Protein–RNA interactions for Protein: Q9BY43

CHMP4A, Charged multivesicular body protein 4a, humanhuman

Predictions only

Length 222 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
CHMP4AQ9BY43 HSPB6-201ENST00000004982 1457 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.64■■□□□ 1.54
CHMP4AQ9BY43 GUCY1A3-210ENST00000513574 2656 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.64■■□□□ 1.54
CHMP4AQ9BY43 FMR1-208ENST00000440235 4271 ntTSL 1 (best) BASIC24.64■■□□□ 1.54
CHMP4AQ9BY43 VKORC1-202ENST00000319788 1077 ntTSL 1 (best) BASIC24.64■■□□□ 1.54
CHMP4AQ9BY43 RTBDN-202ENST00000393233 1000 ntAPPRIS ALT2 TSL 3 BASIC24.64■■□□□ 1.54
CHMP4AQ9BY43 CCR12P-201ENST00000446203 998 ntBASIC24.64■■□□□ 1.54
CHMP4AQ9BY43 IGHMBP2-205ENST00000539224 785 ntTSL 3 BASIC24.64■■□□□ 1.54
CHMP4AQ9BY43 AC008763.3-201ENST00000597959 777 ntAPPRIS P1 TSL 4 BASIC24.64■■□□□ 1.54
CHMP4AQ9BY43 AL390860.1-201ENST00000449298 1541 ntTSL 1 (best) BASIC24.64■■□□□ 1.53
CHMP4AQ9BY43 PCBP4-212ENST00000484633 2009 ntTSL 5 BASIC24.64■■□□□ 1.53
CHMP4AQ9BY43 INTS11-250ENST00000620829 1862 ntTSL 2 BASIC24.64■■□□□ 1.53
CHMP4AQ9BY43 FGFR2-211ENST00000369059 3003 ntTSL 5 BASIC24.64■■□□□ 1.53
CHMP4AQ9BY43 LHX3-202ENST00000371748 2365 ntTSL 1 (best) BASIC24.64■■□□□ 1.53
CHMP4AQ9BY43 CLK3-202ENST00000395066 2621 ntTSL 1 (best) BASIC24.64■■□□□ 1.53
CHMP4AQ9BY43 DNAJC11-201ENST00000294401 2210 ntTSL 1 (best) BASIC24.63■■□□□ 1.53
CHMP4AQ9BY43 TEX13A-202ENST00000609007 1349 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.63■■□□□ 1.53
CHMP4AQ9BY43 ILDR2-207ENST00000529071 2566 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC24.63■■□□□ 1.53
CHMP4AQ9BY43 NFKBIL1-201ENST00000376145 1401 ntTSL 1 (best) BASIC24.63■■□□□ 1.53
CHMP4AQ9BY43 FAM129C-205ENST00000595684 2265 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24.63■■□□□ 1.53
CHMP4AQ9BY43 PBX1-222ENST00000627490 1769 ntTSL 2 BASIC24.63■■□□□ 1.53
CHMP4AQ9BY43 PTMS-201ENST00000309083 1139 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.63■■□□□ 1.53
CHMP4AQ9BY43 CRAT-202ENST00000393384 973 ntTSL 2 BASIC24.63■■□□□ 1.53
CHMP4AQ9BY43 CYB561D2-204ENST00000424512 1212 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC24.63■■□□□ 1.53
CHMP4AQ9BY43 ROPN1L-202ENST00000503804 1291 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC24.63■■□□□ 1.53
CHMP4AQ9BY43 AC004890.2-202ENST00000463462 1494 ntTSL 1 (best) BASIC24.63■■□□□ 1.53
CHMP4AQ9BY43 RASL12-201ENST00000220062 2640 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.63■■□□□ 1.53
CHMP4AQ9BY43 LAMC3-202ENST00000361069 6133 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC24.63■■□□□ 1.53
CHMP4AQ9BY43 LINC01465-201ENST00000408887 1940 ntBASIC24.63■■□□□ 1.53
CHMP4AQ9BY43 GPRC5C-205ENST00000481232 1592 ntTSL 1 (best) BASIC24.63■■□□□ 1.53
CHMP4AQ9BY43 CSNK1D-203ENST00000392334 2047 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC24.62■■□□□ 1.53
CHMP4AQ9BY43 ASB16-201ENST00000293414 2139 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.62■■□□□ 1.53
CHMP4AQ9BY43 AC148477.3-202ENST00000376617 1766 ntTSL 2 BASIC24.62■■□□□ 1.53
CHMP4AQ9BY43 TMEM235-203ENST00000550981 1786 ntTSL 2 BASIC24.62■■□□□ 1.53
