Protein–RNA interactions for Protein: Q01955

COL4A3, Collagen alpha-3(IV) chain, humanhuman

Predictions only

Length 1,670 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
COL4A3Q01955 HTRA3-202ENST00000382512 2023 ntTSL 1 (best) BASIC19.75■□□□□ 0.75
COL4A3Q01955 KEAP1-202ENST00000393623 2648 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.75■□□□□ 0.75
COL4A3Q01955 TFAP2A-202ENST00000379608 2576 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC19.75■□□□□ 0.75
COL4A3Q01955 CYP1B1-207ENST00000614273 2174 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC19.75■□□□□ 0.75
COL4A3Q01955 GPRC5C-205ENST00000481232 1592 ntTSL 1 (best) BASIC19.75■□□□□ 0.75
COL4A3Q01955 NAA60-235ENST00000576916 1567 ntTSL 1 (best) BASIC19.75■□□□□ 0.75
COL4A3Q01955 C12orf42-205ENST00000548048 1532 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC19.75■□□□□ 0.75
COL4A3Q01955 DNASE1L2-201ENST00000320700 1326 ntTSL 1 (best) BASIC19.75■□□□□ 0.75
COL4A3Q01955 MAN1B1-AS1-201ENST00000596585 1872 ntBASIC19.75■□□□□ 0.75
COL4A3Q01955 CLDND1-202ENST00000394180 2228 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.75■□□□□ 0.75
COL4A3Q01955 TPCN2-205ENST00000542467 2000 ntTSL 2 BASIC19.75■□□□□ 0.75
COL4A3Q01955 OTUB1-210ENST00000541478 1803 ntTSL 5 BASIC19.75■□□□□ 0.75
COL4A3Q01955 LPAR2-203ENST00000586703 1823 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.75■□□□□ 0.75
COL4A3Q01955 MRPL54-201ENST00000330133 626 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.75■□□□□ 0.75
COL4A3Q01955 YPEL3-201ENST00000398838 935 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.75■□□□□ 0.75
COL4A3Q01955 ZNF444P1-201ENST00000559497 298 ntBASIC19.75■□□□□ 0.75
COL4A3Q01955 AC215522.2-202ENST00000633163 1143 ntTSL 5 BASIC19.75■□□□□ 0.75
COL4A3Q01955 CIZ1-206ENST00000372954 2731 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC19.75■□□□□ 0.75
COL4A3Q01955 CCNC-207ENST00000518714 1426 ntTSL 5 BASIC19.74■□□□□ 0.75
COL4A3Q01955 PRSS33-204ENST00000576886 1755 ntTSL 1 (best) BASIC19.74■□□□□ 0.75
COL4A3Q01955 PMPCA-201ENST00000371717 2174 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.74■□□□□ 0.75
COL4A3Q01955 IRX2-201ENST00000302057 2456 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.74■□□□□ 0.75
COL4A3Q01955 IL17RC-205ENST00000413608 2147 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC19.74■□□□□ 0.75
COL4A3Q01955 DAP-202ENST00000432074 1048 ntTSL 2 BASIC19.74■□□□□ 0.75
COL4A3Q01955 CR769775.1-204ENST00000439760 747 ntTSL 5 BASIC19.74■□□□□ 0.75
COL4A3Q01955 AC022424.1-201ENST00000512155 889 ntTSL 3 BASIC19.74■□□□□ 0.75
COL4A3Q01955 AC127526.4-201ENST00000527970 983 ntTSL 3 BASIC19.74■□□□□ 0.75
COL4A3Q01955 AC008738.3-201ENST00000589932 659 ntTSL 2 BASIC19.74■□□□□ 0.75
COL4A3Q01955 ABHD17A-204ENST00000590661 1079 ntTSL 1 (best) BASIC19.74■□□□□ 0.75
COL4A3Q01955 KRT17-205ENST00000540235 1438 ntTSL 5 BASIC19.74■□□□□ 0.75
COL4A3Q01955 CRADD-202ENST00000542893 1403 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.74■□□□□ 0.75
COL4A3Q01955 FSTL3-201ENST00000166139 2542 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.74■□□□□ 0.75
