Protein–RNA interactions for Protein: P28370

SMARCA1, Probable global transcription activator SNF2L1, humanhuman

Predictions only

Length 1,054 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
SMARCA1P28370 TPPP3-202ENST00000393957 1058 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.1■■□□□ 1.13
SMARCA1P28370 SLC25A1P2-201ENST00000430693 912 ntBASIC22.1■■□□□ 1.13
SMARCA1P28370 CYP2D7-203ENST00000433992 1740 ntTSL 1 (best) BASIC22.1■■□□□ 1.13
SMARCA1P28370 AL365259.1-203ENST00000451660 707 ntTSL 3 BASIC22.1■■□□□ 1.13
SMARCA1P28370 YKT6-207ENST00000496112 1270 ntTSL 2 BASIC22.1■■□□□ 1.13
SMARCA1P28370 AC098864.1-204ENST00000513752 805 ntTSL 4 BASIC22.1■■□□□ 1.13
SMARCA1P28370 C2orf69P3-201ENST00000565542 1120 ntBASIC22.1■■□□□ 1.13
SMARCA1P28370 L34079.3-201ENST00000600242 546 ntTSL 4 BASIC22.1■■□□□ 1.13
SMARCA1P28370 UBE2E3-209ENST00000602710 1556 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.1■■□□□ 1.13
SMARCA1P28370 CYP2D7-207ENST00000612115 1734 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC22.1■■□□□ 1.13
SMARCA1P28370 AC010947.1-201ENST00000623454 693 ntBASIC22.1■■□□□ 1.13
SMARCA1P28370 AC097493.4-201ENST00000641197 219 ntBASIC22.1■■□□□ 1.13
SMARCA1P28370 AC087482.1-204ENST00000636067 2431 ntTSL 5 BASIC22.1■■□□□ 1.13
SMARCA1P28370 MARC2-202ENST00000366913 2134 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.1■■□□□ 1.13
SMARCA1P28370 GOLGA6L5P-202ENST00000515341 1828 ntBASIC22.1■■□□□ 1.13
SMARCA1P28370 SPNS1-201ENST00000311008 2208 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.1■■□□□ 1.13
SMARCA1P28370 CYP2E1-205ENST00000463117 1912 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC22.1■■□□□ 1.13
SMARCA1P28370 ATAD3A-202ENST00000378755 2612 ntTSL 2 BASIC22.1■■□□□ 1.13
SMARCA1P28370 ETV2-203ENST00000402764 1487 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC22.09■■□□□ 1.13
SMARCA1P28370 CYP2D8P-201ENST00000433633 1490 ntBASIC22.09■■□□□ 1.13
SMARCA1P28370 CALM2-201ENST00000272298 1302 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.09■■□□□ 1.13
SMARCA1P28370 CORO1B-201ENST00000341356 1881 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.09■■□□□ 1.13
SMARCA1P28370 PRPS1-203ENST00000372428 1748 ntTSL 2 BASIC22.09■■□□□ 1.13
SMARCA1P28370 FAM217A-201ENST00000274673 2265 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.09■■□□□ 1.13
SMARCA1P28370 ZNF385C-201ENST00000436535 1572 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC22.09■■□□□ 1.13
SMARCA1P28370 GPR137-204ENST00000438980 1596 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.09■■□□□ 1.13
SMARCA1P28370 CDCA4-201ENST00000336219 2513 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.09■■□□□ 1.13
SMARCA1P28370 MUS81-201ENST00000308110 2392 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.09■■□□□ 1.13
SMARCA1P28370 HOXB8-201ENST00000239144 1823 ntAPPRIS P2 TSL 2 BASIC22.09■■□□□ 1.13
SMARCA1P28370 QPCTL-202ENST00000366382 1814 ntTSL 2 BASIC22.09■■□□□ 1.13
SMARCA1P28370 MRGPRG-AS1-201ENST00000420873 1818 ntTSL 2 BASIC22.09■■□□□ 1.13
SMARCA1P28370 POLR2D-202ENST00000409698 806 ntTSL 2 BASIC22.09■■□□□ 1.13
SMARCA1P28370 AL050404.1-201ENST00000424566 802 ntTSL 2 BASIC22.09■■□□□ 1.13
