Protein–RNA interactions for Protein: Q6ZMZ3

SYNE3, Nesprin-3, humanhuman

Predictions only

Length 975 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
SYNE3Q6ZMZ3 WNK2-202ENST00000395477 6834 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC22.58■■□□□ 1.2
SYNE3Q6ZMZ3 TM7SF3-201ENST00000343028 2709 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.58■■□□□ 1.2
SYNE3Q6ZMZ3 TNPO2-203ENST00000450764 4993 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC22.57■■□□□ 1.2
SYNE3Q6ZMZ3 ASMTL-202ENST00000381333 2035 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC22.57■■□□□ 1.2
SYNE3Q6ZMZ3 SDHAP1-207ENST00000440850 2000 ntBASIC22.57■■□□□ 1.2
SYNE3Q6ZMZ3 LINC01743-201ENST00000366308 964 ntTSL 1 (best) BASIC22.57■■□□□ 1.2
SYNE3Q6ZMZ3 DUSP15-205ENST00000398084 1256 ntTSL 5 BASIC22.57■■□□□ 1.2
SYNE3Q6ZMZ3 BABAM1-202ENST00000447614 930 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC22.57■■□□□ 1.2
SYNE3Q6ZMZ3 ADAMTS19-AS1-201ENST00000502827 786 ntTSL 4 BASIC22.57■■□□□ 1.2
SYNE3Q6ZMZ3 TMEM9B-203ENST00000528117 949 ntTSL 2 BASIC22.57■■□□□ 1.2
SYNE3Q6ZMZ3 CR392000.1-201ENST00000624770 1228 ntBASIC22.57■■□□□ 1.2
SYNE3Q6ZMZ3 FGF13-208ENST00000626909 1039 ntTSL 2 BASIC22.57■■□□□ 1.2
SYNE3Q6ZMZ3 CSF1-203ENST00000369801 1364 ntTSL 1 (best) BASIC22.57■■□□□ 1.2
SYNE3Q6ZMZ3 GTF3A-201ENST00000381140 1383 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.57■■□□□ 1.2
SYNE3Q6ZMZ3 NAT6-204ENST00000443094 1464 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.57■■□□□ 1.2
SYNE3Q6ZMZ3 RBL2-201ENST00000262133 4906 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.57■■□□□ 1.2
SYNE3Q6ZMZ3 FAM91A1-201ENST00000334705 5511 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.57■■□□□ 1.2
SYNE3Q6ZMZ3 STXBP6-203ENST00000419632 1970 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.57■■□□□ 1.2
SYNE3Q6ZMZ3 FARSA-207ENST00000588025 2057 ntTSL 5 BASIC22.57■■□□□ 1.2
SYNE3Q6ZMZ3 RELB-207ENST00000625761 2279 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC22.57■■□□□ 1.2
SYNE3Q6ZMZ3 AURKA-202ENST00000347343 2248 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.57■■□□□ 1.2
SYNE3Q6ZMZ3 TM9SF1-203ENST00000524835 1938 ntTSL 2 BASIC22.57■■□□□ 1.2
SYNE3Q6ZMZ3 TUBA8-201ENST00000316027 1518 ntTSL 2 BASIC22.57■■□□□ 1.2
SYNE3Q6ZMZ3 WISP2-201ENST00000190983 1403 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.57■■□□□ 1.2
SYNE3Q6ZMZ3 KRT16P1-201ENST00000399124 1418 ntBASIC22.57■■□□□ 1.2
SYNE3Q6ZMZ3 KIF16B-206ENST00000636835 5109 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.56■■□□□ 1.2
SYNE3Q6ZMZ3 TRMT2A-201ENST00000252136 2964 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC22.56■■□□□ 1.2
SYNE3Q6ZMZ3 BACE2-202ENST00000330333 2993 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.56■■□□□ 1.2
SYNE3Q6ZMZ3 LDHD-201ENST00000300051 2067 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC22.56■■□□□ 1.2
SYNE3Q6ZMZ3 STARD3-219ENST00000580611 1989 ntTSL 5 BASIC22.56■■□□□ 1.2
SYNE3Q6ZMZ3 CHMP6-201ENST00000325167 1664 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.56■■□□□ 1.2
SYNE3Q6ZMZ3 MEN1-208ENST00000394374 3155 ntAPPRIS P3 TSL 5 BASIC22.56■■□□□ 1.2
SYNE3Q6ZMZ3 C6orf132-202ENST00000356542 894 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC22.56■■□□□ 1.2
