Protein–RNA interactions for Protein: Q9C037

TRIM4, E3 ubiquitin-protein ligase TRIM4, humanhuman

Predictions only

Length 500 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
TRIM4Q9C037 TM6SF1-202ENST00000322019 2074 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.09■■□□□ 1.61
TRIM4Q9C037 DUX4L29-201ENST00000425409 679 ntBASIC25.09■■□□□ 1.61
TRIM4Q9C037 CCDC88C-205ENST00000553403 1651 ntTSL 1 (best) BASIC25.08■■□□□ 1.61
TRIM4Q9C037 CACNA1H-201ENST00000348261 8208 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC25.07■■□□□ 1.6
TRIM4Q9C037 RASSF8-202ENST00000381352 2320 ntTSL 1 (best) BASIC25.07■■□□□ 1.6
TRIM4Q9C037 TAZ-205ENST00000475699 1862 ntTSL 1 (best) BASIC25.07■■□□□ 1.6
TRIM4Q9C037 TCEA2-202ENST00000343484 1235 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.07■■□□□ 1.6
TRIM4Q9C037 TESK1-201ENST00000336395 2421 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.07■■□□□ 1.6
TRIM4Q9C037 SLC9A3R2-202ENST00000432365 1564 ntTSL 1 (best) BASIC25.06■■□□□ 1.6
TRIM4Q9C037 MXD3-203ENST00000439742 1483 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.06■■□□□ 1.6
TRIM4Q9C037 IL17D-201ENST00000304920 1861 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.06■■□□□ 1.6
TRIM4Q9C037 EPB41L4B-202ENST00000374566 5800 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC25.06■■□□□ 1.6
TRIM4Q9C037 WHRN-203ENST00000374057 1718 ntTSL 2 BASIC25.06■■□□□ 1.6
TRIM4Q9C037 PCYT2-206ENST00000571105 1628 ntTSL 5 BASIC25.05■■□□□ 1.6
TRIM4Q9C037 FAM57A-202ENST00000308278 2412 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.05■■□□□ 1.6
TRIM4Q9C037 KRT18-201ENST00000388835 1562 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.05■■□□□ 1.6
TRIM4Q9C037 TGFBRAP1-202ENST00000393359 5979 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.05■■□□□ 1.6
TRIM4Q9C037 GTF2IP1-204ENST00000616377 2632 ntTSL 2 BASIC25.04■■□□□ 1.6
TRIM4Q9C037 GUSB-202ENST00000421103 1742 ntTSL 2 BASIC25.04■■□□□ 1.6
TRIM4Q9C037 SLC52A2-201ENST00000329994 1896 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.04■■□□□ 1.6
TRIM4Q9C037 INPP5A-202ENST00000368593 1432 ntTSL 1 (best) BASIC25.03■■□□□ 1.6
TRIM4Q9C037 GSC-201ENST00000238558 1264 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.03■■□□□ 1.6
TRIM4Q9C037 NAA50-207ENST00000493900 962 ntAPPRIS ALT1 TSL 2 BASIC25.03■■□□□ 1.6
TRIM4Q9C037 COL13A1-213ENST00000520267 2276 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC25.03■■□□□ 1.6
TRIM4Q9C037 MACF1-219ENST00000484793 834 ntTSL 2 BASIC25.02■■□□□ 1.6
TRIM4Q9C037 R3HDM4-208ENST00000626716 138 ntTSL 5 BASIC25.02■■□□□ 1.6
TRIM4Q9C037 SHD-201ENST00000543264 2577 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.02■■□□□ 1.6
TRIM4Q9C037 CDH24-206ENST00000610348 2037 ntTSL 1 (best) BASIC25.02■■□□□ 1.6
TRIM4Q9C037 GKAP1-203ENST00000376371 1778 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.01■■□□□ 1.59
TRIM4Q9C037 AC016575.1-201ENST00000607026 382 ntBASIC25.01■■□□□ 1.59
TRIM4Q9C037 CRIM1-201ENST00000280527 5912 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.01■■□□□ 1.59
TRIM4Q9C037 AC116407.1-201ENST00000398832 1599 ntTSL 2 BASIC25.01■■□□□ 1.59
TRIM4Q9C037 RUNDC3A-201ENST00000225441 1821 ntTSL 1 (best) BASIC25■■□□□ 1.59
