Protein–RNA interactions for Protein: Q8NEL0

CCDC54, Coiled-coil domain-containing protein 54, humanhuman

Predictions only

Length 328 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
CCDC54Q8NEL0 GNS-208ENST00000543646 2164 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC16.94■□□□□ 0.3
CCDC54Q8NEL0 SKP2-208ENST00000546211 1589 ntTSL 5 BASIC16.94■□□□□ 0.3
CCDC54Q8NEL0 TRA2A-201ENST00000297071 1845 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC16.93■□□□□ 0.3
CCDC54Q8NEL0 HOXC6-202ENST00000394331 2943 ntTSL 1 (best) BASIC16.93■□□□□ 0.3
CCDC54Q8NEL0 IRF7-203ENST00000397566 2051 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC16.93■□□□□ 0.3
CCDC54Q8NEL0 DBNL-217ENST00000468694 2068 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC16.93■□□□□ 0.3
CCDC54Q8NEL0 FGFR3-202ENST00000340107 4293 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC16.93■□□□□ 0.3
CCDC54Q8NEL0 MORF4L1-215ENST00000559345 1468 ntTSL 2 BASIC16.93■□□□□ 0.3
CCDC54Q8NEL0 NHLRC1-201ENST00000340650 2248 ntAPPRIS P1 BASIC16.93■□□□□ 0.3
CCDC54Q8NEL0 CRLF3-201ENST00000324238 2957 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.93■□□□□ 0.3
CCDC54Q8NEL0 IPMK-201ENST00000373935 6133 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.93■□□□□ 0.3
CCDC54Q8NEL0 SLC38A11-203ENST00000409149 1621 ntAPPRIS P2 TSL 2 BASIC16.93■□□□□ 0.3
CCDC54Q8NEL0 ITGA8-201ENST00000378076 6755 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.93■□□□□ 0.3
CCDC54Q8NEL0 FAM76B-204ENST00000536839 2546 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC16.93■□□□□ 0.3
CCDC54Q8NEL0 EEF1A2-201ENST00000217182 2006 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.93■□□□□ 0.3
CCDC54Q8NEL0 GCOM1-201ENST00000380568 1516 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC16.93■□□□□ 0.3
CCDC54Q8NEL0 BSCL2-207ENST00000407022 1516 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC16.93■□□□□ 0.3
CCDC54Q8NEL0 HSD11B1L-219ENST00000581893 1540 ntTSL 1 (best) BASIC16.93■□□□□ 0.3
CCDC54Q8NEL0 CNIH4-203ENST00000366858 702 ntTSL 3 BASIC16.93■□□□□ 0.3
CCDC54Q8NEL0 ZNF451-202ENST00000370702 458 ntTSL 2 BASIC16.93■□□□□ 0.3
CCDC54Q8NEL0 OTUB1-203ENST00000428192 1296 ntAPPRIS P2 TSL 2 BASIC16.93■□□□□ 0.3
CCDC54Q8NEL0 NME6-213ENST00000451657 871 ntTSL 2 BASIC16.93■□□□□ 0.3
CCDC54Q8NEL0 C5orf38-206ENST00000505778 509 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC16.93■□□□□ 0.3
CCDC54Q8NEL0 CAMLG-202ENST00000514518 895 ntTSL 1 (best) BASIC16.93■□□□□ 0.3
CCDC54Q8NEL0 AC009093.4-201ENST00000567984 561 ntTSL 4 BASIC16.93■□□□□ 0.3
CCDC54Q8NEL0 GOSR2-208ENST00000573224 1115 ntTSL 5 BASIC16.93■□□□□ 0.3
CCDC54Q8NEL0 FBXL19-207ENST00000565690 2570 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC16.93■□□□□ 0.3
CCDC54Q8NEL0 ABHD1-201ENST00000316470 1400 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.93■□□□□ 0.3
CCDC54Q8NEL0 ACTR8-202ENST00000482349 2091 ntTSL 2 BASIC16.93■□□□□ 0.3
CCDC54Q8NEL0 EPOR-208ENST00000592375 2086 ntTSL 2 BASIC16.93■□□□□ 0.3
CCDC54Q8NEL0 FZR1-203ENST00000441788 5212 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC16.93■□□□□ 0.3
CCDC54Q8NEL0 FOXC1-201ENST00000380874 3926 ntAPPRIS P1 BASIC16.93■□□□□ 0.3
CCDC54Q8NEL0 ISOC2-203ENST00000438389 1566 ntTSL 2 BASIC16.93■□□□□ 0.3
