Protein–RNA interactions for Protein: Q9P1Q0

VPS54, Vacuolar protein sorting-associated protein 54, humanhuman

Predictions only

Length 977 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
VPS54Q9P1Q0 ADAP1-201ENST00000265846 2363 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.71■■■□□ 2.35
VPS54Q9P1Q0 WHAMMP2-203ENST00000563942 1603 ntBASIC29.71■■■□□ 2.35
VPS54Q9P1Q0 TRAM2-AS1-201ENST00000453216 664 ntTSL 3 BASIC29.7■■■□□ 2.35
VPS54Q9P1Q0 MPP6-203ENST00000409761 1703 ntTSL 5 BASIC29.7■■■□□ 2.34
VPS54Q9P1Q0 CHST14-202ENST00000559991 1968 ntTSL 5 BASIC29.7■■■□□ 2.34
VPS54Q9P1Q0 INPP4A-203ENST00000409463 1565 ntTSL 1 (best) BASIC29.69■■■□□ 2.34
VPS54Q9P1Q0 ITPKA-201ENST00000260386 1824 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.69■■■□□ 2.34
VPS54Q9P1Q0 PXDC1-202ENST00000380283 2190 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.69■■■□□ 2.34
VPS54Q9P1Q0 TMEM251-202ENST00000415050 1303 ntTSL 2 BASIC29.69■■■□□ 2.34
VPS54Q9P1Q0 KANSL1L-207ENST00000452086 2334 ntTSL 1 (best) BASIC29.68■■■□□ 2.34
VPS54Q9P1Q0 THAP11-201ENST00000303596 2114 ntAPPRIS P1 BASIC29.68■■■□□ 2.34
VPS54Q9P1Q0 F8A3-201ENST00000622749 1759 ntAPPRIS P1 BASIC29.68■■■□□ 2.34
VPS54Q9P1Q0 CFAP73-201ENST00000335621 1514 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC29.68■■■□□ 2.34
VPS54Q9P1Q0 CLK2-201ENST00000355560 2120 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC29.68■■■□□ 2.34
VPS54Q9P1Q0 EID2-201ENST00000390658 1629 ntAPPRIS P1 BASIC29.67■■■□□ 2.34
VPS54Q9P1Q0 TESK1-201ENST00000336395 2421 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.67■■■□□ 2.34
VPS54Q9P1Q0 SHARPIN-202ENST00000398712 1765 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.67■■■□□ 2.34
VPS54Q9P1Q0 HSPB11-201ENST00000194214 915 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.66■■■□□ 2.34
VPS54Q9P1Q0 H2AFV-204ENST00000350771 687 ntTSL 2 BASIC29.66■■■□□ 2.34
VPS54Q9P1Q0 FHL2-202ENST00000344213 1769 ntTSL 1 (best) BASIC29.65■■■□□ 2.34
VPS54Q9P1Q0 LINC02323-201ENST00000559946 1603 ntTSL 3 BASIC29.65■■■□□ 2.34
VPS54Q9P1Q0 MLEC-202ENST00000412616 841 ntTSL 3 BASIC29.65■■■□□ 2.34
VPS54Q9P1Q0 WHRN-203ENST00000374057 1718 ntTSL 2 BASIC29.65■■■□□ 2.34
VPS54Q9P1Q0 COL13A1-213ENST00000520267 2276 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC29.64■■■□□ 2.33
VPS54Q9P1Q0 AC100797.4-201ENST00000631653 1827 ntBASIC29.64■■■□□ 2.33
VPS54Q9P1Q0 FEV-201ENST00000295727 1879 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.63■■■□□ 2.33
VPS54Q9P1Q0 MARCKSL1-201ENST00000329421 1699 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.63■■■□□ 2.33
VPS54Q9P1Q0 RASL10A-202ENST00000401450 1720 ntTSL 2 BASIC29.63■■■□□ 2.33
VPS54Q9P1Q0 SLC35D2-201ENST00000253270 1613 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.63■■■□□ 2.33
VPS54Q9P1Q0 SLC16A8-201ENST00000320521 1878 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.61■■■□□ 2.33
VPS54Q9P1Q0 ADAT3-201ENST00000329478 1620 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.61■■■□□ 2.33
VPS54Q9P1Q0 MKRN1-202ENST00000443720 1601 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC29.61■■■□□ 2.33
