Protein–RNA interactions for Protein: Q70EK8

USP53, Inactive ubiquitin carboxyl-terminal hydrolase 53, humanhuman

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Length 1,073 aa.

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Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
USP53Q70EK8 SPOCK3-204ENST00000502330 2180 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC18.75■□□□□ 0.59
USP53Q70EK8 LMO4-202ENST00000370544 5405 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.75■□□□□ 0.59
USP53Q70EK8 SRSF4-201ENST00000373795 2387 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC18.75■□□□□ 0.59
USP53Q70EK8 CHD1L-201ENST00000361293 2484 ntTSL 2 BASIC18.75■□□□□ 0.59
USP53Q70EK8 STOML1-209ENST00000564777 1849 ntTSL 1 (best) BASIC18.75■□□□□ 0.59
USP53Q70EK8 PDZRN4-202ENST00000402685 3347 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC18.75■□□□□ 0.59
USP53Q70EK8 C7orf43-206ENST00000456769 2046 ntTSL 2 BASIC18.75■□□□□ 0.59
USP53Q70EK8 DUSP23-203ENST00000368109 729 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC18.75■□□□□ 0.59
USP53Q70EK8 C9orf129-201ENST00000375419 1154 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC18.75■□□□□ 0.59
USP53Q70EK8 TSPY1-201ENST00000423647 1171 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC18.75■□□□□ 0.59
USP53Q70EK8 AL050404.1-201ENST00000424566 802 ntTSL 2 BASIC18.75■□□□□ 0.59
USP53Q70EK8 LIN28AP1-201ENST00000429574 405 ntBASIC18.75■□□□□ 0.59
USP53Q70EK8 CHST8-203ENST00000438847 2133 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.75■□□□□ 0.59
USP53Q70EK8 AC137630.1-201ENST00000452042 782 ntTSL 4 BASIC18.75■□□□□ 0.59
USP53Q70EK8 ZNF706-204ENST00000518336 501 ntAPPRIS P1 TSL 4 BASIC18.75■□□□□ 0.59
USP53Q70EK8 EGLN1P1-201ENST00000531623 762 ntBASIC18.75■□□□□ 0.59
USP53Q70EK8 DYNLL1-205ENST00000548342 662 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC18.75■□□□□ 0.59
USP53Q70EK8 PGAP1-204ENST00000409475 2443 ntTSL 2 BASIC18.75■□□□□ 0.59
USP53Q70EK8 POLD2-201ENST00000223361 1597 ntTSL 5 BASIC18.75■□□□□ 0.59
USP53Q70EK8 SGCE-207ENST00000447873 1597 ntTSL 1 (best) BASIC18.75■□□□□ 0.59
USP53Q70EK8 SPG7-202ENST00000341316 2288 ntTSL 1 (best) BASIC18.75■□□□□ 0.59
USP53Q70EK8 FGFR3-210ENST00000613647 4438 ntTSL 5 BASIC18.75■□□□□ 0.59
USP53Q70EK8 DBNL-210ENST00000448521 1808 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC18.74■□□□□ 0.59
USP53Q70EK8 AL691432.2-201ENST00000607222 2038 ntBASIC18.74■□□□□ 0.59
USP53Q70EK8 PHOX2B-201ENST00000226382 3030 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.74■□□□□ 0.59
USP53Q70EK8 HSCB-201ENST00000216027 1114 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.74■□□□□ 0.59
USP53Q70EK8 KRTCAP3-201ENST00000288873 872 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.74■□□□□ 0.59
USP53Q70EK8 INGX-201ENST00000359239 846 ntBASIC18.74■□□□□ 0.59
USP53Q70EK8 MCF2L-207ENST00000397024 490 ntTSL 5 BASIC18.74■□□□□ 0.59
USP53Q70EK8 CYB561D2-204ENST00000424512 1212 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC18.74■□□□□ 0.59
USP53Q70EK8 AC103564.1-201ENST00000437330 562 ntTSL 5 BASIC18.74■□□□□ 0.59
