Protein–RNA interactions for Protein: P35499

SCN4A, Sodium channel protein type 4 subunit alpha, humanhuman

Predictions only

Length 1,836 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
SCN4AP35499 HNRNPM-202ENST00000348943 2568 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.18■■□□□ 1.3
SCN4AP35499 LCE1F-201ENST00000334371 357 ntAPPRIS P1 BASIC23.17■■□□□ 1.3
SCN4AP35499 TSPY19P-201ENST00000418461 509 ntBASIC23.17■■□□□ 1.3
SCN4AP35499 CHCHD2P8-201ENST00000429873 447 ntBASIC23.17■■□□□ 1.3
SCN4AP35499 TSPY18P-201ENST00000441642 509 ntBASIC23.17■■□□□ 1.3
SCN4AP35499 RASA4DP-201ENST00000460726 1199 ntBASIC23.17■■□□□ 1.3
SCN4AP35499 NAPSB-203ENST00000531692 561 ntTSL 2 BASIC23.17■■□□□ 1.3
SCN4AP35499 MTX1-201ENST00000316721 1441 ntTSL 1 (best) BASIC23.17■■□□□ 1.3
SCN4AP35499 TRIM67-203ENST00000449018 2166 ntTSL 1 (best) BASIC23.17■■□□□ 1.3
SCN4AP35499 CCDC154-201ENST00000389176 2212 ntAPPRIS P5 TSL 5 BASIC23.17■■□□□ 1.3
SCN4AP35499 SLC2A8-215ENST00000610552 1763 ntTSL 3 BASIC23.17■■□□□ 1.3
SCN4AP35499 SLC43A3-225ENST00000533524 1879 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC23.17■■□□□ 1.3
SCN4AP35499 FCN3-201ENST00000270879 1030 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC23.17■■□□□ 1.3
SCN4AP35499 FCN3-202ENST00000354982 997 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.17■■□□□ 1.3
SCN4AP35499 CYCS-202ENST00000409409 974 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC23.17■■□□□ 1.3
SCN4AP35499 TSPY12P-201ENST00000421279 868 ntBASIC23.17■■□□□ 1.3
SCN4AP35499 ENO1-AS1-201ENST00000442636 456 ntTSL 2 BASIC23.17■■□□□ 1.3
SCN4AP35499 TPSP2-201ENST00000561760 610 ntBASIC23.17■■□□□ 1.3
SCN4AP35499 TBCB-205ENST00000585746 875 ntTSL 3 BASIC23.17■■□□□ 1.3
SCN4AP35499 ZNF667-AS1-206ENST00000591797 535 ntTSL 5 BASIC23.17■■□□□ 1.3
SCN4AP35499 IZUMO4-213ENST00000620263 947 ntTSL 3 BASIC23.17■■□□□ 1.3
SCN4AP35499 SRSF1-208ENST00000584773 1317 ntTSL 5 BASIC23.17■■□□□ 1.3
SCN4AP35499 USF2-202ENST00000343550 1523 ntTSL 1 (best) BASIC23.17■■□□□ 1.3
SCN4AP35499 TMEM175-220ENST00000515740 1514 ntTSL 3 BASIC23.17■■□□□ 1.3
SCN4AP35499 ABO-203ENST00000611156 1577 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC23.17■■□□□ 1.3
SCN4AP35499 ZBED3-AS1-208ENST00000512001 1668 ntTSL 3 BASIC23.16■■□□□ 1.3
SCN4AP35499 SMTN-204ENST00000404574 1735 ntTSL 2 BASIC23.16■■□□□ 1.3
SCN4AP35499 FASTK-201ENST00000297532 1827 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.16■■□□□ 1.3
SCN4AP35499 B4GALT2-204ENST00000434555 1923 ntTSL 1 (best) BASIC23.16■■□□□ 1.3
SCN4AP35499 ADRA1B-201ENST00000306675 2047 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.16■■□□□ 1.3
SCN4AP35499 PPP5C-201ENST00000012443 2109 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.16■■□□□ 1.3
SCN4AP35499 STX18-201ENST00000306200 2138 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.16■■□□□ 1.3
SCN4AP35499 FADS6-203ENST00000612771 2154 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC23.16■■□□□ 1.3
SCN4AP35499 ANKRD29-201ENST00000322980 1658 ntTSL 2 BASIC23.16■■□□□ 1.3