SYNE3Q6ZMZ3 NME6-209ENST00000442597 757 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.56■■□□□ 1.2
SYNE3Q6ZMZ3 CCDC124-201ENST00000445755 938 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC22.56■■□□□ 1.2
SYNE3Q6ZMZ3 AL049780.2-201ENST00000556236 367 ntTSL 3 BASIC22.56■■□□□ 1.2
SYNE3Q6ZMZ3 CCDC124-203ENST00000597436 1055 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.56■■□□□ 1.2
SYNE3Q6ZMZ3 AC004816.2-201ENST00000622856 284 ntTSL 5 BASIC22.56■■□□□ 1.2
SYNE3Q6ZMZ3 CXXC5-201ENST00000302517 2658 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.56■■□□□ 1.2
SYNE3Q6ZMZ3 KCNMA1-278ENST00000640141 5705 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC22.56■■□□□ 1.2
SYNE3Q6ZMZ3 MARK2-208ENST00000508192 2924 ntAPPRIS P3 TSL 5 BASIC22.56■■□□□ 1.2
SYNE3Q6ZMZ3 FHL1-219ENST00000618438 2178 ntTSL 3 BASIC22.56■■□□□ 1.2
SYNE3Q6ZMZ3 NKX1-2-201ENST00000451024 3364 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC22.56■■□□□ 1.2
SYNE3Q6ZMZ3 SLC3A2-206ENST00000535296 2084 ntTSL 5 BASIC22.56■■□□□ 1.2
SYNE3Q6ZMZ3 BRSK1-201ENST00000309383 3079 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.56■■□□□ 1.2
SYNE3Q6ZMZ3 DSCC1-201ENST00000313655 2314 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.56■■□□□ 1.2
SYNE3Q6ZMZ3 RBM45-201ENST00000286070 1785 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC22.55■■□□□ 1.2
SYNE3Q6ZMZ3 TRIM58-201ENST00000366481 3225 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.55■■□□□ 1.2
SYNE3Q6ZMZ3 ITPKB-202ENST00000366784 3146 ntTSL 1 (best) BASIC22.55■■□□□ 1.2
SYNE3Q6ZMZ3 QSOX2-201ENST00000358701 4530 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC22.55■■□□□ 1.2
SYNE3Q6ZMZ3 ALDH7A1-215ENST00000553117 1935 ntTSL 2 BASIC22.55■■□□□ 1.2
SYNE3Q6ZMZ3 MRM3-201ENST00000304478 1809 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.55■■□□□ 1.2
SYNE3Q6ZMZ3 PDLIM2-204ENST00000397760 1847 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.55■■□□□ 1.2
SYNE3Q6ZMZ3 SPON2-203ENST00000431380 1802 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC22.55■■□□□ 1.2
SYNE3Q6ZMZ3 ANXA8L1-201ENST00000584982 2174 ntTSL 2 BASIC22.55■■□□□ 1.2
SYNE3Q6ZMZ3 KLHDC10-201ENST00000335420 6437 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.55■■□□□ 1.2
SYNE3Q6ZMZ3 RPS6KB2-201ENST00000312629 1733 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.55■■□□□ 1.2
SYNE3Q6ZMZ3 RPS2P55-201ENST00000397318 883 ntBASIC22.55■■□□□ 1.2
SYNE3Q6ZMZ3 CCDC74B-203ENST00000409128 789 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC22.55■■□□□ 1.2
SYNE3Q6ZMZ3 CCK-203ENST00000434608 747 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.55■■□□□ 1.2
SYNE3Q6ZMZ3 GLYCTK-205ENST00000473032 935 ntTSL 1 (best) BASIC22.55■■□□□ 1.2
SYNE3Q6ZMZ3 WDR86-AS1-203ENST00000480632 704 ntTSL 1 (best) BASIC22.55■■□□□ 1.2
SYNE3Q6ZMZ3 AC107956.1-201ENST00000494359 873 ntBASIC22.55■■□□□ 1.2
SYNE3Q6ZMZ3 AMN1-211ENST00000541931 880 ntTSL 1 (best) BASIC22.55■■□□□ 1.2
SYNE3Q6ZMZ3 TMEM235-204ENST00000551068 1187 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC22.55■■□□□ 1.2
SYNE3Q6ZMZ3 HLX-AS1-201ENST00000552026 563 ntTSL 4 BASIC22.55■■□□□ 1.2
SYNE3Q6ZMZ3 USP36-216ENST00000589424 970 ntTSL 5 BASIC22.55■■□□□ 1.2
