Protein–RNA interactions for Protein: Q9UFE4

CCDC39, Coiled-coil domain-containing protein 39, humanhuman

Predictions only

Length 941 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
CCDC39Q9UFE4 KIF22-203ENST00000561482 2505 ntTSL 2 BASIC22.52■■□□□ 1.19
CCDC39Q9UFE4 SOCS3-201ENST00000330871 2734 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.51■■□□□ 1.19
CCDC39Q9UFE4 MORC4-201ENST00000255495 2940 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.51■■□□□ 1.19
CCDC39Q9UFE4 ADAP1-205ENST00000449296 2093 ntTSL 2 BASIC22.51■■□□□ 1.19
CCDC39Q9UFE4 CSK-201ENST00000220003 2767 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.51■■□□□ 1.19
CCDC39Q9UFE4 ACYP2-203ENST00000406041 1913 ntTSL 1 (best) BASIC22.51■■□□□ 1.19
CCDC39Q9UFE4 AL049812.1-201ENST00000432563 2267 ntBASIC22.51■■□□□ 1.19
CCDC39Q9UFE4 KIF16B-206ENST00000636835 5109 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.51■■□□□ 1.19
CCDC39Q9UFE4 MFSD10-211ENST00000514800 1776 ntTSL 5 BASIC22.51■■□□□ 1.19
CCDC39Q9UFE4 EIF2B1-204ENST00000537073 1768 ntTSL 2 BASIC22.51■■□□□ 1.19
CCDC39Q9UFE4 NGLY1-207ENST00000428257 2534 ntTSL 1 (best) BASIC22.51■■□□□ 1.19
CCDC39Q9UFE4 TAF9-201ENST00000217893 1283 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC22.51■■□□□ 1.19
CCDC39Q9UFE4 ARF3-202ENST00000447318 1089 ntTSL 2 BASIC22.51■■□□□ 1.19
CCDC39Q9UFE4 ZNF302-209ENST00000507959 854 ntTSL 2 BASIC22.51■■□□□ 1.19
CCDC39Q9UFE4 ULK4P1-204ENST00000565949 721 ntTSL 4 BASIC22.51■■□□□ 1.19
CCDC39Q9UFE4 PLK5-204ENST00000588430 900 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC22.51■■□□□ 1.19
CCDC39Q9UFE4 ATRAID-208ENST00000611786 1256 ntTSL 1 (best) BASIC22.51■■□□□ 1.19
CCDC39Q9UFE4 ACY1-215ENST00000636358 1684 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.51■■□□□ 1.19
CCDC39Q9UFE4 ERLIN1-203ENST00000421367 5792 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.51■■□□□ 1.19
CCDC39Q9UFE4 PCCA-201ENST00000376279 2418 ntTSL 2 BASIC22.51■■□□□ 1.19
CCDC39Q9UFE4 WDR37-203ENST00000381329 1307 ntTSL 1 (best) BASIC22.51■■□□□ 1.19
CCDC39Q9UFE4 RBL2-201ENST00000262133 4906 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.51■■□□□ 1.19
CCDC39Q9UFE4 AC009133.6-201ENST00000609618 2252 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC22.51■■□□□ 1.19
CCDC39Q9UFE4 CWH43-201ENST00000226432 2472 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.51■■□□□ 1.19
CCDC39Q9UFE4 RNH1-206ENST00000438658 1725 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.51■■□□□ 1.19
CCDC39Q9UFE4 SEMA6D-205ENST00000389425 2318 ntTSL 1 (best) BASIC22.51■■□□□ 1.19
CCDC39Q9UFE4 DPF1-209ENST00000456296 1562 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC22.5■■□□□ 1.19
CCDC39Q9UFE4 PUF60-202ENST00000349157 1821 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.5■■□□□ 1.19
CCDC39Q9UFE4 SPESP1-201ENST00000310673 1431 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.5■■□□□ 1.19
CCDC39Q9UFE4 TNFRSF25-203ENST00000351959 1441 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.5■■□□□ 1.19
CCDC39Q9UFE4 CCDC103-202ENST00000410006 921 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC22.5■■□□□ 1.19
CCDC39Q9UFE4 SERPINH1P1-201ENST00000419794 1249 ntBASIC22.5■■□□□ 1.19
