Protein–RNA interactions for Protein: Q8NB14

USP38, Ubiquitin carboxyl-terminal hydrolase 38, humanhuman

Predictions only

Length 1,042 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
USP38Q8NB14 HOXA11-201ENST00000006015 2295 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.6■■□□□ 1.05
USP38Q8NB14 HNRNPA3-204ENST00000435711 1731 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC21.6■■□□□ 1.05
USP38Q8NB14 SOCS2-201ENST00000340600 2761 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.6■■□□□ 1.05
USP38Q8NB14 TYMS-201ENST00000323224 1327 ntTSL 1 (best) BASIC21.6■■□□□ 1.05
USP38Q8NB14 TRAPPC3-209ENST00000616395 1336 ntTSL 3 BASIC21.6■■□□□ 1.05
USP38Q8NB14 ADRA1B-201ENST00000306675 2047 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.6■■□□□ 1.05
USP38Q8NB14 KLHL11-201ENST00000319121 2383 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.6■■□□□ 1.05
USP38Q8NB14 SMG1P5-201ENST00000411546 2362 ntTSL 1 (best) BASIC21.6■■□□□ 1.05
USP38Q8NB14 AFDN-202ENST00000351017 5823 ntTSL 5 BASIC21.6■■□□□ 1.05
USP38Q8NB14 OTUB1-210ENST00000541478 1803 ntTSL 5 BASIC21.6■■□□□ 1.05
USP38Q8NB14 AC018553.1-201ENST00000616682 1458 ntBASIC21.6■■□□□ 1.05
USP38Q8NB14 STK25-204ENST00000405585 1643 ntTSL 2 BASIC21.6■■□□□ 1.05
USP38Q8NB14 ACOT2-205ENST00000622407 1604 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC21.6■■□□□ 1.05
USP38Q8NB14 HBA1-201ENST00000320868 577 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.6■■□□□ 1.05
USP38Q8NB14 NAT6-202ENST00000417393 1163 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.6■■□□□ 1.05
USP38Q8NB14 ATP5S-204ENST00000426751 1171 ntTSL 1 (best) BASIC21.6■■□□□ 1.05
USP38Q8NB14 TUBB8P6-201ENST00000436895 1288 ntBASIC21.6■■□□□ 1.05
USP38Q8NB14 C16orf91-201ENST00000442039 978 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.6■■□□□ 1.05
USP38Q8NB14 MIXL1-202ENST00000542034 839 ntTSL 1 (best) BASIC21.6■■□□□ 1.05
USP38Q8NB14 GRAMD4P8-201ENST00000605465 1115 ntBASIC21.6■■□□□ 1.05
USP38Q8NB14 GTF2IRD2B-208ENST00000619142 1932 ntTSL 1 (best) BASIC21.6■■□□□ 1.05
USP38Q8NB14 POLD2-201ENST00000223361 1597 ntTSL 5 BASIC21.6■■□□□ 1.05
USP38Q8NB14 SAAL1-202ENST00000524803 1582 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC21.6■■□□□ 1.05
USP38Q8NB14 WT1-212ENST00000640146 1554 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC21.6■■□□□ 1.05
USP38Q8NB14 TPD52-209ENST00000518937 2856 ntTSL 2 BASIC21.6■■□□□ 1.05
USP38Q8NB14 GALNS-201ENST00000268695 2363 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.6■■□□□ 1.05
USP38Q8NB14 IL17RC-202ENST00000383812 2384 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.6■■□□□ 1.05
USP38Q8NB14 PCGF3-208ENST00000470161 1652 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.6■■□□□ 1.05
USP38Q8NB14 ACTR8-202ENST00000482349 2091 ntTSL 2 BASIC21.59■■□□□ 1.05
USP38Q8NB14 LRCH4-211ENST00000619071 2098 ntTSL 5 BASIC21.59■■□□□ 1.05
USP38Q8NB14 SLC25A15-201ENST00000338625 1586 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.59■■□□□ 1.05
USP38Q8NB14 AC073343.2-203ENST00000366167 564 ntTSL 4 BASIC21.59■■□□□ 1.05