VPS54Q9P1Q0 LDLRAD4-218ENST00000592991 1640 ntTSL 1 (best) BASIC29.61■■■□□ 2.33
VPS54Q9P1Q0 FKBP1A-205ENST00000439640 1583 ntTSL 3 BASIC29.6■■■□□ 2.33
VPS54Q9P1Q0 ARHGDIG-201ENST00000219409 949 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.6■■■□□ 2.33
VPS54Q9P1Q0 AL451007.3-201ENST00000640271 588 ntAPPRIS P1 BASIC29.6■■■□□ 2.33
VPS54Q9P1Q0 GNAS-207ENST00000354359 1975 ntTSL 1 (best) BASIC29.59■■■□□ 2.33
VPS54Q9P1Q0 GNAS-210ENST00000371085 1972 ntTSL 1 (best) BASIC29.59■■■□□ 2.33
VPS54Q9P1Q0 REPIN1-204ENST00000466559 1022 ntTSL 1 (best) BASIC29.59■■■□□ 2.33
VPS54Q9P1Q0 ACTR3B-201ENST00000256001 2216 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.59■■■□□ 2.33
VPS54Q9P1Q0 ITGA9-203ENST00000422441 2282 ntTSL 1 (best) BASIC29.59■■■□□ 2.33
VPS54Q9P1Q0 FZD2-201ENST00000315323 2112 ntAPPRIS P1 BASIC29.58■■■□□ 2.33
VPS54Q9P1Q0 MAZ-205ENST00000562337 1574 ntTSL 3 BASIC29.58■■■□□ 2.33
VPS54Q9P1Q0 MYCL-202ENST00000372816 1688 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC29.57■■■□□ 2.32
VPS54Q9P1Q0 CIB2-201ENST00000258930 1598 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.57■■■□□ 2.32
VPS54Q9P1Q0 ABHD17AP4-201ENST00000411545 909 ntBASIC29.57■■■□□ 2.32
VPS54Q9P1Q0 DRD5P2-201ENST00000421395 2012 ntBASIC29.57■■■□□ 2.32
VPS54Q9P1Q0 IL17D-201ENST00000304920 1861 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.57■■■□□ 2.32
VPS54Q9P1Q0 NKX2-1-204ENST00000522719 1417 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.56■■■□□ 2.32
VPS54Q9P1Q0 RALY-201ENST00000246194 1789 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC29.56■■■□□ 2.32
VPS54Q9P1Q0 AC027237.3-202ENST00000558617 1778 ntTSL 2 BASIC29.56■■■□□ 2.32
VPS54Q9P1Q0 MAZ-208ENST00000563402 1461 ntTSL 5 BASIC29.55■■■□□ 2.32
VPS54Q9P1Q0 MAZ-210ENST00000566906 1455 ntTSL 5 BASIC29.55■■■□□ 2.32
VPS54Q9P1Q0 RPUSD1-208ENST00000567114 1835 ntTSL 2 BASIC29.55■■■□□ 2.32
VPS54Q9P1Q0 ZNRF2P2-203ENST00000454624 420 ntBASIC29.55■■■□□ 2.32
VPS54Q9P1Q0 AC096888.1-201ENST00000487097 565 ntTSL 4 BASIC29.55■■■□□ 2.32
VPS54Q9P1Q0 TNFSF12-201ENST00000293825 1553 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.55■■■□□ 2.32
VPS54Q9P1Q0 EFNA1-202ENST00000368407 1926 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.55■■■□□ 2.32
VPS54Q9P1Q0 CCNYL1-203ENST00000392209 1952 ntTSL 2 BASIC29.54■■■□□ 2.32
VPS54Q9P1Q0 TCAM1P-201ENST00000463377 452 ntTSL 3 BASIC29.54■■■□□ 2.32
VPS54Q9P1Q0 MAPK8IP1P1-201ENST00000574657 1439 ntBASIC29.54■■■□□ 2.32
VPS54Q9P1Q0 GNAS-211ENST00000371095 1931 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC29.53■■■□□ 2.32
VPS54Q9P1Q0 TNFRSF25-205ENST00000377782 1632 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC29.53■■■□□ 2.32
VPS54Q9P1Q0 ZDHHC23-206ENST00000498275 2055 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC29.53■■■□□ 2.32
VPS54Q9P1Q0 MEST-211ENST00000437945 1455 ntTSL 5 BASIC29.53■■■□□ 2.32
VPS54Q9P1Q0 COMMD7-201ENST00000278980 1900 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC29.53■■■□□ 2.32
VPS54Q9P1Q0 AP000251.1-201ENST00000433071 822 ntTSL 1 (best) BASIC29.52■■■□□ 2.32
