Protein–RNA interactions for Protein: Q12873

CHD3, Chromodomain-helicase-DNA-binding protein 3, humanhuman

Known RBP Predictions only

Length 2,000 aa.

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Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
CHD3Q12873 SAAL1-202ENST00000524803 1582 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC16.48■□□□□ 0.23
CHD3Q12873 LY6L-201ENST00000562505 988 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC16.48■□□□□ 0.23
CHD3Q12873 PRR29-205ENST00000579184 1052 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC16.48■□□□□ 0.23
CHD3Q12873 AC016582.3-201ENST00000589653 561 ntTSL 4 BASIC16.48■□□□□ 0.23
CHD3Q12873 NBPF14-202ENST00000593495 1082 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.48■□□□□ 0.23
CHD3Q12873 AL121894.2-201ENST00000602977 491 ntBASIC16.48■□□□□ 0.23
CHD3Q12873 BDKRB1-204ENST00000611804 1085 ntAPPRIS P1 BASIC16.48■□□□□ 0.23
CHD3Q12873 TMEM114-203ENST00000620492 945 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC16.48■□□□□ 0.23
CHD3Q12873 SLC22A17-211ENST00000637426 1563 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC16.48■□□□□ 0.23
CHD3Q12873 AC097662.2-201ENST00000641359 267 ntAPPRIS P1 BASIC16.48■□□□□ 0.23
CHD3Q12873 PTPRJ-201ENST00000418331 5122 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC16.48■□□□□ 0.23
CHD3Q12873 ZNF331-214ENST00000511154 2120 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.48■□□□□ 0.23
CHD3Q12873 TBC1D10A-204ENST00000403477 1950 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC16.48■□□□□ 0.23
CHD3Q12873 TRMT6-202ENST00000453074 2239 ntTSL 2 BASIC16.48■□□□□ 0.23
CHD3Q12873 ANKRD24-201ENST00000262970 3711 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC16.48■□□□□ 0.23
CHD3Q12873 CELF6-205ENST00000567083 1496 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC16.48■□□□□ 0.23
CHD3Q12873 CFP-201ENST00000247153 1713 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC16.48■□□□□ 0.23
CHD3Q12873 BTD-202ENST00000383778 2261 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC16.48■□□□□ 0.23
CHD3Q12873 MAPK9-208ENST00000455781 4336 ntAPPRIS ALT1 TSL 2 BASIC16.48■□□□□ 0.23
CHD3Q12873 AKAP8L-201ENST00000397410 2146 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.48■□□□□ 0.23
CHD3Q12873 CEP55-201ENST00000371485 2638 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.48■□□□□ 0.23
CHD3Q12873 MIR1238-201ENST00000408483 83 ntBASIC16.48■□□□□ 0.23
CHD3Q12873 RAMP1-204ENST00000409726 734 ntTSL 3 BASIC16.48■□□□□ 0.23
CHD3Q12873 TOLLIP-AS1-201ENST00000530897 939 ntBASIC16.48■□□□□ 0.23
CHD3Q12873 AP000525.1-201ENST00000608286 694 ntBASIC16.48■□□□□ 0.23
CHD3Q12873 SCPEP1-216ENST00000631024 444 ntTSL 5 BASIC16.48■□□□□ 0.23
CHD3Q12873 DUSP15-209ENST00000486996 1651 ntTSL 2 BASIC16.48■□□□□ 0.23
CHD3Q12873 BACE2-202ENST00000330333 2993 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.48■□□□□ 0.23
CHD3Q12873 SYTL1-210ENST00000616558 1878 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.48■□□□□ 0.23
CHD3Q12873 KCNT1-201ENST00000263604 5245 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC16.47■□□□□ 0.23
CHD3Q12873 DRD5-201ENST00000304374 2330 ntAPPRIS P1 BASIC16.47■□□□□ 0.23
CHD3Q12873 KCNA3-201ENST00000369769 2569 ntAPPRIS P1 BASIC16.47■□□□□ 0.23
