Protein–RNA interactions for Protein: A6NC98

CCDC88B, Coiled-coil domain-containing protein 88B, humanhuman

Predictions only

Length 1,476 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
CCDC88BA6NC98 PDS5A-202ENST00000503396 2685 ntTSL 1 (best) BASIC33.56■■■□□ 2.96
CCDC88BA6NC98 TANGO2-217ENST00000456048 2439 ntTSL 2 BASIC33.56■■■□□ 2.96
CCDC88BA6NC98 TNFRSF19-202ENST00000382258 1625 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC33.56■■■□□ 2.96
CCDC88BA6NC98 C7orf25-201ENST00000350427 2451 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC33.56■■■□□ 2.96
CCDC88BA6NC98 PIGQ-206ENST00000422307 2052 ntTSL 3 BASIC33.56■■■□□ 2.96
CCDC88BA6NC98 PAFAH1B3-201ENST00000262890 1003 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC33.56■■■□□ 2.96
CCDC88BA6NC98 FIBP-202ENST00000357519 1248 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC33.56■■■□□ 2.96
CCDC88BA6NC98 AP003396.3-201ENST00000530918 778 ntTSL 5 BASIC33.56■■■□□ 2.96
CCDC88BA6NC98 AC022509.3-202ENST00000545819 566 ntTSL 3 BASIC33.56■■■□□ 2.96
CCDC88BA6NC98 AC021739.3-201ENST00000557908 855 ntTSL 2 BASIC33.56■■■□□ 2.96
CCDC88BA6NC98 LINC01785-201ENST00000598042 1112 ntTSL 1 (best) BASIC33.56■■■□□ 2.96
CCDC88BA6NC98 BCL10-202ENST00000620248 774 ntTSL 5 BASIC33.56■■■□□ 2.96
CCDC88BA6NC98 PSMD8-201ENST00000215071 1553 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC33.55■■■□□ 2.96
CCDC88BA6NC98 WIPF1-202ENST00000359761 2003 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC33.55■■■□□ 2.96
CCDC88BA6NC98 METTL1-202ENST00000324871 2066 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC33.55■■■□□ 2.96
CCDC88BA6NC98 SYTL1-201ENST00000318074 1900 ntTSL 2 BASIC33.55■■■□□ 2.96
CCDC88BA6NC98 WRNIP1-204ENST00000380773 2670 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC33.55■■■□□ 2.96
CCDC88BA6NC98 NAT6-204ENST00000443094 1464 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC33.55■■■□□ 2.96
CCDC88BA6NC98 PLIN2-201ENST00000276914 1972 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC33.55■■■□□ 2.96
CCDC88BA6NC98 UCHL5-202ENST00000367449 1507 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC33.55■■■□□ 2.96
CCDC88BA6NC98 MEF2B-202ENST00000409447 1297 ntTSL 3 BASIC33.55■■■□□ 2.96
CCDC88BA6NC98 TBC1D9B-220ENST00000630103 303 ntTSL 5 BASIC33.55■■■□□ 2.96
CCDC88BA6NC98 PCDHB12-202ENST00000622978 2093 ntTSL 2 BASIC33.55■■■□□ 2.96
CCDC88BA6NC98 SPATA6L-207ENST00000475086 1444 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC33.54■■■□□ 2.96
CCDC88BA6NC98 CXorf40A-208ENST00000434353 1524 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC33.54■■■□□ 2.96
CCDC88BA6NC98 RBM14-RBM4-201ENST00000412278 1566 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC33.54■■■□□ 2.96
CCDC88BA6NC98 HEBP2-201ENST00000367697 844 ntTSL 2 BASIC33.54■■■□□ 2.96
CCDC88BA6NC98 PLAC8-202ENST00000411416 786 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC33.54■■■□□ 2.96
CCDC88BA6NC98 AC092597.1-201ENST00000487352 616 ntBASIC33.54■■■□□ 2.96
CCDC88BA6NC98 TYROBP-209ENST00000589517 415 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC33.54■■■□□ 2.96
CCDC88BA6NC98 BCKDK-202ENST00000287507 1907 ntTSL 1 (best) BASIC33.54■■■□□ 2.96
