Protein–RNA interactions for Protein: P49639

HOXA1, Homeobox protein Hox-A1, humanhuman

Predicted RBP Predictions only

Length 335 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
HOXA1P49639 HMGXB3-206ENST00000613459 5567 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC16.08■□□□□ 0.16
HOXA1P49639 PSMG4-209ENST00000473000 4603 ntTSL 2 BASIC16.08■□□□□ 0.16
HOXA1P49639 PGRMC2-207ENST00000520121 3785 ntTSL 1 (best) BASIC16.08■□□□□ 0.16
HOXA1P49639 FSCN2-202ENST00000417245 1665 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.08■□□□□ 0.16
HOXA1P49639 ACY1-215ENST00000636358 1684 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.08■□□□□ 0.16
HOXA1P49639 HYLS1-203ENST00000526028 1803 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC16.08■□□□□ 0.16
HOXA1P49639 GCH1-205ENST00000536224 1805 ntTSL 1 (best) BASIC16.08■□□□□ 0.16
HOXA1P49639 AC005224.2-201ENST00000571192 1885 ntTSL 2 BASIC16.08■□□□□ 0.16
HOXA1P49639 ODC1-202ENST00000405333 1943 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC16.07■□□□□ 0.16
HOXA1P49639 TCP11-201ENST00000244645 2018 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC16.07■□□□□ 0.16
HOXA1P49639 ATP2A3-201ENST00000309890 4826 ntTSL 5 BASIC16.07■□□□□ 0.16
HOXA1P49639 WNT8B-201ENST00000343737 2112 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.07■□□□□ 0.16
HOXA1P49639 AKAP8L-201ENST00000397410 2146 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.07■□□□□ 0.16
HOXA1P49639 GLG1-214ENST00000627032 2147 ntTSL 5 BASIC16.07■□□□□ 0.16
HOXA1P49639 TINAGL1-201ENST00000271064 2187 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC16.07■□□□□ 0.16
HOXA1P49639 KAT5-203ENST00000377046 2237 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.07■□□□□ 0.16
HOXA1P49639 UQCC3-202ENST00000531323 2288 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC16.07■□□□□ 0.16
HOXA1P49639 EIF2B1-201ENST00000424014 2477 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.07■□□□□ 0.16
HOXA1P49639 USP48-204ENST00000400301 4309 ntTSL 1 (best) BASIC16.07■□□□□ 0.16
HOXA1P49639 HR-201ENST00000312841 5351 ntTSL 5 BASIC16.07■□□□□ 0.16
HOXA1P49639 TRIM33-202ENST00000369543 3457 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC16.07■□□□□ 0.16
HOXA1P49639 MIR31HG-201ENST00000304425 745 ntTSL 2 BASIC16.07■□□□□ 0.16
HOXA1P49639 MRPL14-201ENST00000372014 959 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.07■□□□□ 0.16
HOXA1P49639 SAPCD2P1-201ENST00000395413 1184 ntBASIC16.07■□□□□ 0.16
HOXA1P49639 CROT-202ENST00000412227 1213 ntTSL 1 (best) BASIC16.07■□□□□ 0.16
HOXA1P49639 AC009086.2-201ENST00000449759 610 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC16.07■□□□□ 0.16
HOXA1P49639 SLC7A5P1-201ENST00000568957 537 ntBASIC16.07■□□□□ 0.16
HOXA1P49639 AP005205.2-201ENST00000577327 491 ntTSL 2 BASIC16.07■□□□□ 0.16
HOXA1P49639 GPX1-204ENST00000620890 897 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC16.07■□□□□ 0.16
HOXA1P49639 SRRM2-231ENST00000630499 1207 ntTSL 1 (best) BASIC16.07■□□□□ 0.16
HOXA1P49639 ARL6IP4-204ENST00000392435 1339 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC16.07■□□□□ 0.16
HOXA1P49639 SUGCT-202ENST00000401647 1369 ntTSL 1 (best) BASIC16.07■□□□□ 0.16
HOXA1P49639 CXorf40A-204ENST00000423421 1403 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC16.07■□□□□ 0.16
