Protein–RNA interactions for Protein: Q9P1Q0

VPS54, Vacuolar protein sorting-associated protein 54, humanhuman

Predictions only

Length 977 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
VPS54Q9P1Q0 PRKAR2A-206ENST00000454963 1849 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC22.45■■□□□ 1.18
VPS54Q9P1Q0 THOP1-202ENST00000395212 1877 ntTSL 2 BASIC22.45■■□□□ 1.18
VPS54Q9P1Q0 ACD-201ENST00000219251 2052 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC22.45■■□□□ 1.18
VPS54Q9P1Q0 PIGQ-209ENST00000470411 2112 ntTSL 1 (best) BASIC22.45■■□□□ 1.18
VPS54Q9P1Q0 ANTXR1-203ENST00000409829 2221 ntTSL 1 (best) BASIC22.45■■□□□ 1.18
VPS54Q9P1Q0 EEF1A2-201ENST00000217182 2006 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.44■■□□□ 1.18
VPS54Q9P1Q0 TAF4-201ENST00000252996 4628 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.44■■□□□ 1.18
VPS54Q9P1Q0 MIXL1-201ENST00000366810 2005 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.44■■□□□ 1.18
VPS54Q9P1Q0 MTHFD1L-201ENST00000367307 1049 ntTSL 1 (best) BASIC22.44■■□□□ 1.18
VPS54Q9P1Q0 TMSB4X-203ENST00000380636 1702 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.44■■□□□ 1.18
VPS54Q9P1Q0 MAP1LC3A-203ENST00000397709 698 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC22.44■■□□□ 1.18
VPS54Q9P1Q0 LMCD1-AS1-204ENST00000446281 932 ntTSL 5 BASIC22.44■■□□□ 1.18
VPS54Q9P1Q0 AC044802.1-201ENST00000501143 2894 ntTSL 1 (best) BASIC22.44■■□□□ 1.18
VPS54Q9P1Q0 CXorf49-202ENST00000535490 1715 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC22.44■■□□□ 1.18
VPS54Q9P1Q0 CXorf49B-202ENST00000542739 1715 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC22.44■■□□□ 1.18
VPS54Q9P1Q0 LSM4-203ENST00000593829 1908 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.44■■□□□ 1.18
VPS54Q9P1Q0 GAS2L1-208ENST00000616432 2925 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.44■■□□□ 1.18
VPS54Q9P1Q0 TMEM191C-214ENST00000621561 1337 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC22.44■■□□□ 1.18
VPS54Q9P1Q0 MFSD1-219ENST00000622669 2361 ntTSL 1 (best) BASIC22.44■■□□□ 1.18
VPS54Q9P1Q0 MTFP1-206ENST00000629597 482 ntTSL 5 BASIC22.44■■□□□ 1.18
VPS54Q9P1Q0 MEN1-208ENST00000394374 3155 ntAPPRIS P3 TSL 5 BASIC22.44■■□□□ 1.18
VPS54Q9P1Q0 PABPC1L-204ENST00000255136 2129 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC22.43■■□□□ 1.18
VPS54Q9P1Q0 AC008105.1-201ENST00000587534 2003 ntTSL 2 BASIC22.43■■□□□ 1.18
VPS54Q9P1Q0 FGF17-201ENST00000359441 1714 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.43■■□□□ 1.18
VPS54Q9P1Q0 SNAPC2-201ENST00000221573 1542 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.43■■□□□ 1.18
VPS54Q9P1Q0 BOLA1-203ENST00000369153 1096 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC22.43■■□□□ 1.18
VPS54Q9P1Q0 HP1BP3-202ENST00000375000 928 ntTSL 1 (best) BASIC22.43■■□□□ 1.18
VPS54Q9P1Q0 AC073050.1-201ENST00000442316 462 ntTSL 3 BASIC22.43■■□□□ 1.18
VPS54Q9P1Q0 RNASEK-202ENST00000548577 810 ntTSL 1 (best) BASIC22.43■■□□□ 1.18
VPS54Q9P1Q0 C1QL1P1-201ENST00000568105 661 ntBASIC22.43■■□□□ 1.18