CHD3Q12873 ADGRA2-202ENST00000412232 5651 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.47■□□□□ 0.23
CHD3Q12873 MBD1-216ENST00000587605 1945 ntTSL 2 BASIC16.47■□□□□ 0.23
CHD3Q12873 P2RY6-210ENST00000542092 1674 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC16.47■□□□□ 0.23
CHD3Q12873 LSR-214ENST00000621372 2274 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC16.47■□□□□ 0.23
CHD3Q12873 PMF1-BGLAP-202ENST00000368276 852 ntTSL 3 BASIC16.47■□□□□ 0.23
CHD3Q12873 ID1-202ENST00000376112 994 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.47■□□□□ 0.23
CHD3Q12873 TMEM88B-201ENST00000378821 492 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC16.47■□□□□ 0.23
CHD3Q12873 BX890604.1-205ENST00000425492 856 ntTSL 1 (best) BASIC16.47■□□□□ 0.23
CHD3Q12873 KDM2B-217ENST00000543852 1188 ntTSL 5 BASIC16.47■□□□□ 0.23
CHD3Q12873 DGCR10-201ENST00000609839 495 ntBASIC16.47■□□□□ 0.23
CHD3Q12873 TPGS2-221ENST00000614939 1268 ntTSL 4 BASIC16.47■□□□□ 0.23
CHD3Q12873 SLC38A11-203ENST00000409149 1621 ntAPPRIS P2 TSL 2 BASIC16.47■□□□□ 0.23
CHD3Q12873 TRIM74-201ENST00000285805 1350 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC16.47■□□□□ 0.23
CHD3Q12873 TRIM73-201ENST00000323819 1358 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC16.47■□□□□ 0.23
CHD3Q12873 ABHD14A-ACY1-202ENST00000463937 1705 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC16.47■□□□□ 0.23
CHD3Q12873 TNFAIP2-209ENST00000560869 4683 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC16.47■□□□□ 0.23
CHD3Q12873 AMDHD2-201ENST00000293971 1459 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.47■□□□□ 0.23
CHD3Q12873 STOML1-209ENST00000564777 1849 ntTSL 1 (best) BASIC16.47■□□□□ 0.23
CHD3Q12873 PTPA-223ENST00000452489 2526 ntTSL 1 (best) BASIC16.47■□□□□ 0.23
CHD3Q12873 MOK-201ENST00000361847 1940 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC16.47■□□□□ 0.23
CHD3Q12873 FAM216A-201ENST00000377673 1582 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.47■□□□□ 0.23
CHD3Q12873 AC008073.3-201ENST00000610442 2281 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC16.47■□□□□ 0.23
CHD3Q12873 TP73-202ENST00000354437 2140 ntTSL 5 BASIC16.47■□□□□ 0.23
CHD3Q12873 RCCD1-201ENST00000394258 2689 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC16.47■□□□□ 0.23
CHD3Q12873 EDARADD-201ENST00000334232 858 ntTSL 1 (best) BASIC16.46■□□□□ 0.23
CHD3Q12873 FUOM-203ENST00000368552 762 ntTSL 1 (best) BASIC16.46■□□□□ 0.23
CHD3Q12873 ZNF32-201ENST00000374433 1137 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.46■□□□□ 0.23
CHD3Q12873 C6orf48-206ENST00000375641 602 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC16.46■□□□□ 0.23
CHD3Q12873 MAP1LC3A-203ENST00000397709 698 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC16.46■□□□□ 0.23
CHD3Q12873 AC022509.3-202ENST00000545819 566 ntTSL 3 BASIC16.46■□□□□ 0.23
CHD3Q12873 AL359399.1-201ENST00000557610 462 ntTSL 3 BASIC16.46■□□□□ 0.23
CHD3Q12873 AL031600.3-201ENST00000566287 1124 ntTSL 5 BASIC16.46■□□□□ 0.23
CHD3Q12873 AC010947.1-201ENST00000623454 693 ntBASIC16.46■□□□□ 0.23
CHD3Q12873 SPON2-203ENST00000431380 1802 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC16.46■□□□□ 0.23
CHD3Q12873 TXNRD3-205ENST00000640797 1824 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC16.46■□□□□ 0.23
