Protein–RNA interactions for Protein: Q8NEL0

CCDC54, Coiled-coil domain-containing protein 54, humanhuman

Predictions only

Length 328 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
CCDC54Q8NEL0 UBFD1-201ENST00000395878 5110 ntAPPRIS P2 TSL 2 BASIC16.8■□□□□ 0.28
CCDC54Q8NEL0 SBK2-201ENST00000344158 1056 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC16.8■□□□□ 0.28
CCDC54Q8NEL0 CABP2-202ENST00000353903 789 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC16.8■□□□□ 0.28
CCDC54Q8NEL0 PITX2-203ENST00000355080 2100 ntTSL 1 (best) BASIC16.8■□□□□ 0.28
CCDC54Q8NEL0 NENF-201ENST00000366988 949 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.8■□□□□ 0.28
CCDC54Q8NEL0 EMC6-202ENST00000397133 762 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC16.8■□□□□ 0.28
CCDC54Q8NEL0 SBK2-202ENST00000413299 1085 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC16.8■□□□□ 0.28
CCDC54Q8NEL0 AL021707.1-201ENST00000416406 500 ntTSL 3 BASIC16.8■□□□□ 0.28
CCDC54Q8NEL0 ZFPL1-203ENST00000525509 478 ntTSL 2 BASIC16.8■□□□□ 0.28
CCDC54Q8NEL0 AC092143.2-201ENST00000554623 985 ntTSL 3 BASIC16.8■□□□□ 0.28
CCDC54Q8NEL0 Z97986.1-201ENST00000565879 476 ntTSL 5 BASIC16.8■□□□□ 0.28
CCDC54Q8NEL0 IKBKGP1-201ENST00000612193 1073 ntBASIC16.8■□□□□ 0.28
CCDC54Q8NEL0 MAF1-201ENST00000322428 1677 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.8■□□□□ 0.28
CCDC54Q8NEL0 OR6D1P-202ENST00000641007 5290 ntBASIC16.8■□□□□ 0.28
CCDC54Q8NEL0 ATPAF2-206ENST00000474627 1564 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.8■□□□□ 0.28
CCDC54Q8NEL0 ARID1A-205ENST00000457599 6268 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC16.8■□□□□ 0.28
CCDC54Q8NEL0 NAGPA-AS1-202ENST00000632058 2265 ntTSL 2 BASIC16.8■□□□□ 0.28
CCDC54Q8NEL0 SEPT8-216ENST00000620483 4335 ntTSL 5 BASIC16.79■□□□□ 0.28
CCDC54Q8NEL0 AC074212.1-201ENST00000559756 1402 ntTSL 3 BASIC16.79■□□□□ 0.28
CCDC54Q8NEL0 NTRK1-201ENST00000358660 2492 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC16.79■□□□□ 0.28
CCDC54Q8NEL0 EIF2B1-201ENST00000424014 2477 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.79■□□□□ 0.28
CCDC54Q8NEL0 ZBTB10-202ENST00000426744 9878 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC16.79■□□□□ 0.28
CCDC54Q8NEL0 CMTM7-201ENST00000334983 2038 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.79■□□□□ 0.28
CCDC54Q8NEL0 LTBP3-202ENST00000322147 4046 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC16.79■□□□□ 0.28
CCDC54Q8NEL0 GOLGA6L3-201ENST00000507199 1679 ntBASIC16.79■□□□□ 0.28
CCDC54Q8NEL0 COL4A2-201ENST00000360467 6281 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC16.79■□□□□ 0.28
CCDC54Q8NEL0 AC245041.2-204ENST00000610809 1962 ntTSL 1 (best) BASIC16.79■□□□□ 0.28
CCDC54Q8NEL0 LMCD1-AS1-204ENST00000446281 932 ntTSL 5 BASIC16.79■□□□□ 0.28
CCDC54Q8NEL0 AL161908.1-201ENST00000451449 449 ntTSL 2 BASIC16.79■□□□□ 0.28
CCDC54Q8NEL0 AC007786.1-201ENST00000587859 709 ntTSL 2 BASIC16.79■□□□□ 0.28
CCDC54Q8NEL0 HSD17B12-213ENST00000637401 866 ntTSL 4 BASIC16.79■□□□□ 0.28
CCDC54Q8NEL0 HOXB2-201ENST00000330070 1562 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.79■□□□□ 0.28
CCDC54Q8NEL0 CFP-203ENST00000396992 1592 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC16.79■□□□□ 0.28
