Protein–RNA interactions for Protein: P28360

MSX1, Homeobox protein MSX-1, humanhuman

Predictions only

Length 303 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
MSX1P28360 AC133561.5-201ENST00000635547 218 ntBASIC17.81■□□□□ 0.44
MSX1P28360 DPH1-201ENST00000263083 2221 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC17.81■□□□□ 0.44
MSX1P28360 RTN4RL2-201ENST00000335099 2203 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.81■□□□□ 0.44
MSX1P28360 SGCE-207ENST00000447873 1597 ntTSL 1 (best) BASIC17.81■□□□□ 0.44
MSX1P28360 NOL3-204ENST00000564053 1592 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC17.81■□□□□ 0.44
MSX1P28360 SLC35B1-201ENST00000240333 1850 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.81■□□□□ 0.44
MSX1P28360 HSPB2-C11orf52-202ENST00000534100 1521 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC17.81■□□□□ 0.44
MSX1P28360 ANKRD13D-216ENST00000514166 2138 ntTSL 2 BASIC17.81■□□□□ 0.44
MSX1P28360 MSLN-205ENST00000563941 2109 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC17.81■□□□□ 0.44
MSX1P28360 SLC16A5-202ENST00000450736 2051 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC17.81■□□□□ 0.44
MSX1P28360 SOCS2-207ENST00000549206 2072 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC17.81■□□□□ 0.44
MSX1P28360 KIF26A-202ENST00000423312 5649 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC17.81■□□□□ 0.44
MSX1P28360 CYHR1-202ENST00000403000 1477 ntTSL 1 (best) BASIC17.81■□□□□ 0.44
MSX1P28360 HCN4-201ENST00000261917 7228 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.81■□□□□ 0.44
MSX1P28360 HNRNPLL-203ENST00000378915 2523 ntTSL 5 BASIC17.8■□□□□ 0.44
MSX1P28360 MATR3-206ENST00000503811 2518 ntTSL 2 BASIC17.8■□□□□ 0.44
MSX1P28360 KRT18-207ENST00000550600 1696 ntTSL 1 (best) BASIC17.8■□□□□ 0.44
MSX1P28360 ST3GAL3-219ENST00000372374 2170 ntTSL 5 BASIC17.8■□□□□ 0.44
MSX1P28360 PLCB2-204ENST00000557821 4517 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC17.8■□□□□ 0.44
MSX1P28360 GSTM4-201ENST00000326729 1321 ntTSL 1 (best) BASIC17.8■□□□□ 0.44
MSX1P28360 GALNS-201ENST00000268695 2363 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.8■□□□□ 0.44
MSX1P28360 CLN5-201ENST00000377453 2629 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC17.8■□□□□ 0.44
MSX1P28360 RETREG2-203ENST00000430297 4618 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.8■□□□□ 0.44
MSX1P28360 BSX-201ENST00000343035 830 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC17.8■□□□□ 0.44
MSX1P28360 COL11A2-204ENST00000395194 1194 ntTSL 1 (best) BASIC17.8■□□□□ 0.44
MSX1P28360 HYAL3-203ENST00000415204 959 ntTSL 1 (best) BASIC17.8■□□□□ 0.44
MSX1P28360 AC087499.1-201ENST00000418141 1075 ntBASIC17.8■□□□□ 0.44
MSX1P28360 IAH1-215ENST00000497473 1266 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.8■□□□□ 0.44
MSX1P28360 AC022509.3-202ENST00000545819 566 ntTSL 3 BASIC17.8■□□□□ 0.44
MSX1P28360 C16orf74-202ENST00000602583 1237 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC17.8■□□□□ 0.44
MSX1P28360 AL353593.2-202ENST00000602947 550 ntTSL 4 BASIC17.8■□□□□ 0.44
MSX1P28360 PATZ1-201ENST00000215919 2516 ntTSL 1 (best) BASIC17.8■□□□□ 0.44