USP53Q70EK8 BNIP3L-206ENST00000523515 915 ntTSL 2 BASIC18.74■□□□□ 0.59
USP53Q70EK8 AC010203.1-204ENST00000548782 407 ntBASIC18.74■□□□□ 0.59
USP53Q70EK8 AC087388.1-201ENST00000571370 1112 ntBASIC18.74■□□□□ 0.59
USP53Q70EK8 OAZ1-211ENST00000602676 1148 ntAPPRIS P3 TSL 5 BASIC18.74■□□□□ 0.59
USP53Q70EK8 SMIM20-205ENST00000614775 1190 ntTSL 5 BASIC18.74■□□□□ 0.59
USP53Q70EK8 C19orf66-201ENST00000253110 2117 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC18.74■□□□□ 0.59
USP53Q70EK8 MRFAP1-201ENST00000320912 2049 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC18.74■□□□□ 0.59
USP53Q70EK8 EMC8-202ENST00000435200 1935 ntTSL 2 BASIC18.74■□□□□ 0.59
USP53Q70EK8 CAMK4-210ENST00000512453 1640 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.74■□□□□ 0.59
USP53Q70EK8 AC073508.3-201ENST00000619697 1419 ntBASIC18.74■□□□□ 0.59
USP53Q70EK8 CHST1-201ENST00000308064 2718 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.73■□□□□ 0.59
USP53Q70EK8 AC092835.1-201ENST00000425953 1850 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC18.73■□□□□ 0.59
USP53Q70EK8 HNRNPLL-203ENST00000378915 2523 ntTSL 5 BASIC18.73■□□□□ 0.59
USP53Q70EK8 DMPK-205ENST00000458663 2548 ntTSL 5 BASIC18.73■□□□□ 0.59
USP53Q70EK8 SSBP2-218ENST00000514493 1790 ntTSL 1 (best) BASIC18.73■□□□□ 0.59
USP53Q70EK8 FUZ-201ENST00000313777 1675 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.73■□□□□ 0.59
USP53Q70EK8 AC004890.2-202ENST00000463462 1494 ntTSL 1 (best) BASIC18.73■□□□□ 0.59
USP53Q70EK8 KIRREL2-202ENST00000347900 2015 ntTSL 1 (best) BASIC18.73■□□□□ 0.59
USP53Q70EK8 DOK2-201ENST00000276420 1936 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.73■□□□□ 0.59
USP53Q70EK8 LINC01465-201ENST00000408887 1940 ntBASIC18.73■□□□□ 0.59
USP53Q70EK8 LGALS9C-209ENST00000581545 1378 ntTSL 5 BASIC18.73■□□□□ 0.59
USP53Q70EK8 CENPA-201ENST00000233505 1299 ntTSL 1 (best) BASIC18.73■□□□□ 0.59
USP53Q70EK8 TSPY14P-201ENST00000303979 915 ntBASIC18.73■□□□□ 0.59
USP53Q70EK8 PTPA-216ENST00000432651 857 ntTSL 2 BASIC18.73■□□□□ 0.59
USP53Q70EK8 FAM207BP-201ENST00000447172 505 ntBASIC18.73■□□□□ 0.59
USP53Q70EK8 ATP5G1P1-201ENST00000448724 379 ntBASIC18.73■□□□□ 0.59
USP53Q70EK8 NOL7-202ENST00000451315 1184 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.73■□□□□ 0.59
USP53Q70EK8 PTP4A3-206ENST00000524028 963 ntTSL 5 BASIC18.73■□□□□ 0.59
USP53Q70EK8 HRASLS5-205ENST00000539221 1167 ntTSL 1 (best) BASIC18.73■□□□□ 0.59
USP53Q70EK8 NTF6B-201ENST00000591913 560 ntBASIC18.73■□□□□ 0.59
USP53Q70EK8 CALM3-208ENST00000596362 1203 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC18.73■□□□□ 0.59
USP53Q70EK8 FFAR4-203ENST00000604414 1142 ntTSL 3 BASIC18.73■□□□□ 0.59
USP53Q70EK8 RASL12-201ENST00000220062 2640 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.73■□□□□ 0.59
USP53Q70EK8 PRELID3B-201ENST00000355937 2626 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.73■□□□□ 0.59
USP53Q70EK8 GOLGA2P11-201ENST00000562660 1621 ntBASIC18.73■□□□□ 0.59
USP53Q70EK8 DLEU7-201ENST00000400393 2092 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC18.73■□□□□ 0.59
