Protein–RNA interactions for Protein: Q9UN37

VPS4A, Vacuolar protein sorting-associated protein 4A, humanhuman

Predictions only

Length 437 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
VPS4AQ9UN37 TSPAN4-209ENST00000409543 1031 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC18.61■□□□□ 0.57
VPS4AQ9UN37 ZNF467-202ENST00000484747 913 ntTSL 2 BASIC18.61■□□□□ 0.57
VPS4AQ9UN37 DIMT1-202ENST00000506390 1208 ntTSL 1 (best) BASIC18.61■□□□□ 0.57
VPS4AQ9UN37 OPA3-203ENST00000544371 1146 ntTSL 2 BASIC18.61■□□□□ 0.57
VPS4AQ9UN37 MIEF2-207ENST00000578621 540 ntTSL 4 BASIC18.61■□□□□ 0.57
VPS4AQ9UN37 NT5C-211ENST00000582170 653 ntTSL 3 BASIC18.61■□□□□ 0.57
VPS4AQ9UN37 AL445228.2-201ENST00000605589 952 ntBASIC18.61■□□□□ 0.57
VPS4AQ9UN37 AL023875.1-201ENST00000640777 796 ntBASIC18.61■□□□□ 0.57
VPS4AQ9UN37 RILPL2-201ENST00000280571 6141 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.61■□□□□ 0.57
VPS4AQ9UN37 CAMKK1-202ENST00000348335 3563 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.61■□□□□ 0.57
VPS4AQ9UN37 ISLR2-208ENST00000565159 2824 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC18.61■□□□□ 0.57
VPS4AQ9UN37 MBD3-207ENST00000590550 2782 ntTSL 2 BASIC18.61■□□□□ 0.57
VPS4AQ9UN37 ENTPD6-201ENST00000354989 2708 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC18.61■□□□□ 0.57
VPS4AQ9UN37 AOC3-204ENST00000591562 2522 ntTSL 2 BASIC18.61■□□□□ 0.57
VPS4AQ9UN37 CCDC50-202ENST00000392456 2454 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC18.61■□□□□ 0.57
VPS4AQ9UN37 GJB3-202ENST00000373366 2217 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.61■□□□□ 0.57
VPS4AQ9UN37 ZBTB7B-201ENST00000292176 2129 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC18.61■□□□□ 0.57
VPS4AQ9UN37 GPR3-201ENST00000374024 2115 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.61■□□□□ 0.57
VPS4AQ9UN37 CAPZB-202ENST00000264203 2068 ntTSL 2 BASIC18.61■□□□□ 0.57
VPS4AQ9UN37 CDCA7L-203ENST00000406877 3066 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC18.6■□□□□ 0.57
VPS4AQ9UN37 FENDRR-203ENST00000595886 3095 ntTSL 2 BASIC18.6■□□□□ 0.57
VPS4AQ9UN37 SSBP2-218ENST00000514493 1790 ntTSL 1 (best) BASIC18.6■□□□□ 0.57
VPS4AQ9UN37 SHANK3-203ENST00000445220 5175 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC18.6■□□□□ 0.57
VPS4AQ9UN37 LAPTM4B-204ENST00000619747 2758 ntTSL 1 (best) BASIC18.6■□□□□ 0.57
VPS4AQ9UN37 TBXA2R-201ENST00000375190 2608 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.6■□□□□ 0.57
VPS4AQ9UN37 DPF1-209ENST00000456296 1562 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC18.6■□□□□ 0.57
VPS4AQ9UN37 DAG1-221ENST00000541308 5676 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC18.6■□□□□ 0.57
VPS4AQ9UN37 WIPF2-202ENST00000394103 2378 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC18.6■□□□□ 0.57
VPS4AQ9UN37 TSSC4-207ENST00000451491 1423 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC18.6■□□□□ 0.57
VPS4AQ9UN37 BIRC7-202ENST00000342412 1302 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC18.6■□□□□ 0.57
VPS4AQ9UN37 ARMC10P1-201ENST00000313754 855 ntBASIC18.6■□□□□ 0.57
VPS4AQ9UN37 LRR1-202ENST00000318317 957 ntTSL 1 (best) BASIC18.6■□□□□ 0.57