CCDC54Q8NEL0 PAOX-201ENST00000278060 1858 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.79■□□□□ 0.28
CCDC54Q8NEL0 CORO1B-201ENST00000341356 1881 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.79■□□□□ 0.28
CCDC54Q8NEL0 FGFR3-205ENST00000440486 4287 ntAPPRIS P3 TSL 5 BASIC16.79■□□□□ 0.28
CCDC54Q8NEL0 GMPPA-203ENST00000358215 1823 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.79■□□□□ 0.28
CCDC54Q8NEL0 GCOM1-202ENST00000380569 1846 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC16.79■□□□□ 0.28
CCDC54Q8NEL0 MRGPRG-AS1-201ENST00000420873 1818 ntTSL 2 BASIC16.79■□□□□ 0.28
CCDC54Q8NEL0 OGFOD2-201ENST00000228922 1780 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.79■□□□□ 0.28
CCDC54Q8NEL0 CDKN2C-201ENST00000262662 2904 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC16.79■□□□□ 0.28
CCDC54Q8NEL0 TMEM230-207ENST00000379286 1735 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC16.79■□□□□ 0.28
CCDC54Q8NEL0 AC007383.3-201ENST00000453039 1411 ntTSL 3 BASIC16.79■□□□□ 0.28
CCDC54Q8NEL0 CRMP1-201ENST00000324989 3146 ntTSL 1 (best) BASIC16.79■□□□□ 0.28
CCDC54Q8NEL0 PITX3-201ENST00000370002 1391 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.78■□□□□ 0.28
CCDC54Q8NEL0 CYP2E1-205ENST00000463117 1912 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC16.78■□□□□ 0.28
CCDC54Q8NEL0 EIF2AK3-201ENST00000303236 4646 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.78■□□□□ 0.28
CCDC54Q8NEL0 BEND4-202ENST00000504360 8692 ntTSL 1 (best) BASIC16.78■□□□□ 0.28
CCDC54Q8NEL0 C21orf91-203ENST00000400559 1593 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC16.78■□□□□ 0.28
CCDC54Q8NEL0 PRKAR2A-206ENST00000454963 1849 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC16.78■□□□□ 0.28
CCDC54Q8NEL0 MAPK8IP1-201ENST00000241014 3050 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.78■□□□□ 0.28
CCDC54Q8NEL0 ARL2-201ENST00000246747 979 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.78■□□□□ 0.28
CCDC54Q8NEL0 REXO2-201ENST00000265881 1161 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.78■□□□□ 0.28
CCDC54Q8NEL0 CAVIN3-201ENST00000303927 1174 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.78■□□□□ 0.28
CCDC54Q8NEL0 NFS1-201ENST00000306750 738 ntTSL 1 (best) BASIC16.78■□□□□ 0.28
CCDC54Q8NEL0 SULT1A1-202ENST00000350842 1282 ntTSL 3 BASIC16.78■□□□□ 0.28
CCDC54Q8NEL0 COA6-202ENST00000366613 641 ntTSL 1 (best) BASIC16.78■□□□□ 0.28
CCDC54Q8NEL0 TREX2-204ENST00000370212 861 ntTSL 5 BASIC16.78■□□□□ 0.28
CCDC54Q8NEL0 TREX2-205ENST00000370231 1255 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC16.78■□□□□ 0.28
CCDC54Q8NEL0 PPA1-202ENST00000373232 1295 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.78■□□□□ 0.28
CCDC54Q8NEL0 TREX2-207ENST00000393862 907 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC16.78■□□□□ 0.28
CCDC54Q8NEL0 RHEB-204ENST00000472642 900 ntTSL 3 BASIC16.78■□□□□ 0.28
CCDC54Q8NEL0 C17orf107-202ENST00000521575 1275 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC16.78■□□□□ 0.28
CCDC54Q8NEL0 NCAPD3-204ENST00000526422 1060 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC16.78■□□□□ 0.28