CCDC88BA6NC98 HTRA3-202ENST00000382512 2023 ntTSL 1 (best) BASIC33.54■■■□□ 2.96
CCDC88BA6NC98 METTL5-207ENST00000410097 1370 ntTSL 2 BASIC33.54■■■□□ 2.96
CCDC88BA6NC98 NUDT15-201ENST00000258662 2098 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC33.54■■■□□ 2.96
CCDC88BA6NC98 CCDC130-201ENST00000221554 1792 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC33.54■■■□□ 2.96
CCDC88BA6NC98 GRB10-206ENST00000402497 2289 ntTSL 5 BASIC33.53■■■□□ 2.96
CCDC88BA6NC98 CCDC106-201ENST00000308964 1546 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC33.53■■■□□ 2.96
CCDC88BA6NC98 SLC22A18-202ENST00000347936 1542 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC33.53■■■□□ 2.96
CCDC88BA6NC98 RABEPK-202ENST00000373538 1504 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC33.53■■■□□ 2.96
CCDC88BA6NC98 PHKG2-202ENST00000424889 1566 ntTSL 2 BASIC33.53■■■□□ 2.96
CCDC88BA6NC98 APTR-204ENST00000440088 2029 ntTSL 1 (best) BASIC33.53■■■□□ 2.96
CCDC88BA6NC98 THNSL2-205ENST00000449349 1616 ntTSL 5 BASIC33.53■■■□□ 2.96
CCDC88BA6NC98 MRPL20-201ENST00000344843 721 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC33.53■■■□□ 2.96
CCDC88BA6NC98 AL645929.1-201ENST00000420084 975 ntBASIC33.53■■■□□ 2.96
CCDC88BA6NC98 AQP12A-202ENST00000429564 1110 ntAPPRIS P5 TSL 5 BASIC33.53■■■□□ 2.96
CCDC88BA6NC98 C16orf74-203ENST00000602675 744 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC33.53■■■□□ 2.96
CCDC88BA6NC98 C16orf74-206ENST00000602766 832 ntAPPRIS ALT2 TSL 3 BASIC33.53■■■□□ 2.96
CCDC88BA6NC98 VPS72-207ENST00000640458 689 ntTSL 5 BASIC33.53■■■□□ 2.96
CCDC88BA6NC98 ACHE-203ENST00000411582 2179 ntTSL 1 (best) BASIC33.53■■■□□ 2.96
CCDC88BA6NC98 C17orf62-204ENST00000437807 2242 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC33.53■■■□□ 2.96
CCDC88BA6NC98 SSR1-204ENST00000474597 1808 ntTSL 5 BASIC33.53■■■□□ 2.96
CCDC88BA6NC98 OTUB1-210ENST00000541478 1803 ntTSL 5 BASIC33.53■■■□□ 2.96
CCDC88BA6NC98 ZBED3-AS1-208ENST00000512001 1668 ntTSL 3 BASIC33.52■■■□□ 2.96
CCDC88BA6NC98 TMEM91-209ENST00000539627 1843 ntTSL 1 (best) BASIC33.52■■■□□ 2.96
CCDC88BA6NC98 TFF3-204ENST00000518498 1109 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC33.52■■■□□ 2.96
CCDC88BA6NC98 NTF4-201ENST00000593537 932 ntAPPRIS P1 BASIC33.52■■■□□ 2.96
CCDC88BA6NC98 EFHC1-206ENST00000635760 2030 ntTSL 5 BASIC33.52■■■□□ 2.96
CCDC88BA6NC98 RNF113B-201ENST00000267291 1376 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC33.52■■■□□ 2.96
CCDC88BA6NC98 RBFA-202ENST00000306735 1407 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC33.52■■■□□ 2.96
CCDC88BA6NC98 ZNF707-222ENST00000532158 2218 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC33.52■■■□□ 2.96
CCDC88BA6NC98 ABO-203ENST00000611156 1577 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC33.52■■■□□ 2.96
CCDC88BA6NC98 ACBD4-215ENST00000592162 1684 ntTSL 5 BASIC33.52■■■□□ 2.96
CCDC88BA6NC98 ATP5G2-208ENST00000552242 1950 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC33.52■■■□□ 2.96
CCDC88BA6NC98 TNFRSF1A-201ENST00000162749 2223 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC33.51■■■□□ 2.96
CCDC88BA6NC98 SLC50A1-201ENST00000303343 1137 ntTSL 1 (best) BASIC33.51■■■□□ 2.96
CCDC88BA6NC98 RASA4DP-201ENST00000460726 1199 ntBASIC33.51■■■□□ 2.96
