Protein–RNA interactions for Protein: P35499

SCN4A, Sodium channel protein type 4 subunit alpha, humanhuman

Predictions only

Length 1,836 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
SCN4AP35499 ZNF76-203ENST00000373953 2716 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.08■■□□□ 1.28
SCN4AP35499 CASKIN2-205ENST00000581870 1612 ntTSL 2 BASIC23.08■■□□□ 1.28
SCN4AP35499 PNKP-201ENST00000322344 2041 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.08■■□□□ 1.28
SCN4AP35499 PIN1-201ENST00000247970 997 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.08■■□□□ 1.28
SCN4AP35499 KCNAB2-205ENST00000378092 1202 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC23.08■■□□□ 1.28
SCN4AP35499 MYD88-206ENST00000443433 914 ntTSL 1 (best) BASIC23.08■■□□□ 1.28
SCN4AP35499 RPL19-204ENST00000579260 1051 ntAPPRIS ALT1 TSL 2 BASIC23.08■■□□□ 1.28
SCN4AP35499 DNAJB6-218ENST00000634080 1005 ntTSL 2 BASIC23.08■■□□□ 1.28
SCN4AP35499 AKT1-211ENST00000554848 1595 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.07■■□□□ 1.28
SCN4AP35499 SSBP2-218ENST00000514493 1790 ntTSL 1 (best) BASIC23.07■■□□□ 1.28
SCN4AP35499 L2HGDH-203ENST00000421284 1958 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC23.07■■□□□ 1.28
SCN4AP35499 NPEPL1-201ENST00000356091 2378 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.07■■□□□ 1.28
SCN4AP35499 CFC1-203ENST00000621673 1444 ntTSL 2 BASIC23.07■■□□□ 1.28
SCN4AP35499 ECEL1P1-201ENST00000373592 1742 ntBASIC23.07■■□□□ 1.28
SCN4AP35499 CIRBP-225ENST00000589710 1835 ntTSL 2 BASIC23.07■■□□□ 1.28
SCN4AP35499 PITX1-201ENST00000265340 2406 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.07■■□□□ 1.28
SCN4AP35499 RGMA-208ENST00000556658 1889 ntTSL 1 (best) BASIC23.07■■□□□ 1.28
SCN4AP35499 LYSMD2-201ENST00000267838 1759 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.07■■□□□ 1.28
SCN4AP35499 GJC3-201ENST00000312891 1116 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.07■■□□□ 1.28
SCN4AP35499 ITM2C-204ENST00000409704 1106 ntTSL 5 BASIC23.07■■□□□ 1.28
SCN4AP35499 SEC61G-203ENST00000415949 732 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC23.07■■□□□ 1.28
SCN4AP35499 AC069368.1-202ENST00000437723 750 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC23.07■■□□□ 1.28
SCN4AP35499 AC004975.2-201ENST00000442017 565 ntTSL 5 BASIC23.07■■□□□ 1.28
SCN4AP35499 AC007834.1-201ENST00000446473 728 ntTSL 3 BASIC23.07■■□□□ 1.28
SCN4AP35499 AC008481.3-201ENST00000585656 727 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC23.07■■□□□ 1.28
SCN4AP35499 PLAUR-214ENST00000601723 1205 ntTSL 1 (best) BASIC23.07■■□□□ 1.28
SCN4AP35499 C1orf43-210ENST00000640799 1287 ntTSL 5 BASIC23.07■■□□□ 1.28
SCN4AP35499 APBB1-207ENST00000529519 1442 ntTSL 5 BASIC23.07■■□□□ 1.28
SCN4AP35499 INPP1-202ENST00000392329 2162 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC23.07■■□□□ 1.28
SCN4AP35499 RAP1GDS1-201ENST00000264572 1686 ntTSL 5 BASIC23.06■■□□□ 1.28
SCN4AP35499 IRF2BP1-201ENST00000302165 2564 ntAPPRIS P1 BASIC23.06■■□□□ 1.28
SCN4AP35499 UFSP1-201ENST00000388761 996 ntAPPRIS P1 BASIC23.06■■□□□ 1.28
