Protein–RNA interactions for Protein: Q9Y4P1

ATG4B, Cysteine protease ATG4B, humanhuman

Predictions only

Length 393 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
ATG4BQ9Y4P1 MRPL4-204ENST00000588502 827 ntTSL 2 BASIC18.24■□□□□ 0.51
ATG4BQ9Y4P1 FLT3LG-211ENST00000600429 984 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.24■□□□□ 0.51
ATG4BQ9Y4P1 CD151-213ENST00000528011 1369 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC18.24■□□□□ 0.51
ATG4BQ9Y4P1 ZSWIM8-220ENST00000604524 5465 ntTSL 5 BASIC18.24■□□□□ 0.51
ATG4BQ9Y4P1 ZNF843-203ENST00000618063 1765 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC18.24■□□□□ 0.51
ATG4BQ9Y4P1 TRIM58-201ENST00000366481 3225 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.24■□□□□ 0.51
ATG4BQ9Y4P1 LAG3-201ENST00000203629 1974 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC18.24■□□□□ 0.51
ATG4BQ9Y4P1 REEP2-202ENST00000378339 2170 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC18.24■□□□□ 0.51
ATG4BQ9Y4P1 RETREG2-203ENST00000430297 4618 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.24■□□□□ 0.51
ATG4BQ9Y4P1 RNF38-202ENST00000350199 5104 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC18.24■□□□□ 0.51
ATG4BQ9Y4P1 ZNF280B-203ENST00000626650 5721 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC18.24■□□□□ 0.51
ATG4BQ9Y4P1 AGPAT5-201ENST00000285518 3685 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.24■□□□□ 0.51
ATG4BQ9Y4P1 TUBA8-201ENST00000316027 1518 ntTSL 2 BASIC18.23■□□□□ 0.51
ATG4BQ9Y4P1 TSG101-201ENST00000251968 1824 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.23■□□□□ 0.51
ATG4BQ9Y4P1 MED15P9-202ENST00000427638 1841 ntTSL 1 (best) BASIC18.23■□□□□ 0.51
ATG4BQ9Y4P1 P2RX5-202ENST00000345901 2031 ntTSL 5 BASIC18.23■□□□□ 0.51
ATG4BQ9Y4P1 OTOP2-201ENST00000331427 2147 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC18.23■□□□□ 0.51
ATG4BQ9Y4P1 AURKA-202ENST00000347343 2248 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.23■□□□□ 0.51
ATG4BQ9Y4P1 PCDHA4-201ENST00000378125 2328 ntTSL 5 BASIC18.23■□□□□ 0.51
ATG4BQ9Y4P1 SPRYD7-204ENST00000613924 2285 ntTSL 1 (best) BASIC18.23■□□□□ 0.51
ATG4BQ9Y4P1 TGFBR1-201ENST00000374990 5720 ntTSL 1 (best) BASIC18.23■□□□□ 0.51
ATG4BQ9Y4P1 GLS-201ENST00000320717 4834 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC18.23■□□□□ 0.51
ATG4BQ9Y4P1 NDUFA10-203ENST00000404554 1557 ntTSL 5 BASIC18.23■□□□□ 0.51
ATG4BQ9Y4P1 CSF1-203ENST00000369801 1364 ntTSL 1 (best) BASIC18.23■□□□□ 0.51
ATG4BQ9Y4P1 CCT7-202ENST00000398422 1234 ntTSL 2 BASIC18.23■□□□□ 0.51
ATG4BQ9Y4P1 DMRT2-206ENST00000412350 1244 ntTSL 1 (best) BASIC18.23■□□□□ 0.51
ATG4BQ9Y4P1 NDUFB2-203ENST00000461457 559 ntTSL 3 BASIC18.23■□□□□ 0.51
ATG4BQ9Y4P1 SNX5-213ENST00000486039 602 ntTSL 1 (best) BASIC18.23■□□□□ 0.51
ATG4BQ9Y4P1 AP002982.1-201ENST00000492365 877 ntBASIC18.23■□□□□ 0.51
ATG4BQ9Y4P1 TMEM9B-203ENST00000528117 949 ntTSL 2 BASIC18.23■□□□□ 0.51
ATG4BQ9Y4P1 HLX-AS1-201ENST00000552026 563 ntTSL 4 BASIC18.23■□□□□ 0.51
ATG4BQ9Y4P1 AL359399.1-201ENST00000557610 462 ntTSL 3 BASIC18.23■□□□□ 0.51