CCDC39Q9UFE4 SNAP23-210ENST00000564153 775 ntTSL 2 BASIC22.5■■□□□ 1.19
CCDC39Q9UFE4 DOK2-201ENST00000276420 1936 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.5■■□□□ 1.19
CCDC39Q9UFE4 KRT15-203ENST00000393976 2394 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC22.5■■□□□ 1.19
CCDC39Q9UFE4 CHPF-203ENST00000535926 2634 ntTSL 2 BASIC22.5■■□□□ 1.19
CCDC39Q9UFE4 AL691432.2-201ENST00000607222 2038 ntBASIC22.5■■□□□ 1.19
CCDC39Q9UFE4 PHF12-202ENST00000332830 4759 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC22.5■■□□□ 1.19
CCDC39Q9UFE4 CLDN5-204ENST00000618236 1374 ntAPPRIS P1 BASIC22.5■■□□□ 1.19
CCDC39Q9UFE4 KBTBD2-201ENST00000304056 3745 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.49■■□□□ 1.19
CCDC39Q9UFE4 PHLDB3-201ENST00000292140 2591 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC22.49■■□□□ 1.19
CCDC39Q9UFE4 AC008764.1-201ENST00000409035 2567 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC22.49■■□□□ 1.19
CCDC39Q9UFE4 KRT24-201ENST00000264651 1881 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.49■■□□□ 1.19
CCDC39Q9UFE4 UNC119-202ENST00000335765 1424 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.49■■□□□ 1.19
CCDC39Q9UFE4 GPRC5C-204ENST00000392629 1419 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.49■■□□□ 1.19
CCDC39Q9UFE4 KRT16P6-202ENST00000425692 1426 ntBASIC22.49■■□□□ 1.19
CCDC39Q9UFE4 KMT5B-206ENST00000405515 2869 ntTSL 5 BASIC22.49■■□□□ 1.19
CCDC39Q9UFE4 KRT16P3-203ENST00000580621 1939 ntTSL 1 (best) BASIC22.49■■□□□ 1.19
CCDC39Q9UFE4 ESX1-201ENST00000372588 1495 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.49■■□□□ 1.19
CCDC39Q9UFE4 ZNF668-202ENST00000394983 2717 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC22.49■■□□□ 1.19
CCDC39Q9UFE4 NAA20-202ENST00000334982 1260 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.49■■□□□ 1.19
CCDC39Q9UFE4 DNAJC27-AS1-204ENST00000428614 780 ntTSL 3 BASIC22.49■■□□□ 1.19
CCDC39Q9UFE4 SMIM20-201ENST00000506197 935 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.49■■□□□ 1.19
CCDC39Q9UFE4 AC080023.1-201ENST00000526906 803 ntTSL 2 BASIC22.49■■□□□ 1.19
CCDC39Q9UFE4 HAGHL-213ENST00000564545 663 ntTSL 3 BASIC22.49■■□□□ 1.19
CCDC39Q9UFE4 AL772284.2-201ENST00000620151 1147 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC22.49■■□□□ 1.19
CCDC39Q9UFE4 MEN1-208ENST00000394374 3155 ntAPPRIS P3 TSL 5 BASIC22.49■■□□□ 1.19
CCDC39Q9UFE4 ASB6-202ENST00000277459 2180 ntTSL 1 (best) BASIC22.49■■□□□ 1.19
CCDC39Q9UFE4 HSD11B1L-204ENST00000411793 1362 ntTSL 1 (best) BASIC22.49■■□□□ 1.19
CCDC39Q9UFE4 KLHL21-206ENST00000610898 1945 ntTSL 1 (best) BASIC22.49■■□□□ 1.19
CCDC39Q9UFE4 LUC7L2-210ENST00000619796 2783 ntTSL 1 (best) BASIC22.49■■□□□ 1.19
CCDC39Q9UFE4 BCKDK-203ENST00000394950 1997 ntTSL 2 BASIC22.49■■□□□ 1.19
CCDC39Q9UFE4 RAD23A-203ENST00000586534 1746 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC22.48■■□□□ 1.19
CCDC39Q9UFE4 ZDHHC3-205ENST00000424952 2687 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.48■■□□□ 1.19
CCDC39Q9UFE4 AC005332.8-201ENST00000622750 2735 ntBASIC22.48■■□□□ 1.19
