Protein–RNA interactions for Protein: P31274

HOXC9, Homeobox protein Hox-C9, humanhuman

Predictions only

Length 260 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
HOXC9P31274 FAM131A-204ENST00000418281 1664 ntTSL 5 BASIC25.87■■□□□ 1.73
HOXC9P31274 GGCT-202ENST00000275428 1173 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.87■■□□□ 1.73
HOXC9P31274 TIMM17B-201ENST00000376582 950 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.87■■□□□ 1.73
HOXC9P31274 AC012618.3-203ENST00000426044 917 ntTSL 2 BASIC25.87■■□□□ 1.73
HOXC9P31274 AC037459.1-202ENST00000430850 531 ntAPPRIS P1 TSL 4 BASIC25.87■■□□□ 1.73
HOXC9P31274 AP003041.3-201ENST00000527151 707 ntBASIC25.87■■□□□ 1.73
HOXC9P31274 CLN6-204ENST00000564752 900 ntTSL 3 BASIC25.87■■□□□ 1.73
HOXC9P31274 AC140504.1-202ENST00000568222 652 ntTSL 5 BASIC25.87■■□□□ 1.73
HOXC9P31274 BVES-AS1-203ENST00000580511 853 ntTSL 5 BASIC25.87■■□□□ 1.73
HOXC9P31274 TSTD3-202ENST00000636394 336 ntAPPRIS ALT2 TSL 3 BASIC25.87■■□□□ 1.73
HOXC9P31274 FAM118A-202ENST00000405673 1612 ntTSL 5 BASIC25.87■■□□□ 1.73
HOXC9P31274 AL391422.3-201ENST00000603791 2761 ntBASIC25.87■■□□□ 1.73
HOXC9P31274 CCM2-202ENST00000381112 1881 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC25.87■■□□□ 1.73
HOXC9P31274 DRAM2-201ENST00000286692 2246 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.87■■□□□ 1.73
HOXC9P31274 SPRN-201ENST00000414069 3128 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.86■■□□□ 1.73
HOXC9P31274 CPLX3-201ENST00000395018 2082 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.86■■□□□ 1.73
HOXC9P31274 RTN1-202ENST00000342503 1703 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC25.86■■□□□ 1.73
HOXC9P31274 RYK-208ENST00000620660 2942 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC25.86■■□□□ 1.73
HOXC9P31274 NOL3-211ENST00000568146 1351 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC25.86■■□□□ 1.73
HOXC9P31274 TMEM160-201ENST00000253047 663 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.86■■□□□ 1.73
HOXC9P31274 ROMO1-202ENST00000374072 350 ntTSL 5 BASIC25.86■■□□□ 1.73
HOXC9P31274 KCNMA1-220ENST00000481070 896 ntTSL 2 BASIC25.86■■□□□ 1.73
HOXC9P31274 LY6E-210ENST00000521182 1079 ntTSL 1 (best) BASIC25.86■■□□□ 1.73
HOXC9P31274 PSMD8-202ENST00000585598 541 ntTSL 5 BASIC25.86■■□□□ 1.73
HOXC9P31274 UQCR11-201ENST00000585671 753 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.86■■□□□ 1.73
HOXC9P31274 CEL-201ENST00000372080 2384 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC25.86■■□□□ 1.73
HOXC9P31274 AL137060.1-201ENST00000618151 2648 ntBASIC25.86■■□□□ 1.73
HOXC9P31274 PRSS33-204ENST00000576886 1755 ntTSL 1 (best) BASIC25.86■■□□□ 1.73
HOXC9P31274 HTRA3-202ENST00000382512 2023 ntTSL 1 (best) BASIC25.86■■□□□ 1.73
HOXC9P31274 BCKDK-202ENST00000287507 1907 ntTSL 1 (best) BASIC25.86■■□□□ 1.73
HOXC9P31274 TSGA10IP-203ENST00000532620 1925 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.86■■□□□ 1.73
HOXC9P31274 ACHE-203ENST00000411582 2179 ntTSL 1 (best) BASIC25.86■■□□□ 1.73
