Protein–RNA interactions for Protein: Q5VIR6

VPS53, Vacuolar protein sorting-associated protein 53 homolog, humanhuman

Predictions only

Length 699 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
VPS53Q5VIR6 DDRGK1-201ENST00000354488 1306 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.21■■□□□ 1.31
VPS53Q5VIR6 UBE2E1-201ENST00000306627 1511 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.21■■□□□ 1.31
VPS53Q5VIR6 ATPAF2-206ENST00000474627 1564 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.21■■□□□ 1.31
VPS53Q5VIR6 MUTYH-203ENST00000372098 1839 ntTSL 1 (best) BASIC23.21■■□□□ 1.31
VPS53Q5VIR6 MUTYH-204ENST00000372104 1823 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.21■■□□□ 1.31
VPS53Q5VIR6 MUTYH-205ENST00000372110 1809 ntTSL 1 (best) BASIC23.21■■□□□ 1.31
VPS53Q5VIR6 AC129492.1-201ENST00000399413 1804 ntTSL 1 (best) BASIC23.21■■□□□ 1.31
VPS53Q5VIR6 FAM83E-201ENST00000263266 1926 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.21■■□□□ 1.31
VPS53Q5VIR6 GTF3C5-201ENST00000342018 1905 ntTSL 5 BASIC23.21■■□□□ 1.31
VPS53Q5VIR6 BIRC2-206ENST00000530675 1927 ntTSL 2 BASIC23.21■■□□□ 1.31
VPS53Q5VIR6 SDHAP1-207ENST00000440850 2000 ntBASIC23.21■■□□□ 1.31
VPS53Q5VIR6 ZNF582-207ENST00000619584 2297 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.21■■□□□ 1.31
VPS53Q5VIR6 FBLN7-202ENST00000331203 2301 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.21■■□□□ 1.31
VPS53Q5VIR6 ECE1-205ENST00000436918 2328 ntTSL 2 BASIC23.21■■□□□ 1.31
VPS53Q5VIR6 ARFRP1-208ENST00000612256 2974 ntTSL 1 (best) BASIC23.21■■□□□ 1.31
VPS53Q5VIR6 TLE3-201ENST00000317509 5207 ntTSL 1 (best) BASIC23.2■■□□□ 1.31
VPS53Q5VIR6 MAP3K15-201ENST00000338883 4012 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC23.2■■□□□ 1.31
VPS53Q5VIR6 FOXC1-201ENST00000380874 3926 ntAPPRIS P1 BASIC23.2■■□□□ 1.31
VPS53Q5VIR6 BHLHE22-201ENST00000321870 3262 ntAPPRIS P1 BASIC23.2■■□□□ 1.3
VPS53Q5VIR6 AC087289.5-201ENST00000586076 3175 ntBASIC23.2■■□□□ 1.3
VPS53Q5VIR6 ISLR2-208ENST00000565159 2824 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC23.2■■□□□ 1.3
VPS53Q5VIR6 MATN4-202ENST00000360607 2127 ntTSL 1 (best) BASIC23.2■■□□□ 1.3
VPS53Q5VIR6 SPHK2-211ENST00000600537 2136 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC23.2■■□□□ 1.3
VPS53Q5VIR6 ANKRD18DP-204ENST00000455355 1975 ntBASIC23.2■■□□□ 1.3
VPS53Q5VIR6 ZNF815P-204ENST00000434898 1737 ntBASIC23.2■■□□□ 1.3
VPS53Q5VIR6 SLC25A41-201ENST00000321510 1532 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC23.2■■□□□ 1.3
VPS53Q5VIR6 C20orf27-201ENST00000217195 1302 ntTSL 2 BASIC23.2■■□□□ 1.3
VPS53Q5VIR6 FAM197Y1-201ENST00000421178 764 ntBASIC23.2■■□□□ 1.3
VPS53Q5VIR6 LRRC75A-AS1-205ENST00000475953 1201 ntTSL 1 (best) BASIC23.2■■□□□ 1.3
VPS53Q5VIR6 AP002982.1-201ENST00000492365 877 ntBASIC23.2■■□□□ 1.3
VPS53Q5VIR6 CXCL2-202ENST00000508487 1218 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.2■■□□□ 1.3
VPS53Q5VIR6 GRAP-204ENST00000573099 846 ntTSL 3 BASIC23.2■■□□□ 1.3
VPS53Q5VIR6 AL049637.2-201ENST00000641778 930 ntBASIC23.2■■□□□ 1.3
