Protein–RNA interactions for Protein: Q15427

SF3B4, Splicing factor 3B subunit 4, humanhuman

Known RBP eCLIP

Length 424 aa.

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Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
SF3B4Q15427 PAIP1-206ENST00000508537 752 ntTSL 218.77■□□□□ 0.62e-7■■■■■ 32.9
SF3B4Q15427 ST3GAL5-210ENST00000473122 1085 ntTSL 518.76■□□□□ 0.592e-7■■■■■ 32.9
SF3B4Q15427 ST3GAL5-217ENST00000638288 2995 ntTSL 518.76■□□□□ 0.592e-7■■■■■ 32.9
SF3B4Q15427 TTYH3-201ENST00000258796 4840 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.71■□□□□ 0.595e-9■■■■■ 32.9
SF3B4Q15427 ST3GAL5-241ENST00000639541 2967 ntTSL 518.68■□□□□ 0.582e-7■■■■■ 32.9
SF3B4Q15427 GTF3A-202ENST00000419181 1191 ntTSL 1 (best)18.43■□□□□ 0.542e-7■■■■■ 32.9
SF3B4Q15427 ST3GAL5-232ENST00000639184 2844 ntTSL 518.22■□□□□ 0.512e-7■■■■■ 32.9
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SF3B4Q15427 FBXO17-202ENST00000595329 1299 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC17.94■□□□□ 0.462e-8■■■■■ 32.9
SF3B4Q15427 ADK-206ENST00000541550 2222 ntTSL 2 BASIC17.92■□□□□ 0.462e-7■■■■■ 32.9
SF3B4Q15427 TSPAN4-209ENST00000409543 1031 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC17.88■□□□□ 0.452e-7■■■■■ 32.9
SF3B4Q15427 COMMD7-202ENST00000446419 1343 ntAPPRIS ALT1 TSL 2 BASIC17.84■□□□□ 0.452e-6■■■■■ 32.9
SF3B4Q15427 ST3GAL5-211ENST00000484728 588 ntTSL 217.75■□□□□ 0.432e-7■■■■■ 32.9
SF3B4Q15427 RUSC2-202ENST00000455600 5636 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.71■□□□□ 0.432e-7■■■■■ 32.9
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SF3B4Q15427 ST3GAL5-202ENST00000377332 2165 ntTSL 5 BASIC17.62■□□□□ 0.412e-7■■■■■ 32.9
SF3B4Q15427 DEAF1-210ENST00000529717 705 ntTSL 517.56■□□□□ 0.42e-7■■■■■ 32.9
SF3B4Q15427 ST3GAL5-226ENST00000638855 2180 ntTSL 517.55■□□□□ 0.42e-7■■■■■ 32.9
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SF3B4Q15427 TBL2-201ENST00000305632 3161 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.48■□□□□ 0.391e-9■■■■■ 32.9
SF3B4Q15427 ST3GAL5-261ENST00000640594 2095 ntTSL 517.47■□□□□ 0.392e-7■■■■■ 32.9
SF3B4Q15427 ST3GAL5-235ENST00000639305 2160 ntTSL 517.45■□□□□ 0.382e-7■■■■■ 32.9
SF3B4Q15427 NOTUM-204ENST00000489218 972 ntTSL 217.31■□□□□ 0.362e-17■■■■■ 32.9
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SF3B4Q15427 TSPAN4-204ENST00000397404 1462 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC17.03■□□□□ 0.322e-7■■■■■ 32.9
SF3B4Q15427 ST3GAL5-236ENST00000639311 2347 ntTSL 516.95■□□□□ 0.32e-7■■■■■ 32.9
SF3B4Q15427 MAST1-203ENST00000588379 1408 ntTSL 1 (best)16.94■□□□□ 0.32e-7■■■■■ 32.9
SF3B4Q15427 ADK-202ENST00000372734 2083 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC16.89■□□□□ 0.292e-7■■■■■ 32.9