VPS4AQ9UN37 CCDC103-202ENST00000410006 921 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC18.6■□□□□ 0.57
VPS4AQ9UN37 SMIM19-201ENST00000414154 793 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.6■□□□□ 0.57
VPS4AQ9UN37 LINC00969-218ENST00000452844 583 ntTSL 3 BASIC18.6■□□□□ 0.57
VPS4AQ9UN37 LINC00969-221ENST00000457233 1279 ntTSL 1 (best) BASIC18.6■□□□□ 0.57
VPS4AQ9UN37 OAF-202ENST00000531220 815 ntAPPRIS ALT2 TSL 3 BASIC18.6■□□□□ 0.57
VPS4AQ9UN37 SIVA1-203ENST00000535554 1244 ntAPPRIS ALT1 TSL 2 BASIC18.6■□□□□ 0.57
VPS4AQ9UN37 C16orf74-202ENST00000602583 1237 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC18.6■□□□□ 0.57
VPS4AQ9UN37 AC097493.4-201ENST00000641197 219 ntBASIC18.6■□□□□ 0.57
VPS4AQ9UN37 CASR-204ENST00000638421 5088 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC18.6■□□□□ 0.57
VPS4AQ9UN37 DUT-202ENST00000455976 1935 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.6■□□□□ 0.57
VPS4AQ9UN37 CCM2-202ENST00000381112 1881 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC18.6■□□□□ 0.57
VPS4AQ9UN37 NFATC1-201ENST00000253506 4642 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC18.6■□□□□ 0.57
VPS4AQ9UN37 CRACR2B-207ENST00000528542 1792 ntTSL 1 (best) BASIC18.6■□□□□ 0.57
VPS4AQ9UN37 MIB2-231ENST00000518681 3116 ntTSL 1 (best) BASIC18.6■□□□□ 0.57
VPS4AQ9UN37 TIGD6-202ENST00000515406 2429 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.6■□□□□ 0.57
VPS4AQ9UN37 TMSB4X-203ENST00000380636 1702 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.6■□□□□ 0.57
VPS4AQ9UN37 SOCS2-210ENST00000551556 1716 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.6■□□□□ 0.57
VPS4AQ9UN37 STK16-201ENST00000396738 1673 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC18.6■□□□□ 0.57
VPS4AQ9UN37 SLC36A1-209ENST00000521925 1621 ntTSL 1 (best) BASIC18.6■□□□□ 0.57
VPS4AQ9UN37 CDKN1C-203ENST00000430149 1570 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC18.59■□□□□ 0.57
VPS4AQ9UN37 TP73-202ENST00000354437 2140 ntTSL 5 BASIC18.59■□□□□ 0.57
VPS4AQ9UN37 P2RY2-201ENST00000311131 2660 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.59■□□□□ 0.57
VPS4AQ9UN37 KCNA3-201ENST00000369769 2569 ntAPPRIS P1 BASIC18.59■□□□□ 0.57
VPS4AQ9UN37 TMEM235-201ENST00000374946 2409 ntTSL 5 BASIC18.59■□□□□ 0.57
VPS4AQ9UN37 TEAD2-202ENST00000377214 2440 ntAPPRIS ALT1 TSL 2 BASIC18.59■□□□□ 0.57
VPS4AQ9UN37 KRT83-201ENST00000293670 1875 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.59■□□□□ 0.57
VPS4AQ9UN37 RASSF1-202ENST00000357043 1864 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC18.59■□□□□ 0.57
VPS4AQ9UN37 TSPAN3-207ENST00000559494 1326 ntTSL 5 BASIC18.59■□□□□ 0.57
VPS4AQ9UN37 FAM91A1-201ENST00000334705 5511 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.59■□□□□ 0.57
VPS4AQ9UN37 COX7A2L-201ENST00000234301 1112 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.59■□□□□ 0.57
VPS4AQ9UN37 ABHD14A-201ENST00000273596 1062 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.59■□□□□ 0.57
VPS4AQ9UN37 NTAN1-201ENST00000287706 1204 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.59■□□□□ 0.57
VPS4AQ9UN37 H2AFB2-201ENST00000354514 348 ntAPPRIS P1 BASIC18.59■□□□□ 0.57
