Protein–RNA interactions for Protein: Q12873

CHD3, Chromodomain-helicase-DNA-binding protein 3, humanhuman

Known RBP Predictions only

Length 2,000 aa.

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Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
CHD3Q12873 HNRNPAB-205ENST00000506259 1674 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.08■■□□□ 1.13
CHD3Q12873 MATK-201ENST00000310132 2133 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.08■■□□□ 1.13
CHD3Q12873 FKBP1A-210ENST00000614856 562 ntTSL 2 BASIC22.08■■□□□ 1.13
CHD3Q12873 BCL7C-201ENST00000215115 1740 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.08■■□□□ 1.12
CHD3Q12873 STARD10-220ENST00000545082 1085 ntTSL 3 BASIC22.07■■□□□ 1.12
CHD3Q12873 SIRT3-201ENST00000382743 2543 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC22.07■■□□□ 1.12
CHD3Q12873 SLC35D2-203ENST00000375259 1361 ntTSL 1 (best) BASIC22.07■■□□□ 1.12
CHD3Q12873 FOXE3-201ENST00000335071 1981 ntAPPRIS P1 BASIC22.07■■□□□ 1.12
CHD3Q12873 SHOX2-204ENST00000483851 1866 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC22.07■■□□□ 1.12
CHD3Q12873 FOXQ1-201ENST00000296839 2309 ntAPPRIS P1 BASIC22.06■■□□□ 1.12
CHD3Q12873 SMDT1-201ENST00000331479 1567 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.05■■□□□ 1.12
CHD3Q12873 AURKAIP1-203ENST00000338370 1072 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.05■■□□□ 1.12
CHD3Q12873 COQ2-202ENST00000311469 1641 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC22.04■■□□□ 1.12
CHD3Q12873 CCDC88C-205ENST00000553403 1651 ntTSL 1 (best) BASIC22.04■■□□□ 1.12
CHD3Q12873 GKAP1-202ENST00000376365 1511 ntTSL 1 (best) BASIC22.04■■□□□ 1.12
CHD3Q12873 CERS2-205ENST00000368954 2505 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.04■■□□□ 1.12
CHD3Q12873 ATF4-201ENST00000337304 2019 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.04■■□□□ 1.12
CHD3Q12873 AC007383.2-202ENST00000435627 482 ntTSL 2 BASIC22.04■■□□□ 1.12
CHD3Q12873 RTN2-201ENST00000245923 2293 ntTSL 1 (best) BASIC22.03■■□□□ 1.12
CHD3Q12873 C5orf66-AS1-201ENST00000507035 843 ntTSL 2 BASIC22.03■■□□□ 1.12
CHD3Q12873 JMJD8-202ENST00000562111 823 ntTSL 2 BASIC22.03■■□□□ 1.12
CHD3Q12873 UBALD1-203ENST00000587649 707 ntTSL 3 BASIC22.03■■□□□ 1.12
CHD3Q12873 BARX1-201ENST00000253968 1533 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.03■■□□□ 1.12
CHD3Q12873 C14orf80-202ENST00000334656 1358 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC22.03■■□□□ 1.12
CHD3Q12873 KCTD17-202ENST00000403888 1763 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.03■■□□□ 1.12
CHD3Q12873 ABCB10P3-201ENST00000561950 2166 ntBASIC22.02■■□□□ 1.12
CHD3Q12873 C11orf95-204ENST00000546282 390 ntTSL 3 BASIC22.02■■□□□ 1.12
CHD3Q12873 CCDC160-202ENST00000517294 1790 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC22.02■■□□□ 1.12
CHD3Q12873 INPP4A-203ENST00000409463 1565 ntTSL 1 (best) BASIC22.01■■□□□ 1.11
CHD3Q12873 WHRN-203ENST00000374057 1718 ntTSL 2 BASIC22.01■■□□□ 1.11
CHD3Q12873 AC231981.1-201ENST00000450917 974 ntTSL 3 BASIC22.01■■□□□ 1.11
