Protein–RNA interactions for Protein: Q13263

TRIM28, Transcription intermediary factor 1-beta, humanhuman

Known RBP Predictions only

Length 835 aa.

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Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
TRIM28Q13263 PCSK6-215ENST00000611967 3336 ntTSL 1 (best) BASIC23.9■■□□□ 1.42
TRIM28Q13263 DNAJB5-203ENST00000453597 2589 ntTSL 2 BASIC23.9■■□□□ 1.42
TRIM28Q13263 GUCY1A3-210ENST00000513574 2656 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.89■■□□□ 1.42
TRIM28Q13263 MRM3-201ENST00000304478 1809 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.89■■□□□ 1.42
TRIM28Q13263 CYB561-205ENST00000542042 1302 ntTSL 2 BASIC23.89■■□□□ 1.42
TRIM28Q13263 SPAG4-201ENST00000374273 1453 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.89■■□□□ 1.42
TRIM28Q13263 FAM129C-205ENST00000595684 2265 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.89■■□□□ 1.42
TRIM28Q13263 ALDH7A1-215ENST00000553117 1935 ntTSL 2 BASIC23.89■■□□□ 1.42
TRIM28Q13263 AC019068.1-202ENST00000483218 768 ntTSL 3 BASIC23.89■■□□□ 1.41
TRIM28Q13263 MOK-234ENST00000524370 1165 ntTSL 1 (best) BASIC23.89■■□□□ 1.41
TRIM28Q13263 SSSCA1-206ENST00000531405 879 ntTSL 2 BASIC23.89■■□□□ 1.41
TRIM28Q13263 AKTIP-212ENST00000570004 1162 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC23.89■■□□□ 1.41
TRIM28Q13263 EEF2KMT-206ENST00000587133 873 ntAPPRIS ALT2 TSL 3 BASIC23.89■■□□□ 1.41
TRIM28Q13263 KLK7-206ENST00000597707 1054 ntTSL 1 (best) BASIC23.89■■□□□ 1.41
TRIM28Q13263 AL121956.5-201ENST00000625261 221 ntBASIC23.89■■□□□ 1.41
TRIM28Q13263 RAB5A-201ENST00000273047 2536 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.89■■□□□ 1.41
TRIM28Q13263 DEDD2-204ENST00000595337 1894 ntAPPRIS P3 TSL 3 BASIC23.89■■□□□ 1.41
TRIM28Q13263 WFIKKN1-201ENST00000319070 2028 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.89■■□□□ 1.41
TRIM28Q13263 PKMYT1-201ENST00000262300 2171 ntTSL 1 (best) BASIC23.89■■□□□ 1.41
TRIM28Q13263 SLC25A41-201ENST00000321510 1532 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC23.89■■□□□ 1.41
TRIM28Q13263 SKI-201ENST00000378536 5613 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.89■■□□□ 1.41
TRIM28Q13263 TFEB-211ENST00000420312 1996 ntTSL 5 BASIC23.89■■□□□ 1.41
TRIM28Q13263 AL035252.2-201ENST00000454676 3168 ntTSL 2 BASIC23.89■■□□□ 1.41
TRIM28Q13263 KIF22-203ENST00000561482 2505 ntTSL 2 BASIC23.88■■□□□ 1.41
TRIM28Q13263 ART1-201ENST00000250693 1312 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.88■■□□□ 1.41
TRIM28Q13263 CYSTM1-201ENST00000261811 1336 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.88■■□□□ 1.41
TRIM28Q13263 PRKG2-207ENST00000628926 2623 ntTSL 2 BASIC23.88■■□□□ 1.41
TRIM28Q13263 SPATS2L-204ENST00000409140 2463 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC23.88■■□□□ 1.41
TRIM28Q13263 RRS1-201ENST00000320270 1706 ntAPPRIS P1 BASIC23.88■■□□□ 1.41
TRIM28Q13263 MCIDAS-201ENST00000513312 1736 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.88■■□□□ 1.41
TRIM28Q13263 ACTR5-201ENST00000243903 2565 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.88■■□□□ 1.41
