Protein–RNA interactions for Protein: Q9UPQ0

LIMCH1, LIM and calponin homology domains-containing protein 1, humanhuman

Predictions only

Length 1,083 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
LIMCH1Q9UPQ0 QTRT1-201ENST00000250237 1317 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.79■■□□□ 1.24
LIMCH1Q9UPQ0 RENBP-201ENST00000369997 1322 ntTSL 5 BASIC22.79■■□□□ 1.24
LIMCH1Q9UPQ0 ETFA-202ENST00000433983 1346 ntTSL 2 BASIC22.79■■□□□ 1.24
LIMCH1Q9UPQ0 CPEB2-202ENST00000345451 2013 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.79■■□□□ 1.24
LIMCH1Q9UPQ0 SIGLEC14-201ENST00000360844 2035 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.79■■□□□ 1.24
LIMCH1Q9UPQ0 HGFAC-204ENST00000511533 2016 ntTSL 1 (best) BASIC22.79■■□□□ 1.24
LIMCH1Q9UPQ0 PTGER3-203ENST00000354608 1470 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC22.79■■□□□ 1.24
LIMCH1Q9UPQ0 CCNL2-201ENST00000400809 2305 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.79■■□□□ 1.24
LIMCH1Q9UPQ0 WDR34-201ENST00000372715 1755 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.78■■□□□ 1.24
LIMCH1Q9UPQ0 RFTN1-201ENST00000334133 2982 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC22.78■■□□□ 1.24
LIMCH1Q9UPQ0 KLHDC4-203ENST00000347925 1821 ntTSL 1 (best) BASIC22.78■■□□□ 1.24
LIMCH1Q9UPQ0 KCNA3-201ENST00000369769 2569 ntAPPRIS P1 BASIC22.78■■□□□ 1.24
LIMCH1Q9UPQ0 CRB2-202ENST00000373631 5550 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.78■■□□□ 1.24
LIMCH1Q9UPQ0 LIPT2-201ENST00000310109 1018 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC22.78■■□□□ 1.24
LIMCH1Q9UPQ0 AC092171.1-201ENST00000455866 753 ntTSL 2 BASIC22.78■■□□□ 1.24
LIMCH1Q9UPQ0 AC099522.1-201ENST00000505955 881 ntTSL 3 BASIC22.78■■□□□ 1.24
LIMCH1Q9UPQ0 AP001458.2-201ENST00000528405 577 ntAPPRIS P1 TSL 4 BASIC22.78■■□□□ 1.24
LIMCH1Q9UPQ0 FFAR3-202ENST00000594310 1182 ntAPPRIS P1 BASIC22.78■■□□□ 1.24
LIMCH1Q9UPQ0 EDN3-204ENST00000371028 2397 ntAPPRIS P4 TSL 5 BASIC22.78■■□□□ 1.24
LIMCH1Q9UPQ0 CASKIN1-201ENST00000343516 5759 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.78■■□□□ 1.24
LIMCH1Q9UPQ0 SLC31A2-201ENST00000259392 1785 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.78■■□□□ 1.24
LIMCH1Q9UPQ0 PRR7-202ENST00000502922 1345 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC22.78■■□□□ 1.24
LIMCH1Q9UPQ0 OTUD1-201ENST00000376495 2933 ntAPPRIS P1 BASIC22.78■■□□□ 1.24
LIMCH1Q9UPQ0 SLC12A4-202ENST00000422611 4670 ntTSL 2 BASIC22.78■■□□□ 1.24
LIMCH1Q9UPQ0 AL138781.2-201ENST00000617896 1843 ntBASIC22.78■■□□□ 1.24
LIMCH1Q9UPQ0 CLDND1-203ENST00000394181 2170 ntTSL 1 (best) BASIC22.77■■□□□ 1.24
LIMCH1Q9UPQ0 CFP-203ENST00000396992 1592 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC22.77■■□□□ 1.24
LIMCH1Q9UPQ0 ETV4-201ENST00000319349 2429 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.77■■□□□ 1.24
LIMCH1Q9UPQ0 ACHE-205ENST00000419336 1906 ntTSL 1 (best) BASIC22.77■■□□□ 1.24
LIMCH1Q9UPQ0 TUBB8P6-201ENST00000436895 1288 ntBASIC22.77■■□□□ 1.24
LIMCH1Q9UPQ0 GATA3-AS1-204ENST00000438755 675 ntTSL 1 (best) BASIC22.77■■□□□ 1.24
LIMCH1Q9UPQ0 TINAGL1-202ENST00000457433 2140 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC22.77■■□□□ 1.24
LIMCH1Q9UPQ0 TNIK-208ENST00000465393 750 ntTSL 1 (best) BASIC22.77■■□□□ 1.24