SCN4AP35499 AL133343.2-201ENST00000457213 370 ntTSL 3 BASIC23.06■■□□□ 1.28
SCN4AP35499 TBC1D3P2-202ENST00000577902 1649 ntBASIC23.06■■□□□ 1.28
SCN4AP35499 TUBA8-201ENST00000316027 1518 ntTSL 2 BASIC23.06■■□□□ 1.28
SCN4AP35499 SPHK1-201ENST00000323374 2138 ntTSL 1 (best) BASIC23.06■■□□□ 1.28
SCN4AP35499 TMEM237-213ENST00000621467 1824 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.06■■□□□ 1.28
SCN4AP35499 BCS1L-201ENST00000359273 1454 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.06■■□□□ 1.28
SCN4AP35499 GLYCTK-201ENST00000305690 1371 ntTSL 5 BASIC23.06■■□□□ 1.28
SCN4AP35499 LSR-204ENST00000361790 2210 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC23.06■■□□□ 1.28
SCN4AP35499 DPF1-206ENST00000420980 2227 ntTSL 1 (best) BASIC23.06■■□□□ 1.28
SCN4AP35499 HBQ1-201ENST00000199708 536 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.05■■□□□ 1.28
SCN4AP35499 SPCS1-201ENST00000233025 1082 ntTSL 1 (best) BASIC23.05■■□□□ 1.28
SCN4AP35499 TEX30-205ENST00000376029 959 ntTSL 2 BASIC23.05■■□□□ 1.28
SCN4AP35499 LINC01128-207ENST00000449005 874 ntTSL 1 (best) BASIC23.05■■□□□ 1.28
SCN4AP35499 PENK-208ENST00000523051 772 ntTSL 5 BASIC23.05■■□□□ 1.28
SCN4AP35499 PNN-202ENST00000553331 656 ntTSL 3 BASIC23.05■■□□□ 1.28
SCN4AP35499 CIB2-208ENST00000560618 804 ntTSL 2 BASIC23.05■■□□□ 1.28
SCN4AP35499 NDUFAB1-201ENST00000007516 717 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.05■■□□□ 1.28
SCN4AP35499 CCDC71-201ENST00000321895 1781 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.05■■□□□ 1.28
SCN4AP35499 PRDX3-201ENST00000298510 1591 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.05■■□□□ 1.28
SCN4AP35499 HLA-A-201ENST00000376802 1334 ntBASIC23.05■■□□□ 1.28
SCN4AP35499 FIP1L1-201ENST00000306932 1878 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.05■■□□□ 1.28
SCN4AP35499 HSPA8-202ENST00000453788 2004 ntTSL 1 (best) BASIC23.05■■□□□ 1.28
SCN4AP35499 LINC01465-201ENST00000408887 1940 ntBASIC23.05■■□□□ 1.28
SCN4AP35499 ZNF584-201ENST00000306910 2332 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.05■■□□□ 1.28
SCN4AP35499 SSR4P1-202ENST00000429427 967 ntTSL 5 BASIC23.05■■□□□ 1.28
SCN4AP35499 PRSS42-201ENST00000429665 882 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.05■■□□□ 1.28
SCN4AP35499 RABL2B-209ENST00000435118 1126 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC23.05■■□□□ 1.28
SCN4AP35499 ORAOV1-210ENST00000539414 817 ntAPPRIS ALT1 TSL 2 BASIC23.05■■□□□ 1.28
SCN4AP35499 AC011498.5-201ENST00000592027 486 ntBASIC23.05■■□□□ 1.28
SCN4AP35499 SLAIN1-213ENST00000466548 2637 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC23.05■■□□□ 1.28
SCN4AP35499 PTX4-201ENST00000293922 1422 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC23.05■■□□□ 1.28
SCN4AP35499 AC116565.2-201ENST00000637674 1854 ntTSL 2 BASIC23.05■■□□□ 1.28
SCN4AP35499 DMRT2-209ENST00000635183 2190 ntTSL 5 BASIC23.04■■□□□ 1.28
SCN4AP35499 BRD3-202ENST00000371834 2529 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.04■■□□□ 1.28