CHD3Q12873 AP000251.1-201ENST00000433071 822 ntTSL 1 (best) BASIC22.01■■□□□ 1.11
CHD3Q12873 ANKRD13D-211ENST00000511455 2139 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.01■■□□□ 1.11
CHD3Q12873 DUX4L13-201ENST00000554103 1267 ntBASIC22.01■■□□□ 1.11
CHD3Q12873 DUX4L15-201ENST00000611059 1267 ntBASIC22.01■■□□□ 1.11
CHD3Q12873 DUX4L23-201ENST00000615195 1269 ntBASIC22.01■■□□□ 1.11
CHD3Q12873 DUX4L24-201ENST00000617576 1269 ntBASIC22.01■■□□□ 1.11
CHD3Q12873 DUX4L22-201ENST00000618238 1269 ntBASIC22.01■■□□□ 1.11
CHD3Q12873 DUX4L20-201ENST00000619712 1269 ntBASIC22.01■■□□□ 1.11
CHD3Q12873 DUX4L21-201ENST00000622058 1269 ntBASIC22.01■■□□□ 1.11
CHD3Q12873 DUX4L10-201ENST00000622460 1267 ntBASIC22.01■■□□□ 1.11
CHD3Q12873 DUX4L25-201ENST00000624915 1269 ntBASIC22.01■■□□□ 1.11
CHD3Q12873 AC139426.1-201ENST00000568218 2529 ntBASIC22■■□□□ 1.11
CHD3Q12873 ZIC2-201ENST00000376335 2983 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.99■■□□□ 1.11
CHD3Q12873 CCZ1B-215ENST00000626257 2211 ntTSL 2 BASIC21.99■■□□□ 1.11
CHD3Q12873 AMZ2-201ENST00000359783 1722 ntTSL 5 BASIC21.99■■□□□ 1.11
CHD3Q12873 MAPK13-201ENST00000211287 2052 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.99■■□□□ 1.11
CHD3Q12873 EMC10-202ENST00000376918 2014 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.99■■□□□ 1.11
CHD3Q12873 EFNA1-202ENST00000368407 1926 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.99■■□□□ 1.11
CHD3Q12873 UBAC1-201ENST00000371756 1867 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.99■■□□□ 1.11
CHD3Q12873 PDPK1-203ENST00000389224 2416 ntTSL 2 BASIC21.98■■□□□ 1.11
CHD3Q12873 GADD45G-201ENST00000252506 1065 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.98■■□□□ 1.11
CHD3Q12873 RANBP1-202ENST00000402752 1132 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC21.98■■□□□ 1.11
CHD3Q12873 VEGFA-208ENST00000417285 1081 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.98■■□□□ 1.11
CHD3Q12873 KCTD5-202ENST00000564195 774 ntTSL 5 BASIC21.97■■□□□ 1.11
CHD3Q12873 C1QTNF8-201ENST00000328449 1627 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC21.97■■□□□ 1.11
CHD3Q12873 CFAP73-201ENST00000335621 1514 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC21.96■■□□□ 1.11
CHD3Q12873 SECTM1-201ENST00000269389 2235 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC21.95■■□□□ 1.11
CHD3Q12873 PGM5P2-201ENST00000613141 1980 ntTSL 1 (best) BASIC21.95■■□□□ 1.1
CHD3Q12873 AC135983.2-203ENST00000454486 1613 ntBASIC21.95■■□□□ 1.1
CHD3Q12873 ABHD17AP5-201ENST00000580133 923 ntBASIC21.95■■□□□ 1.1
CHD3Q12873 RUNX2-205ENST00000465038 1770 ntAPPRIS P4 TSL 5 BASIC21.95■■□□□ 1.1
CHD3Q12873 RDX-210ENST00000530301 1549 ntTSL 1 (best) BASIC21.95■■□□□ 1.1
CHD3Q12873 MARCH11-201ENST00000332432 1741 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC21.94■■□□□ 1.1
CHD3Q12873 RTN4R-201ENST00000043402 2157 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC21.94■■□□□ 1.1
CHD3Q12873 SLC16A11-201ENST00000308009 1803 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC21.94■■□□□ 1.1