USP38Q8NB14 ISOC2-202ENST00000425675 998 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.59■■□□□ 1.05
USP38Q8NB14 AL450487.1-201ENST00000426799 995 ntBASIC21.59■■□□□ 1.05
USP38Q8NB14 AC009947.2-201ENST00000444014 672 ntBASIC21.59■■□□□ 1.05
USP38Q8NB14 AL445645.1-201ENST00000451318 1019 ntTSL 2 BASIC21.59■■□□□ 1.05
USP38Q8NB14 AC022616.7-201ENST00000525383 220 ntBASIC21.59■■□□□ 1.05
USP38Q8NB14 ZNF599-203ENST00000588760 948 ntTSL 2 BASIC21.59■■□□□ 1.05
USP38Q8NB14 SLC6A6-208ENST00000621751 1252 ntTSL 1 (best) BASIC21.59■■□□□ 1.05
USP38Q8NB14 RPS27A-211ENST00000639844 606 ntTSL 5 BASIC21.59■■□□□ 1.05
USP38Q8NB14 NEIL3-201ENST00000264596 2408 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.59■■□□□ 1.05
USP38Q8NB14 BIN2-210ENST00000615107 2255 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.59■■□□□ 1.05
USP38Q8NB14 LBX2-203ENST00000460508 1452 ntTSL 1 (best) BASIC21.58■■□□□ 1.05
USP38Q8NB14 MSANTD1-203ENST00000507492 2289 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.58■■□□□ 1.05
USP38Q8NB14 UBE2B-201ENST00000265339 2515 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.58■■□□□ 1.05
USP38Q8NB14 EPHX4-201ENST00000370383 1437 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.58■■□□□ 1.05
USP38Q8NB14 PODNL1-203ENST00000538371 1826 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC21.58■■□□□ 1.05
USP38Q8NB14 COX5A-201ENST00000322347 1268 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.58■■□□□ 1.05
USP38Q8NB14 C1orf50-201ENST00000372525 996 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.58■■□□□ 1.05
USP38Q8NB14 IPPK-202ENST00000375522 882 ntTSL 3 BASIC21.58■■□□□ 1.05
USP38Q8NB14 AC007161.3-201ENST00000469183 637 ntTSL 5 BASIC21.58■■□□□ 1.05
USP38Q8NB14 CIRBP-217ENST00000588230 1013 ntTSL 5 BASIC21.58■■□□□ 1.05
USP38Q8NB14 DGCR10-201ENST00000609839 495 ntBASIC21.58■■□□□ 1.05
USP38Q8NB14 NFIL3-201ENST00000297689 2085 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.58■■□□□ 1.05
USP38Q8NB14 SLC16A5-202ENST00000450736 2051 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC21.58■■□□□ 1.05
USP38Q8NB14 MEF2D-203ENST00000368240 1905 ntTSL 1 (best) BASIC21.58■■□□□ 1.04
USP38Q8NB14 TNFSF11-203ENST00000398795 2199 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.58■■□□□ 1.04
USP38Q8NB14 APIP-201ENST00000395787 1366 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.58■■□□□ 1.04
USP38Q8NB14 TREX2-206ENST00000370232 1864 ntTSL 1 (best) BASIC21.58■■□□□ 1.04
USP38Q8NB14 AGTR1-209ENST00000497524 2359 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.58■■□□□ 1.04
USP38Q8NB14 NTN5-201ENST00000270235 1836 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.57■■□□□ 1.04
USP38Q8NB14 SET-201ENST00000322030 2915 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.57■■□□□ 1.04
USP38Q8NB14 MGAT1-204ENST00000427865 1919 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC21.57■■□□□ 1.04
USP38Q8NB14 POLR1D-203ENST00000399697 2036 ntTSL 1 (best) BASIC21.57■■□□□ 1.04
USP38Q8NB14 TBX6-201ENST00000279386 1796 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.57■■□□□ 1.04