SCN4AP35499 RPP38-203ENST00000378202 1030 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.16■■□□□ 1.3
SCN4AP35499 ZMYM5-203ENST00000382907 1092 ntTSL 1 (best) BASIC23.16■■□□□ 1.3
SCN4AP35499 IRF7-204ENST00000397570 1943 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.16■■□□□ 1.3
SCN4AP35499 PAIP1-203ENST00000436644 1734 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC23.16■■□□□ 1.3
SCN4AP35499 NUS1P1-201ENST00000446295 882 ntBASIC23.16■■□□□ 1.3
SCN4AP35499 WDR41-208ENST00000507029 1553 ntTSL 2 BASIC23.16■■□□□ 1.3
SCN4AP35499 LINC00599-204ENST00000521242 716 ntTSL 3 BASIC23.16■■□□□ 1.3
SCN4AP35499 RPLP0-219ENST00000551150 1344 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.16■■□□□ 1.3
SCN4AP35499 C16orf74-203ENST00000602675 744 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.16■■□□□ 1.3
SCN4AP35499 C16orf74-206ENST00000602766 832 ntAPPRIS ALT2 TSL 3 BASIC23.16■■□□□ 1.3
SCN4AP35499 CALM2-209ENST00000628793 1103 ntTSL 5 BASIC23.16■■□□□ 1.3
SCN4AP35499 EPOR-201ENST00000222139 2411 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.16■■□□□ 1.3
SCN4AP35499 PGAP1-204ENST00000409475 2443 ntTSL 2 BASIC23.16■■□□□ 1.3
SCN4AP35499 TARSL2-207ENST00000615656 2356 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC23.16■■□□□ 1.3
SCN4AP35499 PANK2-201ENST00000316562 2280 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC23.16■■□□□ 1.3
SCN4AP35499 POC1A-202ENST00000394970 1999 ntTSL 1 (best) BASIC23.16■■□□□ 1.3
SCN4AP35499 CD151-201ENST00000322008 1548 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC23.15■■□□□ 1.3
SCN4AP35499 TMEM176A-210ENST00000484928 1530 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC23.15■■□□□ 1.3
SCN4AP35499 PHB2-203ENST00000535923 1515 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC23.15■■□□□ 1.3
SCN4AP35499 MMD-201ENST00000262065 2735 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.15■■□□□ 1.3
SCN4AP35499 TMEM190-201ENST00000291934 593 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.15■■□□□ 1.3
SCN4AP35499 NECTIN3-AS1-204ENST00000476301 568 ntTSL 4 BASIC23.15■■□□□ 1.3
SCN4AP35499 ACY1-210ENST00000494103 1298 ntTSL 3 BASIC23.15■■□□□ 1.3
SCN4AP35499 AC104532.1-201ENST00000588891 580 ntAPPRIS P1 TSL 4 BASIC23.15■■□□□ 1.3
SCN4AP35499 ASF1B-205ENST00000592798 769 ntTSL 2 BASIC23.15■■□□□ 1.3
SCN4AP35499 GXYLT1P4-201ENST00000613576 1192 ntBASIC23.15■■□□□ 1.3
SCN4AP35499 MAP2K3-215ENST00000627447 351 ntTSL 5 BASIC23.15■■□□□ 1.3
SCN4AP35499 CTBP1-203ENST00000382952 2467 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.15■■□□□ 1.3
SCN4AP35499 TMEM25-205ENST00000411589 2442 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC23.15■■□□□ 1.3
SCN4AP35499 ROR1-202ENST00000371080 2305 ntTSL 1 (best) BASIC23.15■■□□□ 1.3
SCN4AP35499 DMRT1-201ENST00000382276 2222 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.15■■□□□ 1.3
SCN4AP35499 C18orf65-201ENST00000622985 2076 ntTSL 2 BASIC23.15■■□□□ 1.3
SCN4AP35499 GTF3C5-203ENST00000372099 1999 ntTSL 5 BASIC23.15■■□□□ 1.3