ATG4BQ9Y4P1 AF186192.3-201ENST00000583427 947 ntBASIC18.23■□□□□ 0.51
ATG4BQ9Y4P1 AL353708.3-201ENST00000610272 989 ntBASIC18.23■□□□□ 0.51
ATG4BQ9Y4P1 AL445675.2-201ENST00000620291 557 ntBASIC18.23■□□□□ 0.51
ATG4BQ9Y4P1 NR5A1-202ENST00000373588 3104 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.23■□□□□ 0.51
ATG4BQ9Y4P1 KCTD18-201ENST00000359878 2940 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.23■□□□□ 0.51
ATG4BQ9Y4P1 HMCES-201ENST00000383463 2515 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.23■□□□□ 0.51
ATG4BQ9Y4P1 TMEM259-209ENST00000592590 2509 ntTSL 5 BASIC18.23■□□□□ 0.51
ATG4BQ9Y4P1 GGT6-202ENST00000381550 2145 ntTSL 2 BASIC18.23■□□□□ 0.51
ATG4BQ9Y4P1 FAM217A-208ENST00000639338 1929 ntTSL 5 BASIC18.23■□□□□ 0.51
ATG4BQ9Y4P1 ARMC6-220ENST00000546344 1814 ntTSL 2 BASIC18.23■□□□□ 0.51
ATG4BQ9Y4P1 PAIP1-201ENST00000306846 2782 ntTSL 1 (best) BASIC18.23■□□□□ 0.51
ATG4BQ9Y4P1 DDAH2-211ENST00000375787 1330 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC18.23■□□□□ 0.51
ATG4BQ9Y4P1 CAMKK1-202ENST00000348335 3563 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.22■□□□□ 0.51
ATG4BQ9Y4P1 ANGPTL4-201ENST00000301455 1879 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.22■□□□□ 0.51
ATG4BQ9Y4P1 POLE2-202ENST00000539565 1792 ntTSL 1 (best) BASIC18.22■□□□□ 0.51
ATG4BQ9Y4P1 STARD3-209ENST00000544210 1666 ntTSL 2 BASIC18.22■□□□□ 0.51
ATG4BQ9Y4P1 ISOC2-203ENST00000438389 1566 ntTSL 2 BASIC18.22■□□□□ 0.51
ATG4BQ9Y4P1 DUSP1-201ENST00000239223 2019 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.22■□□□□ 0.51
ATG4BQ9Y4P1 CPQ-201ENST00000220763 1947 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.22■□□□□ 0.51
ATG4BQ9Y4P1 ANKRD10-202ENST00000310847 1193 ntTSL 1 (best) BASIC18.22■□□□□ 0.51
ATG4BQ9Y4P1 S100A14-203ENST00000368701 1080 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC18.22■□□□□ 0.51
ATG4BQ9Y4P1 PHYHD1-207ENST00000421063 1182 ntTSL 1 (best) BASIC18.22■□□□□ 0.51
ATG4BQ9Y4P1 CCDC124-201ENST00000445755 938 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC18.22■□□□□ 0.51
ATG4BQ9Y4P1 AL590666.2-201ENST00000448869 758 ntTSL 2 BASIC18.22■□□□□ 0.51
ATG4BQ9Y4P1 RPS2P4-201ENST00000476944 856 ntBASIC18.22■□□□□ 0.51
ATG4BQ9Y4P1 RPL29-204ENST00000479017 670 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC18.22■□□□□ 0.51
ATG4BQ9Y4P1 AC089999.2-201ENST00000552525 248 ntTSL 3 BASIC18.22■□□□□ 0.51
ATG4BQ9Y4P1 AC090877.2-202ENST00000560363 574 ntTSL 2 BASIC18.22■□□□□ 0.51
ATG4BQ9Y4P1 USP36-216ENST00000589424 970 ntTSL 5 BASIC18.22■□□□□ 0.51
ATG4BQ9Y4P1 AC091551.1-201ENST00000590722 1228 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC18.22■□□□□ 0.51
ATG4BQ9Y4P1 CCDC124-203ENST00000597436 1055 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.22■□□□□ 0.51
ATG4BQ9Y4P1 FBXO24-201ENST00000241071 2276 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.22■□□□□ 0.51
ATG4BQ9Y4P1 HCK-206ENST00000518730 1742 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC18.22■□□□□ 0.51
ATG4BQ9Y4P1 GABRD-205ENST00000638771 1707 ntAPPRIS ALT2 TSL 3 BASIC18.22■□□□□ 0.51
ATG4BQ9Y4P1 SNX11-203ENST00000452859 1601 ntTSL 2 BASIC18.22■□□□□ 0.51