CHD3Q12873 AGFG1-205ENST00000409979 2089 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC21.94■■□□□ 1.1
CHD3Q12873 HOXB3-212ENST00000498678 2196 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC21.93■■□□□ 1.1
CHD3Q12873 FAM189B-210ENST00000621094 1335 ntTSL 1 (best) BASIC21.93■■□□□ 1.1
CHD3Q12873 RARRES2P2-201ENST00000394842 485 ntBASIC21.92■■□□□ 1.1
CHD3Q12873 AC016595.1-201ENST00000559410 383 ntTSL 3 BASIC21.92■■□□□ 1.1
CHD3Q12873 PIGX-201ENST00000296333 953 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC21.92■■□□□ 1.1
CHD3Q12873 ANKRD16-201ENST00000191063 1567 ntTSL 3 BASIC21.92■■□□□ 1.1
CHD3Q12873 RUNX2-203ENST00000371436 1588 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC21.92■■□□□ 1.1
CHD3Q12873 EFNA3-201ENST00000368408 1782 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.92■■□□□ 1.1
CHD3Q12873 SHF-206ENST00000560471 2499 ntTSL 5 BASIC21.91■■□□□ 1.1
CHD3Q12873 TESK1-206ENST00000620767 2438 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC21.91■■□□□ 1.1
CHD3Q12873 CAAP1-205ENST00000520187 773 ntTSL 5 BASIC21.9■■□□□ 1.1
CHD3Q12873 CHML-204ENST00000638121 920 ntTSL 2 BASIC21.9■■□□□ 1.1
CHD3Q12873 RCC1L-201ENST00000610322 2300 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.9■■□□□ 1.1
CHD3Q12873 CTXN1-201ENST00000318978 1274 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.9■■□□□ 1.1
CHD3Q12873 TPRA1-209ENST00000489960 1903 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC21.89■■□□□ 1.1
CHD3Q12873 GADD45A-205ENST00000617962 1142 ntTSL 1 (best) BASIC21.89■■□□□ 1.1
CHD3Q12873 AC127502.1-201ENST00000399971 1502 ntBASIC21.89■■□□□ 1.09
CHD3Q12873 METRNL-202ENST00000570778 967 ntTSL 5 BASIC21.89■■□□□ 1.09
CHD3Q12873 NEURL1B-203ENST00000522853 1263 ntTSL 1 (best) BASIC21.88■■□□□ 1.09
CHD3Q12873 EBPL-201ENST00000242827 914 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.87■■□□□ 1.09
CHD3Q12873 ZFAND2B-208ENST00000409594 2021 ntTSL 2 BASIC21.87■■□□□ 1.09
CHD3Q12873 C2orf88-204ENST00000409870 1441 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC21.87■■□□□ 1.09
CHD3Q12873 HSD11B1L-202ENST00000339423 1660 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC21.87■■□□□ 1.09
CHD3Q12873 FGF18-201ENST00000274625 1986 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.87■■□□□ 1.09
CHD3Q12873 MORF4L1-203ENST00000426013 1880 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.87■■□□□ 1.09
CHD3Q12873 WHAMMP2-203ENST00000563942 1603 ntBASIC21.87■■□□□ 1.09
CHD3Q12873 TPRA1-202ENST00000355552 1933 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.86■■□□□ 1.09
CHD3Q12873 CHST11-202ENST00000546689 756 ntTSL 2 BASIC21.86■■□□□ 1.09
CHD3Q12873 POLR3H-201ENST00000337566 1330 ntTSL 1 (best) BASIC21.85■■□□□ 1.09
CHD3Q12873 FHL2-202ENST00000344213 1769 ntTSL 1 (best) BASIC21.85■■□□□ 1.09
CHD3Q12873 EID2-201ENST00000390658 1629 ntAPPRIS P1 BASIC21.85■■□□□ 1.09
CHD3Q12873 ARPC5L-202ENST00000353214 2507 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC21.84■■□□□ 1.09
CHD3Q12873 AC068134.2-201ENST00000437095 576 ntTSL 3 BASIC21.84■■□□□ 1.09
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