HOXC9P31274 CIZ1-206ENST00000372954 2731 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC25.86■■□□□ 1.73
HOXC9P31274 ZNF852-201ENST00000436261 1968 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC25.86■■□□□ 1.73
HOXC9P31274 CXorf49-202ENST00000535490 1715 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC25.85■■□□□ 1.73
HOXC9P31274 CXorf49B-202ENST00000542739 1715 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC25.85■■□□□ 1.73
HOXC9P31274 MED25-212ENST00000618715 1467 ntTSL 5 BASIC25.85■■□□□ 1.73
HOXC9P31274 BOK-201ENST00000318407 2657 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.85■■□□□ 1.73
HOXC9P31274 NPAS3-201ENST00000346562 5847 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC25.85■■□□□ 1.73
HOXC9P31274 FOXP4-203ENST00000373060 5948 ntTSL 5 BASIC25.85■■□□□ 1.73
HOXC9P31274 FOXP4-204ENST00000373063 5910 ntTSL 1 (best) BASIC25.85■■□□□ 1.73
HOXC9P31274 NDUFA1-201ENST00000371437 766 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.85■■□□□ 1.73
HOXC9P31274 NDUFV2-207ENST00000497577 868 ntTSL 2 BASIC25.85■■□□□ 1.73
HOXC9P31274 NFS1-204ENST00000397425 1956 ntTSL 5 BASIC25.85■■□□□ 1.73
HOXC9P31274 PAQR6-215ENST00000623241 1961 ntTSL 1 (best) BASIC25.85■■□□□ 1.73
HOXC9P31274 MSL1-204ENST00000578648 2267 ntTSL 5 BASIC25.85■■□□□ 1.73
HOXC9P31274 YPEL5-205ENST00000402708 1735 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.85■■□□□ 1.73
HOXC9P31274 SUMF2-202ENST00000342190 1876 ntTSL 1 (best) BASIC25.85■■□□□ 1.73
HOXC9P31274 ANXA8L1-203ENST00000613703 1874 ntTSL 2 BASIC25.85■■□□□ 1.73
HOXC9P31274 ST7-201ENST00000265437 2899 ntTSL 1 (best) BASIC25.85■■□□□ 1.73
HOXC9P31274 NRXN1-205ENST00000401710 2873 ntTSL 5 BASIC25.85■■□□□ 1.73
HOXC9P31274 GNB1-210ENST00000615252 3048 ntTSL 5 BASIC25.85■■□□□ 1.73
HOXC9P31274 PABPC4-204ENST00000372862 2470 ntTSL 5 BASIC25.85■■□□□ 1.73
HOXC9P31274 OAF-201ENST00000328965 2525 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC25.84■■□□□ 1.73
HOXC9P31274 MOB3C-202ENST00000319928 2822 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC25.84■■□□□ 1.73
HOXC9P31274 GLT8D1-206ENST00000478968 1826 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.84■■□□□ 1.73
HOXC9P31274 PCMT1-205ENST00000464889 1984 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC25.84■■□□□ 1.73
HOXC9P31274 PRMT2-206ENST00000397638 2131 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.84■■□□□ 1.73
HOXC9P31274 FAM86B2-202ENST00000309608 806 ntTSL 3 BASIC25.84■■□□□ 1.73
HOXC9P31274 LCE3D-201ENST00000368787 613 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.84■■□□□ 1.73
HOXC9P31274 PTGDS-202ENST00000371625 807 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.84■■□□□ 1.73
HOXC9P31274 KRT8P11-201ENST00000409686 1436 ntBASIC25.84■■□□□ 1.73
HOXC9P31274 USF2-205ENST00000594064 1179 ntTSL 2 BASIC25.84■■□□□ 1.73
HOXC9P31274 AC022154.1-201ENST00000600303 766 ntTSL 3 BASIC25.84■■□□□ 1.73
HOXC9P31274 TBC1D10C-201ENST00000312390 1497 ntTSL 5 BASIC25.84■■□□□ 1.73