SCN4AP35499 AL049796.1-201ENST00000565336 1766 ntBASIC23.15■■□□□ 1.3
SCN4AP35499 GORAB-201ENST00000367762 1699 ntTSL 1 (best) BASIC23.15■■□□□ 1.3
SCN4AP35499 CA9-201ENST00000378357 1618 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.15■■□□□ 1.3
SCN4AP35499 DOCK5-208ENST00000481100 2166 ntTSL 1 (best) BASIC23.15■■□□□ 1.3
SCN4AP35499 SHBG-201ENST00000340624 1311 ntTSL 1 (best) BASIC23.15■■□□□ 1.3
SCN4AP35499 CENPU-201ENST00000281453 1998 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC23.15■■□□□ 1.3
SCN4AP35499 PHGR1-201ENST00000448599 436 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC23.15■■□□□ 1.3
SCN4AP35499 AC092597.1-201ENST00000487352 616 ntBASIC23.15■■□□□ 1.3
SCN4AP35499 AC034232.1-201ENST00000506026 1064 ntBASIC23.15■■□□□ 1.3
SCN4AP35499 LINC02317-201ENST00000555413 426 ntTSL 3 BASIC23.15■■□□□ 1.3
SCN4AP35499 ARRDC2-202ENST00000379656 2528 ntTSL 2 BASIC23.15■■□□□ 1.3
SCN4AP35499 VPS53-211ENST00000571805 2356 ntTSL 1 (best) BASIC23.14■■□□□ 1.3
SCN4AP35499 ASRGL1-202ENST00000415229 2270 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.14■■□□□ 1.3
SCN4AP35499 KLHDC4-201ENST00000270583 1886 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC23.14■■□□□ 1.29
SCN4AP35499 HAAO-201ENST00000294973 1265 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.14■■□□□ 1.29
SCN4AP35499 DMKN-208ENST00000424570 1293 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.14■■□□□ 1.29
SCN4AP35499 AC137630.1-201ENST00000452042 782 ntTSL 4 BASIC23.14■■□□□ 1.29
SCN4AP35499 MIR130B-201ENST00000498589 1093 ntTSL 5 BASIC23.14■■□□□ 1.29
SCN4AP35499 HELT-202ENST00000505610 846 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC23.14■■□□□ 1.29
SCN4AP35499 AP002469.2-201ENST00000531724 424 ntBASIC23.14■■□□□ 1.29
SCN4AP35499 CD37-204ENST00000535669 1674 ntTSL 2 BASIC23.14■■□□□ 1.29
SCN4AP35499 P2RY11-201ENST00000321826 1943 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.14■■□□□ 1.29
SCN4AP35499 AC084757.3-201ENST00000558061 1943 ntTSL 3 BASIC23.14■■□□□ 1.29
SCN4AP35499 RNF19B-203ENST00000373456 2560 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC23.14■■□□□ 1.29
SCN4AP35499 RPL3-201ENST00000216146 1442 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.13■■□□□ 1.29
SCN4AP35499 ABHD6-201ENST00000295962 2393 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.13■■□□□ 1.29
SCN4AP35499 KLHDC4-204ENST00000353170 1663 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.13■■□□□ 1.29
SCN4AP35499 Z98882.1-201ENST00000622160 2253 ntBASIC23.13■■□□□ 1.29
SCN4AP35499 NME1-207ENST00000480143 964 ntTSL 2 BASIC23.13■■□□□ 1.29
SCN4AP35499 CCDC61-201ENST00000536603 1282 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.13■■□□□ 1.29
SCN4AP35499 AP002414.4-201ENST00000589764 1148 ntBASIC23.13■■□□□ 1.29
SCN4AP35499 AL513523.2-201ENST00000633218 660 ntTSL 3 BASIC23.13■■□□□ 1.29
SCN4AP35499 SGCE-207ENST00000447873 1597 ntTSL 1 (best) BASIC23.13■■□□□ 1.29
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 28.9 ms