Protein–RNA interactions for Protein: P22415

USF1, Upstream stimulatory factor 1, humanhuman

Predicted RBP Predictions only

Length 310 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
USF1P22415 HOXD8-201ENST00000313173 1917 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC21.7■■□□□ 1.07
USF1P22415 BARX1-201ENST00000253968 1533 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.7■■□□□ 1.07
USF1P22415 AC068134.2-201ENST00000437095 576 ntTSL 3 BASIC21.7■■□□□ 1.06
USF1P22415 PI4KAP1-202ENST00000611748 1906 ntTSL 1 (best) BASIC21.7■■□□□ 1.06
USF1P22415 AC016595.1-201ENST00000559410 383 ntTSL 3 BASIC21.69■■□□□ 1.06
USF1P22415 JMJD8-202ENST00000562111 823 ntTSL 2 BASIC21.69■■□□□ 1.06
USF1P22415 ABHD17A-202ENST00000292577 1757 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.69■■□□□ 1.06
USF1P22415 TPT1-202ENST00000379055 948 ntTSL 2 BASIC21.68■■□□□ 1.06
USF1P22415 CLTA-207ENST00000470744 1102 ntTSL 2 BASIC21.68■■□□□ 1.06
USF1P22415 UBA52-204ENST00000595158 743 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC21.68■■□□□ 1.06
USF1P22415 AC018755.3-201ENST00000598755 664 ntTSL 2 BASIC21.68■■□□□ 1.06
USF1P22415 GAL3ST1-204ENST00000402369 1712 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC21.68■■□□□ 1.06
USF1P22415 GKAP1-203ENST00000376371 1778 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.68■■□□□ 1.06
USF1P22415 MBOAT7-203ENST00000391754 1797 ntTSL 1 (best) BASIC21.68■■□□□ 1.06
USF1P22415 FOXG1-201ENST00000313071 4890 ntAPPRIS P1 BASIC21.67■■□□□ 1.06
USF1P22415 POLR3H-201ENST00000337566 1330 ntTSL 1 (best) BASIC21.66■■□□□ 1.06
USF1P22415 FAM168B-201ENST00000389915 944 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC21.66■■□□□ 1.06
USF1P22415 STUB1-205ENST00000565677 1560 ntTSL 1 (best) BASIC21.65■■□□□ 1.06
USF1P22415 AC073111.5-206ENST00000642087 859 ntAPPRIS P1 BASIC21.65■■□□□ 1.06
USF1P22415 EBAG9-202ENST00000395785 1467 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.64■■□□□ 1.06
USF1P22415 RARRES2P2-201ENST00000394842 485 ntBASIC21.64■■□□□ 1.05
USF1P22415 S1PR4-201ENST00000246115 1565 ntAPPRIS P1 BASIC21.64■■□□□ 1.05
USF1P22415 SURF1-201ENST00000371974 1093 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.63■■□□□ 1.05
USF1P22415 GPX1-201ENST00000419349 1106 ntBASIC21.63■■□□□ 1.05
USF1P22415 SURF1-205ENST00000615505 991 ntTSL 1 (best) BASIC21.63■■□□□ 1.05
USF1P22415 ZBTB25-202ENST00000555220 1440 ntTSL 1 (best) BASIC21.63■■□□□ 1.05
USF1P22415 PI4KAP2-202ENST00000450651 2294 ntTSL 5 BASIC21.62■■□□□ 1.05
USF1P22415 CFAP73-201ENST00000335621 1514 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC21.62■■□□□ 1.05
USF1P22415 TPM2-203ENST00000378292 2147 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC21.62■■□□□ 1.05
USF1P22415 PELI3-203ENST00000524466 1671 ntTSL 1 (best) BASIC21.62■■□□□ 1.05
USF1P22415 BCL3-201ENST00000164227 2038 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.62■■□□□ 1.05
USF1P22415 MAGI2-215ENST00000628980 6212 ntTSL 5 BASIC21.61■■□□□ 1.05
USF1P22415 GNPTAB-201ENST00000299314 5701 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.61■■□□□ 1.05
USF1P22415 AGAP3-216ENST00000479901 1881 ntTSL 5 BASIC21.61■■□□□ 1.05
USF1P22415 RUNX2-211ENST00000625924 1458 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.61■■□□□ 1.05
USF1P22415 PKIG-207ENST00000372894 1191 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.61■■□□□ 1.05
USF1P22415 MAP3K8-203ENST00000375322 932 ntTSL 2 BASIC21.61■■□□□ 1.05
USF1P22415 GLTP-201ENST00000318348 2356 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.61■■□□□ 1.05