VPS4AQ9UN37 HDAC11-203ENST00000402271 1018 ntTSL 3 BASIC18.59■□□□□ 0.57
VPS4AQ9UN37 TMPOP1-202ENST00000424642 1267 ntBASIC18.59■□□□□ 0.57
VPS4AQ9UN37 CXCL2-202ENST00000508487 1218 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.59■□□□□ 0.57
VPS4AQ9UN37 ZNF436-AS1-206ENST00000518821 461 ntTSL 2 BASIC18.59■□□□□ 0.57
VPS4AQ9UN37 YPEL3-207ENST00000566134 761 ntTSL 5 BASIC18.59■□□□□ 0.57
VPS4AQ9UN37 TNNT1-208ENST00000587465 1065 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC18.59■□□□□ 0.57
VPS4AQ9UN37 AC124016.1-201ENST00000609552 612 ntBASIC18.59■□□□□ 0.57
VPS4AQ9UN37 PTCRA-204ENST00000616441 1125 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC18.59■□□□□ 0.57
VPS4AQ9UN37 TRAPPC6A-201ENST00000006275 805 ntTSL 1 (best) BASIC18.59■□□□□ 0.57
VPS4AQ9UN37 PRSS12-201ENST00000296498 4809 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.59■□□□□ 0.57
VPS4AQ9UN37 CDH23-212ENST00000616684 4814 ntTSL 5 BASIC18.59■□□□□ 0.57
VPS4AQ9UN37 USP25-204ENST00000400183 5341 ntTSL 1 (best) BASIC18.59■□□□□ 0.57
VPS4AQ9UN37 SAMD5-201ENST00000367474 6089 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC18.59■□□□□ 0.57
VPS4AQ9UN37 NRG2-202ENST00000289422 2923 ntTSL 5 BASIC18.59■□□□□ 0.57
VPS4AQ9UN37 HOXB2-201ENST00000330070 1562 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.59■□□□□ 0.57
VPS4AQ9UN37 UBTF-202ENST00000343638 4684 ntTSL 1 (best) BASIC18.59■□□□□ 0.57
VPS4AQ9UN37 FOXP4-202ENST00000373057 3300 ntTSL 1 (best) BASIC18.59■□□□□ 0.57
VPS4AQ9UN37 GTF3C5-202ENST00000372097 2406 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC18.59■□□□□ 0.57
VPS4AQ9UN37 FBXO41-204ENST00000520530 3293 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC18.59■□□□□ 0.57
VPS4AQ9UN37 WT1-205ENST00000452863 2768 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC18.59■□□□□ 0.57
VPS4AQ9UN37 RAB1A-204ENST00000409892 2254 ntTSL 2 BASIC18.58■□□□□ 0.57
VPS4AQ9UN37 TOM1L1-202ENST00000445275 2228 ntTSL 2 BASIC18.58■□□□□ 0.57
VPS4AQ9UN37 TRMT6-202ENST00000453074 2239 ntTSL 2 BASIC18.58■□□□□ 0.57
VPS4AQ9UN37 GAS6-201ENST00000327773 2490 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.58■□□□□ 0.57
VPS4AQ9UN37 TOM1L2-210ENST00000542206 1320 ntTSL 2 BASIC18.58■□□□□ 0.57
VPS4AQ9UN37 CDKN2B-AS1-217ENST00000585267 1337 ntTSL 1 (best) BASIC18.58■□□□□ 0.57
VPS4AQ9UN37 GAL3ST4-204ENST00000423751 1695 ntTSL 3 BASIC18.58■□□□□ 0.57
VPS4AQ9UN37 RBL2-201ENST00000262133 4906 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.58■□□□□ 0.56
VPS4AQ9UN37 POMC-201ENST00000264708 1074 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC18.58■□□□□ 0.56
VPS4AQ9UN37 PARL-201ENST00000311101 1240 ntTSL 1 (best) BASIC18.58■□□□□ 0.56
VPS4AQ9UN37 LINC01743-201ENST00000366308 964 ntTSL 1 (best) BASIC18.58■□□□□ 0.56
VPS4AQ9UN37 TMSB4X-201ENST00000380633 495 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC18.58■□□□□ 0.56
VPS4AQ9UN37 STK24-AS1-201ENST00000434547 1278 ntTSL 1 (best) BASIC18.58■□□□□ 0.56
VPS4AQ9UN37 AC133681.1-201ENST00000465482 601 ntBASIC18.58■□□□□ 0.56
VPS4AQ9UN37 HOXB-AS3-204ENST00000466037 522 ntTSL 3 BASIC18.58■□□□□ 0.56
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 17.3 ms