LIMCH1Q9UPQ0 UNC93B6-201ENST00000525262 1143 ntTSL 5 BASIC22.77■■□□□ 1.24
LIMCH1Q9UPQ0 LIMD2-206ENST00000578993 602 ntTSL 3 BASIC22.77■■□□□ 1.24
LIMCH1Q9UPQ0 AC092666.2-201ENST00000613287 246 ntBASIC22.77■■□□□ 1.24
LIMCH1Q9UPQ0 INO80E-214ENST00000620599 515 ntTSL 2 BASIC22.77■■□□□ 1.24
LIMCH1Q9UPQ0 KXD1-202ENST00000539106 1496 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC22.77■■□□□ 1.24
LIMCH1Q9UPQ0 NAPA-210ENST00000595227 1460 ntTSL 3 BASIC22.77■■□□□ 1.24
LIMCH1Q9UPQ0 LINC01586-201ENST00000506090 1840 ntTSL 2 BASIC22.77■■□□□ 1.24
LIMCH1Q9UPQ0 SMC5-AS1-201ENST00000594708 1818 ntTSL 2 BASIC22.77■■□□□ 1.24
LIMCH1Q9UPQ0 LRRC14-201ENST00000292524 5328 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.77■■□□□ 1.24
LIMCH1Q9UPQ0 C12orf42-208ENST00000548883 1336 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC22.77■■□□□ 1.24
LIMCH1Q9UPQ0 PRAF2-202ENST00000553851 1334 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.77■■□□□ 1.24
LIMCH1Q9UPQ0 NFATC4-220ENST00000555393 2235 ntTSL 1 (best) BASIC22.77■■□□□ 1.24
LIMCH1Q9UPQ0 INSR-201ENST00000302850 4721 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC22.77■■□□□ 1.24
LIMCH1Q9UPQ0 PLCXD1-202ENST00000381663 1863 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC22.77■■□□□ 1.24
LIMCH1Q9UPQ0 EML6-201ENST00000356458 8320 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC22.77■■□□□ 1.24
LIMCH1Q9UPQ0 EPOR-201ENST00000222139 2411 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.77■■□□□ 1.24
LIMCH1Q9UPQ0 RELB-201ENST00000221452 2294 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC22.77■■□□□ 1.23
LIMCH1Q9UPQ0 STX6-204ENST00000542060 4809 ntTSL 2 BASIC22.77■■□□□ 1.23
LIMCH1Q9UPQ0 SCYL2-201ENST00000360820 5779 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.76■■□□□ 1.23
LIMCH1Q9UPQ0 PDLIM2-204ENST00000397760 1847 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.76■■□□□ 1.23
LIMCH1Q9UPQ0 MAP1LC3A-203ENST00000397709 698 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC22.76■■□□□ 1.23
LIMCH1Q9UPQ0 STPG4-207ENST00000445927 891 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC22.76■■□□□ 1.23
LIMCH1Q9UPQ0 AC068987.1-201ENST00000562996 427 ntTSL 3 BASIC22.76■■□□□ 1.23
LIMCH1Q9UPQ0 EML2-AS1-202ENST00000591087 838 ntTSL 3 BASIC22.76■■□□□ 1.23
LIMCH1Q9UPQ0 NCBP2-AS2-201ENST00000602845 918 ntAPPRIS P1 BASIC22.76■■□□□ 1.23
LIMCH1Q9UPQ0 AC104771.1-201ENST00000603335 964 ntBASIC22.76■■□□□ 1.23
LIMCH1Q9UPQ0 ILKAP-201ENST00000254654 1490 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.76■■□□□ 1.23
LIMCH1Q9UPQ0 TACO1-201ENST00000258975 1469 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.76■■□□□ 1.23
LIMCH1Q9UPQ0 STARD3-209ENST00000544210 1666 ntTSL 2 BASIC22.76■■□□□ 1.23
LIMCH1Q9UPQ0 KLHL23-201ENST00000272797 2087 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC22.76■■□□□ 1.23
LIMCH1Q9UPQ0 FBLN1-201ENST00000262722 2251 ntTSL 1 (best) BASIC22.76■■□□□ 1.23
LIMCH1Q9UPQ0 TBC1D19-201ENST00000264866 2263 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.76■■□□□ 1.23
LIMCH1Q9UPQ0 SYTL1-201ENST00000318074 1900 ntTSL 2 BASIC22.76■■□□□ 1.23
LIMCH1Q9UPQ0 SLC38A8-201ENST00000299709 1308 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC22.76■■□□□ 1.23