SF3B4Q15427 ST3GAL5-224ENST00000638659 2298 ntTSL 516.79■□□□□ 0.282e-7■■■■■ 32.9
SF3B4Q15427 TSPAN4-215ENST00000525334 860 ntTSL 316.77■□□□□ 0.282e-7■■■■■ 32.9
SF3B4Q15427 RUSC2-201ENST00000361226 5199 ntAPPRIS P1 TSL 216.74■□□□□ 0.272e-7■■■■■ 32.9
SF3B4Q15427 ST3GAL5-215ENST00000638227 2489 ntTSL 516.63■□□□□ 0.252e-7■■■■■ 32.9
SF3B4Q15427 NRBP2-201ENST00000423469 2905 ntTSL 1 (best)16.55■□□□□ 0.242e-7■■■■■ 32.9
SF3B4Q15427 ST3GAL5-237ENST00000639421 1546 ntTSL 516.37■□□□□ 0.212e-7■■■■■ 32.9
SF3B4Q15427 ST3GAL5-219ENST00000638484 2622 ntTSL 516.37■□□□□ 0.212e-7■■■■■ 32.9
SF3B4Q15427 ST3GAL5-227ENST00000638885 2597 ntTSL 516.3■□□□□ 0.22e-7■■■■■ 32.9
SF3B4Q15427 PITPNM2-209ENST00000546049 1793 ntTSL 5 BASIC16.16■□□□□ 0.182e-7■■■■■ 32.9
SF3B4Q15427 LONRF3-206ENST00000481285 2895 ntTSL 216.16■□□□□ 0.182e-7■■■■■ 32.9
SF3B4Q15427 DUSP12-204ENST00000484291 1252 ntTSL 516.12■□□□□ 0.172e-7■■■■■ 32.9
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SF3B4Q15427 LONRF3-201ENST00000304778 2989 ntTSL 1 (best) BASIC15.99■□□□□ 0.152e-7■■■■■ 32.9
SF3B4Q15427 TSPAN4-214ENST00000525201 834 ntTSL 5 BASIC15.98■□□□□ 0.152e-7■■■■■ 32.9
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SF3B4Q15427 DUSP12-201ENST00000367943 1270 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.72■□□□□ 0.112e-7■■■■■ 32.9
SF3B4Q15427 UNK-208ENST00000592629 633 ntTSL 315.69■□□□□ 0.12e-7■■■■■ 32.9
SF3B4Q15427 ST3GAL5-245ENST00000639820 2837 ntTSL 515.68■□□□□ 0.12e-7■■■■■ 32.9
SF3B4Q15427 ST3GAL5-251ENST00000640295 2410 ntTSL 515.59■□□□□ 0.092e-7■■■■■ 32.9
SF3B4Q15427 GINM1-201ENST00000367419 2024 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.57■□□□□ 0.089e-7■■■■■ 32.9
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SF3B4Q15427 LONRF3-203ENST00000422289 2898 ntTSL 2 BASIC15.47■□□□□ 0.072e-7■■■■■ 32.9
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SF3B4Q15427 ST3GAL5-229ENST00000638986 2331 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC15.33■□□□□ 0.042e-7■■■■■ 32.9
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SF3B4Q15427 TSPAN4-205ENST00000397406 1426 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC14.98□□□□□ -0.012e-7■■■■■ 32.9
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SF3B4Q15427 TBCE-201ENST00000366601 1966 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC14.9□□□□□ -0.022e-7■■■■■ 32.9
SF3B4Q15427 PRUNE1-209ENST00000467771 1065 ntTSL 514.86□□□□□ -0.032e-7■■■■■ 32.9
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SF3B4Q15427 TBL2-205ENST00000432538 1573 ntTSL 2 BASIC14.21□□□□□ -0.141e-9■■■■■ 32.9
SF3B4Q15427 PITPNM2-202ENST00000320201 6736 ntAPPRIS P3 TSL 5 BASIC14.08□□□□□ -0.152e-7■■■■■ 32.9