CCDC54Q8NEL0 GTF3C5-203ENST00000372099 1999 ntTSL 5 BASIC16.93■□□□□ 0.3
CCDC54Q8NEL0 STXBP6-203ENST00000419632 1970 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.93■□□□□ 0.3
CCDC54Q8NEL0 PHB2-201ENST00000399433 1308 ntAPPRIS ALT1 TSL 2 BASIC16.93■□□□□ 0.3
CCDC54Q8NEL0 TBC1D4-202ENST00000377636 6364 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC16.93■□□□□ 0.3
CCDC54Q8NEL0 PRKCSH-209ENST00000589838 1898 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC16.93■□□□□ 0.3
CCDC54Q8NEL0 VIL1-204ENST00000440053 1454 ntTSL 1 (best) BASIC16.93■□□□□ 0.3
CCDC54Q8NEL0 BACE2-201ENST00000328735 2824 ntTSL 1 (best) BASIC16.92■□□□□ 0.3
CCDC54Q8NEL0 ADORA2A-214ENST00000611543 2412 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC16.92■□□□□ 0.3
CCDC54Q8NEL0 MSL1-202ENST00000398532 4707 ntTSL 1 (best) BASIC16.92■□□□□ 0.3
CCDC54Q8NEL0 SLC8A3-203ENST00000357887 5259 ntTSL 5 BASIC16.92■□□□□ 0.3
CCDC54Q8NEL0 SLC8A3-204ENST00000381269 5268 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC16.92■□□□□ 0.3
CCDC54Q8NEL0 CASTOR1-202ENST00000407689 1623 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.92■□□□□ 0.3
CCDC54Q8NEL0 AL032819.2-201ENST00000624543 2162 ntBASIC16.92■□□□□ 0.3
CCDC54Q8NEL0 CDC42EP3-201ENST00000295324 5700 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.92■□□□□ 0.3
CCDC54Q8NEL0 GNAI1-201ENST00000351004 3347 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.92■□□□□ 0.3
CCDC54Q8NEL0 TAL1-201ENST00000294339 5001 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.92■□□□□ 0.3
CCDC54Q8NEL0 RAB28-201ENST00000288723 1810 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC16.92■□□□□ 0.3
CCDC54Q8NEL0 RCCD1-201ENST00000394258 2689 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC16.92■□□□□ 0.3
CCDC54Q8NEL0 BHLHA15-201ENST00000314018 706 ntAPPRIS P1 BASIC16.92■□□□□ 0.3
CCDC54Q8NEL0 AC090527.2-201ENST00000564080 1060 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC16.92■□□□□ 0.3
CCDC54Q8NEL0 AL137784.2-201ENST00000607332 1000 ntBASIC16.92■□□□□ 0.3
CCDC54Q8NEL0 BHLHA15-202ENST00000609256 796 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC16.92■□□□□ 0.3
CCDC54Q8NEL0 AC243773.2-201ENST00000616341 490 ntTSL 2 BASIC16.92■□□□□ 0.3
CCDC54Q8NEL0 RAB34-203ENST00000395243 1597 ntTSL 1 (best) BASIC16.92■□□□□ 0.3
CCDC54Q8NEL0 PDE4DIP-214ENST00000479408 2746 ntTSL 5 BASIC16.92■□□□□ 0.3
CCDC54Q8NEL0 AC138696.1-201ENST00000522452 2897 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.92■□□□□ 0.3
CCDC54Q8NEL0 DHRS3-204ENST00000616661 1722 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.92■□□□□ 0.3
CCDC54Q8NEL0 MAFF-202ENST00000407965 2325 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC16.92■□□□□ 0.3
CCDC54Q8NEL0 PDLIM2-205ENST00000397761 1491 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC16.92■□□□□ 0.3
CCDC54Q8NEL0 WIPF1-205ENST00000409415 1772 ntTSL 1 (best) BASIC16.92■□□□□ 0.3
CCDC54Q8NEL0 LENG8-202ENST00000376514 5146 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC16.91■□□□□ 0.3
CCDC54Q8NEL0 AC026471.1-201ENST00000564629 3026 ntBASIC16.91■□□□□ 0.3
CCDC54Q8NEL0 HLX-201ENST00000366903 2280 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC16.91■□□□□ 0.3
