Protein–RNA interactions for Protein: Q14050

COL9A3, Collagen alpha-3(IX) chain, humanhuman

Predicted RBP Predictions only

Length 684 aa.

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Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
COL9A3Q14050 BOLA1-203ENST00000369153 1096 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC22.74■■□□□ 1.23
COL9A3Q14050 TSPAN4-209ENST00000409543 1031 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC22.74■■□□□ 1.23
COL9A3Q14050 NIFKP9-201ENST00000419265 221 ntBASIC22.74■■□□□ 1.23
COL9A3Q14050 MOK-228ENST00000523231 1114 ntTSL 1 (best) BASIC22.74■■□□□ 1.23
COL9A3Q14050 GTPBP3-222ENST00000600625 2493 ntTSL 1 (best) BASIC22.74■■□□□ 1.23
COL9A3Q14050 P2RX3-204ENST00000616487 1346 ntTSL 5 BASIC22.74■■□□□ 1.23
COL9A3Q14050 ISM2-207ENST00000493585 1739 ntTSL 1 (best) BASIC22.74■■□□□ 1.23
COL9A3Q14050 INAVA-202ENST00000413687 2197 ntAPPRIS P2 TSL 2 BASIC22.73■■□□□ 1.23
COL9A3Q14050 LARGE2-208ENST00000531526 2528 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC22.73■■□□□ 1.23
COL9A3Q14050 NAT16-201ENST00000300303 2935 ntAPPRIS P2 TSL 2 BASIC22.73■■□□□ 1.23
COL9A3Q14050 SEPT6-202ENST00000354228 1576 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC22.73■■□□□ 1.23
COL9A3Q14050 FPGS-203ENST00000373247 2279 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.73■■□□□ 1.23
COL9A3Q14050 LINC00315-201ENST00000441947 2323 ntTSL 5 BASIC22.73■■□□□ 1.23
COL9A3Q14050 PCGF6-201ENST00000337211 1950 ntTSL 1 (best) BASIC22.73■■□□□ 1.23
COL9A3Q14050 AC013268.5-201ENST00000454928 1959 ntTSL 2 BASIC22.73■■□□□ 1.23
COL9A3Q14050 PMF1-BGLAP-202ENST00000368276 852 ntTSL 3 BASIC22.73■■□□□ 1.23
COL9A3Q14050 MESTP1-201ENST00000404287 994 ntBASIC22.73■■□□□ 1.23
COL9A3Q14050 CCDC74B-203ENST00000409128 789 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC22.73■■□□□ 1.23
COL9A3Q14050 Z98884.1-201ENST00000451646 830 ntTSL 3 BASIC22.73■■□□□ 1.23
COL9A3Q14050 SBF2-AS1-202ENST00000499953 854 ntTSL 5 BASIC22.73■■□□□ 1.23
COL9A3Q14050 AC089999.2-201ENST00000552525 248 ntTSL 3 BASIC22.73■■□□□ 1.23
COL9A3Q14050 SUMO2-203ENST00000578238 490 ntTSL 2 BASIC22.73■■□□□ 1.23
COL9A3Q14050 CABP2-204ENST00000636477 941 ntTSL 5 BASIC22.73■■□□□ 1.23
COL9A3Q14050 TMEM191A-211ENST00000637163 1067 ntBASIC22.73■■□□□ 1.23
COL9A3Q14050 KTI12-201ENST00000371614 1714 ntAPPRIS P1 BASIC22.73■■□□□ 1.23
COL9A3Q14050 GDF5OS-201ENST00000374375 1734 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC22.73■■□□□ 1.23
COL9A3Q14050 OGFOD2-201ENST00000228922 1780 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.73■■□□□ 1.23
COL9A3Q14050 GOLGA6L5P-202ENST00000515341 1828 ntBASIC22.73■■□□□ 1.23
COL9A3Q14050 AMDHD2-201ENST00000293971 1459 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.73■■□□□ 1.23
COL9A3Q14050 CDC42EP2-201ENST00000279249 2023 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.72■■□□□ 1.23
COL9A3Q14050 PLIN5-201ENST00000381848 2470 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.72■■□□□ 1.23
COL9A3Q14050 PSPC1-206ENST00000619300 2013 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC22.72■■□□□ 1.23
COL9A3Q14050 FMR1-201ENST00000218200 4333 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.72■■□□□ 1.23
