Protein–RNA interactions for Protein: P12109

COL6A1, Collagen alpha-1(VI) chain, humanhuman

Predictions only

Length 1,028 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
COL6A1P12109 RXFP3-201ENST00000330120 1852 ntAPPRIS P1 BASIC21.5■■□□□ 1.03
COL6A1P12109 EEF1A2-202ENST00000298049 1748 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.5■■□□□ 1.03
COL6A1P12109 EGFL7-201ENST00000308874 1747 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.5■■□□□ 1.03
COL6A1P12109 RTBDN-202ENST00000393233 1000 ntAPPRIS ALT2 TSL 3 BASIC21.5■■□□□ 1.03
COL6A1P12109 RASGRP2-208ENST00000394428 444 ntTSL 2 BASIC21.5■■□□□ 1.03
COL6A1P12109 VCX3B-203ENST00000444481 812 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC21.5■■□□□ 1.03
COL6A1P12109 ZNF436-AS1-206ENST00000518821 461 ntTSL 2 BASIC21.5■■□□□ 1.03
COL6A1P12109 DRAP1-205ENST00000527119 581 ntTSL 5 BASIC21.5■■□□□ 1.03
COL6A1P12109 MVB12A-204ENST00000528515 686 ntTSL 5 BASIC21.5■■□□□ 1.03
COL6A1P12109 RPL28-210ENST00000560583 1204 ntTSL 2 BASIC21.5■■□□□ 1.03
COL6A1P12109 HOXB8-203ENST00000576562 743 ntAPPRIS ALT1 TSL 2 BASIC21.5■■□□□ 1.03
COL6A1P12109 VCX3A-203ENST00000612369 812 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC21.5■■□□□ 1.03
COL6A1P12109 AC010616.1-201ENST00000597630 2078 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC21.5■■□□□ 1.03
COL6A1P12109 IRF7-204ENST00000397570 1943 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.5■■□□□ 1.03
COL6A1P12109 SLC2A8-215ENST00000610552 1763 ntTSL 3 BASIC21.5■■□□□ 1.03
COL6A1P12109 HTATSF1-201ENST00000218364 2775 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.5■■□□□ 1.03
COL6A1P12109 TCF3-203ENST00000395423 2779 ntTSL 5 BASIC21.5■■□□□ 1.03
COL6A1P12109 ETV2-203ENST00000402764 1487 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC21.5■■□□□ 1.03
COL6A1P12109 SCOC-207ENST00000506597 1838 ntTSL 1 (best) BASIC21.5■■□□□ 1.03
COL6A1P12109 CDH5-202ENST00000539168 1672 ntTSL 2 BASIC21.5■■□□□ 1.03
COL6A1P12109 KCNQ5-208ENST00000414165 6236 ntTSL 5 BASIC21.5■■□□□ 1.03
COL6A1P12109 FOXI1-202ENST00000449804 2011 ntTSL 1 (best) BASIC21.5■■□□□ 1.03
COL6A1P12109 E4F1-206ENST00000565090 2028 ntTSL 1 (best) BASIC21.5■■□□□ 1.03
COL6A1P12109 SKI-201ENST00000378536 5613 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.49■■□□□ 1.03
COL6A1P12109 BUB3-201ENST00000368858 1361 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC21.49■■□□□ 1.03
COL6A1P12109 B4GALT2-204ENST00000434555 1923 ntTSL 1 (best) BASIC21.49■■□□□ 1.03
COL6A1P12109 FBXO27-202ENST00000509137 2130 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC21.49■■□□□ 1.03
COL6A1P12109 POU2F2-215ENST00000560398 1788 ntTSL 5 BASIC21.49■■□□□ 1.03
COL6A1P12109 DHRS4-201ENST00000313250 1443 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.49■■□□□ 1.03
COL6A1P12109 TDRKH-205ENST00000368827 2318 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC21.49■■□□□ 1.03
COL6A1P12109 PFKFB3-202ENST00000360521 1964 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC21.49■■□□□ 1.03
COL6A1P12109 UPK3B-201ENST00000257632 1296 ntAPPRIS P5 TSL 2 BASIC21.49■■□□□ 1.03