CCDC54Q8NEL0 ANKRD53-202ENST00000360589 1666 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC16.91■□□□□ 0.3
CCDC54Q8NEL0 LTBP3-217ENST00000530785 2461 ntTSL 2 BASIC16.91■□□□□ 0.3
CCDC54Q8NEL0 ASMTL-201ENST00000381317 2027 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC16.91■□□□□ 0.3
CCDC54Q8NEL0 ASMTL-202ENST00000381333 2035 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC16.91■□□□□ 0.3
CCDC54Q8NEL0 ACTL6A-201ENST00000392662 1899 ntTSL 2 BASIC16.91■□□□□ 0.3
CCDC54Q8NEL0 WIPF2-202ENST00000394103 2378 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC16.91■□□□□ 0.3
CCDC54Q8NEL0 METRN-204ENST00000568223 3325 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC16.91■□□□□ 0.3
CCDC54Q8NEL0 PTBP1-220ENST00000627714 2201 ntTSL 5 BASIC16.91■□□□□ 0.3
CCDC54Q8NEL0 NUDT22-201ENST00000279206 1094 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC16.91■□□□□ 0.3
CCDC54Q8NEL0 MFF-205ENST00000354503 1085 ntTSL 2 BASIC16.91■□□□□ 0.3
CCDC54Q8NEL0 LCE2A-201ENST00000368779 592 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.91■□□□□ 0.3
CCDC54Q8NEL0 PARL-206ENST00000435888 1098 ntTSL 5 BASIC16.91■□□□□ 0.3
CCDC54Q8NEL0 CDCA4P2-201ENST00000441182 718 ntBASIC16.91■□□□□ 0.3
CCDC54Q8NEL0 NUDT22-204ENST00000441250 986 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC16.91■□□□□ 0.3
CCDC54Q8NEL0 DNAJA4-210ENST00000489435 947 ntTSL 3 BASIC16.91■□□□□ 0.3
CCDC54Q8NEL0 OCIAD2-205ENST00000508632 1163 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.91■□□□□ 0.3
CCDC54Q8NEL0 PHB2-213ENST00000546111 858 ntTSL 2 BASIC16.91■□□□□ 0.3
CCDC54Q8NEL0 AC138028.5-201ENST00000566114 558 ntTSL 5 BASIC16.91■□□□□ 0.3
CCDC54Q8NEL0 ASGR1-204ENST00000572879 797 ntTSL 5 BASIC16.91■□□□□ 0.3
CCDC54Q8NEL0 NAT14-204ENST00000591590 1011 ntTSL 1 (best) BASIC16.91■□□□□ 0.3
CCDC54Q8NEL0 SLC3A2-206ENST00000535296 2084 ntTSL 5 BASIC16.91■□□□□ 0.3
CCDC54Q8NEL0 RAB22A-201ENST00000244040 8670 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.91■□□□□ 0.3
CCDC54Q8NEL0 GALNT16-204ENST00000553669 1629 ntTSL 1 (best) BASIC16.91■□□□□ 0.3
CCDC54Q8NEL0 CORO1A-216ENST00000570045 1622 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.91■□□□□ 0.3
CCDC54Q8NEL0 STX18-201ENST00000306200 2138 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.91■□□□□ 0.3
CCDC54Q8NEL0 PHKA2-201ENST00000379942 5559 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.91■□□□□ 0.3
CCDC54Q8NEL0 NLRP6-201ENST00000312165 2679 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC16.91■□□□□ 0.3
CCDC54Q8NEL0 MELTF-202ENST00000296351 1650 ntTSL 1 (best) BASIC16.91■□□□□ 0.3
CCDC54Q8NEL0 FAM208B-201ENST00000328090 8626 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.91■□□□□ 0.3
CCDC54Q8NEL0 USP13-201ENST00000263966 8323 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.91■□□□□ 0.3
CCDC54Q8NEL0 TMEM198-202ENST00000373883 2218 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.9■□□□□ 0.3
CCDC54Q8NEL0 SERPINB6-204ENST00000380529 1370 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC16.9■□□□□ 0.3
CCDC54Q8NEL0 ADAP2-201ENST00000330889 2934 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC16.9■□□□□ 0.3
CCDC54Q8NEL0 LAPTM4B-204ENST00000619747 2758 ntTSL 1 (best) BASIC16.9■□□□□ 0.3
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 35.1 ms