SYNE3Q6ZMZ3 LGALS12-203ENST00000394618 1618 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC22.55■■□□□ 1.2
SYNE3Q6ZMZ3 FAM109B-201ENST00000321753 2335 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.55■■□□□ 1.2
SYNE3Q6ZMZ3 GAS2L1-208ENST00000616432 2925 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.55■■□□□ 1.2
SYNE3Q6ZMZ3 DNAL4-201ENST00000216068 1504 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.55■■□□□ 1.2
SYNE3Q6ZMZ3 ZNF843-203ENST00000618063 1765 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC22.55■■□□□ 1.2
SYNE3Q6ZMZ3 SGO1-209ENST00000442720 2266 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.55■■□□□ 1.2
SYNE3Q6ZMZ3 FBXL16-203ENST00000562563 2257 ntTSL 2 BASIC22.55■■□□□ 1.2
SYNE3Q6ZMZ3 CYP2E1-205ENST00000463117 1912 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC22.55■■□□□ 1.2
SYNE3Q6ZMZ3 UBTF-203ENST00000393606 2683 ntTSL 1 (best) BASIC22.54■■□□□ 1.2
SYNE3Q6ZMZ3 NGLY1-202ENST00000280700 2473 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.54■■□□□ 1.2
SYNE3Q6ZMZ3 CASTOR1-202ENST00000407689 1623 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.54■■□□□ 1.2
SYNE3Q6ZMZ3 ALDOA-212ENST00000564546 2104 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC22.54■■□□□ 1.2
SYNE3Q6ZMZ3 DBNL-219ENST00000490734 2004 ntTSL 2 BASIC22.54■■□□□ 1.2
SYNE3Q6ZMZ3 KCTD18-201ENST00000359878 2940 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.54■■□□□ 1.2
SYNE3Q6ZMZ3 CLDND2-201ENST00000291715 974 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.54■■□□□ 1.2
SYNE3Q6ZMZ3 TMEM223-201ENST00000307366 1288 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.54■■□□□ 1.2
SYNE3Q6ZMZ3 C7orf50-201ENST00000357429 1294 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC22.54■■□□□ 1.2
SYNE3Q6ZMZ3 SAPCD2P4-201ENST00000424595 1171 ntBASIC22.54■■□□□ 1.2
SYNE3Q6ZMZ3 EFTUD1P1-201ENST00000558187 596 ntTSL 4 BASIC22.54■■□□□ 1.2
SYNE3Q6ZMZ3 NTAN1-211ENST00000622833 1049 ntTSL 2 BASIC22.54■■□□□ 1.2
SYNE3Q6ZMZ3 NTAN1-212ENST00000624579 1115 ntTSL 2 BASIC22.54■■□□□ 1.2
SYNE3Q6ZMZ3 MFHAS1-201ENST00000276282 6414 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.54■■□□□ 1.2
SYNE3Q6ZMZ3 TBX21-201ENST00000177694 2572 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.54■■□□□ 1.2
SYNE3Q6ZMZ3 IMPAD1-201ENST00000262644 7199 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.54■■□□□ 1.2
SYNE3Q6ZMZ3 NDUFA10-203ENST00000404554 1557 ntTSL 5 BASIC22.54■■□□□ 1.2
SYNE3Q6ZMZ3 GALNT2-201ENST00000366672 4454 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.54■■□□□ 1.2
SYNE3Q6ZMZ3 TMC5-203ENST00000396229 4917 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC22.54■■□□□ 1.2
SYNE3Q6ZMZ3 SKOR2-202ENST00000425639 3899 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC22.54■■□□□ 1.2
SYNE3Q6ZMZ3 PCID2-202ENST00000337344 1898 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC22.54■■□□□ 1.2
SYNE3Q6ZMZ3 SMOC2-206ENST00000535039 1875 ntTSL 5 BASIC22.54■■□□□ 1.2
SYNE3Q6ZMZ3 ADAMTS19-201ENST00000274487 5234 ntTSL 1 (best) BASIC22.54■■□□□ 1.2
SYNE3Q6ZMZ3 EARS2-210ENST00000564501 2027 ntTSL 5 BASIC22.53■■□□□ 1.2
SYNE3Q6ZMZ3 ARFRP1-208ENST00000612256 2974 ntTSL 1 (best) BASIC22.53■■□□□ 1.2
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 22.5 ms