Protein–RNA interactions for Protein: P31274

HOXC9, Homeobox protein Hox-C9, humanhuman

Predictions only

Length 260 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
HOXC9P31274 IGFBP2-201ENST00000233809 1439 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC34.7■■■■□ 3.15
HOXC9P31274 FAM168B-201ENST00000389915 944 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC34.69■■■■□ 3.14
HOXC9P31274 MAFA-201ENST00000333480 2347 ntAPPRIS P1 BASIC34.69■■■■□ 3.14
HOXC9P31274 C1QTNF8-201ENST00000328449 1627 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC34.68■■■■□ 3.14
HOXC9P31274 LINC01896-206ENST00000575722 1256 ntTSL 2 BASIC34.68■■■■□ 3.14
HOXC9P31274 MAP3K8-203ENST00000375322 932 ntTSL 2 BASIC34.67■■■■□ 3.14
HOXC9P31274 FOXD3-201ENST00000371116 2086 ntAPPRIS P1 BASIC34.67■■■■□ 3.14
HOXC9P31274 TSPAN4-207ENST00000397411 1025 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC34.66■■■■□ 3.14
HOXC9P31274 KIF13A-207ENST00000502704 1330 ntTSL 1 (best) BASIC34.65■■■■□ 3.14
HOXC9P31274 RNF126P1-201ENST00000567452 1320 ntBASIC34.65■■■■□ 3.14
HOXC9P31274 GLT8D1-201ENST00000266014 1849 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC34.63■■■■□ 3.13
HOXC9P31274 HSD17B12-202ENST00000395700 994 ntTSL 1 (best) BASIC34.63■■■■□ 3.13
HOXC9P31274 CEP120-209ENST00000515110 606 ntTSL 3 BASIC34.63■■■■□ 3.13
HOXC9P31274 AC008813.1-201ENST00000536597 885 ntBASIC34.63■■■■□ 3.13
HOXC9P31274 ADRA1D-201ENST00000379453 2728 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC34.63■■■■□ 3.13
HOXC9P31274 BAX-202ENST00000345358 793 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC34.62■■■■□ 3.13
HOXC9P31274 C16orf74-204ENST00000602719 1002 ntAPPRIS ALT2 TSL 3 BASIC34.62■■■■□ 3.13
HOXC9P31274 UBAC1-201ENST00000371756 1867 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC34.62■■■■□ 3.13
HOXC9P31274 HOXD8-201ENST00000313173 1917 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC34.61■■■■□ 3.13
HOXC9P31274 ABHD17AP5-201ENST00000580133 923 ntBASIC34.61■■■■□ 3.13
HOXC9P31274 MKNK2-202ENST00000309340 1744 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC34.59■■■■□ 3.13
HOXC9P31274 IGFBPL1-201ENST00000377694 1093 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC34.59■■■■□ 3.13
HOXC9P31274 ELOC-207ENST00000522337 816 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC34.59■■■■□ 3.13
HOXC9P31274 SSTR4-201ENST00000255008 1427 ntAPPRIS P1 BASIC34.58■■■■□ 3.13
HOXC9P31274 AC008105.3-203ENST00000591365 2238 ntTSL 2 BASIC34.58■■■■□ 3.13
HOXC9P31274 TMEM55B-202ENST00000398020 1696 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC34.57■■■■□ 3.13
HOXC9P31274 TSPAN3-203ENST00000424443 1530 ntTSL 2 BASIC34.56■■■■□ 3.12
HOXC9P31274 AC110285.7-201ENST00000624417 1536 ntBASIC34.56■■■■□ 3.12
HOXC9P31274 GPI-201ENST00000356487 2210 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC34.56■■■■□ 3.12
HOXC9P31274 CCDC160-202ENST00000517294 1790 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC34.56■■■■□ 3.12
HOXC9P31274 AGO3-204ENST00000397828 1035 ntTSL 2 BASIC34.55■■■■□ 3.12
HOXC9P31274 EIF5A-202ENST00000336458 1511 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC34.55■■■■□ 3.12
HOXC9P31274 MAPK8IP1P1-201ENST00000574657 1439 ntBASIC34.55■■■■□ 3.12