CHMP4AQ9BY43 AKIP1-207ENST00000529876 1421 ntTSL 2 BASIC24.62■■□□□ 1.53
CHMP4AQ9BY43 AL445686.2-201ENST00000577528 1445 ntTSL 3 BASIC24.62■■□□□ 1.53
CHMP4AQ9BY43 SPHK1-207ENST00000590959 1851 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24.62■■□□□ 1.53
CHMP4AQ9BY43 MGAT5B-201ENST00000301618 4486 ntAPPRIS P3 TSL 5 BASIC24.62■■□□□ 1.53
CHMP4AQ9BY43 EMILIN2-201ENST00000254528 5910 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.62■■□□□ 1.53
CHMP4AQ9BY43 TMEM79-201ENST00000295694 2191 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.62■■□□□ 1.53
CHMP4AQ9BY43 SNAPIN-201ENST00000368685 1030 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.62■■□□□ 1.53
CHMP4AQ9BY43 TRAPPC3-204ENST00000373166 1265 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.62■■□□□ 1.53
CHMP4AQ9BY43 AL139246.2-201ENST00000456687 1297 ntTSL 5 BASIC24.62■■□□□ 1.53
CHMP4AQ9BY43 TSTD3-202ENST00000636394 336 ntAPPRIS ALT2 TSL 3 BASIC24.62■■□□□ 1.53
CHMP4AQ9BY43 LINC01568-207ENST00000641790 1380 ntBASIC24.62■■□□□ 1.53
CHMP4AQ9BY43 DPH1-201ENST00000263083 2221 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC24.62■■□□□ 1.53
CHMP4AQ9BY43 CYP2D6-201ENST00000359033 1433 ntTSL 1 (best) BASIC24.61■■□□□ 1.53
CHMP4AQ9BY43 DLX2-201ENST00000234198 2453 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.61■■□□□ 1.53
CHMP4AQ9BY43 HNRNPA3-204ENST00000435711 1731 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC24.61■■□□□ 1.53
CHMP4AQ9BY43 ISM2-207ENST00000493585 1739 ntTSL 1 (best) BASIC24.61■■□□□ 1.53
CHMP4AQ9BY43 SPON2-203ENST00000431380 1802 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC24.61■■□□□ 1.53
CHMP4AQ9BY43 TMEM53-201ENST00000372235 890 ntTSL 2 BASIC24.61■■□□□ 1.53
CHMP4AQ9BY43 AL954642.1-201ENST00000428088 538 ntTSL 3 BASIC24.61■■□□□ 1.53
CHMP4AQ9BY43 AL390955.1-201ENST00000428694 934 ntBASIC24.61■■□□□ 1.53
CHMP4AQ9BY43 KCNMA1-220ENST00000481070 896 ntTSL 2 BASIC24.61■■□□□ 1.53
CHMP4AQ9BY43 CHCHD6-204ENST00000508789 1159 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24.61■■□□□ 1.53
CHMP4AQ9BY43 IKBKB-210ENST00000518983 447 ntTSL 2 BASIC24.61■■□□□ 1.53
CHMP4AQ9BY43 CBLN1-202ENST00000536749 718 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC24.61■■□□□ 1.53
CHMP4AQ9BY43 ARHGDIA-207ENST00000580685 1201 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.61■■□□□ 1.53
CHMP4AQ9BY43 AC010947.1-201ENST00000623454 693 ntBASIC24.61■■□□□ 1.53
CHMP4AQ9BY43 AC116562.4-202ENST00000641738 218 ntBASIC24.61■■□□□ 1.53
CHMP4AQ9BY43 SERGEF-201ENST00000265965 1566 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.61■■□□□ 1.53
CHMP4AQ9BY43 UPF1-201ENST00000262803 5348 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.61■■□□□ 1.53
CHMP4AQ9BY43 AC026362.1-201ENST00000540866 5618 ntTSL 2 BASIC24.61■■□□□ 1.53
CHMP4AQ9BY43 VGF-201ENST00000249330 2575 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.61■■□□□ 1.53
CHMP4AQ9BY43 ADGRA3-204ENST00000502482 2870 ntTSL 1 (best) BASIC24.61■■□□□ 1.53
CHMP4AQ9BY43 AC006001.3-204ENST00000638711 2103 ntTSL 5 BASIC24.61■■□□□ 1.53
CHMP4AQ9BY43 PRKAR2A-206ENST00000454963 1849 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC24.61■■□□□ 1.53