HOXA1P49639 AC008687.4-201ENST00000637680 1485 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC16.07■□□□□ 0.16
HOXA1P49639 TMEM121-201ENST00000392519 1532 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.07■□□□□ 0.16
HOXA1P49639 WT1-212ENST00000640146 1554 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC16.07■□□□□ 0.16
HOXA1P49639 RAB34-204ENST00000395245 1766 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.07■□□□□ 0.16
HOXA1P49639 QPCTL-202ENST00000366382 1814 ntTSL 2 BASIC16.07■□□□□ 0.16
HOXA1P49639 TRMU-201ENST00000290846 1940 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.07■□□□□ 0.16
HOXA1P49639 RELB-201ENST00000221452 2294 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC16.07■□□□□ 0.16
HOXA1P49639 AC069544.2-201ENST00000640019 2528 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.07■□□□□ 0.16
HOXA1P49639 SLCO4A1-202ENST00000370507 2665 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.07■□□□□ 0.16
HOXA1P49639 LRRC56-201ENST00000270115 2769 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.07■□□□□ 0.16
HOXA1P49639 MCU-202ENST00000373053 2949 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.07■□□□□ 0.16
HOXA1P49639 GNB1-201ENST00000378609 3132 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.07■□□□□ 0.16
HOXA1P49639 GNAI1-201ENST00000351004 3347 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.07■□□□□ 0.16
HOXA1P49639 FARP1-242ENST00000627049 5103 ntTSL 5 BASIC16.07■□□□□ 0.16
HOXA1P49639 POM121C-208ENST00000615331 5835 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC16.06■□□□□ 0.16
HOXA1P49639 TRAF4-201ENST00000262395 2923 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.06■□□□□ 0.16
HOXA1P49639 ACTN3-203ENST00000513398 2939 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.06■□□□□ 0.16
HOXA1P49639 EML3-216ENST00000529309 2909 ntTSL 2 BASIC16.06■□□□□ 0.16
HOXA1P49639 MEN1-201ENST00000312049 2761 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC16.06■□□□□ 0.16
HOXA1P49639 TRIM33-201ENST00000358465 8339 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC16.06■□□□□ 0.16
HOXA1P49639 POLR3E-209ENST00000564209 2464 ntTSL 2 BASIC16.06■□□□□ 0.16
HOXA1P49639 AC011416.4-201ENST00000639283 2195 ntTSL 5 BASIC16.06■□□□□ 0.16
HOXA1P49639 MSLN-201ENST00000382862 2116 ntAPPRIS P3 TSL 5 BASIC16.06■□□□□ 0.16
HOXA1P49639 CDC42SE2-206ENST00000503291 2025 ntTSL 1 (best) BASIC16.06■□□□□ 0.16
HOXA1P49639 AC005332.7-201ENST00000614046 2005 ntBASIC16.06■□□□□ 0.16
HOXA1P49639 KLHDC4-201ENST00000270583 1886 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC16.06■□□□□ 0.16
HOXA1P49639 RNF32-208ENST00000432459 1893 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.06■□□□□ 0.16
HOXA1P49639 PHF20L1-214ENST00000485595 1810 ntTSL 2 BASIC16.06■□□□□ 0.16
HOXA1P49639 NMRAL1-213ENST00000574733 1719 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC16.06■□□□□ 0.16
HOXA1P49639 GPR78-201ENST00000382487 1694 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.06■□□□□ 0.16
HOXA1P49639 SEPT1-201ENST00000321367 1592 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC16.06■□□□□ 0.16
HOXA1P49639 SCARB1-211ENST00000546215 1597 ntTSL 1 (best) BASIC16.06■□□□□ 0.16
HOXA1P49639 TACC1-202ENST00000317827 7802 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC16.06■□□□□ 0.16