SMARCA1P28370 AL139246.2-201ENST00000456687 1297 ntTSL 5 BASIC22.09■■□□□ 1.13
SMARCA1P28370 EGLN1P1-201ENST00000531623 762 ntBASIC22.09■■□□□ 1.13
SMARCA1P28370 AL023803.3-201ENST00000615559 522 ntBASIC22.09■■□□□ 1.13
SMARCA1P28370 HOXB6-201ENST00000225648 1660 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.09■■□□□ 1.13
SMARCA1P28370 ACTL6B-201ENST00000160382 1537 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.09■■□□□ 1.13
SMARCA1P28370 DTX4-201ENST00000227451 5642 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.09■■□□□ 1.13
SMARCA1P28370 KLRG2-201ENST00000340940 2197 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.09■■□□□ 1.13
SMARCA1P28370 PRMT1-201ENST00000391851 1393 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.09■■□□□ 1.13
SMARCA1P28370 APBB1-210ENST00000530885 1626 ntTSL 2 BASIC22.09■■□□□ 1.13
SMARCA1P28370 TH-203ENST00000352909 1889 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.09■■□□□ 1.13
SMARCA1P28370 FEM1AP3-201ENST00000403722 1741 ntBASIC22.09■■□□□ 1.13
SMARCA1P28370 SUSD1-204ENST00000374270 3124 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC22.09■■□□□ 1.13
SMARCA1P28370 PLIN2-201ENST00000276914 1972 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.08■■□□□ 1.13
SMARCA1P28370 NTNG2-202ENST00000393229 4792 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.08■■□□□ 1.13
SMARCA1P28370 KRT1-201ENST00000252244 2451 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.08■■□□□ 1.13
SMARCA1P28370 SMARCD2-203ENST00000448276 2716 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.08■■□□□ 1.13
SMARCA1P28370 CNTNAP3B-202ENST00000341990 2666 ntTSL 2 BASIC22.08■■□□□ 1.13
SMARCA1P28370 AC005332.7-201ENST00000614046 2005 ntBASIC22.08■■□□□ 1.13
SMARCA1P28370 MARCH9-201ENST00000266643 2982 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.08■■□□□ 1.13
SMARCA1P28370 TMIGD2-201ENST00000301272 1262 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC22.08■■□□□ 1.13
SMARCA1P28370 BNIP3L-204ENST00000520409 739 ntTSL 2 BASIC22.08■■□□□ 1.13
SMARCA1P28370 FAM86C2P-201ENST00000525180 435 ntTSL 4 BASIC22.08■■□□□ 1.13
SMARCA1P28370 KCTD10-211ENST00000540411 866 ntTSL 1 (best) BASIC22.08■■□□□ 1.13
SMARCA1P28370 AC015712.4-203ENST00000559673 630 ntTSL 3 BASIC22.08■■□□□ 1.13
SMARCA1P28370 NAPSB-206ENST00000562112 1266 ntBASIC22.08■■□□□ 1.13
SMARCA1P28370 TYROBP-209ENST00000589517 415 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC22.08■■□□□ 1.13
SMARCA1P28370 SMIM10L2B-201ENST00000433425 2737 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.08■■□□□ 1.13
SMARCA1P28370 KLHL14-201ENST00000358095 1884 ntTSL 1 (best) BASIC22.08■■□□□ 1.13
SMARCA1P28370 MBIP-203ENST00000416007 1648 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC22.08■■□□□ 1.13
SMARCA1P28370 LHX6-201ENST00000340587 3457 ntTSL 1 (best) BASIC22.08■■□□□ 1.12
SMARCA1P28370 PPP4R2-201ENST00000356692 4984 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.08■■□□□ 1.12
SMARCA1P28370 NETO1-207ENST00000583169 2357 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.07■■□□□ 1.12
SMARCA1P28370 C21orf58-205ENST00000397683 1674 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC22.07■■□□□ 1.12