HOXC9P31274 LSM7-201ENST00000252622 529 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC34.54■■■■□ 3.12
HOXC9P31274 PDF-201ENST00000288022 1158 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC34.54■■■■□ 3.12
HOXC9P31274 C1orf122-201ENST00000373042 973 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC34.54■■■■□ 3.12
HOXC9P31274 MDFIC-203ENST00000423503 474 ntTSL 1 (best) BASIC34.54■■■■□ 3.12
HOXC9P31274 GADD45A-205ENST00000617962 1142 ntTSL 1 (best) BASIC34.54■■■■□ 3.12
HOXC9P31274 TSR3-201ENST00000007390 1243 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC34.54■■■■□ 3.12
HOXC9P31274 MORF4L1-203ENST00000426013 1880 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC34.53■■■■□ 3.12
HOXC9P31274 TMEM114-202ENST00000568335 899 ntTSL 3 BASIC34.53■■■■□ 3.12
HOXC9P31274 AC022413.1-201ENST00000624602 984 ntBASIC34.53■■■■□ 3.12
HOXC9P31274 TAF10-201ENST00000299424 1215 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC34.52■■■■□ 3.12
HOXC9P31274 CHST11-203ENST00000547956 936 ntTSL 2 BASIC34.52■■■■□ 3.12
HOXC9P31274 RUNX2-205ENST00000465038 1770 ntAPPRIS P4 TSL 5 BASIC34.51■■■■□ 3.12
HOXC9P31274 SH3GL3-202ENST00000427482 1806 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC34.51■■■■□ 3.12
HOXC9P31274 LAGE3-201ENST00000357360 949 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC34.51■■■■□ 3.12
HOXC9P31274 MAPK3-205ENST00000395202 1008 ntTSL 1 (best) BASIC34.51■■■■□ 3.12
HOXC9P31274 RPARP-AS1-205ENST00000596045 431 ntTSL 3 BASIC34.51■■■■□ 3.12
HOXC9P31274 RPRML-201ENST00000322329 1093 ntAPPRIS P1 BASIC34.5■■■■□ 3.11
HOXC9P31274 ATPAF1-202ENST00000371937 1827 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC34.5■■■■□ 3.11
HOXC9P31274 AC078883.1-202ENST00000450443 1397 ntTSL 3 BASIC34.49■■■■□ 3.11
HOXC9P31274 NKX2-1-204ENST00000522719 1417 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC34.49■■■■□ 3.11
HOXC9P31274 GXYLT1-201ENST00000280876 1937 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC34.49■■■■□ 3.11
HOXC9P31274 C16orf95-206ENST00000618367 974 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC34.48■■■■□ 3.11
HOXC9P31274 KLHL21-203ENST00000463043 667 ntTSL 5 BASIC34.47■■■■□ 3.11
HOXC9P31274 COPZ2-210ENST00000621465 895 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC34.47■■■■□ 3.11
HOXC9P31274 RASL10A-202ENST00000401450 1720 ntTSL 2 BASIC34.47■■■■□ 3.11
HOXC9P31274 ZNF470-206ENST00000601902 1640 ntTSL 1 (best) BASIC34.46■■■■□ 3.11
HOXC9P31274 PLEKHF2-202ENST00000519516 1144 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC34.46■■■■□ 3.11
HOXC9P31274 RASSF8-202ENST00000381352 2320 ntTSL 1 (best) BASIC34.46■■■■□ 3.11
HOXC9P31274 ZNF787-203ENST00000610935 1925 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC34.45■■■■□ 3.11
HOXC9P31274 MDFIC-208ENST00000614186 1068 ntTSL 1 (best) BASIC34.45■■■■□ 3.11
HOXC9P31274 AC148477.6-201ENST00000623746 465 ntBASIC34.45■■■■□ 3.11
HOXC9P31274 SLC16A11-201ENST00000308009 1803 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC34.45■■■■□ 3.11
HOXC9P31274 HOXD-AS2-201ENST00000426965 927 ntTSL 1 (best) BASIC34.44■■■■□ 3.1
HOXC9P31274 RAD51-210ENST00000557850 1397 ntTSL 2 BASIC34.44■■■■□ 3.1