VPS53Q5VIR6 SH2B1-202ENST00000337120 6043 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.2■■□□□ 1.3
VPS53Q5VIR6 DRD5-201ENST00000304374 2330 ntAPPRIS P1 BASIC23.2■■□□□ 1.3
VPS53Q5VIR6 GRK2-201ENST00000308595 3466 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.2■■□□□ 1.3
VPS53Q5VIR6 GPR146-201ENST00000397095 1969 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.2■■□□□ 1.3
VPS53Q5VIR6 ALDH7A1-215ENST00000553117 1935 ntTSL 2 BASIC23.2■■□□□ 1.3
VPS53Q5VIR6 TXNRD3-205ENST00000640797 1824 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC23.19■■□□□ 1.3
VPS53Q5VIR6 BACE2-202ENST00000330333 2993 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.19■■□□□ 1.3
VPS53Q5VIR6 ABHD14A-ACY1-202ENST00000463937 1705 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC23.19■■□□□ 1.3
VPS53Q5VIR6 RND1-201ENST00000309739 1681 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.19■■□□□ 1.3
VPS53Q5VIR6 LRPPRC-202ENST00000409659 1610 ntTSL 5 BASIC23.19■■□□□ 1.3
VPS53Q5VIR6 MARCH8-201ENST00000319836 5272 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.19■■□□□ 1.3
VPS53Q5VIR6 DSCC1-201ENST00000313655 2314 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.19■■□□□ 1.3
VPS53Q5VIR6 MXD3-202ENST00000427908 2269 ntTSL 2 BASIC23.19■■□□□ 1.3
VPS53Q5VIR6 RELB-207ENST00000625761 2279 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC23.19■■□□□ 1.3
VPS53Q5VIR6 KAT5-203ENST00000377046 2237 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.19■■□□□ 1.3
VPS53Q5VIR6 FAM239A-202ENST00000438107 2155 ntTSL 5 BASIC23.19■■□□□ 1.3
VPS53Q5VIR6 C1orf52-203ENST00000471115 1219 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.19■■□□□ 1.3
VPS53Q5VIR6 ATP6V0E1-204ENST00000519911 718 ntTSL 2 BASIC23.19■■□□□ 1.3
VPS53Q5VIR6 BAALC-AS1-207ENST00000522856 594 ntTSL 3 BASIC23.19■■□□□ 1.3
VPS53Q5VIR6 AL359399.1-201ENST00000557610 462 ntTSL 3 BASIC23.19■■□□□ 1.3
VPS53Q5VIR6 AC097641.1-201ENST00000580671 588 ntTSL 4 BASIC23.19■■□□□ 1.3
VPS53Q5VIR6 TNNT1-208ENST00000587465 1065 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC23.19■■□□□ 1.3
VPS53Q5VIR6 ABBA01031674.1-201ENST00000635145 728 ntBASIC23.19■■□□□ 1.3
VPS53Q5VIR6 RETREG2-203ENST00000430297 4618 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.19■■□□□ 1.3
VPS53Q5VIR6 ILDR2-203ENST00000469934 1950 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC23.19■■□□□ 1.3
VPS53Q5VIR6 MBD3-201ENST00000156825 5518 ntTSL 1 (best) BASIC23.19■■□□□ 1.3
VPS53Q5VIR6 C5orf47-201ENST00000340147 2522 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.19■■□□□ 1.3
VPS53Q5VIR6 BRSK1-201ENST00000309383 3079 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.19■■□□□ 1.3
VPS53Q5VIR6 MFHAS1-201ENST00000276282 6414 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.19■■□□□ 1.3
VPS53Q5VIR6 HNRNPLL-206ENST00000410076 1687 ntTSL 1 (best) BASIC23.19■■□□□ 1.3
VPS53Q5VIR6 AC098818.2-201ENST00000564925 2320 ntBASIC23.19■■□□□ 1.3
VPS53Q5VIR6 REEP2-202ENST00000378339 2170 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC23.18■■□□□ 1.3
VPS53Q5VIR6 DNAL4-201ENST00000216068 1504 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.18■■□□□ 1.3