CHMP4AQ9BY43 SPATS2L-204ENST00000409140 2463 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC24.6■■□□□ 1.53
CHMP4AQ9BY43 NEU4-201ENST00000325935 2288 ntTSL 1 (best) BASIC24.6■■□□□ 1.53
CHMP4AQ9BY43 DLGAP4-204ENST00000373913 5056 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC24.6■■□□□ 1.53
CHMP4AQ9BY43 RHBDL1-201ENST00000219551 1560 ntTSL 1 (best) BASIC24.6■■□□□ 1.53
CHMP4AQ9BY43 SYT5-202ENST00000537500 2612 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC24.6■■□□□ 1.53
CHMP4AQ9BY43 TSPAN4-204ENST00000397404 1462 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC24.6■■□□□ 1.53
CHMP4AQ9BY43 MDK-201ENST00000359803 985 ntAPPRIS P2 TSL 2 BASIC24.6■■□□□ 1.53
CHMP4AQ9BY43 CCDC74B-204ENST00000409234 871 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24.6■■□□□ 1.53
CHMP4AQ9BY43 ECEL1P3-201ENST00000427961 737 ntBASIC24.6■■□□□ 1.53
CHMP4AQ9BY43 TSPY17P-201ENST00000450329 467 ntBASIC24.6■■□□□ 1.53
CHMP4AQ9BY43 DEUP1-206ENST00000530273 410 ntTSL 3 BASIC24.6■■□□□ 1.53
CHMP4AQ9BY43 TESMIN-209ENST00000544963 1235 ntTSL 1 (best) BASIC24.6■■□□□ 1.53
CHMP4AQ9BY43 SLC39A2-203ENST00000554422 1259 ntTSL 1 (best) BASIC24.6■■□□□ 1.53
CHMP4AQ9BY43 IRF3-222ENST00000599144 1117 ntTSL 1 (best) BASIC24.6■■□□□ 1.53
CHMP4AQ9BY43 AC006942.1-201ENST00000600669 520 ntTSL 2 BASIC24.6■■□□□ 1.53
CHMP4AQ9BY43 AL590627.2-201ENST00000637510 144 ntTSL 5 BASIC24.6■■□□□ 1.53
CHMP4AQ9BY43 KCNMA1-293ENST00000640969 5789 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC24.6■■□□□ 1.53
CHMP4AQ9BY43 MUTYH-203ENST00000372098 1839 ntTSL 1 (best) BASIC24.6■■□□□ 1.53
CHMP4AQ9BY43 MUTYH-204ENST00000372104 1823 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24.6■■□□□ 1.53
CHMP4AQ9BY43 MUTYH-205ENST00000372110 1809 ntTSL 1 (best) BASIC24.6■■□□□ 1.53
CHMP4AQ9BY43 GRB14-201ENST00000263915 2382 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.6■■□□□ 1.53
CHMP4AQ9BY43 SCO1-203ENST00000577427 1601 ntTSL 3 BASIC24.6■■□□□ 1.53
CHMP4AQ9BY43 SRCIN1-213ENST00000617146 7058 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC24.6■■□□□ 1.53
CHMP4AQ9BY43 TREX2-203ENST00000338525 2116 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.59■■□□□ 1.53
CHMP4AQ9BY43 AC005906.2-207ENST00000639005 1580 ntTSL 5 BASIC24.59■■□□□ 1.53
CHMP4AQ9BY43 TMPO-204ENST00000393053 2374 ntTSL 1 (best) BASIC24.59■■□□□ 1.53
CHMP4AQ9BY43 NAPA-210ENST00000595227 1460 ntTSL 3 BASIC24.59■■□□□ 1.53
CHMP4AQ9BY43 PDLIM2-204ENST00000397760 1847 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.59■■□□□ 1.53
CHMP4AQ9BY43 FAM3C-201ENST00000359943 2508 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.59■■□□□ 1.53
CHMP4AQ9BY43 GABRD-205ENST00000638771 1707 ntAPPRIS ALT2 TSL 3 BASIC24.59■■□□□ 1.53
CHMP4AQ9BY43 NUDT15-201ENST00000258662 2098 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.59■■□□□ 1.53
CHMP4AQ9BY43 FAM129C-208ENST00000599164 2073 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC24.59■■□□□ 1.53
CHMP4AQ9BY43 ANK1-206ENST00000348036 622 ntTSL 1 (best) BASIC24.59■■□□□ 1.53
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 20.8 ms