MSX1P28360 IRGQ-205ENST00000602269 2210 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.8■□□□□ 0.44
MSX1P28360 ISCA1-203ENST00000375991 1958 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.8■□□□□ 0.44
MSX1P28360 LETM2-208ENST00000524874 1459 ntTSL 5 BASIC17.8■□□□□ 0.44
MSX1P28360 TRMU-201ENST00000290846 1940 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.8■□□□□ 0.44
MSX1P28360 SHANK1-203ENST00000391813 4785 ntTSL 1 (best) BASIC17.8■□□□□ 0.44
MSX1P28360 NEU4-203ENST00000404257 2352 ntTSL 1 (best) BASIC17.8■□□□□ 0.44
MSX1P28360 DBN1-210ENST00000512501 1878 ntTSL 3 BASIC17.8■□□□□ 0.44
MSX1P28360 TTC12-202ENST00000393020 2541 ntTSL 5 BASIC17.79■□□□□ 0.44
MSX1P28360 PHLDA1-202ENST00000602540 5741 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC17.79■□□□□ 0.44
MSX1P28360 PUF60-202ENST00000349157 1821 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC17.79■□□□□ 0.44
MSX1P28360 ZNF821-221ENST00000611294 1833 ntTSL 3 BASIC17.79■□□□□ 0.44
MSX1P28360 NEU4-205ENST00000407683 2273 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC17.79■□□□□ 0.44
MSX1P28360 AR-204ENST00000504326 3615 ntTSL 1 (best) BASIC17.79■□□□□ 0.44
MSX1P28360 GCSH-201ENST00000315467 1597 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.79■□□□□ 0.44
MSX1P28360 FAM216A-201ENST00000377673 1582 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.79■□□□□ 0.44
MSX1P28360 MBD3-201ENST00000156825 5518 ntTSL 1 (best) BASIC17.79■□□□□ 0.44
MSX1P28360 PSKH2-201ENST00000276616 1322 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.79■□□□□ 0.44
MSX1P28360 DDRGK1-201ENST00000354488 1306 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.79■□□□□ 0.44
MSX1P28360 SAMD5-201ENST00000367474 6089 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC17.79■□□□□ 0.44
MSX1P28360 FAM187A-202ENST00000412523 1748 ntTSL 1 (best) BASIC17.79■□□□□ 0.44
MSX1P28360 RAB5C-202ENST00000393860 1912 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.79■□□□□ 0.44
MSX1P28360 SLX1A-201ENST00000251303 1091 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC17.79■□□□□ 0.44
MSX1P28360 SLX1B-201ENST00000330181 1165 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC17.79■□□□□ 0.44
MSX1P28360 AKR1A1-201ENST00000351829 1166 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.79■□□□□ 0.44
MSX1P28360 KANK4-202ENST00000354381 2103 ntTSL 2 BASIC17.79■□□□□ 0.44
MSX1P28360 AC091564.2-201ENST00000527191 399 ntTSL 3 BASIC17.79■□□□□ 0.44
MSX1P28360 ARF3-208ENST00000541959 807 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC17.79■□□□□ 0.44
MSX1P28360 AC134349.1-201ENST00000543969 385 ntTSL 3 BASIC17.79■□□□□ 0.44
MSX1P28360 SUMO2-203ENST00000578238 490 ntTSL 2 BASIC17.79■□□□□ 0.44
MSX1P28360 UBL5-202ENST00000586895 432 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.79■□□□□ 0.44
MSX1P28360 AC027682.4-201ENST00000605277 798 ntTSL 5 BASIC17.79■□□□□ 0.44
MSX1P28360 EBF1-202ENST00000380654 2345 ntTSL 1 (best) BASIC17.79■□□□□ 0.44
MSX1P28360 BCS1L-201ENST00000359273 1454 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.79■□□□□ 0.44
MSX1P28360 PLCG1-202ENST00000373271 7395 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC17.79■□□□□ 0.44