COL4A3Q01955 GABARAPL3-202ENST00000624044 1851 ntBASIC19.74■□□□□ 0.75
COL4A3Q01955 ZNF852-201ENST00000436261 1968 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC19.73■□□□□ 0.75
COL4A3Q01955 MOB3C-202ENST00000319928 2822 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC19.73■□□□□ 0.75
COL4A3Q01955 RUVBL2-211ENST00000601968 1641 ntTSL 5 BASIC19.73■□□□□ 0.75
COL4A3Q01955 CXorf49-202ENST00000535490 1715 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC19.73■□□□□ 0.75
COL4A3Q01955 CXorf49B-202ENST00000542739 1715 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC19.73■□□□□ 0.75
COL4A3Q01955 AMACR-206ENST00000502637 1598 ntTSL 5 BASIC19.73■□□□□ 0.75
COL4A3Q01955 ERVK13-1-203ENST00000564340 1449 ntTSL 1 (best) BASIC19.73■□□□□ 0.75
COL4A3Q01955 MCFD2-203ENST00000409147 671 ntTSL 2 BASIC19.73■□□□□ 0.75
COL4A3Q01955 EMC9-202ENST00000419198 953 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.73■□□□□ 0.75
COL4A3Q01955 AP000347.1-209ENST00000437294 557 ntTSL 4 BASIC19.73■□□□□ 0.75
COL4A3Q01955 HOXB-AS3-203ENST00000465846 434 ntTSL 3 BASIC19.73■□□□□ 0.75
COL4A3Q01955 MIR1302-2HG-202ENST00000473358 712 ntTSL 5 BASIC19.73■□□□□ 0.75
COL4A3Q01955 AC140725.1-202ENST00000561145 712 ntTSL 5 BASIC19.73■□□□□ 0.75
COL4A3Q01955 AC022154.1-201ENST00000600303 766 ntTSL 3 BASIC19.73■□□□□ 0.75
COL4A3Q01955 FAM131A-204ENST00000418281 1664 ntTSL 5 BASIC19.73■□□□□ 0.75
COL4A3Q01955 PABPC4-204ENST00000372862 2470 ntTSL 5 BASIC19.73■□□□□ 0.75
COL4A3Q01955 GPR50-AS1-201ENST00000454196 1620 ntTSL 2 BASIC19.73■□□□□ 0.75
COL4A3Q01955 CYB561-204ENST00000448884 1496 ntTSL 2 BASIC19.73■□□□□ 0.75
COL4A3Q01955 PML-204ENST00000359928 1726 ntTSL 1 (best) BASIC19.73■□□□□ 0.75
COL4A3Q01955 OR13J1-201ENST00000377981 1339 ntAPPRIS P1 BASIC19.73■□□□□ 0.75
COL4A3Q01955 CCNYL1-202ENST00000339882 2619 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.72■□□□□ 0.75
COL4A3Q01955 TNFRSF1A-201ENST00000162749 2223 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.72■□□□□ 0.75
COL4A3Q01955 RBFA-202ENST00000306735 1407 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.72■□□□□ 0.75
COL4A3Q01955 MADCAM1-203ENST00000382683 603 ntTSL 1 (best) BASIC19.72■□□□□ 0.75
COL4A3Q01955 CNP-204ENST00000472031 1019 ntTSL 2 BASIC19.72■□□□□ 0.75
COL4A3Q01955 FOSL1-203ENST00000531493 1200 ntTSL 1 (best) BASIC19.72■□□□□ 0.75
COL4A3Q01955 NPAP1P7-201ENST00000613027 823 ntBASIC19.72■□□□□ 0.75
COL4A3Q01955 AL117335.1-203ENST00000619200 948 ntTSL 5 BASIC19.72■□□□□ 0.75
COL4A3Q01955 AL513523.10-201ENST00000623024 1186 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC19.72■□□□□ 0.75
COL4A3Q01955 SPACA6-213ENST00000637797 1073 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.72■□□□□ 0.75
COL4A3Q01955 PLAUR-203ENST00000340093 1548 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC19.72■□□□□ 0.75
COL4A3Q01955 CHRNA3-202ENST00000348639 2030 ntTSL 1 (best) BASIC19.72■□□□□ 0.75
COL4A3Q01955 RNF32-208ENST00000432459 1893 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.72■□□□□ 0.75
COL4A3Q01955 TMEM259-202ENST00000356663 2748 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC19.72■□□□□ 0.75