CCDC54Q8NEL0 REXO2-208ENST00000539754 791 ntTSL 2 BASIC16.78■□□□□ 0.28
CCDC54Q8NEL0 AC060766.5-201ENST00000590539 871 ntBASIC16.78■□□□□ 0.28
CCDC54Q8NEL0 AC010646.1-201ENST00000594059 515 ntAPPRIS P1 TSL 4 BASIC16.78■□□□□ 0.28
CCDC54Q8NEL0 AL121829.2-201ENST00000620908 328 ntBASIC16.78■□□□□ 0.28
CCDC54Q8NEL0 AC006557.6-201ENST00000623071 864 ntBASIC16.78■□□□□ 0.28
CCDC54Q8NEL0 YBX3-201ENST00000228251 1796 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC16.78■□□□□ 0.28
CCDC54Q8NEL0 ITGBL1-202ENST00000376180 2494 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.78■□□□□ 0.28
CCDC54Q8NEL0 SAMD11-211ENST00000616125 2230 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC16.78■□□□□ 0.28
CCDC54Q8NEL0 AC020763.4-201ENST00000623414 4170 ntBASIC16.78■□□□□ 0.28
CCDC54Q8NEL0 CDK17-203ENST00000543119 2442 ntTSL 2 BASIC16.78■□□□□ 0.28
CCDC54Q8NEL0 DSCC1-201ENST00000313655 2314 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.78■□□□□ 0.28
CCDC54Q8NEL0 RBPJL-203ENST00000372743 1623 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC16.78■□□□□ 0.28
CCDC54Q8NEL0 AC012414.5-201ENST00000564214 1602 ntTSL 5 BASIC16.78■□□□□ 0.28
CCDC54Q8NEL0 AC092368.3-202ENST00000574180 1591 ntBASIC16.77■□□□□ 0.28
CCDC54Q8NEL0 NRN1-204ENST00000622188 1795 ntTSL 2 BASIC16.77■□□□□ 0.28
CCDC54Q8NEL0 RPL7-202ENST00000396465 1308 ntTSL 3 BASIC16.77■□□□□ 0.28
CCDC54Q8NEL0 TRIM7-205ENST00000422067 1954 ntTSL 1 (best) BASIC16.77■□□□□ 0.28
CCDC54Q8NEL0 ASB1-201ENST00000264607 6994 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.77■□□□□ 0.28
CCDC54Q8NEL0 LETM1P2-201ENST00000597330 2178 ntBASIC16.77■□□□□ 0.28
CCDC54Q8NEL0 YPEL5-205ENST00000402708 1735 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.77■□□□□ 0.28
CCDC54Q8NEL0 ATP2A2-201ENST00000308664 4453 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC16.77■□□□□ 0.28
CCDC54Q8NEL0 KIF22-201ENST00000160827 2113 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.77■□□□□ 0.28
CCDC54Q8NEL0 HRASLS-201ENST00000264735 1066 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.77■□□□□ 0.28
CCDC54Q8NEL0 CDC42EP5-201ENST00000301200 864 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.77■□□□□ 0.28
CCDC54Q8NEL0 CBY3-201ENST00000376974 785 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC16.77■□□□□ 0.28
CCDC54Q8NEL0 PPP1R14BP2-201ENST00000426284 444 ntBASIC16.77■□□□□ 0.28
CCDC54Q8NEL0 NCF1B-202ENST00000432102 930 ntTSL 2 BASIC16.77■□□□□ 0.28
CCDC54Q8NEL0 NCF1B-203ENST00000435988 1254 ntBASIC16.77■□□□□ 0.28
CCDC54Q8NEL0 SNHG6-203ENST00000520944 638 ntTSL 1 (best) BASIC16.77■□□□□ 0.28
CCDC54Q8NEL0 C12orf75-205ENST00000549893 719 ntTSL 3 BASIC16.77■□□□□ 0.28
CCDC54Q8NEL0 AC006435.1-201ENST00000571775 1065 ntTSL 5 BASIC16.77■□□□□ 0.28
CCDC54Q8NEL0 TNNI3-207ENST00000588882 669 ntTSL 2 BASIC16.77■□□□□ 0.28
CCDC54Q8NEL0 ANAPC11-223ENST00000612413 964 ntTSL 3 BASIC16.77■□□□□ 0.28
CCDC54Q8NEL0 MYC-209ENST00000641252 345 ntBASIC16.77■□□□□ 0.28
CCDC54Q8NEL0 MMD2-201ENST00000401401 2335 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.77■□□□□ 0.28
CCDC54Q8NEL0 SIM2-201ENST00000290399 4442 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.77■□□□□ 0.28
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 19.5 ms