VPS53Q5VIR6 ASCC1-205ENST00000394919 2683 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC23.18■■□□□ 1.3
VPS53Q5VIR6 FAR2P2-204ENST00000424873 2070 ntTSL 2 BASIC23.18■■□□□ 1.3
VPS53Q5VIR6 DKK3-203ENST00000525493 1326 ntTSL 2 BASIC23.18■■□□□ 1.3
VPS53Q5VIR6 STOML1-209ENST00000564777 1849 ntTSL 1 (best) BASIC23.18■■□□□ 1.3
VPS53Q5VIR6 PRR14-203ENST00000542965 2316 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.18■■□□□ 1.3
VPS53Q5VIR6 TMEM223-201ENST00000307366 1288 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.18■■□□□ 1.3
VPS53Q5VIR6 TMSB4X-201ENST00000380633 495 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC23.18■■□□□ 1.3
VPS53Q5VIR6 CCDC124-201ENST00000445755 938 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC23.18■■□□□ 1.3
VPS53Q5VIR6 FOSL1-204ENST00000532401 1132 ntTSL 2 BASIC23.18■■□□□ 1.3
VPS53Q5VIR6 FAM98C-205ENST00000588262 826 ntTSL 1 (best) BASIC23.18■■□□□ 1.3
VPS53Q5VIR6 CCDC124-203ENST00000597436 1055 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.18■■□□□ 1.3
VPS53Q5VIR6 AL445675.2-201ENST00000620291 557 ntBASIC23.18■■□□□ 1.3
VPS53Q5VIR6 AP006294.2-201ENST00000641667 209 ntBASIC23.18■■□□□ 1.3
VPS53Q5VIR6 IMPAD1-201ENST00000262644 7199 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.18■■□□□ 1.3
VPS53Q5VIR6 KANSL1-218ENST00000638275 5352 ntTSL 5 BASIC23.18■■□□□ 1.3
VPS53Q5VIR6 PLD4-204ENST00000540372 2007 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC23.18■■□□□ 1.3
VPS53Q5VIR6 NRXN1-202ENST00000342183 3315 ntTSL 1 (best) BASIC23.18■■□□□ 1.3
VPS53Q5VIR6 TM9SF1-203ENST00000524835 1938 ntTSL 2 BASIC23.18■■□□□ 1.3
VPS53Q5VIR6 PLCB2-204ENST00000557821 4517 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC23.17■■□□□ 1.3
VPS53Q5VIR6 GTF3A-201ENST00000381140 1383 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.17■■□□□ 1.3
VPS53Q5VIR6 RALY-203ENST00000375114 6430 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.17■■□□□ 1.3
VPS53Q5VIR6 COX7A1-201ENST00000292907 762 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.17■■□□□ 1.3
VPS53Q5VIR6 ANKRD10-202ENST00000310847 1193 ntTSL 1 (best) BASIC23.17■■□□□ 1.3
VPS53Q5VIR6 RHOC-203ENST00000369632 1026 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC23.17■■□□□ 1.3
VPS53Q5VIR6 C1orf50-201ENST00000372525 996 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.17■■□□□ 1.3
VPS53Q5VIR6 AL353807.1-201ENST00000427475 662 ntBASIC23.17■■□□□ 1.3
VPS53Q5VIR6 AC004980.1-204ENST00000429707 299 ntBASIC23.17■■□□□ 1.3
VPS53Q5VIR6 ANAPC11-207ENST00000572639 578 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC23.17■■□□□ 1.3
VPS53Q5VIR6 CD177P1-201ENST00000606252 935 ntBASIC23.17■■□□□ 1.3
VPS53Q5VIR6 AC073195.1-201ENST00000607241 877 ntBASIC23.17■■□□□ 1.3
VPS53Q5VIR6 CR392000.1-201ENST00000624770 1228 ntBASIC23.17■■□□□ 1.3
VPS53Q5VIR6 SNX11-203ENST00000452859 1601 ntTSL 2 BASIC23.17■■□□□ 1.3
VPS53Q5VIR6 STXBP6-203ENST00000419632 1970 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.17■■□□□ 1.3
VPS53Q5VIR6 ARHGAP22-210ENST00000477708 1951 ntTSL 1 (best) BASIC23.17■■□□□ 1.3
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 26.6 ms