SCN4AP35499 SH2B2-202ENST00000536178 2113 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.04■■□□□ 1.28
SCN4AP35499 SLC18A3-201ENST00000374115 2420 ntAPPRIS P1 BASIC23.04■■□□□ 1.28
SCN4AP35499 ELANE-201ENST00000263621 920 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.04■■□□□ 1.28
SCN4AP35499 SPSB1-203ENST00000377399 1007 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.04■■□□□ 1.28
SCN4AP35499 YPEL3-202ENST00000398841 1588 ntTSL 1 (best) BASIC23.04■■□□□ 1.28
SCN4AP35499 GNB1L-203ENST00000405009 1076 ntTSL 1 (best) BASIC23.04■■□□□ 1.28
SCN4AP35499 COL8A2-203ENST00000481785 2036 ntTSL 1 (best) BASIC23.04■■□□□ 1.28
SCN4AP35499 AP003396.1-201ENST00000501918 507 ntTSL 5 BASIC23.04■■□□□ 1.28
SCN4AP35499 KLK12-205ENST00000529888 735 ntTSL 1 (best) BASIC23.04■■□□□ 1.28
SCN4AP35499 NUTF2-205ENST00000568396 1179 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC23.04■■□□□ 1.28
SCN4AP35499 ANAPC11-217ENST00000579978 575 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC23.04■■□□□ 1.28
SCN4AP35499 AC117500.6-201ENST00000624871 588 ntBASIC23.04■■□□□ 1.28
SCN4AP35499 NRG2-201ENST00000289409 2535 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC23.04■■□□□ 1.28
SCN4AP35499 MAP2K5-203ENST00000354498 1783 ntTSL 2 BASIC23.04■■□□□ 1.28
SCN4AP35499 HAUS4-217ENST00000555367 1454 ntTSL 5 BASIC23.04■■□□□ 1.28
SCN4AP35499 HDAC11-211ENST00000433119 2043 ntTSL 1 (best) BASIC23.04■■□□□ 1.28
SCN4AP35499 AC133561.1-201ENST00000568600 2415 ntBASIC23.03■■□□□ 1.28
SCN4AP35499 NPB-201ENST00000333383 704 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC23.03■■□□□ 1.28
SCN4AP35499 PMS2P1-201ENST00000431037 1228 ntBASIC23.03■■□□□ 1.28
SCN4AP35499 AC243773.1-201ENST00000614759 544 ntTSL 5 BASIC23.03■■□□□ 1.28
SCN4AP35499 RXFP3-201ENST00000330120 1852 ntAPPRIS P1 BASIC23.03■■□□□ 1.28
SCN4AP35499 NDRG2-215ENST00000553503 2162 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC23.03■■□□□ 1.28
SCN4AP35499 VAMP5-201ENST00000306384 689 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.03■■□□□ 1.28
SCN4AP35499 CELA2A-201ENST00000359621 919 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.03■■□□□ 1.28
SCN4AP35499 AC093734.1-201ENST00000416100 242 ntTSL 3 BASIC23.03■■□□□ 1.28
SCN4AP35499 AC116021.1-201ENST00000530049 653 ntTSL 3 BASIC23.03■■□□□ 1.28
SCN4AP35499 MIR4674-201ENST00000582457 87 ntBASIC23.03■■□□□ 1.28
SCN4AP35499 TMIGD2-202ENST00000595645 1212 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.03■■□□□ 1.28
SCN4AP35499 BX640515.1-201ENST00000617215 977 ntBASIC23.03■■□□□ 1.28
SCN4AP35499 AC008567.3-202ENST00000619671 859 ntTSL 1 (best) BASIC23.03■■□□□ 1.28
SCN4AP35499 SCAMP4-213ENST00000621748 1172 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC23.03■■□□□ 1.28
SCN4AP35499 PRODH-203ENST00000357068 2462 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC23.03■■□□□ 1.28
SCN4AP35499 LHX9-206ENST00000561173 2144 ntTSL 5 BASIC23.03■■□□□ 1.28
SCN4AP35499 PPP2R3B-202ENST00000390665 2151 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.02■■□□□ 1.28
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 22.7 ms