COL4A3Q01955 ETV2-203ENST00000402764 1487 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC19.72■□□□□ 0.75
COL4A3Q01955 WDSUB1-203ENST00000392796 1812 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC19.72■□□□□ 0.75
COL4A3Q01955 RELA-201ENST00000308639 2681 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC19.72■□□□□ 0.75
COL4A3Q01955 PAOX-201ENST00000278060 1858 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.72■□□□□ 0.75
COL4A3Q01955 MAFF-204ENST00000426621 2216 ntAPPRIS P1 TSL 4 BASIC19.72■□□□□ 0.75
COL4A3Q01955 VEGFA-204ENST00000372064 2909 ntTSL 1 (best) BASIC19.72■□□□□ 0.75
COL4A3Q01955 INS-201ENST00000250971 503 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.71■□□□□ 0.75
COL4A3Q01955 TMEM240-201ENST00000378733 718 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC19.71■□□□□ 0.75
COL4A3Q01955 CXCL12-204ENST00000395793 665 ntTSL 5 BASIC19.71■□□□□ 0.75
COL4A3Q01955 BECN2-201ENST00000419583 1296 ntAPPRIS P1 BASIC19.71■□□□□ 0.75
COL4A3Q01955 ST6GALNAC4P1-201ENST00000435385 499 ntBASIC19.71■□□□□ 0.75
COL4A3Q01955 PVRIG2P-201ENST00000435460 978 ntBASIC19.71■□□□□ 0.75
COL4A3Q01955 KCNMA1-220ENST00000481070 896 ntTSL 2 BASIC19.71■□□□□ 0.75
COL4A3Q01955 MATN4-204ENST00000372756 2077 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC19.71■□□□□ 0.75
COL4A3Q01955 SDHAF3-202ENST00000432641 2060 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.71■□□□□ 0.75
COL4A3Q01955 ZDHHC20-201ENST00000320220 1351 ntTSL 1 (best) BASIC19.71■□□□□ 0.75
COL4A3Q01955 MAGED2-213ENST00000627068 1811 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC19.71■□□□□ 0.75
COL4A3Q01955 AC009237.14-201ENST00000609975 1594 ntBASIC19.71■□□□□ 0.75
COL4A3Q01955 PAQR6-215ENST00000623241 1961 ntTSL 1 (best) BASIC19.71■□□□□ 0.75
COL4A3Q01955 ACAA1-201ENST00000301810 1540 ntTSL 1 (best) BASIC19.71■□□□□ 0.75
COL4A3Q01955 DBX2-201ENST00000332700 2806 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC19.71■□□□□ 0.75
COL4A3Q01955 CIZ1-203ENST00000357558 2907 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC19.71■□□□□ 0.75
COL4A3Q01955 NUDT10-201ENST00000356450 1917 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.71■□□□□ 0.75
COL4A3Q01955 PCMT1-203ENST00000367384 1938 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC19.71■□□□□ 0.75
COL4A3Q01955 DRD2-202ENST00000362072 2789 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC19.71■□□□□ 0.75
COL4A3Q01955 TRIM3-201ENST00000345851 2879 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.71■□□□□ 0.75
COL4A3Q01955 CENPX-201ENST00000306704 751 ntTSL 1 (best) BASIC19.71■□□□□ 0.75
COL4A3Q01955 PRAP1-202ENST00000463201 587 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC19.71■□□□□ 0.75
COL4A3Q01955 C1QTNF1-205ENST00000578229 1294 ntTSL 4 BASIC19.71■□□□□ 0.75
COL4A3Q01955 AC016582.2-201ENST00000591908 446 ntTSL 3 BASIC19.71■□□□□ 0.75
COL4A3Q01955 FZD8-201ENST00000374694 4030 ntAPPRIS P1 BASIC19.71■□□□□ 0.75
COL4A3Q01955 NAPRT-202ENST00000426292 1654 ntTSL 1 (best) BASIC19.71■□□□□ 0.75
COL4A3Q01955 PEX16-210ENST00000532681 1639 ntTSL 3 BASIC19.7■□□□□ 0.74
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 38.5 ms