TRIM28Q13263 KRT8P3-201ENST00000519669 1449 ntBASIC23.88■■□□□ 1.41
TRIM28Q13263 IFNL4-203ENST00000634680 1421 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.88■■□□□ 1.41
TRIM28Q13263 LCE4A-202ENST00000368777 672 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC23.88■■□□□ 1.41
TRIM28Q13263 PTGDS-202ENST00000371625 807 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.88■■□□□ 1.41
TRIM28Q13263 KCTD1-202ENST00000408011 2103 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.88■■□□□ 1.41
TRIM28Q13263 HSD11B1L-205ENST00000422535 730 ntTSL 1 (best) BASIC23.88■■□□□ 1.41
TRIM28Q13263 KRT18P38-201ENST00000449496 1282 ntBASIC23.88■■□□□ 1.41
TRIM28Q13263 FAM86EP-206ENST00000510506 987 ntBASIC23.88■■□□□ 1.41
TRIM28Q13263 UBA52-210ENST00000598780 668 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC23.88■■□□□ 1.41
TRIM28Q13263 IRF7-201ENST00000330243 1992 ntAPPRIS P4 TSL 5 BASIC23.88■■□□□ 1.41
TRIM28Q13263 FAM129C-208ENST00000599164 2073 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC23.88■■□□□ 1.41
TRIM28Q13263 MYCN-201ENST00000281043 2602 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC23.88■■□□□ 1.41
TRIM28Q13263 TAX1BP3-201ENST00000225525 1377 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.88■■□□□ 1.41
TRIM28Q13263 ZMYM5-202ENST00000382905 1382 ntTSL 1 (best) BASIC23.88■■□□□ 1.41
TRIM28Q13263 DUSP1-201ENST00000239223 2019 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.88■■□□□ 1.41
TRIM28Q13263 TH-203ENST00000352909 1889 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.87■■□□□ 1.41
TRIM28Q13263 MLST8-202ENST00000382450 1861 ntAPPRIS ALT1 TSL 2 BASIC23.87■■□□□ 1.41
TRIM28Q13263 MLST8-215ENST00000564088 1861 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC23.87■■□□□ 1.41
TRIM28Q13263 CYP2A7-202ENST00000301146 2281 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.87■■□□□ 1.41
TRIM28Q13263 IRF7-202ENST00000348655 1801 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.87■■□□□ 1.41
TRIM28Q13263 UPK3B-201ENST00000257632 1296 ntAPPRIS P5 TSL 2 BASIC23.87■■□□□ 1.41
TRIM28Q13263 BET1L-202ENST00000332865 533 ntTSL 5 BASIC23.87■■□□□ 1.41
TRIM28Q13263 LINC01063-201ENST00000441644 348 ntTSL 3 BASIC23.87■■□□□ 1.41
TRIM28Q13263 MAP3K13-213ENST00000454237 526 ntTSL 3 BASIC23.87■■□□□ 1.41
TRIM28Q13263 SNX5-210ENST00000481323 562 ntTSL 3 BASIC23.87■■□□□ 1.41
TRIM28Q13263 EHMT1-211ENST00000482340 691 ntTSL 5 BASIC23.87■■□□□ 1.41
TRIM28Q13263 AC140504.1-202ENST00000568222 652 ntTSL 5 BASIC23.87■■□□□ 1.41
TRIM28Q13263 C1QTNF8-202ENST00000621771 897 ntTSL 5 BASIC23.87■■□□□ 1.41
TRIM28Q13263 PWWP2AP1-201ENST00000429776 2273 ntBASIC23.87■■□□□ 1.41
TRIM28Q13263 DOK7-206ENST00000515886 2263 ntTSL 2 BASIC23.87■■□□□ 1.41
TRIM28Q13263 UBE2F-205ENST00000414443 2100 ntTSL 2 BASIC23.87■■□□□ 1.41
TRIM28Q13263 ACTG1-201ENST00000331925 1994 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.87■■□□□ 1.41
TRIM28Q13263 KCNN2-207ENST00000610748 2091 ntTSL 3 BASIC23.87■■□□□ 1.41
TRIM28Q13263 FAM216A-201ENST00000377673 1582 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.86■■□□□ 1.41