MSX1P28360 EBF4-202ENST00000380648 2910 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC17.79■□□□□ 0.44
MSX1P28360 LEFTY2-202ENST00000420304 2085 ntTSL 2 BASIC17.79■□□□□ 0.44
MSX1P28360 POU5F1-201ENST00000259915 1420 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.79■□□□□ 0.44
MSX1P28360 CA11-201ENST00000084798 1844 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.79■□□□□ 0.44
MSX1P28360 DPF1-209ENST00000456296 1562 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC17.79■□□□□ 0.44
MSX1P28360 PPM1L-204ENST00000497343 1589 ntTSL 2 BASIC17.79■□□□□ 0.44
MSX1P28360 GGPS1-206ENST00000488594 1396 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.79■□□□□ 0.44
MSX1P28360 KCNQ5-203ENST00000355635 6623 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC17.78■□□□□ 0.44
MSX1P28360 NARS2-201ENST00000281038 2519 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.78■□□□□ 0.44
MSX1P28360 BID-204ENST00000399767 2129 ntTSL 2 BASIC17.78■□□□□ 0.44
MSX1P28360 MICU2-201ENST00000382374 1920 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.78■□□□□ 0.44
MSX1P28360 CCT5-205ENST00000506600 1939 ntTSL 2 BASIC17.78■□□□□ 0.44
MSX1P28360 LSM4-203ENST00000593829 1908 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.78■□□□□ 0.44
MSX1P28360 GFI1-203ENST00000427103 2693 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.78■□□□□ 0.44
MSX1P28360 KRTAP5-AS1-201ENST00000424148 2265 ntTSL 2 BASIC17.78■□□□□ 0.44
MSX1P28360 DEDD2-204ENST00000595337 1894 ntAPPRIS P3 TSL 3 BASIC17.78■□□□□ 0.44
MSX1P28360 GAL3ST4-204ENST00000423751 1695 ntTSL 3 BASIC17.78■□□□□ 0.44
MSX1P28360 WNK2-202ENST00000395477 6834 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC17.78■□□□□ 0.44
MSX1P28360 NXNL2-202ENST00000375855 1457 ntTSL 1 (best) BASIC17.78■□□□□ 0.44
MSX1P28360 TEX22-201ENST00000451127 2571 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC17.78■□□□□ 0.44
MSX1P28360 RNF38-202ENST00000350199 5104 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC17.78■□□□□ 0.44
MSX1P28360 WIPF2-202ENST00000394103 2378 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC17.78■□□□□ 0.44
MSX1P28360 C1orf50-201ENST00000372525 996 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.78■□□□□ 0.44
MSX1P28360 DYNLT3-203ENST00000432389 719 ntTSL 5 BASIC17.78■□□□□ 0.44
MSX1P28360 AC105935.2-201ENST00000435478 544 ntTSL 4 BASIC17.78■□□□□ 0.44
MSX1P28360 RNASEK-202ENST00000548577 810 ntTSL 1 (best) BASIC17.78■□□□□ 0.44
MSX1P28360 CBLN3-202ENST00000555436 718 ntTSL 3 BASIC17.78■□□□□ 0.44
MSX1P28360 AC015712.2-203ENST00000560461 688 ntTSL 3 BASIC17.78■□□□□ 0.44
MSX1P28360 CRNDE-210ENST00000560912 459 ntTSL 5 BASIC17.78■□□□□ 0.44
MSX1P28360 LINC02167-201ENST00000562769 594 ntTSL 3 BASIC17.78■□□□□ 0.44
MSX1P28360 SNX21-213ENST00000614929 587 ntTSL 5 BASIC17.78■□□□□ 0.44
MSX1P28360 FENDRR-203ENST00000595886 3095 ntTSL 2 BASIC17.78■□□□□ 0.44
MSX1P28360 SLC38A11-203ENST00000409149 1621 ntAPPRIS P2 TSL 2 BASIC17.78■□□□□ 0.44
MSX1P28360 DALRD3-201ENST00000313778 1968 ntTSL 2 BASIC17.78■□□□□ 0.44
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 26.8 ms