HOXC9P31274 PDLIM2-205ENST00000397761 1491 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC25.84■■□□□ 1.73
HOXC9P31274 GABBR1-202ENST00000376977 1739 ntTSL 1 (best) BASIC25.83■■□□□ 1.73
HOXC9P31274 DNAJC11-201ENST00000294401 2210 ntTSL 1 (best) BASIC25.83■■□□□ 1.73
HOXC9P31274 TMC7-205ENST00000569532 2738 ntTSL 2 BASIC25.83■■□□□ 1.73
HOXC9P31274 AC008060.1-201ENST00000401499 1551 ntTSL 1 (best) BASIC25.83■■□□□ 1.73
HOXC9P31274 FBXO27-207ENST00000600828 1557 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC25.83■■□□□ 1.73
HOXC9P31274 CIZ1-203ENST00000357558 2907 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC25.83■■□□□ 1.73
HOXC9P31274 VEGFA-204ENST00000372064 2909 ntTSL 1 (best) BASIC25.83■■□□□ 1.73
HOXC9P31274 CCNC-207ENST00000518714 1426 ntTSL 5 BASIC25.83■■□□□ 1.73
HOXC9P31274 AKIP1-207ENST00000529876 1421 ntTSL 2 BASIC25.83■■□□□ 1.73
HOXC9P31274 GMDS-208ENST00000530927 1440 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC25.83■■□□□ 1.73
HOXC9P31274 UPK3BP1-201ENST00000428678 509 ntBASIC25.83■■□□□ 1.73
HOXC9P31274 AL451069.1-201ENST00000455414 634 ntTSL 1 (best) BASIC25.83■■□□□ 1.73
HOXC9P31274 NT5C2-211ENST00000470299 249 ntTSL 5 BASIC25.83■■□□□ 1.73
HOXC9P31274 AL441883.1-201ENST00000566170 1045 ntBASIC25.83■■□□□ 1.73
HOXC9P31274 C17orf62-221ENST00000581196 668 ntTSL 4 BASIC25.83■■□□□ 1.73
HOXC9P31274 AC091076.1-201ENST00000610741 619 ntBASIC25.83■■□□□ 1.73
HOXC9P31274 NR5A1-204ENST00000620110 2975 ntTSL 5 BASIC25.83■■□□□ 1.73
HOXC9P31274 SSR1-204ENST00000474597 1808 ntTSL 5 BASIC25.83■■□□□ 1.73
HOXC9P31274 LPAR2-203ENST00000586703 1823 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.83■■□□□ 1.73
HOXC9P31274 TXNRD3-205ENST00000640797 1824 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC25.83■■□□□ 1.73
HOXC9P31274 TCF7L1-201ENST00000282111 2968 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.83■■□□□ 1.72
HOXC9P31274 PIGQ-206ENST00000422307 2052 ntTSL 3 BASIC25.83■■□□□ 1.72
HOXC9P31274 SDHAF3-202ENST00000432641 2060 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.83■■□□□ 1.72
HOXC9P31274 OCIAD2-201ENST00000273860 636 ntTSL 1 (best) BASIC25.82■■□□□ 1.72
HOXC9P31274 ANKRD20A18P-201ENST00000359341 492 ntBASIC25.82■■□□□ 1.72
HOXC9P31274 DIO1-206ENST00000525202 558 ntTSL 1 (best) BASIC25.82■■□□□ 1.72
HOXC9P31274 NBPF14-202ENST00000593495 1082 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.82■■□□□ 1.72
HOXC9P31274 OCIAD2-210ENST00000620187 697 ntTSL 3 BASIC25.82■■□□□ 1.72
HOXC9P31274 AL023973.1-201ENST00000624619 620 ntBASIC25.82■■□□□ 1.72
HOXC9P31274 AC009477.2-201ENST00000635976 171 ntAPPRIS P1 BASIC25.82■■□□□ 1.72
HOXC9P31274 ETV2-203ENST00000402764 1487 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC25.82■■□□□ 1.72
HOXC9P31274 P2RY6-210ENST00000542092 1674 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC25.82■■□□□ 1.72
HOXC9P31274 EFCAB11-202ENST00000538485 1870 ntTSL 2 BASIC25.82■■□□□ 1.72
HOXC9P31274 C17orf58-204ENST00000580729 2065 ntTSL 5 BASIC25.82■■□□□ 1.72
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 22.2 ms