TRIM28Q13263 TEAD2-210ENST00000601519 2167 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC23.86■■□□□ 1.41
TRIM28Q13263 PBX1-222ENST00000627490 1769 ntTSL 2 BASIC23.86■■□□□ 1.41
TRIM28Q13263 TNFRSF1A-213ENST00000540022 1527 ntTSL 1 (best) BASIC23.86■■□□□ 1.41
TRIM28Q13263 CXCL16-201ENST00000293778 2222 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC23.86■■□□□ 1.41
TRIM28Q13263 IMP3-202ENST00000403490 1237 ntAPPRIS P1 BASIC23.86■■□□□ 1.41
TRIM28Q13263 ST6GALNAC4P1-201ENST00000435385 499 ntBASIC23.86■■□□□ 1.41
TRIM28Q13263 GCSHP2-201ENST00000560971 527 ntBASIC23.86■■□□□ 1.41
TRIM28Q13263 AC004448.5-201ENST00000579897 567 ntTSL 5 BASIC23.86■■□□□ 1.41
TRIM28Q13263 CENPS-CORT-205ENST00000602787 571 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC23.86■■□□□ 1.41
TRIM28Q13263 HYMAI.1-201ENST00000620949 238 ntBASIC23.86■■□□□ 1.41
TRIM28Q13263 DFFB-212ENST00000625756 649 ntTSL 5 BASIC23.86■■□□□ 1.41
TRIM28Q13263 PCCB-216ENST00000483687 1727 ntTSL 3 BASIC23.86■■□□□ 1.41
TRIM28Q13263 KCNC2-204ENST00000540018 2168 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC23.86■■□□□ 1.41
TRIM28Q13263 INAFM2-202ENST00000638170 3052 ntAPPRIS P1 BASIC23.86■■□□□ 1.41
TRIM28Q13263 CKMT1A-202ENST00000413453 1911 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.86■■□□□ 1.41
TRIM28Q13263 MRFAP1-201ENST00000320912 2049 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC23.86■■□□□ 1.41
TRIM28Q13263 SPNS1-203ENST00000334536 2027 ntTSL 1 (best) BASIC23.86■■□□□ 1.41
TRIM28Q13263 KRT13-202ENST00000336861 1673 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.86■■□□□ 1.41
TRIM28Q13263 GPAT2P1-201ENST00000444924 1672 ntBASIC23.86■■□□□ 1.41
TRIM28Q13263 CLK3-202ENST00000395066 2621 ntTSL 1 (best) BASIC23.85■■□□□ 1.41
TRIM28Q13263 GJA4-201ENST00000342280 1622 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.85■■□□□ 1.41
TRIM28Q13263 CYP2F1-201ENST00000331105 1720 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.85■■□□□ 1.41
TRIM28Q13263 GDF5OS-201ENST00000374375 1734 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC23.85■■□□□ 1.41
TRIM28Q13263 STARP1-201ENST00000397973 869 ntBASIC23.85■■□□□ 1.41
TRIM28Q13263 GGT1-205ENST00000403838 1033 ntTSL 1 (best) BASIC23.85■■□□□ 1.41
TRIM28Q13263 AL023284.2-201ENST00000405850 579 ntBASIC23.85■■□□□ 1.41
TRIM28Q13263 DMKN-208ENST00000424570 1293 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.85■■□□□ 1.41
TRIM28Q13263 ISOC2-202ENST00000425675 998 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.85■■□□□ 1.41
TRIM28Q13263 SPAG16-207ENST00000432529 1250 ntTSL 1 (best) BASIC23.85■■□□□ 1.41
TRIM28Q13263 INTS11-208ENST00000435064 2148 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.85■■□□□ 1.41
TRIM28Q13263 AF250324.1-201ENST00000506276 703 ntTSL 3 BASIC23.85■■□□□ 1.41
TRIM28Q13263 C5orf49-202ENST00000509627 1020 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.85■■□□□ 1.41
TRIM28Q13263 DRAP1-205ENST00000527119 581 ntTSL 5 BASIC23.85■■□□□ 1.41
TRIM28Q13263 AC006001.3-204ENST00000638711 2103 ntTSL 5 BASIC23.85■■□□□ 1.41
TRIM28Q13263 AL772307.1-201ENST00000639363 1066 ntTSL 2 BASIC23.85■■□□□ 1.41
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