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SF3B4Q15427 ST3GAL5-209ENST00000461892 871 ntTSL 213.93□□□□□ -0.182e-7■■■■■ 32.9
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SF3B4Q15427 HSD17B4-201ENST00000256216 2683 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.76□□□□□ -0.212e-7■■■■■ 32.9
SF3B4Q15427 TBCE-206ENST00000482230 1050 ntTSL 513.74□□□□□ -0.212e-7■■■■■ 32.9
SF3B4Q15427 IL17RA-201ENST00000319363 8607 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC13.74□□□□□ -0.212e-7■■■■■ 32.9
SF3B4Q15427 MKS1-205ENST00000577315 495 ntTSL 313.72□□□□□ -0.218e-14■■■■■ 32.9
SF3B4Q15427 ALKBH3-212ENST00000534171 764 ntTSL 513.68□□□□□ -0.222e-7■■■■■ 32.9
SF3B4Q15427 OS9-213ENST00000550372 503 ntTSL 413.58□□□□□ -0.242e-7■■■■■ 32.9
SF3B4Q15427 PITPNM2-201ENST00000280562 6785 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC13.56□□□□□ -0.242e-7■■■■■ 32.9
SF3B4Q15427 TBCE-207ENST00000543662 2117 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC13.45□□□□□ -0.262e-7■■■■■ 32.9
SF3B4Q15427 PRUNE1-210ENST00000475722 916 ntTSL 313.39□□□□□ -0.272e-7■■■■■ 32.9
SF3B4Q15427 ST3GAL5-203ENST00000393805 2344 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC13.25□□□□□ -0.292e-7■■■■■ 32.9
SF3B4Q15427 TBL2-219ENST00000488915 708 ntTSL 213.23□□□□□ -0.291e-9■■■■■ 32.9
SF3B4Q15427 PITPNM2-204ENST00000451868 1639 ntTSL 1 (best)13.15□□□□□ -0.32e-7■■■■■ 32.9
SF3B4Q15427 PRR12-203ENST00000615927 4479 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC13.14□□□□□ -0.312e-7■■■■■ 32.9
SF3B4Q15427 RFX1-206ENST00000589760 848 ntTSL 513.12□□□□□ -0.312e-7■■■■■ 32.9
SF3B4Q15427 HSD17B4-203ENST00000442060 2686 ntTSL 513.07□□□□□ -0.322e-7■■■■■ 32.9
SF3B4Q15427 SPAG9-211ENST00000511312 943 ntTSL 213.02□□□□□ -0.332e-7■■■■■ 32.9
SF3B4Q15427 PPP2R2D-203ENST00000472664 770 ntTSL 313.02□□□□□ -0.338e-14■■■■■ 32.9
SF3B4Q15427 ST3GAL5-258ENST00000640425 2369 ntTSL 512.92□□□□□ -0.342e-7■■■■■ 32.9
SF3B4Q15427 IMPDH1-205ENST00000460045 671 ntTSL 312.88□□□□□ -0.352e-7■■■■■ 32.9
SF3B4Q15427 CFAP20-205ENST00000565880 572 ntTSL 312.86□□□□□ -0.352e-7■■■■■ 32.9
SF3B4Q15427 MAST1-209ENST00000592713 406 ntTSL 312.83□□□□□ -0.362e-7■■■■■ 32.9
SF3B4Q15427 ADK-205ENST00000539909 1866 ntTSL 2 BASIC12.82□□□□□ -0.362e-7■■■■■ 32.9
SF3B4Q15427 ST3GAL5-204ENST00000393808 2236 ntTSL 1 (best) BASIC12.8□□□□□ -0.362e-7■■■■■ 32.9
SF3B4Q15427 NECAP2-210ENST00000508680 470 ntTSL 312.74□□□□□ -0.372e-7■■■■■ 32.9
SF3B4Q15427 CFAP20-203ENST00000562622 1605 ntTSL 512.73□□□□□ -0.372e-7■■■■■ 32.9
SF3B4Q15427 MKS1-213ENST00000585134 824 ntTSL 212.73□□□□□ -0.378e-14■■■■■ 32.9
SF3B4Q15427 LCP1-206ENST00000469227 730 ntTSL 312.73□□□□□ -0.372e-7■■■■■ 32.9
Retrieved 100 of 47,349 protein–RNA pairs in 1680.8 ms