USP38Q8NB14 CPNE9-202ENST00000383831 1751 ntTSL 5 BASIC21.57■■□□□ 1.04
USP38Q8NB14 CRACR2B-207ENST00000528542 1792 ntTSL 1 (best) BASIC21.57■■□□□ 1.04
USP38Q8NB14 TBX6-205ENST00000627355 1796 ntTSL 5 BASIC21.57■■□□□ 1.04
USP38Q8NB14 KLHL21-204ENST00000467612 1056 ntTSL 3 BASIC21.57■■□□□ 1.04
USP38Q8NB14 AL031600.3-201ENST00000566287 1124 ntTSL 5 BASIC21.57■■□□□ 1.04
USP38Q8NB14 PRR29-205ENST00000579184 1052 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC21.57■■□□□ 1.04
USP38Q8NB14 FGF14-IT1-202ENST00000607251 2123 ntTSL 2 BASIC21.57■■□□□ 1.04
USP38Q8NB14 KREMEN2-202ENST00000319500 1882 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.57■■□□□ 1.04
USP38Q8NB14 CLN3-205ENST00000359984 1876 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.57■■□□□ 1.04
USP38Q8NB14 PHGDH-210ENST00000641115 1638 ntBASIC21.57■■□□□ 1.04
USP38Q8NB14 PDZD3-201ENST00000322712 2204 ntTSL 1 (best) BASIC21.57■■□□□ 1.04
USP38Q8NB14 NDRG2-242ENST00000555158 2216 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC21.57■■□□□ 1.04
USP38Q8NB14 GTF3A-201ENST00000381140 1383 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.57■■□□□ 1.04
USP38Q8NB14 LRRC23-207ENST00000433346 1387 ntTSL 5 BASIC21.57■■□□□ 1.04
USP38Q8NB14 FAM217A-201ENST00000274673 2265 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.57■■□□□ 1.04
USP38Q8NB14 SPNS2-201ENST00000329078 3447 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.57■■□□□ 1.04
USP38Q8NB14 PTPN11-202ENST00000392597 1876 ntTSL 1 (best) BASIC21.56■■□□□ 1.04
USP38Q8NB14 SMOC2-206ENST00000535039 1875 ntTSL 5 BASIC21.56■■□□□ 1.04
USP38Q8NB14 NKX2-1-202ENST00000498187 2338 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.56■■□□□ 1.04
USP38Q8NB14 PFKFB3-202ENST00000360521 1964 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC21.56■■□□□ 1.04
USP38Q8NB14 ZNF692-202ENST00000366471 1710 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.56■■□□□ 1.04
USP38Q8NB14 PTGDS-202ENST00000371625 807 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.56■■□□□ 1.04
USP38Q8NB14 MAF-202ENST00000393350 6384 ntAPPRIS ALT2 BASIC21.56■■□□□ 1.04
USP38Q8NB14 PHYHD1-207ENST00000421063 1182 ntTSL 1 (best) BASIC21.56■■□□□ 1.04
USP38Q8NB14 TAPBP-236ENST00000456592 817 ntTSL 5 BASIC21.56■■□□□ 1.04
USP38Q8NB14 STAC3-202ENST00000546246 1014 ntTSL 2 BASIC21.56■■□□□ 1.04
USP38Q8NB14 GCHFR-205ENST00000559932 695 ntTSL 2 BASIC21.56■■□□□ 1.04
USP38Q8NB14 AC027682.6-202ENST00000621378 795 ntTSL 2 BASIC21.56■■□□□ 1.04
USP38Q8NB14 CROCCP4-202ENST00000633627 573 ntTSL 3 BASIC21.56■■□□□ 1.04
USP38Q8NB14 CSF1-203ENST00000369801 1364 ntTSL 1 (best) BASIC21.56■■□□□ 1.04
USP38Q8NB14 SARDH-201ENST00000298628 1484 ntTSL 1 (best) BASIC21.56■■□□□ 1.04
USP38Q8NB14 LGALS8-AS1-201ENST00000487567 1457 ntBASIC21.56■■□□□ 1.04
USP38Q8NB14 CYB561-213ENST00000581573 2344 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.56■■□□□ 1.04
USP38Q8NB14 CAMKK2-206ENST00000402834 2051 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC21.56■■□□□ 1.04
USP38Q8NB14 TWF2-203ENST00000499914 1440 ntTSL 5 BASIC21.55■■□□□ 1.04
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 20.5 ms