Protein–RNA interactions for Protein: P12109

COL6A1, Collagen alpha-1(VI) chain, humanhuman

Predictions only

Length 1,028 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
COL6A1P12109 Telomerase-vert.1-201ENST00000363312 438 ntBASIC21.6■■□□□ 1.05
COL6A1P12109 MRPS15-201ENST00000373116 1006 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.6■■□□□ 1.05
COL6A1P12109 PSEN1-203ENST00000394157 1249 ntTSL 2 BASIC21.6■■□□□ 1.05
COL6A1P12109 CYHR1-203ENST00000424149 1162 ntTSL 1 (best) BASIC21.6■■□□□ 1.05
COL6A1P12109 KRT17P6-201ENST00000453795 1220 ntBASIC21.6■■□□□ 1.05
COL6A1P12109 ACP6-203ENST00000487562 1258 ntTSL 5 BASIC21.6■■□□□ 1.05
COL6A1P12109 FAM86C2P-201ENST00000525180 435 ntTSL 4 BASIC21.6■■□□□ 1.05
COL6A1P12109 AK2-210ENST00000548033 936 ntTSL 1 (best) BASIC21.6■■□□□ 1.05
COL6A1P12109 CR769767.2-201ENST00000622735 460 ntBASIC21.6■■□□□ 1.05
COL6A1P12109 AL513523.10-201ENST00000623024 1186 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC21.6■■□□□ 1.05
COL6A1P12109 TSTD3-202ENST00000636394 336 ntAPPRIS ALT2 TSL 3 BASIC21.6■■□□□ 1.05
COL6A1P12109 LINC01311-201ENST00000565162 1445 ntBASIC21.6■■□□□ 1.05
COL6A1P12109 GNB3-201ENST00000229264 1923 ntAPPRIS P3 TSL 5 BASIC21.6■■□□□ 1.05
COL6A1P12109 HLA-G-205ENST00000428701 1578 ntAPPRIS P2 BASIC21.6■■□□□ 1.05
COL6A1P12109 RAB28-202ENST00000330852 1715 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC21.6■■□□□ 1.05
COL6A1P12109 FGF17-201ENST00000359441 1714 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.6■■□□□ 1.05
COL6A1P12109 PCED1A-202ENST00000360652 2016 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.6■■□□□ 1.05
COL6A1P12109 CUEDC1-202ENST00000407144 2190 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC21.6■■□□□ 1.05
COL6A1P12109 WASH6P-203ENST00000460206 1826 ntTSL 5 BASIC21.59■■□□□ 1.05
COL6A1P12109 PLK5-205ENST00000642079 1969 ntBASIC21.59■■□□□ 1.05
COL6A1P12109 ORAI1-202ENST00000617316 2138 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.59■■□□□ 1.05
COL6A1P12109 NTMT1-211ENST00000617943 1346 ntTSL 3 BASIC21.59■■□□□ 1.05
COL6A1P12109 MAP2K2-202ENST00000394867 1471 ntTSL 5 BASIC21.59■■□□□ 1.05
COL6A1P12109 PHGDH-210ENST00000641115 1638 ntBASIC21.59■■□□□ 1.05
COL6A1P12109 OSCAR-208ENST00000611261 2061 ntAPPRIS P4 TSL 5 BASIC21.59■■□□□ 1.05
COL6A1P12109 PDS5A-202ENST00000503396 2685 ntTSL 1 (best) BASIC21.59■■□□□ 1.05
COL6A1P12109 TMEM234-202ENST00000344461 721 ntTSL 1 (best) BASIC21.59■■□□□ 1.05
COL6A1P12109 FIBP-202ENST00000357519 1248 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.59■■□□□ 1.05
COL6A1P12109 FRAT1-201ENST00000371021 2649 ntAPPRIS P1 BASIC21.59■■□□□ 1.05
COL6A1P12109 NRM-203ENST00000376421 1734 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC21.59■■□□□ 1.05
COL6A1P12109 PRR29-207ENST00000580752 458 ntTSL 3 BASIC21.59■■□□□ 1.05
COL6A1P12109 NT5C-210ENST00000582160 860 ntTSL 2 BASIC21.59■■□□□ 1.05
COL6A1P12109 NUDT16L1-203ENST00000586252 922 ntTSL 3 BASIC21.59■■□□□ 1.05