LIMCH1Q9UPQ0 MEN1-201ENST00000312049 2761 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC22.76■■□□□ 1.23
LIMCH1Q9UPQ0 ST3GAL3-206ENST00000351035 2377 ntTSL 5 BASIC22.76■■□□□ 1.23
LIMCH1Q9UPQ0 TMEM129-202ENST00000382936 2810 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.76■■□□□ 1.23
LIMCH1Q9UPQ0 DIAPH1-203ENST00000389057 5762 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC22.76■■□□□ 1.23
LIMCH1Q9UPQ0 IL15-208ENST00000529613 1355 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC22.76■■□□□ 1.23
LIMCH1Q9UPQ0 SERPINF2-201ENST00000324015 2284 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC22.75■■□□□ 1.23
LIMCH1Q9UPQ0 LGALS9C-212ENST00000583322 1602 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC22.75■■□□□ 1.23
LIMCH1Q9UPQ0 PROB1-201ENST00000434752 5122 ntAPPRIS P1 BASIC22.75■■□□□ 1.23
LIMCH1Q9UPQ0 KRT18-202ENST00000388837 1420 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC22.75■■□□□ 1.23
LIMCH1Q9UPQ0 ZNF623-203ENST00000526926 2612 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC22.75■■□□□ 1.23
LIMCH1Q9UPQ0 LINC01819-201ENST00000422351 2156 ntTSL 5 BASIC22.75■■□□□ 1.23
LIMCH1Q9UPQ0 C10orf76-201ENST00000311122 724 ntTSL 1 (best) BASIC22.75■■□□□ 1.23
LIMCH1Q9UPQ0 MRPS24-201ENST00000317534 707 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.75■■□□□ 1.23
LIMCH1Q9UPQ0 HES2-203ENST00000377837 1222 ntTSL 1 (best) BASIC22.75■■□□□ 1.23
LIMCH1Q9UPQ0 NOXO1-203ENST00000397280 1147 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.75■■□□□ 1.23
LIMCH1Q9UPQ0 UNC93B4-201ENST00000505679 747 ntBASIC22.75■■□□□ 1.23
LIMCH1Q9UPQ0 TP53I11-215ENST00000531928 1078 ntTSL 3 BASIC22.75■■□□□ 1.23
LIMCH1Q9UPQ0 SMAGP-206ENST00000604188 433 ntTSL 3 BASIC22.75■■□□□ 1.23
LIMCH1Q9UPQ0 FOXL2-201ENST00000330315 2917 ntAPPRIS P1 BASIC22.75■■□□□ 1.23
LIMCH1Q9UPQ0 SYBU-232ENST00000533171 2498 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC22.75■■□□□ 1.23
LIMCH1Q9UPQ0 GOLPH3-201ENST00000265070 2721 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.75■■□□□ 1.23
LIMCH1Q9UPQ0 GPC5-201ENST00000377067 2957 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.75■■□□□ 1.23
LIMCH1Q9UPQ0 DUSP1-201ENST00000239223 2019 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.75■■□□□ 1.23
LIMCH1Q9UPQ0 FAM72C-202ENST00000584486 2297 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.75■■□□□ 1.23
LIMCH1Q9UPQ0 GORASP1-220ENST00000479927 1345 ntTSL 2 BASIC22.75■■□□□ 1.23
LIMCH1Q9UPQ0 TSPAN3-210ENST00000561277 1592 ntTSL 5 BASIC22.75■■□□□ 1.23
LIMCH1Q9UPQ0 TSG101-201ENST00000251968 1824 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.75■■□□□ 1.23
LIMCH1Q9UPQ0 SHISA7-201ENST00000376325 6033 ntAPPRIS P2 TSL 2 BASIC22.75■■□□□ 1.23
LIMCH1Q9UPQ0 ST6GALNAC4-201ENST00000335791 1691 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.74■■□□□ 1.23
LIMCH1Q9UPQ0 NFS1-214ENST00000541387 1436 ntTSL 2 BASIC22.74■■□□□ 1.23
LIMCH1Q9UPQ0 RNF167-205ENST00000571816 1728 ntAPPRIS P3 TSL 5 BASIC22.74■■□□□ 1.23
LIMCH1Q9UPQ0 KRT6C-201ENST00000252250 2289 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.74■■□□□ 1.23
LIMCH1Q9UPQ0 KRT6B-201ENST00000252252 2282 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.74■■□□□ 1.23
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 27.7 ms