SMARCA1P28370 SCFD2-204ENST00000611795 1320 ntTSL 5 BASIC22.07■■□□□ 1.12
SMARCA1P28370 ETS1-207ENST00000531611 2134 ntTSL 1 (best) BASIC22.07■■□□□ 1.12
SMARCA1P28370 SDK1-201ENST00000389531 7606 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC22.07■■□□□ 1.12
SMARCA1P28370 SELENOF-207ENST00000611507 1785 ntTSL 5 BASIC22.07■■□□□ 1.12
SMARCA1P28370 OSBPL5-208ENST00000478260 2653 ntTSL 2 BASIC22.07■■□□□ 1.12
SMARCA1P28370 TCP11-204ENST00000373979 1882 ntAPPRIS P3 TSL 5 BASIC22.07■■□□□ 1.12
SMARCA1P28370 ARHGAP22-210ENST00000477708 1951 ntTSL 1 (best) BASIC22.07■■□□□ 1.12
SMARCA1P28370 LACTB-202ENST00000413507 2978 ntTSL 1 (best) BASIC22.07■■□□□ 1.12
SMARCA1P28370 SEC11C-202ENST00000509791 2054 ntTSL 1 (best) BASIC22.07■■□□□ 1.12
SMARCA1P28370 CORO1A-216ENST00000570045 1622 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.07■■□□□ 1.12
SMARCA1P28370 SLC34A3-202ENST00000538474 2162 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC22.07■■□□□ 1.12
SMARCA1P28370 CCDC74B-204ENST00000409234 871 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.07■■□□□ 1.12
SMARCA1P28370 PSMD9-208ENST00000542602 516 ntTSL 3 BASIC22.07■■□□□ 1.12
SMARCA1P28370 SLC39A11-207ENST00000579732 1004 ntTSL 2 BASIC22.07■■□□□ 1.12
SMARCA1P28370 ARHGDIA-207ENST00000580685 1201 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.07■■□□□ 1.12
SMARCA1P28370 ZNF134-203ENST00000600344 483 ntTSL 1 (best) BASIC22.07■■□□□ 1.12
SMARCA1P28370 FOXC2-201ENST00000320354 2478 ntAPPRIS P1 BASIC22.07■■□□□ 1.12
SMARCA1P28370 UPP1-201ENST00000331803 1932 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.07■■□□□ 1.12
SMARCA1P28370 PCMT1-203ENST00000367384 1938 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.07■■□□□ 1.12
SMARCA1P28370 CYB561-213ENST00000581573 2344 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.07■■□□□ 1.12
SMARCA1P28370 PCCB-208ENST00000468777 1877 ntAPPRIS ALT2 TSL 3 BASIC22.07■■□□□ 1.12
SMARCA1P28370 SH3RF3-201ENST00000309415 5803 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC22.07■■□□□ 1.12
SMARCA1P28370 NFKBIL1-201ENST00000376145 1401 ntTSL 1 (best) BASIC22.06■■□□□ 1.12
SMARCA1P28370 CNOT9-209ENST00000627282 1621 ntTSL 2 BASIC22.06■■□□□ 1.12
SMARCA1P28370 LINC01586-201ENST00000506090 1840 ntTSL 2 BASIC22.06■■□□□ 1.12
SMARCA1P28370 FAM182B-202ENST00000376404 456 ntAPPRIS ALT2 BASIC22.06■■□□□ 1.12
SMARCA1P28370 CRAT-202ENST00000393384 973 ntTSL 2 BASIC22.06■■□□□ 1.12
SMARCA1P28370 CYB561D2-204ENST00000424512 1212 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC22.06■■□□□ 1.12
SMARCA1P28370 IGHMBP2-205ENST00000539224 785 ntTSL 3 BASIC22.06■■□□□ 1.12
SMARCA1P28370 MLF2-210ENST00000542154 838 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC22.06■■□□□ 1.12
SMARCA1P28370 AC145285.6-201ENST00000604632 637 ntBASIC22.06■■□□□ 1.12
SMARCA1P28370 DBX1-201ENST00000524983 1380 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC22.06■■□□□ 1.12
SMARCA1P28370 LDHD-201ENST00000300051 2067 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC22.06■■□□□ 1.12
SMARCA1P28370 ARSB-201ENST00000264914 5327 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.06■■□□□ 1.12
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 34 ms