COL9A3Q14050 RBPMS-210ENST00000520191 1613 ntTSL 1 (best) BASIC22.72■■□□□ 1.23
COL9A3Q14050 PSMB11-201ENST00000408907 2110 ntAPPRIS P1 BASIC22.72■■□□□ 1.23
COL9A3Q14050 KRT13-202ENST00000336861 1673 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.72■■□□□ 1.23
COL9A3Q14050 MRPL15-201ENST00000260102 1147 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.72■■□□□ 1.23
COL9A3Q14050 PRDX1-201ENST00000262746 1234 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC22.72■■□□□ 1.23
COL9A3Q14050 C7orf50-201ENST00000357429 1294 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC22.72■■□□□ 1.23
COL9A3Q14050 EFTUD1P1-201ENST00000558187 596 ntTSL 4 BASIC22.72■■□□□ 1.23
COL9A3Q14050 IRX5-204ENST00000560154 879 ntTSL 5 BASIC22.72■■□□□ 1.23
COL9A3Q14050 AL160286.2-201ENST00000567150 934 ntBASIC22.72■■□□□ 1.23
COL9A3Q14050 AC011446.2-202ENST00000592882 756 ntTSL 3 BASIC22.72■■□□□ 1.23
COL9A3Q14050 IRX5-205ENST00000620085 881 ntTSL 1 (best) BASIC22.72■■□□□ 1.23
COL9A3Q14050 RNF165-205ENST00000588679 2904 ntBASIC22.72■■□□□ 1.23
COL9A3Q14050 GOLPH3-201ENST00000265070 2721 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.72■■□□□ 1.23
COL9A3Q14050 EGFL7-203ENST00000371699 2125 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC22.72■■□□□ 1.23
COL9A3Q14050 RABEPK-202ENST00000373538 1504 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.72■■□□□ 1.23
COL9A3Q14050 ZBTB48-202ENST00000377674 2293 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.71■■□□□ 1.23
COL9A3Q14050 PNKP-207ENST00000596014 1665 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.71■■□□□ 1.23
COL9A3Q14050 TMEM235-201ENST00000374946 2409 ntTSL 5 BASIC22.71■■□□□ 1.23
COL9A3Q14050 NDRG2-227ENST00000554143 1980 ntAPPRIS ALT1 TSL 2 BASIC22.71■■□□□ 1.23
COL9A3Q14050 AC006333.2-201ENST00000607957 2099 ntBASIC22.71■■□□□ 1.23
COL9A3Q14050 MARK2-201ENST00000350490 2903 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.71■■□□□ 1.23
COL9A3Q14050 TMEM223-201ENST00000307366 1288 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.71■■□□□ 1.23
COL9A3Q14050 AK2-201ENST00000354858 1021 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC22.71■■□□□ 1.23
COL9A3Q14050 RTL8A-201ENST00000370775 1244 ntAPPRIS P1 BASIC22.71■■□□□ 1.23
COL9A3Q14050 SEC61A2-206ENST00000379051 707 ntTSL 3 BASIC22.71■■□□□ 1.23
COL9A3Q14050 POMC-202ENST00000380794 1295 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC22.71■■□□□ 1.23
COL9A3Q14050 SAPCD2P4-201ENST00000424595 1171 ntBASIC22.71■■□□□ 1.23
COL9A3Q14050 C1orf52-203ENST00000471115 1219 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.71■■□□□ 1.23
COL9A3Q14050 GRAP-204ENST00000573099 846 ntTSL 3 BASIC22.71■■□□□ 1.23
COL9A3Q14050 TNNT1-208ENST00000587465 1065 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC22.71■■□□□ 1.23
COL9A3Q14050 AL445675.2-201ENST00000620291 557 ntBASIC22.71■■□□□ 1.23
COL9A3Q14050 FAM197Y4-202ENST00000622692 608 ntBASIC22.71■■□□□ 1.23
COL9A3Q14050 MYC-205ENST00000524013 2150 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC22.71■■□□□ 1.23
COL9A3Q14050 NFATC4-220ENST00000555393 2235 ntTSL 1 (best) BASIC22.71■■□□□ 1.23