USP53Q70EK8 CSPG5-203ENST00000456150 2089 ntTSL 1 (best) BASIC18.73■□□□□ 0.59
USP53Q70EK8 PLBD1-201ENST00000240617 2426 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.73■□□□□ 0.59
USP53Q70EK8 NRG2-204ENST00000358522 2559 ntAPPRIS P5 TSL 1 (best) BASIC18.73■□□□□ 0.59
USP53Q70EK8 CSPG5-201ENST00000264723 4080 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC18.73■□□□□ 0.59
USP53Q70EK8 STK16-201ENST00000396738 1673 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC18.73■□□□□ 0.59
USP53Q70EK8 LZTS3-201ENST00000329152 5257 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.73■□□□□ 0.59
USP53Q70EK8 SLC27A4-202ENST00000372870 1557 ntTSL 1 (best) BASIC18.72■□□□□ 0.59
USP53Q70EK8 PPP5C-202ENST00000391919 1929 ntTSL 5 BASIC18.72■□□□□ 0.59
USP53Q70EK8 DVL1-204ENST00000610709 2268 ntTSL 2 BASIC18.72■□□□□ 0.59
USP53Q70EK8 TMEM25-203ENST00000354284 1456 ntTSL 2 BASIC18.72■□□□□ 0.59
USP53Q70EK8 SPTBN4-207ENST00000595535 6105 ntTSL 5 BASIC18.72■□□□□ 0.59
USP53Q70EK8 KCNIP4-206ENST00000447367 1641 ntTSL 5 BASIC18.72■□□□□ 0.59
USP53Q70EK8 ARHGEF4-202ENST00000355771 1872 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC18.72■□□□□ 0.59
USP53Q70EK8 PAX3-201ENST00000258387 958 ntTSL 1 (best) BASIC18.72■□□□□ 0.59
USP53Q70EK8 TMEM88B-201ENST00000378821 492 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC18.72■□□□□ 0.59
USP53Q70EK8 AL035541.1-201ENST00000424850 823 ntTSL 2 BASIC18.72■□□□□ 0.59
USP53Q70EK8 AC104076.2-201ENST00000448912 469 ntBASIC18.72■□□□□ 0.59
USP53Q70EK8 AL139246.2-201ENST00000456687 1297 ntTSL 5 BASIC18.72■□□□□ 0.59
USP53Q70EK8 AC091390.4-202ENST00000476426 537 ntBASIC18.72■□□□□ 0.59
USP53Q70EK8 AC091153.3-201ENST00000497885 472 ntTSL 2 BASIC18.72■□□□□ 0.59
USP53Q70EK8 LY6E-211ENST00000521699 1256 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC18.72■□□□□ 0.59
USP53Q70EK8 FAM228A-201ENST00000295150 1774 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC18.72■□□□□ 0.59
USP53Q70EK8 PCBP4-212ENST00000484633 2009 ntTSL 5 BASIC18.72■□□□□ 0.59
USP53Q70EK8 NGEF-202ENST00000373552 2286 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC18.72■□□□□ 0.59
USP53Q70EK8 TMEM230-206ENST00000379283 1660 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC18.72■□□□□ 0.59
USP53Q70EK8 ABHD5-205ENST00000458276 1690 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.72■□□□□ 0.59
USP53Q70EK8 GPT-205ENST00000528431 1822 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.72■□□□□ 0.59
USP53Q70EK8 PAQR9-201ENST00000340634 2452 ntAPPRIS P1 BASIC18.72■□□□□ 0.59
USP53Q70EK8 BPIFB3-201ENST00000375494 1454 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.71■□□□□ 0.59
USP53Q70EK8 OGFOD2-222ENST00000545317 1481 ntTSL 2 BASIC18.71■□□□□ 0.59
USP53Q70EK8 EDC4-201ENST00000358933 4800 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.71■□□□□ 0.59
USP53Q70EK8 TAPT1-201ENST00000405303 4591 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.71■□□□□ 0.59
USP53Q70EK8 KCNQ5-201ENST00000342056 6688 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC18.71■□□□□ 0.59
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