CCDC39Q9UFE4 ZBTB46-203ENST00000395104 5198 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC22.48■■□□□ 1.19
CCDC39Q9UFE4 EPB41L4B-201ENST00000374557 4006 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.48■■□□□ 1.19
CCDC39Q9UFE4 LINC00471-201ENST00000313064 1282 ntTSL 1 (best) BASIC22.48■■□□□ 1.19
CCDC39Q9UFE4 XBP1-202ENST00000344347 1131 ntTSL 5 BASIC22.48■■□□□ 1.19
CCDC39Q9UFE4 PPP1CA-202ENST00000358239 1054 ntTSL 2 BASIC22.48■■□□□ 1.19
CCDC39Q9UFE4 SLC29A4P1-201ENST00000398760 971 ntBASIC22.48■■□□□ 1.19
CCDC39Q9UFE4 MIPEPP3-201ENST00000412105 444 ntBASIC22.48■■□□□ 1.19
CCDC39Q9UFE4 AC023632.3-201ENST00000521633 145 ntBASIC22.48■■□□□ 1.19
CCDC39Q9UFE4 AC073896.1-201ENST00000549318 937 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC22.48■■□□□ 1.19
CCDC39Q9UFE4 PADI2-201ENST00000375481 1607 ntTSL 1 (best) BASIC22.48■■□□□ 1.19
CCDC39Q9UFE4 QKI-203ENST00000361752 9463 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.48■■□□□ 1.19
CCDC39Q9UFE4 IGLON5-201ENST00000270642 2606 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC22.48■■□□□ 1.19
CCDC39Q9UFE4 CPLX3-201ENST00000395018 2082 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.48■■□□□ 1.19
CCDC39Q9UFE4 MAP4K4-204ENST00000350198 7316 ntTSL 5 BASIC22.48■■□□□ 1.19
CCDC39Q9UFE4 NFATC2IP-201ENST00000320805 4569 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.48■■□□□ 1.19
CCDC39Q9UFE4 SYT3-206ENST00000600079 2463 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.48■■□□□ 1.19
CCDC39Q9UFE4 AIPL1-209ENST00000575265 2111 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.48■■□□□ 1.19
CCDC39Q9UFE4 PHLDA1-202ENST00000602540 5741 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.48■■□□□ 1.19
CCDC39Q9UFE4 NUTM2F-202ENST00000341207 2516 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC22.48■■□□□ 1.19
CCDC39Q9UFE4 NUTM2G-202ENST00000372322 2516 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC22.48■■□□□ 1.19
CCDC39Q9UFE4 LRRC20-205ENST00000395010 2959 ntTSL 3 BASIC22.47■■□□□ 1.19
CCDC39Q9UFE4 RGMA-208ENST00000556658 1889 ntTSL 1 (best) BASIC22.47■■□□□ 1.19
CCDC39Q9UFE4 HNRNPUL1-203ENST00000378215 2864 ntTSL 2 BASIC22.47■■□□□ 1.19
CCDC39Q9UFE4 TMC6-201ENST00000306591 1681 ntTSL 5 BASIC22.47■■□□□ 1.19
CCDC39Q9UFE4 FBL-201ENST00000221801 1160 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.47■■□□□ 1.19
CCDC39Q9UFE4 LRR1-202ENST00000318317 957 ntTSL 1 (best) BASIC22.47■■□□□ 1.19
CCDC39Q9UFE4 DNTTIP1-201ENST00000372622 1290 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.47■■□□□ 1.19
CCDC39Q9UFE4 GPX1P1-201ENST00000388829 606 ntBASIC22.47■■□□□ 1.19
CCDC39Q9UFE4 KRTAP5-8-201ENST00000398534 1183 ntAPPRIS P1 BASIC22.47■■□□□ 1.19
CCDC39Q9UFE4 TRNT1-207ENST00000420393 854 ntTSL 3 BASIC22.47■■□□□ 1.19
CCDC39Q9UFE4 NCF1B-203ENST00000435988 1254 ntBASIC22.47■■□□□ 1.19
CCDC39Q9UFE4 DIMT1-202ENST00000506390 1208 ntTSL 1 (best) BASIC22.47■■□□□ 1.19
CCDC39Q9UFE4 CDK18-217ENST00000506784 2143 ntTSL 1 (best) BASIC22.47■■□□□ 1.19
CCDC39Q9UFE4 NCAPD3-204ENST00000526422 1060 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC22.47■■□□□ 1.19
CCDC39Q9UFE4 WT1-AS_3.1-201ENST00000613262 234 ntBASIC22.47■■□□□ 1.19
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 18.2 ms