COL6A1P12109 HBZP1-201ENST00000354915 429 ntBASIC21.49■■□□□ 1.03
COL6A1P12109 DBNDD2-202ENST00000360981 1078 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.49■■□□□ 1.03
COL6A1P12109 TESMIN-209ENST00000544963 1235 ntTSL 1 (best) BASIC21.49■■□□□ 1.03
COL6A1P12109 AC079385.1-202ENST00000549203 569 ntTSL 4 BASIC21.49■■□□□ 1.03
COL6A1P12109 AL359399.1-201ENST00000557610 462 ntTSL 3 BASIC21.49■■□□□ 1.03
COL6A1P12109 AC021739.3-201ENST00000557908 855 ntTSL 2 BASIC21.49■■□□□ 1.03
COL6A1P12109 NOL12-207ENST00000611699 903 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.49■■□□□ 1.03
COL6A1P12109 CDK2AP1-207ENST00000618072 1144 ntTSL 3 BASIC21.49■■□□□ 1.03
COL6A1P12109 ADRA1B-201ENST00000306675 2047 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.49■■□□□ 1.03
COL6A1P12109 ST6GALNAC6-215ENST00000542456 2018 ntTSL 2 BASIC21.49■■□□□ 1.03
COL6A1P12109 KRT14-201ENST00000167586 1662 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.49■■□□□ 1.03
COL6A1P12109 CPEB1-218ENST00000620182 2422 ntTSL 2 BASIC21.49■■□□□ 1.03
COL6A1P12109 SYNGR2-201ENST00000225777 2325 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.49■■□□□ 1.03
COL6A1P12109 CABP1-201ENST00000288616 1369 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC21.48■■□□□ 1.03
COL6A1P12109 FASTK-201ENST00000297532 1827 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.48■■□□□ 1.03
COL6A1P12109 MCTP2-205ENST00000543482 1422 ntTSL 2 BASIC21.48■■□□□ 1.03
COL6A1P12109 SH2D3A-201ENST00000245908 2296 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.48■■□□□ 1.03
COL6A1P12109 DTNB-207ENST00000405222 2273 ntTSL 1 (best) BASIC21.48■■□□□ 1.03
COL6A1P12109 JPT1-206ENST00000476258 2289 ntTSL 1 (best) BASIC21.48■■□□□ 1.03
COL6A1P12109 PCCB-208ENST00000468777 1877 ntAPPRIS ALT2 TSL 3 BASIC21.48■■□□□ 1.03
COL6A1P12109 GNGT2-201ENST00000300406 889 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.48■■□□□ 1.03
COL6A1P12109 FIS1-207ENST00000474120 915 ntTSL 1 (best) BASIC21.48■■□□□ 1.03
COL6A1P12109 ZNF346-205ENST00000506693 1276 ntTSL 2 BASIC21.48■■□□□ 1.03
COL6A1P12109 TRAF3IP2-AS1-208ENST00000525151 609 ntTSL 1 (best) BASIC21.48■■□□□ 1.03
COL6A1P12109 MTHFS-202ENST00000559722 948 ntTSL 2 BASIC21.48■■□□□ 1.03
COL6A1P12109 MIR3180-1-201ENST00000580374 94 ntBASIC21.48■■□□□ 1.03
COL6A1P12109 MIR3180-3-201ENST00000584616 94 ntBASIC21.48■■□□□ 1.03
COL6A1P12109 KLHL31-202ENST00000407079 1905 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.48■■□□□ 1.03
COL6A1P12109 KRT8P41-201ENST00000533985 1514 ntBASIC21.48■■□□□ 1.03
COL6A1P12109 PMPCA-203ENST00000399219 1987 ntTSL 2 BASIC21.48■■□□□ 1.03
COL6A1P12109 NTMT1-203ENST00000372483 1315 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.48■■□□□ 1.03
COL6A1P12109 CACNB3-205ENST00000547392 2237 ntTSL 5 BASIC21.48■■□□□ 1.03
COL6A1P12109 UBE2Q2-204ENST00000561851 1582 ntTSL 2 BASIC21.48■■□□□ 1.03
COL6A1P12109 FP700111.2-201ENST00000619190 1892 ntBASIC21.47■■□□□ 1.03
COL6A1P12109 WISP2-202ENST00000372865 1518 ntTSL 1 (best) BASIC21.47■■□□□ 1.03
COL6A1P12109 PHB2-203ENST00000535923 1515 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC21.47■■□□□ 1.03