VPS54Q9P1Q0 UBALD1-202ENST00000587615 799 ntTSL 2 BASIC29.52■■■□□ 2.32
VPS54Q9P1Q0 SLC35A1-203ENST00000369557 1653 ntTSL 2 BASIC29.51■■■□□ 2.31
VPS54Q9P1Q0 SMARCD3-203ENST00000392811 2018 ntTSL 1 (best) BASIC29.49■■■□□ 2.31
VPS54Q9P1Q0 C2orf88-204ENST00000409870 1441 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC29.48■■■□□ 2.31
VPS54Q9P1Q0 DDN-AS1-203ENST00000552284 934 ntTSL 3 BASIC29.48■■■□□ 2.31
VPS54Q9P1Q0 HMCES-202ENST00000389735 1763 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.48■■■□□ 2.31
VPS54Q9P1Q0 DERA-201ENST00000428559 1705 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.48■■■□□ 2.31
VPS54Q9P1Q0 FTCD-201ENST00000291670 1905 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.46■■■□□ 2.31
VPS54Q9P1Q0 LINC01971-201ENST00000617888 1048 ntBASIC29.46■■■□□ 2.31
VPS54Q9P1Q0 LAPTM4B-203ENST00000521545 915 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.45■■■□□ 2.31
VPS54Q9P1Q0 GPR75-ASB3-201ENST00000406625 2113 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC29.45■■■□□ 2.3
VPS54Q9P1Q0 ZNF470-206ENST00000601902 1640 ntTSL 1 (best) BASIC29.45■■■□□ 2.3
VPS54Q9P1Q0 MNX1-201ENST00000252971 2174 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC29.45■■■□□ 2.3
VPS54Q9P1Q0 FAM117A-201ENST00000240364 2365 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC29.44■■■□□ 2.3
VPS54Q9P1Q0 MXRA7-203ENST00000449428 1881 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC29.43■■■□□ 2.3
VPS54Q9P1Q0 GSX2-202ENST00000503800 1181 ntTSL 5 BASIC29.43■■■□□ 2.3
VPS54Q9P1Q0 EMID1-203ENST00000404820 2118 ntTSL 5 BASIC29.42■■■□□ 2.3
VPS54Q9P1Q0 PLSCR3-209ENST00000574401 2032 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.42■■■□□ 2.3
VPS54Q9P1Q0 AC231981.1-201ENST00000450917 974 ntTSL 3 BASIC29.42■■■□□ 2.3
VPS54Q9P1Q0 LACTB-201ENST00000261893 1972 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.42■■■□□ 2.3
VPS54Q9P1Q0 RUNX2-203ENST00000371436 1588 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC29.42■■■□□ 2.3
VPS54Q9P1Q0 EIF5A-202ENST00000336458 1511 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.41■■■□□ 2.3
VPS54Q9P1Q0 ZDHHC16-201ENST00000345745 1519 ntTSL 1 (best) BASIC29.41■■■□□ 2.3
VPS54Q9P1Q0 HS3ST6-201ENST00000454677 1273 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.41■■■□□ 2.3
VPS54Q9P1Q0 FEZ1-201ENST00000278919 1748 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.4■■■□□ 2.3
VPS54Q9P1Q0 OVOL2-201ENST00000278780 1555 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.4■■■□□ 2.3
VPS54Q9P1Q0 C11orf95-204ENST00000546282 390 ntTSL 3 BASIC29.4■■■□□ 2.3
VPS54Q9P1Q0 CDH23-208ENST00000461841 2000 ntTSL 5 BASIC29.4■■■□□ 2.3
VPS54Q9P1Q0 TCF24-201ENST00000563496 2450 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC29.39■■■□□ 2.3
VPS54Q9P1Q0 DUX4L11-201ENST00000611504 1267 ntBASIC29.39■■■□□ 2.3
VPS54Q9P1Q0 DUX4L12-201ENST00000614593 1267 ntBASIC29.39■■■□□ 2.3
VPS54Q9P1Q0 DUX4L14-201ENST00000621227 1267 ntBASIC29.39■■■□□ 2.3
VPS54Q9P1Q0 MTCH1-201ENST00000373616 2006 ntTSL 1 (best) BASIC29.38■■■□□ 2.29
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 13.2 ms