COL6A1P12109 AC092119.3-201ENST00000612618 583 ntBASIC21.59■■□□□ 1.05
COL6A1P12109 SQSTM1-216ENST00000626660 274 ntTSL 5 BASIC21.59■■□□□ 1.05
COL6A1P12109 RNPEP-201ENST00000295640 2427 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.59■■□□□ 1.05
COL6A1P12109 MMP17-201ENST00000360564 2411 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC21.59■■□□□ 1.05
COL6A1P12109 SLC18A3-201ENST00000374115 2420 ntAPPRIS P1 BASIC21.59■■□□□ 1.05
COL6A1P12109 C5orf17-202ENST00000512559 1984 ntTSL 2 BASIC21.59■■□□□ 1.05
COL6A1P12109 GORAB-201ENST00000367762 1699 ntTSL 1 (best) BASIC21.59■■□□□ 1.05
COL6A1P12109 NAPRT-202ENST00000426292 1654 ntTSL 1 (best) BASIC21.59■■□□□ 1.05
COL6A1P12109 SCRN2-201ENST00000290216 1548 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.59■■□□□ 1.05
COL6A1P12109 METTL5-207ENST00000410097 1370 ntTSL 2 BASIC21.59■■□□□ 1.05
COL6A1P12109 SLC30A2-201ENST00000374276 2494 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.58■■□□□ 1.05
COL6A1P12109 APBB1-210ENST00000530885 1626 ntTSL 2 BASIC21.58■■□□□ 1.05
COL6A1P12109 HDAC11-211ENST00000433119 2043 ntTSL 1 (best) BASIC21.58■■□□□ 1.05
COL6A1P12109 ADARB1-205ENST00000437626 5032 ntTSL 1 (best) BASIC21.58■■□□□ 1.05
COL6A1P12109 CCDC189-206ENST00000543610 1967 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.58■■□□□ 1.05
COL6A1P12109 C6orf136-203ENST00000376473 1402 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.58■■□□□ 1.05
COL6A1P12109 EPHX3-204ENST00000602233 1805 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC21.58■■□□□ 1.05
COL6A1P12109 FOXO1-201ENST00000379561 5735 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.58■■□□□ 1.05
COL6A1P12109 FOXJ1-201ENST00000322957 2641 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.58■■□□□ 1.05
COL6A1P12109 CXCL12-204ENST00000395793 665 ntTSL 5 BASIC21.58■■□□□ 1.05
COL6A1P12109 TNFRSF10C-202ENST00000397703 1242 ntTSL 2 BASIC21.58■■□□□ 1.05
COL6A1P12109 CRELD2-204ENST00000407217 1230 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.58■■□□□ 1.05
COL6A1P12109 RPS15A-205ENST00000565420 802 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC21.58■■□□□ 1.05
COL6A1P12109 NEK4P2-201ENST00000580004 1012 ntBASIC21.58■■□□□ 1.05
COL6A1P12109 NTF4-201ENST00000593537 932 ntAPPRIS P1 BASIC21.58■■□□□ 1.05
COL6A1P12109 SMN2-213ENST00000614240 804 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC21.58■■□□□ 1.05
COL6A1P12109 AL732314.6-201ENST00000627721 484 ntTSL 4 BASIC21.58■■□□□ 1.05
COL6A1P12109 DPP3P2-201ENST00000416030 1696 ntBASIC21.58■■□□□ 1.05
COL6A1P12109 UNC93B1-201ENST00000227471 2316 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.58■■□□□ 1.04
COL6A1P12109 CENPA-202ENST00000335756 1452 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.58■■□□□ 1.04
COL6A1P12109 DGAT2-201ENST00000228027 2453 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.57■■□□□ 1.04
COL6A1P12109 GAS1-201ENST00000298743 2827 ntAPPRIS P1 BASIC21.57■■□□□ 1.04