COL6A1P12109 CD70-201ENST00000245903 913 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.47■■□□□ 1.03
COL6A1P12109 TSPAN14-202ENST00000341863 1037 ntTSL 5 BASIC21.47■■□□□ 1.03
COL6A1P12109 HEBP2-201ENST00000367697 844 ntTSL 2 BASIC21.47■■□□□ 1.03
COL6A1P12109 ATP5J-203ENST00000400090 647 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC21.47■■□□□ 1.03
COL6A1P12109 DMKN-208ENST00000424570 1293 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.47■■□□□ 1.03
COL6A1P12109 NME1-207ENST00000480143 964 ntTSL 2 BASIC21.47■■□□□ 1.03
COL6A1P12109 SELENOH-204ENST00000534355 818 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC21.47■■□□□ 1.03
COL6A1P12109 TBCB-205ENST00000585746 875 ntTSL 3 BASIC21.47■■□□□ 1.03
COL6A1P12109 SMIM22-203ENST00000588500 525 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.47■■□□□ 1.03
COL6A1P12109 AC215522.2-202ENST00000633163 1143 ntTSL 5 BASIC21.47■■□□□ 1.03
COL6A1P12109 ASAH1-251ENST00000637561 929 ntTSL 2 BASIC21.47■■□□□ 1.03
COL6A1P12109 NPAS3-210ENST00000551492 2817 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC21.47■■□□□ 1.03
COL6A1P12109 ART1-201ENST00000250693 1312 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.47■■□□□ 1.03
COL6A1P12109 CIRBP-201ENST00000320936 1328 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC21.47■■□□□ 1.03
COL6A1P12109 CIRBP-207ENST00000586472 1303 ntAPPRIS P3 TSL 3 BASIC21.47■■□□□ 1.03
COL6A1P12109 EPOR-201ENST00000222139 2411 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.47■■□□□ 1.03
COL6A1P12109 PCMT1-203ENST00000367384 1938 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.47■■□□□ 1.03
COL6A1P12109 UBTF-213ENST00000533177 3011 ntTSL 5 BASIC21.47■■□□□ 1.03
COL6A1P12109 MTX1-201ENST00000316721 1441 ntTSL 1 (best) BASIC21.46■■□□□ 1.03
COL6A1P12109 WRNIP1-203ENST00000380771 2595 ntTSL 1 (best) BASIC21.46■■□□□ 1.03
COL6A1P12109 CBLN3-201ENST00000267406 2346 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.46■■□□□ 1.03
COL6A1P12109 PPP1R12C-201ENST00000263433 2924 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.46■■□□□ 1.03
COL6A1P12109 CELF6-205ENST00000567083 1496 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC21.46■■□□□ 1.03
COL6A1P12109 AC004980.1-201ENST00000418663 2667 ntTSL 1 (best) BASIC21.46■■□□□ 1.03
COL6A1P12109 MAPRE3-203ENST00000405074 1801 ntTSL 3 BASIC21.46■■□□□ 1.03
COL6A1P12109 REXO1-201ENST00000170168 4591 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.46■■□□□ 1.03
COL6A1P12109 P4HB-203ENST00000439918 1502 ntTSL 5 BASIC21.46■■□□□ 1.03
COL6A1P12109 C19orf12-201ENST00000323670 2464 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC21.46■■□□□ 1.03
COL6A1P12109 GNG5-202ENST00000370645 790 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC21.46■■□□□ 1.03
COL6A1P12109 AL645929.1-201ENST00000420084 975 ntBASIC21.46■■□□□ 1.03
COL6A1P12109 EHMT1-211ENST00000482340 691 ntTSL 5 BASIC21.46■■□□□ 1.03
COL6A1P12109 AP003396.3-201ENST00000530918 778 ntTSL 5 BASIC21.46■■□□□ 1.03
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 28.3 ms