.21■□□□□ 0.67
VPS39Q96JC1 LTBP3-202ENST00000322147 4046 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC19.21■□□□□ 0.67
VPS39Q96JC1 TSG101-201ENST00000251968 1824 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.21■□□□□ 0.67
VPS39Q96JC1 SMC5-AS1-201ENST00000594708 1818 ntTSL 2 BASIC19.21■□□□□ 0.67
VPS39Q96JC1 AHCYL2-201ENST00000325006 5056 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC19.2■□□□□ 0.66
VPS39Q96JC1 DUSP1-201ENST00000239223 2019 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.2■□□□□ 0.66
VPS39Q96JC1 ULK2-201ENST00000361658 3908 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.2■□□□□ 0.66
VPS39Q96JC1 SYTL1-201ENST00000318074 1900 ntTSL 2 BASIC19.2■□□□□ 0.66
VPS39Q96JC1 CCDC34-201ENST00000317945 2109 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC19.2■□□□□ 0.66
VPS39Q96JC1 LRRC26-201ENST00000371542 1209 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.2■□□□□ 0.66
VPS39Q96JC1 DGCR6L-202ENST00000405465 962 ntTSL 3 BASIC19.2■□□□□ 0.66
VPS39Q96JC1 C2orf82-203ENST00000409533 561 ntAPPRIS P2 TSL 4 BASIC19.2■□□□□ 0.66
VPS39Q96JC1 TUBB8P6-201ENST00000436895 1288 ntBASIC19.2■□□□□ 0.66
VPS39Q96JC1 CENPS-CORT-202ENST00000465026 494 ntTSL 3 BASIC19.2■□□□□ 0.66
VPS39Q96JC1 TNIK-208ENST00000465393 750 ntTSL 1 (best) BASIC19.2■□□□□ 0.66
VPS39Q96JC1 CENPS-CORT-203ENST00000470413 626 ntTSL 2 BASIC19.2■□□□□ 0.66
VPS39Q96JC1 UNC93B6-201ENST00000525262 1143 ntTSL 5 BASIC19.2■□□□□ 0.66
VPS39Q96JC1 RGMA-211ENST00000557420 989 ntTSL 3 BASIC19.2■□□□□ 0.66
VPS39Q96JC1 AC068987.1-201ENST00000562996 427 ntTSL 3 BASIC19.2■□□□□ 0.66
VPS39Q96JC1 FIGNL2-201ENST00000564840 4693 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC19.2■□□□□ 0.66
VPS39Q96JC1 FFAR3-202ENST00000594310 1182 ntAPPRIS P1 BASIC19.2■□□□□ 0.66
VPS39Q96JC1 NCBP2-AS2-201ENST00000602845 918 ntAPPRIS P1 BASIC19.2■□□□□ 0.66
VPS39Q96JC1 GAREM2-201ENST00000401533 4161 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.2■□□□□ 0.66
VPS39Q96JC1 COBL-202ENST00000395540 2332 ntTSL 1 (best) BASIC19.2■□□□□ 0.66
VPS39Q96JC1 ILKAP-201ENST00000254654 1490 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.2■□□□□ 0.66
VPS39Q96JC1 PTGER3-203ENST00000354608 1470 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC19.2■□□□□ 0.66
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 25.8 ms