COL9A3Q14050 PTBP1-220ENST00000627714 2201 ntTSL 5 BASIC22.71■■□□□ 1.23
COL9A3Q14050 GTF3A-201ENST00000381140 1383 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.71■■□□□ 1.23
COL9A3Q14050 LGALS9C-209ENST00000581545 1378 ntTSL 5 BASIC22.71■■□□□ 1.23
COL9A3Q14050 MBIP-203ENST00000416007 1648 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC22.71■■□□□ 1.23
COL9A3Q14050 NOTCH2NL-204ENST00000579793 1954 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC22.7■■□□□ 1.23
COL9A3Q14050 KLF9-201ENST00000377126 5175 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.7■■□□□ 1.23
COL9A3Q14050 PDCD2-202ENST00000392090 936 ntTSL 1 (best) BASIC22.7■■□□□ 1.22
COL9A3Q14050 RALGPS1-206ENST00000394011 819 ntTSL 1 (best) BASIC22.7■■□□□ 1.22
COL9A3Q14050 DMRT2-206ENST00000412350 1244 ntTSL 1 (best) BASIC22.7■■□□□ 1.22
COL9A3Q14050 TSPY23P-201ENST00000440136 739 ntBASIC22.7■■□□□ 1.22
COL9A3Q14050 CDIPT-204ENST00000563415 1047 ntTSL 3 BASIC22.7■■□□□ 1.22
COL9A3Q14050 USP36-216ENST00000589424 970 ntTSL 5 BASIC22.7■■□□□ 1.22
COL9A3Q14050 AC011445.1-201ENST00000601911 877 ntTSL 1 (best) BASIC22.7■■□□□ 1.22
COL9A3Q14050 FXYD3-214ENST00000605677 633 ntTSL 2 BASIC22.7■■□□□ 1.22
COL9A3Q14050 AL353708.3-201ENST00000610272 989 ntBASIC22.7■■□□□ 1.22
COL9A3Q14050 SERGEF-201ENST00000265965 1566 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.7■■□□□ 1.22
COL9A3Q14050 ANKRD29-201ENST00000322980 1658 ntTSL 2 BASIC22.7■■□□□ 1.22
COL9A3Q14050 SMOC2-206ENST00000535039 1875 ntTSL 5 BASIC22.7■■□□□ 1.22
COL9A3Q14050 PRKCSH-209ENST00000589838 1898 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC22.7■■□□□ 1.22
COL9A3Q14050 PLIN2-201ENST00000276914 1972 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.7■■□□□ 1.22
COL9A3Q14050 RELB-201ENST00000221452 2294 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC22.7■■□□□ 1.22
COL9A3Q14050 MEN1-201ENST00000312049 2761 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC22.7■■□□□ 1.22
COL9A3Q14050 TMEM250-201ENST00000418388 2823 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.7■■□□□ 1.22
COL9A3Q14050 TTC9-201ENST00000256367 5217 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.7■■□□□ 1.22
COL9A3Q14050 ZSWIM6-201ENST00000252744 5501 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC22.7■■□□□ 1.22
COL9A3Q14050 GNS-208ENST00000543646 2164 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC22.69■■□□□ 1.22
COL9A3Q14050 NKD2-201ENST00000274150 1940 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.69■■□□□ 1.22
COL9A3Q14050 ATPIF1-202ENST00000465645 1855 ntTSL 1 (best) BASIC22.69■■□□□ 1.22
COL9A3Q14050 FER1L4-211ENST00000616283 1818 ntTSL 1 (best) BASIC22.69■■□□□ 1.22
COL9A3Q14050 RPS6KB2-201ENST00000312629 1733 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.69■■□□□ 1.22
COL9A3Q14050 LGALS12-203ENST00000394618 1618 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC22.69■■□□□ 1.22
COL9A3Q14050 ACBD4-207ENST00000586346 1579 ntTSL 1 (best) BASIC22.69■■□□□ 1.22
COL9A3Q14050 ACTL6B-201ENST00000160382 1537 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.69■■□□□ 1.22
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