VPS54Q9P1Q0 SPIB-206ENST00000596074 847 ntTSL 2 BASIC22.43■■□□□ 1.18
VPS54Q9P1Q0 AL024498.1-202ENST00000606652 480 ntTSL 2 BASIC22.43■■□□□ 1.18
VPS54Q9P1Q0 CCDC47-202ENST00000403162 2195 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC22.43■■□□□ 1.18
VPS54Q9P1Q0 UPF1-207ENST00000599848 5311 ntTSL 1 (best) BASIC22.43■■□□□ 1.18
VPS54Q9P1Q0 KLHDC4-203ENST00000347925 1821 ntTSL 1 (best) BASIC22.43■■□□□ 1.18
VPS54Q9P1Q0 PEX6-201ENST00000244546 2696 ntTSL 1 (best) BASIC22.43■■□□□ 1.18
VPS54Q9P1Q0 SDHA-201ENST00000264932 2390 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.42■■□□□ 1.18
VPS54Q9P1Q0 DMRT2-205ENST00000382255 2367 ntTSL 1 (best) BASIC22.42■■□□□ 1.18
VPS54Q9P1Q0 EEF1D-246ENST00000532741 2387 ntTSL 1 (best) BASIC22.42■■□□□ 1.18
VPS54Q9P1Q0 B4GALT1-202ENST00000535206 1535 ntTSL 1 (best) BASIC22.42■■□□□ 1.18
VPS54Q9P1Q0 FGFR1-214ENST00000447712 5900 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC22.42■■□□□ 1.18
VPS54Q9P1Q0 C19orf66-209ENST00000591813 1481 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.42■■□□□ 1.18
VPS54Q9P1Q0 MAEA-208ENST00000505839 1444 ntTSL 2 BASIC22.42■■□□□ 1.18
VPS54Q9P1Q0 ROPN1-209ENST00000495093 1376 ntTSL 1 (best) BASIC22.42■■□□□ 1.18
VPS54Q9P1Q0 RNASEH2C-203ENST00000528220 1337 ntTSL 2 BASIC22.42■■□□□ 1.18
VPS54Q9P1Q0 MEN1-206ENST00000377321 2614 ntTSL 1 (best) BASIC22.42■■□□□ 1.18
VPS54Q9P1Q0 TSPY8-201ENST00000287721 1161 ntAPPRIS P5 TSL 1 (best) BASIC22.42■■□□□ 1.18
VPS54Q9P1Q0 RAC1-202ENST00000356142 907 ntTSL 1 (best) BASIC22.42■■□□□ 1.18
VPS54Q9P1Q0 AL360181.5-201ENST00000368554 1044 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC22.42■■□□□ 1.18
VPS54Q9P1Q0 SEC61A2-206ENST00000379051 707 ntTSL 3 BASIC22.42■■□□□ 1.18
VPS54Q9P1Q0 AVP-201ENST00000380293 619 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.42■■□□□ 1.18
VPS54Q9P1Q0 TSPY10-201ENST00000428845 1161 ntAPPRIS P5 TSL 1 (best) BASIC22.42■■□□□ 1.18
VPS54Q9P1Q0 LINC01786-202ENST00000453732 389 ntTSL 2 BASIC22.42■■□□□ 1.18
VPS54Q9P1Q0 TSPY3-203ENST00000457222 1161 ntAPPRIS P5 TSL 1 (best) BASIC22.42■■□□□ 1.18
VPS54Q9P1Q0 OVCH1-AS1-203ENST00000551108 963 ntTSL 2 BASIC22.42■■□□□ 1.18
VPS54Q9P1Q0 ARMC4P1-202ENST00000576034 643 ntTSL 2 BASIC22.42■■□□□ 1.18
VPS54Q9P1Q0 PODNL1-203ENST00000538371 1826 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC22.42■■□□□ 1.18
VPS54Q9P1Q0 TCF7-201ENST00000342854 3045 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC22.42■■□□□ 1.18
VPS54Q9P1Q0 ESYT2-201ENST00000251527 5960 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC22.42■■□□□ 1.18
VPS54Q9P1Q0 FGFR2-204ENST00000356226 3547 ntTSL 1 (best) BASIC22.42■■□□□ 1.18
VPS54Q9P1Q0 LIMS2-207ENST00000409808 2315 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC22.42■■□□□ 1.18
VPS54Q9P1Q0 WDR41-208ENST00000507029 1553 ntTSL 2 BASIC22.42■■□□□ 1.18
VPS54Q9P1Q0 KXD1-203ENST00000540691 1592 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC22.42■■□□□ 1.18
VPS54Q9P1Q0 AC004982.2-201ENST00000609497 1578 ntTSL 2 BASIC22.42■■□□□ 1.18
VPS54Q9P1Q0 HAND2-AS1-237ENST00000616485 2420 ntTSL 2 BASIC22.41■■□□□ 1.18