TRIM4Q9C037 PKM-204ENST00000449901 2526 ntTSL 2 BASIC25■■□□□ 1.59
TRIM4Q9C037 PPP1R14B-201ENST00000309318 982 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25■■□□□ 1.59
TRIM4Q9C037 DENR-202ENST00000455982 1052 ntTSL 5 BASIC25■■□□□ 1.59
TRIM4Q9C037 HNRNPAB-202ENST00000358344 1796 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC25■■□□□ 1.59
TRIM4Q9C037 PLSCR3-209ENST00000574401 2032 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25■■□□□ 1.59
TRIM4Q9C037 KCNQ3-202ENST00000519445 2801 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC24.99■■□□□ 1.59
TRIM4Q9C037 NAPA-201ENST00000263354 1839 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.98■■□□□ 1.59
TRIM4Q9C037 AC142086.6-201ENST00000621154 1765 ntBASIC24.98■■□□□ 1.59
TRIM4Q9C037 RNF166-209ENST00000567844 633 ntTSL 5 BASIC24.98■■□□□ 1.59
TRIM4Q9C037 EMID1-203ENST00000404820 2118 ntTSL 5 BASIC24.98■■□□□ 1.59
TRIM4Q9C037 ROM1-201ENST00000278833 1878 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC24.98■■□□□ 1.59
TRIM4Q9C037 ARHGAP22-202ENST00000374170 2107 ntTSL 5 BASIC24.97■■□□□ 1.59
TRIM4Q9C037 MFAP2-202ENST00000375535 1260 ntTSL 1 (best) BASIC24.97■■□□□ 1.59
TRIM4Q9C037 ANKRD53-201ENST00000272421 2185 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC24.97■■□□□ 1.59
TRIM4Q9C037 MAZ-201ENST00000219782 2698 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC24.97■■□□□ 1.59
TRIM4Q9C037 XKR6-201ENST00000297303 1550 ntTSL 1 (best) BASIC24.97■■□□□ 1.59
TRIM4Q9C037 VAX2-201ENST00000234392 1147 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.96■■□□□ 1.59
TRIM4Q9C037 RPS2-209ENST00000529806 993 ntTSL 3 BASIC24.96■■□□□ 1.59
TRIM4Q9C037 CGREF1-204ENST00000402550 1575 ntTSL 2 BASIC24.96■■□□□ 1.59
TRIM4Q9C037 NPTXR-202ENST00000640136 1503 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC24.96■■□□□ 1.59
TRIM4Q9C037 ABHD17AP3-201ENST00000503096 1137 ntBASIC24.95■■□□□ 1.58
TRIM4Q9C037 ZCCHC2-201ENST00000269499 5959 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC24.95■■□□□ 1.58
TRIM4Q9C037 EFNA3-201ENST00000368408 1782 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.95■■□□□ 1.58
TRIM4Q9C037 FANCE-201ENST00000229769 2554 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.95■■□□□ 1.58
TRIM4Q9C037 MORF4L1-202ENST00000379535 2274 ntTSL 2 BASIC24.95■■□□□ 1.58
TRIM4Q9C037 TSEN34-203ENST00000396388 1349 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.94■■□□□ 1.58
TRIM4Q9C037 AC021231.2-201ENST00000594613 730 ntBASIC24.94■■□□□ 1.58
TRIM4Q9C037 GDI1-215ENST00000630693 786 ntTSL 4 BASIC24.94■■□□□ 1.58
TRIM4Q9C037 MRAP2-201ENST00000257776 2153 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.94■■□□□ 1.58
TRIM4Q9C037 FOXQ1-201ENST00000296839 2309 ntAPPRIS P1 BASIC24.94■■□□□ 1.58
TRIM4Q9C037 MIR3648-2-201ENST00000581792 180 ntBASIC24.93■■□□□ 1.58
TRIM4Q9C037 MIR3648-1-201ENST00000615959 180 ntBASIC24.93■■□□□ 1.58
TRIM4Q9C037 LANCL3-203ENST00000614025 1469 ntTSL 2 BASIC24.93■■□□□ 1.58
TRIM4Q9C037 CTU1-201ENST00000421832 2087 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC24.93■■□□□ 1.58
TRIM4Q9C037 ST6GALNAC6-204ENST00000373144 2406 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC24.92■■□□□ 1.58