COL6A1P12109 LYSMD2-201ENST00000267838 1759 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.57■■□□□ 1.04
COL6A1P12109 AC139491.1-201ENST00000512675 1516 ntTSL 1 (best) BASIC21.57■■□□□ 1.04
COL6A1P12109 AP2S1-202ENST00000352203 793 ntTSL 2 BASIC21.57■■□□□ 1.04
COL6A1P12109 EFCAB2-203ENST00000366523 1233 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC21.57■■□□□ 1.04
COL6A1P12109 MRPL24-202ENST00000368211 883 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.57■■□□□ 1.04
COL6A1P12109 DGUOK-AS1-203ENST00000453103 601 ntTSL 3 BASIC21.57■■□□□ 1.04
COL6A1P12109 LAMTOR4-205ENST00000468582 621 ntTSL 2 BASIC21.57■■□□□ 1.04
COL6A1P12109 GCSHP2-201ENST00000560971 527 ntBASIC21.57■■□□□ 1.04
COL6A1P12109 CKBP1-201ENST00000565489 1086 ntBASIC21.57■■□□□ 1.04
COL6A1P12109 MIR3652-201ENST00000579335 131 ntBASIC21.57■■□□□ 1.04
COL6A1P12109 AP2S1-204ENST00000597020 707 ntTSL 1 (best) BASIC21.57■■□□□ 1.04
COL6A1P12109 ILKAP-212ENST00000622223 1088 ntTSL 1 (best) BASIC21.57■■□□□ 1.04
COL6A1P12109 GTPBP8-208ENST00000619116 1378 ntTSL 5 BASIC21.57■■□□□ 1.04
COL6A1P12109 PKMYT1-204ENST00000440027 2061 ntTSL 2 BASIC21.57■■□□□ 1.04
COL6A1P12109 NAGK-229ENST00000613852 1801 ntTSL 1 (best) BASIC21.57■■□□□ 1.04
COL6A1P12109 SPIRE2-202ENST00000393062 2172 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.57■■□□□ 1.04
COL6A1P12109 RAP1B-204ENST00000393436 2049 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.56■■□□□ 1.04
COL6A1P12109 PTPN18-202ENST00000347849 2472 ntTSL 1 (best) BASIC21.56■■□□□ 1.04
COL6A1P12109 LAYN-204ENST00000525126 1763 ntTSL 5 BASIC21.56■■□□□ 1.04
COL6A1P12109 TMEM179-206ENST00000616017 1645 ntBASIC21.56■■□□□ 1.04
COL6A1P12109 ABLIM2-204ENST00000407564 2291 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.56■■□□□ 1.04
COL6A1P12109 BUD23-201ENST00000265758 1230 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.56■■□□□ 1.04
COL6A1P12109 MRPL53-202ENST00000409710 386 ntTSL 2 BASIC21.56■■□□□ 1.04
COL6A1P12109 BECN2-201ENST00000419583 1296 ntAPPRIS P1 BASIC21.56■■□□□ 1.04
COL6A1P12109 AL845331.1-201ENST00000424978 1190 ntBASIC21.56■■□□□ 1.04
COL6A1P12109 PHB2-202ENST00000440277 996 ntTSL 5 BASIC21.56■■□□□ 1.04
COL6A1P12109 LBX1-AS1-203ENST00000454527 740 ntTSL 5 BASIC21.56■■□□□ 1.04
COL6A1P12109 AC010655.4-201ENST00000462662 707 ntTSL 4 BASIC21.56■■□□□ 1.04
COL6A1P12109 AP000721.2-201ENST00000537170 650 ntTSL 4 BASIC21.56■■□□□ 1.04
COL6A1P12109 ZNF554-204ENST00000591265 1148 ntTSL 5 BASIC21.56■■□□□ 1.04
COL6A1P12109 AC010463.1-201ENST00000596542 1207 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC21.56■■□□□ 1.04
COL6A1P12109 BZW1-202ENST00000409226 2455 ntTSL 2 BASIC21.56■■□□□ 1.04
COL6A1P12109 USP12-201ENST00000282344 4511 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.56■■□□□ 1.04
COL6A1P12109 NUBP2-201ENST00000262302 1413 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.55■■□□□ 1.04
COL6A1P12109 KRT8P10-201ENST00000450021 1447 ntBASIC21.55■■□□□ 1.04
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 49 ms