CHD3Q12873 SDHA-201ENST00000264932 2390 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.46■□□□□ 0.23
CHD3Q12873 AC008105.1-201ENST00000587534 2003 ntTSL 2 BASIC16.46■□□□□ 0.23
CHD3Q12873 CHAC1-205ENST00000617961 1498 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.46■□□□□ 0.23
CHD3Q12873 ATPAF2-206ENST00000474627 1564 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.46■□□□□ 0.23
CHD3Q12873 DNAJC11-201ENST00000294401 2210 ntTSL 1 (best) BASIC16.46■□□□□ 0.23
CHD3Q12873 CPEB1-214ENST00000617522 2220 ntTSL 5 BASIC16.46■□□□□ 0.23
CHD3Q12873 CDHR5-201ENST00000349570 2318 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC16.46■□□□□ 0.23
CHD3Q12873 ACADVL-203ENST00000356839 2323 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.46■□□□□ 0.23
CHD3Q12873 CRTC1-204ENST00000601916 1834 ntTSL 5 BASIC16.46■□□□□ 0.23
CHD3Q12873 SPHK2-211ENST00000600537 2136 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC16.46■□□□□ 0.23
CHD3Q12873 NHLRC1-201ENST00000340650 2248 ntAPPRIS P1 BASIC16.46■□□□□ 0.23
CHD3Q12873 ZNF554-201ENST00000317243 2736 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.46■□□□□ 0.23
CHD3Q12873 ZNF281-202ENST00000367352 2933 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC16.46■□□□□ 0.23
CHD3Q12873 SWI5-201ENST00000320188 980 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC16.46■□□□□ 0.23
CHD3Q12873 ELOB-202ENST00000409477 997 ntTSL 1 (best) BASIC16.46■□□□□ 0.23
CHD3Q12873 ASH1L-AS1-202ENST00000456633 911 ntTSL 2 BASIC16.46■□□□□ 0.23
CHD3Q12873 BAALC-AS1-207ENST00000522856 594 ntTSL 3 BASIC16.46■□□□□ 0.23
CHD3Q12873 ANKRD54-211ENST00000609454 825 ntTSL 3 BASIC16.46■□□□□ 0.23
CHD3Q12873 PPM1L-204ENST00000497343 1589 ntTSL 2 BASIC16.46■□□□□ 0.23
CHD3Q12873 SPOCK3-215ENST00000510741 1963 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC16.46■□□□□ 0.23
CHD3Q12873 DOK1-201ENST00000233668 2555 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.46■□□□□ 0.23
CHD3Q12873 HCK-207ENST00000520553 2101 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC16.46■□□□□ 0.22
CHD3Q12873 MTX1-202ENST00000368376 1632 ntTSL 1 (best) BASIC16.46■□□□□ 0.22
CHD3Q12873 TRPV3-209ENST00000576742 2766 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC16.45■□□□□ 0.22
CHD3Q12873 DMRT2-201ENST00000259622 2459 ntTSL 2 BASIC16.45■□□□□ 0.22
CHD3Q12873 C14orf79-202ENST00000547315 2370 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC16.45■□□□□ 0.22
CHD3Q12873 CYP2A7-202ENST00000301146 2281 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.45■□□□□ 0.22
CHD3Q12873 DBNL-217ENST00000468694 2068 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC16.45■□□□□ 0.22
CHD3Q12873 PTAR1-205ENST00000472967 1689 ntTSL 2 BASIC16.45■□□□□ 0.22
CHD3Q12873 DNAJC4-201ENST00000321460 1015 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC16.45■□□□□ 0.22
CHD3Q12873 TSPY8-202ENST00000383000 1125 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC16.45■□□□□ 0.22
CHD3Q12873 TSPY2-202ENST00000383042 1125 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC16.45■□□□□ 0.22
CHD3Q12873 SNCB-202ENST00000393693 1234 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.45■□□□□ 0.22
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