HOXC9P31274 C9orf50-201ENST00000372478 1620 ntAPPRIS P2 TSL 2 BASIC34.44■■■■□ 3.1
HOXC9P31274 FBRSL1-201ENST00000434748 5568 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC34.43■■■■□ 3.1
HOXC9P31274 PEX7-203ENST00000541292 945 ntTSL 5 BASIC34.43■■■■□ 3.1
HOXC9P31274 HOMER3-202ENST00000392351 1557 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC34.43■■■■□ 3.1
HOXC9P31274 OVOL2-201ENST00000278780 1555 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC34.42■■■■□ 3.1
HOXC9P31274 KCTD5-202ENST00000564195 774 ntTSL 5 BASIC34.42■■■■□ 3.1
HOXC9P31274 MKRN1-202ENST00000443720 1601 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC34.41■■■■□ 3.1
HOXC9P31274 LACTBL1-202ENST00000618559 1500 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC34.41■■■■□ 3.1
HOXC9P31274 ATOH7-201ENST00000373673 1480 ntAPPRIS P1 BASIC34.41■■■■□ 3.1
HOXC9P31274 HNRNPAB-202ENST00000358344 1796 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC34.41■■■■□ 3.1
HOXC9P31274 RPS2-210ENST00000530225 765 ntTSL 2 BASIC34.4■■■■□ 3.1
HOXC9P31274 DCDC2C-201ENST00000399143 1476 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC34.38■■■■□ 3.09
HOXC9P31274 LDB1-202ENST00000425280 2089 ntTSL 5 BASIC34.37■■■■□ 3.09
HOXC9P31274 SHC2-201ENST00000264554 2494 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC34.37■■■■□ 3.09
HOXC9P31274 GAL3ST1-205ENST00000406361 1819 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC34.36■■■■□ 3.09
HOXC9P31274 SLC35D2-201ENST00000253270 1613 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC34.36■■■■□ 3.09
HOXC9P31274 EID2-201ENST00000390658 1629 ntAPPRIS P1 BASIC34.36■■■■□ 3.09
HOXC9P31274 INPP4A-203ENST00000409463 1565 ntTSL 1 (best) BASIC34.36■■■■□ 3.09
HOXC9P31274 MEST-211ENST00000437945 1455 ntTSL 5 BASIC34.35■■■■□ 3.09
HOXC9P31274 AC060814.1-201ENST00000554326 538 ntBASIC34.35■■■■□ 3.09
HOXC9P31274 MARCH11-201ENST00000332432 1741 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC34.35■■■■□ 3.09
HOXC9P31274 CTSZ-201ENST00000217131 1495 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC34.34■■■■□ 3.09
HOXC9P31274 HES4-202ENST00000428771 1040 ntTSL 2 BASIC34.34■■■■□ 3.09
HOXC9P31274 MAZ-205ENST00000562337 1574 ntTSL 3 BASIC34.34■■■■□ 3.09
HOXC9P31274 ITPKA-201ENST00000260386 1824 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC34.34■■■■□ 3.09
HOXC9P31274 MIR219A2-201ENST00000608502 1504 ntBASIC34.33■■■■□ 3.09
HOXC9P31274 LSM6-202ENST00000502781 1352 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC34.33■■■■□ 3.09
HOXC9P31274 SLC16A8-201ENST00000320521 1878 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC34.33■■■■□ 3.09
HOXC9P31274 CDC34-201ENST00000215574 1471 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC34.33■■■■□ 3.09
HOXC9P31274 DCUN1D5-201ENST00000260247 1337 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC34.32■■■■□ 3.09
HOXC9P31274 C14orf80-203ENST00000354560 1553 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC34.32■■■■□ 3.09
HOXC9P31274 TM6SF1-202ENST00000322019 2074 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC34.32■■■■□ 3.09
HOXC9P31274 PXMP2-201ENST00000317479 957 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC34.32■■■■□ 3.08
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 19.7 ms