CCDC88BA6NC98 PP7080-204ENST00000510714 601 ntTSL 3 BASIC33.51■■■□□ 2.96
CCDC88BA6NC98 AC087623.2-201ENST00000528407 534 ntTSL 4 BASIC33.51■■■□□ 2.96
CCDC88BA6NC98 TRAF7-205ENST00000567653 666 ntTSL 2 BASIC33.51■■■□□ 2.96
CCDC88BA6NC98 ATP5D-207ENST00000591660 637 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC33.51■■■□□ 2.96
CCDC88BA6NC98 TUBA8-201ENST00000316027 1518 ntTSL 2 BASIC33.51■■■□□ 2.96
CCDC88BA6NC98 SLC52A2-209ENST00000530047 1757 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC33.51■■■□□ 2.96
CCDC88BA6NC98 FFAR1-201ENST00000246553 2311 ntAPPRIS P1 BASIC33.51■■■□□ 2.95
CCDC88BA6NC98 CERS4-201ENST00000251363 1797 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC33.5■■■□□ 2.95
CCDC88BA6NC98 DCTN3-201ENST00000259632 808 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC33.5■■■□□ 2.95
CCDC88BA6NC98 CYSTM1-201ENST00000261811 1336 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC33.5■■■□□ 2.95
CCDC88BA6NC98 HOXA10-201ENST00000283921 2541 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC33.5■■■□□ 2.95
CCDC88BA6NC98 CHMP4A-201ENST00000347519 1393 ntTSL 1 (best) BASIC33.5■■■□□ 2.95
CCDC88BA6NC98 SYCE1L-201ENST00000378644 858 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC33.5■■■□□ 2.95
CCDC88BA6NC98 RNF32-208ENST00000432459 1893 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC33.5■■■□□ 2.95
CCDC88BA6NC98 ZNF852-201ENST00000436261 1968 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC33.5■■■□□ 2.95
CCDC88BA6NC98 AL162457.2-201ENST00000447909 937 ntTSL 3 BASIC33.5■■■□□ 2.95
CCDC88BA6NC98 LPAR2-203ENST00000586703 1823 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC33.5■■■□□ 2.95
CCDC88BA6NC98 AC004982.2-201ENST00000609497 1578 ntTSL 2 BASIC33.5■■■□□ 2.95
CCDC88BA6NC98 ZNF513-202ENST00000407879 2077 ntTSL 1 (best) BASIC33.5■■■□□ 2.95
CCDC88BA6NC98 NTMT1-203ENST00000372483 1315 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC33.5■■■□□ 2.95
CCDC88BA6NC98 SIN3B-209ENST00000596802 2556 ntTSL 1 (best) BASIC33.5■■■□□ 2.95
CCDC88BA6NC98 Metazoa_SRP.33-201ENST00000613468 285 ntBASIC33.5■■■□□ 2.95
CCDC88BA6NC98 DNAJB6-218ENST00000634080 1005 ntTSL 2 BASIC33.5■■■□□ 2.95
CCDC88BA6NC98 GPAT2P1-201ENST00000444924 1672 ntBASIC33.49■■■□□ 2.95
CCDC88BA6NC98 AC126773.2-201ENST00000562172 1682 ntTSL 3 BASIC33.49■■■□□ 2.95
CCDC88BA6NC98 C6orf89-203ENST00000373685 1400 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC33.49■■■□□ 2.95
CCDC88BA6NC98 SYT8-202ENST00000381968 1424 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC33.49■■■□□ 2.95
CCDC88BA6NC98 TMEM88-201ENST00000301599 875 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC33.49■■■□□ 2.95
CCDC88BA6NC98 SPEG-204ENST00000396689 1274 ntTSL 1 (best) BASIC33.49■■■□□ 2.95
CCDC88BA6NC98 MIR3180-1-201ENST00000580374 94 ntBASIC33.49■■■□□ 2.95
CCDC88BA6NC98 MIR3180-3-201ENST00000584616 94 ntBASIC33.49■■■□□ 2.95
CCDC88BA6NC98 IRF5-214ENST00000613821 595 ntTSL 5 BASIC33.49■■■□□ 2.95
CCDC88BA6NC98 ZNF534-205ENST00000617900 1085 ntTSL 2 BASIC33.49■■■□□ 2.95
CCDC88BA6NC98 GLT8D1-206ENST00000478968 1826 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC33.49■■■□□ 2.95
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 38.6 ms