HOXA1P49639 TALDO1-201ENST00000319006 1346 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.06■□□□□ 0.16
HOXA1P49639 AC019069.1-201ENST00000610008 1333 ntBASIC16.06■□□□□ 0.16
HOXA1P49639 TPSAB1-201ENST00000338844 1175 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC16.06■□□□□ 0.16
HOXA1P49639 RAP1B-202ENST00000341355 714 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC16.06■□□□□ 0.16
HOXA1P49639 CLPSL2-201ENST00000360454 488 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC16.06■□□□□ 0.16
HOXA1P49639 TMEM54-202ENST00000373463 999 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.06■□□□□ 0.16
HOXA1P49639 ALG5-202ENST00000443765 1119 ntTSL 2 BASIC16.06■□□□□ 0.16
HOXA1P49639 KRT18P14-201ENST00000534205 1250 ntBASIC16.06■□□□□ 0.16
HOXA1P49639 AC106820.5-201ENST00000566085 789 ntTSL 3 BASIC16.06■□□□□ 0.16
HOXA1P49639 AP001160.5-201ENST00000636508 485 ntAPPRIS P1 BASIC16.06■□□□□ 0.16
HOXA1P49639 EHMT1-236ENST00000637161 5049 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC16.06■□□□□ 0.16
HOXA1P49639 ZNF302-214ENST00000613363 2893 ntAPPRIS ALT2 TSL 4 BASIC16.06■□□□□ 0.16
HOXA1P49639 DENND2A-201ENST00000275884 3735 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.06■□□□□ 0.16
HOXA1P49639 CDC73-201ENST00000367435 4969 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.06■□□□□ 0.16
HOXA1P49639 DIAPH2-205ENST00000373061 4983 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC16.06■□□□□ 0.16
HOXA1P49639 DCP1B-201ENST00000280665 2086 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.06■□□□□ 0.16
HOXA1P49639 WFIKKN1-201ENST00000319070 2028 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.06■□□□□ 0.16
HOXA1P49639 C3orf33-201ENST00000340171 1884 ntTSL 1 (best) BASIC16.05■□□□□ 0.16
HOXA1P49639 UXS1-203ENST00000409501 1839 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC16.05■□□□□ 0.16
HOXA1P49639 EIF2B4-201ENST00000347454 1792 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC16.05■□□□□ 0.16
HOXA1P49639 RAB8A-201ENST00000300935 2827 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.05■□□□□ 0.16
HOXA1P49639 ZNF302-206ENST00000505242 2849 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC16.05■□□□□ 0.16
HOXA1P49639 TEX45-201ENST00000361664 1679 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC16.05■□□□□ 0.16
HOXA1P49639 CD37-204ENST00000535669 1674 ntTSL 2 BASIC16.05■□□□□ 0.16
HOXA1P49639 RAB28-208ENST00000630951 1679 ntTSL 5 BASIC16.05■□□□□ 0.16
HOXA1P49639 ADPGK-AS1-201ENST00000563592 2730 ntTSL 2 BASIC16.05■□□□□ 0.16
HOXA1P49639 MAEA-213ENST00000510794 1607 ntTSL 2 BASIC16.05■□□□□ 0.16
HOXA1P49639 SCO1-203ENST00000577427 1601 ntTSL 3 BASIC16.05■□□□□ 0.16
HOXA1P49639 AC046158.3-201ENST00000624947 2558 ntBASIC16.05■□□□□ 0.16
HOXA1P49639 AHSA2-202ENST00000394457 6574 ntTSL 1 (best) BASIC16.05■□□□□ 0.16
HOXA1P49639 HOOK2-202ENST00000397668 2513 ntTSL 1 (best) BASIC16.05■□□□□ 0.16
HOXA1P49639 ACADVL-203ENST00000356839 2323 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.05■□□□□ 0.16
HOXA1P49639 GAREM2-201ENST00000401533 4161 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.05■□□□□ 0.16
HOXA1P49639 UBE2Q2-201ENST00000267938 3130 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.05■□□□□ 0.16
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 26.7 ms