VPS54Q9P1Q0 FAM83E-201ENST00000263266 1926 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.41■■□□□ 1.18
VPS54Q9P1Q0 LINC01465-201ENST00000408887 1940 ntBASIC22.41■■□□□ 1.18
VPS54Q9P1Q0 BACE1-204ENST00000445823 1408 ntTSL 1 (best) BASIC22.41■■□□□ 1.18
VPS54Q9P1Q0 CD151-213ENST00000528011 1369 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC22.41■■□□□ 1.18
VPS54Q9P1Q0 PUF60-202ENST00000349157 1821 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.41■■□□□ 1.18
VPS54Q9P1Q0 AC009133.6-201ENST00000609618 2252 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC22.41■■□□□ 1.18
VPS54Q9P1Q0 NKX6-1-201ENST00000295886 2628 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.41■■□□□ 1.18
VPS54Q9P1Q0 FOXC1-201ENST00000380874 3926 ntAPPRIS P1 BASIC22.41■■□□□ 1.18
VPS54Q9P1Q0 DYNLT3-203ENST00000432389 719 ntTSL 5 BASIC22.41■■□□□ 1.18
VPS54Q9P1Q0 STK24-AS1-201ENST00000434547 1278 ntTSL 1 (best) BASIC22.41■■□□□ 1.18
VPS54Q9P1Q0 CNEP1R1-203ENST00000458059 2965 ntTSL 1 (best) BASIC22.41■■□□□ 1.18
VPS54Q9P1Q0 NME1-207ENST00000480143 964 ntTSL 2 BASIC22.41■■□□□ 1.18
VPS54Q9P1Q0 TNFRSF18-204ENST00000486728 727 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.41■■□□□ 1.18
VPS54Q9P1Q0 CERNA3-201ENST00000521403 557 ntTSL 3 BASIC22.41■■□□□ 1.18
VPS54Q9P1Q0 DDN-AS1-201ENST00000547395 858 ntTSL 2 BASIC22.41■■□□□ 1.18
VPS54Q9P1Q0 CYB561-214ENST00000582034 1193 ntTSL 2 BASIC22.41■■□□□ 1.18
VPS54Q9P1Q0 METTL23-208ENST00000588822 1049 ntTSL 3 BASIC22.41■■□□□ 1.18
VPS54Q9P1Q0 KRTAP5-11-203ENST00000617152 558 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC22.41■■□□□ 1.18
VPS54Q9P1Q0 CABP2-204ENST00000636477 941 ntTSL 5 BASIC22.41■■□□□ 1.18
VPS54Q9P1Q0 OLFM1-205ENST00000371796 2492 ntTSL 2 BASIC22.41■■□□□ 1.18
VPS54Q9P1Q0 ETV4-204ENST00000545089 1628 ntTSL 2 BASIC22.41■■□□□ 1.18
VPS54Q9P1Q0 AC087482.1-204ENST00000636067 2431 ntTSL 5 BASIC22.41■■□□□ 1.18
VPS54Q9P1Q0 SLC6A11-202ENST00000454147 2794 ntTSL 1 (best) BASIC22.41■■□□□ 1.18
VPS54Q9P1Q0 FENDRR-203ENST00000595886 3095 ntTSL 2 BASIC22.41■■□□□ 1.18
VPS54Q9P1Q0 MGAT5B-201ENST00000301618 4486 ntAPPRIS P3 TSL 5 BASIC22.41■■□□□ 1.18
VPS54Q9P1Q0 TWF2-203ENST00000499914 1440 ntTSL 5 BASIC22.4■■□□□ 1.18
VPS54Q9P1Q0 SLC1A6-202ENST00000430939 1794 ntTSL 2 BASIC22.4■■□□□ 1.18
VPS54Q9P1Q0 NRL-206ENST00000561028 2103 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC22.4■■□□□ 1.18
VPS54Q9P1Q0 RBAK-202ENST00000396912 6551 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.4■■□□□ 1.18
VPS54Q9P1Q0 BEST2-201ENST00000042931 1908 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.4■■□□□ 1.18
VPS54Q9P1Q0 MRPL15-201ENST00000260102 1147 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.4■■□□□ 1.18
VPS54Q9P1Q0 MRGPRG-201ENST00000332314 870 ntAPPRIS P1 BASIC22.4■■□□□ 1.18
VPS54Q9P1Q0 METTL5-206ENST00000409965 880 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC22.4■■□□□ 1.18
VPS54Q9P1Q0 PTTG1-205ENST00000520452 895 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC22.4■■□□□ 1.18
VPS54Q9P1Q0 CNOT8-224ENST00000523698 862 ntTSL 2 BASIC22.4■■□□□ 1.18
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 29.3 ms