TRIM4Q9C037 SNAI3-AS1-204ENST00000567997 2048 ntBASIC24.92■■□□□ 1.58
TRIM4Q9C037 PPP4R4-202ENST00000328839 876 ntTSL 1 (best) BASIC24.92■■□□□ 1.58
TRIM4Q9C037 FOXE3-201ENST00000335071 1981 ntAPPRIS P1 BASIC24.92■■□□□ 1.58
TRIM4Q9C037 RAP2A-201ENST00000245304 5487 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.92■■□□□ 1.58
TRIM4Q9C037 MAPKAPK2-201ENST00000294981 2171 ntTSL 1 (best) BASIC24.91■■□□□ 1.58
TRIM4Q9C037 HAUS7-201ENST00000370210 1593 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC24.91■■□□□ 1.58
TRIM4Q9C037 DDX42-201ENST00000359353 2783 ntTSL 5 BASIC24.91■■□□□ 1.58
TRIM4Q9C037 NPAS3-203ENST00000357798 2763 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24.9■■□□□ 1.58
TRIM4Q9C037 CCDC149-203ENST00000502801 1079 ntTSL 1 (best) BASIC24.89■■□□□ 1.58
TRIM4Q9C037 NOP53-201ENST00000246802 1528 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.89■■□□□ 1.57
TRIM4Q9C037 WTAP-206ENST00000621533 2109 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC24.89■■□□□ 1.57
TRIM4Q9C037 GLRB-203ENST00000509282 1757 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.88■■□□□ 1.57
TRIM4Q9C037 AGPAT2-202ENST00000371696 1512 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.87■■□□□ 1.57
TRIM4Q9C037 MTCH1-201ENST00000373616 2006 ntTSL 1 (best) BASIC24.87■■□□□ 1.57
TRIM4Q9C037 FAM78B-202ENST00000354422 1475 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC24.87■■□□□ 1.57
TRIM4Q9C037 SHOX2-204ENST00000483851 1866 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC24.87■■□□□ 1.57
TRIM4Q9C037 BIN1-210ENST00000393041 2272 ntTSL 1 (best) BASIC24.87■■□□□ 1.57
TRIM4Q9C037 TADA2B-201ENST00000310074 4350 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.86■■□□□ 1.57
TRIM4Q9C037 ATPAF1-202ENST00000371937 1827 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.86■■□□□ 1.57
TRIM4Q9C037 SPTSSA-201ENST00000298130 2777 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.86■■□□□ 1.57
TRIM4Q9C037 FGF18-201ENST00000274625 1986 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.85■■□□□ 1.57
TRIM4Q9C037 PGM5P2-201ENST00000613141 1980 ntTSL 1 (best) BASIC24.85■■□□□ 1.57
TRIM4Q9C037 IRX1-201ENST00000302006 1858 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.85■■□□□ 1.57
TRIM4Q9C037 OTUD5-202ENST00000376488 2692 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC24.85■■□□□ 1.57
TRIM4Q9C037 PSMG4-202ENST00000380305 489 ntTSL 5 BASIC24.85■■□□□ 1.57
TRIM4Q9C037 DDN-AS1-203ENST00000552284 934 ntTSL 3 BASIC24.85■■□□□ 1.57
TRIM4Q9C037 VEGFA-231ENST00000640499 1188 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC24.85■■□□□ 1.57
TRIM4Q9C037 KHSRP-201ENST00000398148 2993 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC24.85■■□□□ 1.57
TRIM4Q9C037 GAL3ST1-204ENST00000402369 1712 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC24.84■■□□□ 1.57
TRIM4Q9C037 PLBD2-202ENST00000545182 2321 ntTSL 2 BASIC24.84■■□□□ 1.57
TRIM4Q9C037 UBE2L6-201ENST00000287156 1354 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.84■■□□□ 1.57
TRIM4Q9C037 ARMC10-208ENST00000441711 2524 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.84■■□□□ 1.57
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 32.2 ms