ATG4BQ9Y4P1 AC012414.5-201ENST00000564214 1602 ntTSL 5 BASIC18.22■□□□□ 0.51
ATG4BQ9Y4P1 FAR2P2-204ENST00000424873 2070 ntTSL 2 BASIC18.22■□□□□ 0.51
ATG4BQ9Y4P1 NSMF-201ENST00000265663 2981 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC18.22■□□□□ 0.51
ATG4BQ9Y4P1 ITPKB-202ENST00000366784 3146 ntTSL 1 (best) BASIC18.22■□□□□ 0.51
ATG4BQ9Y4P1 MME-217ENST00000616757 1315 ntTSL 5 BASIC18.22■□□□□ 0.51
ATG4BQ9Y4P1 ATPAF2-206ENST00000474627 1564 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.21■□□□□ 0.51
ATG4BQ9Y4P1 KCNQ5-207ENST00000403813 6539 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC18.21■□□□□ 0.51
ATG4BQ9Y4P1 DNAH17-AS1-202ENST00000591373 1453 ntTSL 5 BASIC18.21■□□□□ 0.51
ATG4BQ9Y4P1 DOC2A-201ENST00000350119 2071 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.21■□□□□ 0.51
ATG4BQ9Y4P1 PRELID3A-201ENST00000336990 1715 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC18.21■□□□□ 0.51
ATG4BQ9Y4P1 PRELID3A-202ENST00000440960 1716 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.21■□□□□ 0.51
ATG4BQ9Y4P1 LINC00511-201ENST00000453722 1716 ntTSL 2 BASIC18.21■□□□□ 0.51
ATG4BQ9Y4P1 SOX15-201ENST00000250055 1396 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.21■□□□□ 0.51
ATG4BQ9Y4P1 NR1H2-201ENST00000253727 1998 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC18.21■□□□□ 0.51
ATG4BQ9Y4P1 PDZD3-203ENST00000525131 1882 ntTSL 2 BASIC18.21■□□□□ 0.51
ATG4BQ9Y4P1 C6orf132-202ENST00000356542 894 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC18.21■□□□□ 0.51
ATG4BQ9Y4P1 RALGPS1-206ENST00000394011 819 ntTSL 1 (best) BASIC18.21■□□□□ 0.51
ATG4BQ9Y4P1 UPK3B-203ENST00000394849 1041 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC18.21■□□□□ 0.51
ATG4BQ9Y4P1 GPR35-203ENST00000407714 1258 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC18.21■□□□□ 0.51
ATG4BQ9Y4P1 AL353807.1-201ENST00000427475 662 ntBASIC18.21■□□□□ 0.51
ATG4BQ9Y4P1 ABCC5-211ENST00000446941 883 ntTSL 1 (best) BASIC18.21■□□□□ 0.51
ATG4BQ9Y4P1 SGO1-AS1-202ENST00000448208 819 ntTSL 3 BASIC18.21■□□□□ 0.51
ATG4BQ9Y4P1 AC137630.1-201ENST00000452042 782 ntTSL 4 BASIC18.21■□□□□ 0.51
ATG4BQ9Y4P1 BAALC-AS1-207ENST00000522856 594 ntTSL 3 BASIC18.21■□□□□ 0.51
ATG4BQ9Y4P1 EIF3J-AS1-205ENST00000560750 1093 ntTSL 3 BASIC18.21■□□□□ 0.51
ATG4BQ9Y4P1 AC004816.2-201ENST00000622856 284 ntTSL 5 BASIC18.21■□□□□ 0.51
ATG4BQ9Y4P1 HGFAC-204ENST00000511533 2016 ntTSL 1 (best) BASIC18.21■□□□□ 0.51
ATG4BQ9Y4P1 STARD10-213ENST00000538536 1678 ntTSL 1 (best) BASIC18.21■□□□□ 0.51
ATG4BQ9Y4P1 SLC35A3-205ENST00000465289 5696 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC18.21■□□□□ 0.51
ATG4BQ9Y4P1 CRB2-202ENST00000373631 5550 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.21■□□□□ 0.51
ATG4BQ9Y4P1 AC141586.3-201ENST00000562166 1838 ntBASIC18.21■□□□□ 0.51
ATG4BQ9Y4P1 CRTC1-203ENST00000594658 2384 ntTSL 1 (best) BASIC18.2■□□□□ 0.5
ATG4BQ9Y4P1 AC008073.3-201ENST00000610442 2281 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC18.2■□□□□ 0.5
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 19.7 ms