USF1P22415 TMEM147-202ENST00000392204 935 ntTSL 2 BASIC21.6■■□□□ 1.05
USF1P22415 PTPMT1-203ENST00000426530 1014 ntTSL 1 (best) BASIC21.6■■□□□ 1.05
USF1P22415 AC007383.2-202ENST00000435627 482 ntTSL 2 BASIC21.6■■□□□ 1.05
USF1P22415 SPIRE1-202ENST00000409402 5665 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.59■■□□□ 1.05
USF1P22415 CEP120-209ENST00000515110 606 ntTSL 3 BASIC21.59■■□□□ 1.05
USF1P22415 CBWD5-202ENST00000377384 1347 ntTSL 1 (best) BASIC21.58■■□□□ 1.05
USF1P22415 HMX1-201ENST00000400677 1895 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.58■■□□□ 1.05
USF1P22415 C2orf88-204ENST00000409870 1441 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC21.58■■□□□ 1.05
USF1P22415 TMEM158-201ENST00000503771 1813 ntAPPRIS P1 BASIC21.58■■□□□ 1.05
USF1P22415 TSPAN4-207ENST00000397411 1025 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC21.58■■□□□ 1.05
USF1P22415 ABHD17AP5-201ENST00000580133 923 ntBASIC21.58■■□□□ 1.05
USF1P22415 BLOC1S3-202ENST00000587722 732 ntAPPRIS P1 BASIC21.58■■□□□ 1.05
USF1P22415 RNF126P1-201ENST00000567452 1320 ntBASIC21.57■■□□□ 1.04
USF1P22415 ABCB10P1-201ENST00000614297 2181 ntBASIC21.57■■□□□ 1.04
USF1P22415 ADGRB2-204ENST00000398542 5176 ntTSL 5 BASIC21.57■■□□□ 1.04
USF1P22415 CARS2-201ENST00000257347 1879 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.56■■□□□ 1.04
USF1P22415 HECA-201ENST00000367658 5614 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.56■■□□□ 1.04
USF1P22415 BANF1-208ENST00000533166 1135 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC21.56■■□□□ 1.04
USF1P22415 ADAT3-201ENST00000329478 1620 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.55■■□□□ 1.04
USF1P22415 GXYLT1-201ENST00000280876 1937 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.55■■□□□ 1.04
USF1P22415 U2AF1-203ENST00000398137 1019 ntTSL 1 (best) BASIC21.55■■□□□ 1.04
USF1P22415 AC008813.1-201ENST00000536597 885 ntBASIC21.55■■□□□ 1.04
USF1P22415 U2AF1L5-212ENST00000639996 1019 ntTSL 1 (best) BASIC21.55■■□□□ 1.04
USF1P22415 ENKD1-201ENST00000243878 1579 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.54■■□□□ 1.04
USF1P22415 BAX-202ENST00000345358 793 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.54■■□□□ 1.04
USF1P22415 C1orf122-201ENST00000373042 973 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC21.54■■□□□ 1.04
USF1P22415 HSD17B12-202ENST00000395700 994 ntTSL 1 (best) BASIC21.54■■□□□ 1.04
USF1P22415 AGO3-204ENST00000397828 1035 ntTSL 2 BASIC21.54■■□□□ 1.04
USF1P22415 COQ2-202ENST00000311469 1641 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC21.54■■□□□ 1.04
USF1P22415 MAPK3-205ENST00000395202 1008 ntTSL 1 (best) BASIC21.53■■□□□ 1.04
USF1P22415 LINC01896-206ENST00000575722 1256 ntTSL 2 BASIC21.53■■□□□ 1.04
USF1P22415 RPRML-201ENST00000322329 1093 ntAPPRIS P1 BASIC21.52■■□□□ 1.04
USF1P22415 C16orf74-204ENST00000602719 1002 ntAPPRIS ALT2 TSL 3 BASIC21.52■■□□□ 1.04
USF1P22415 ESRRA-201ENST00000000442 2215 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC21.52■■□□□ 1.04
USF1P22415 FOXA2-202ENST00000419308 2422 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.51■■□□□ 1.03
USF1P22415 AC127502.1-201ENST00000399971 1502 ntBASIC21.51■■□□□ 1.03
USF1P22415 RPARP-AS1-205ENST00000596045 431 ntTSL 3 BASIC21.51■■□□□ 1.03
USF1P22415 GADD45A-205ENST00000617962 1142 ntTSL 1 (best) BASIC21.51■■□□□ 1.03
USF1P22415 IGFBP2-201ENST00000233809 1439 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.51■■□□□ 1.03
USF1P22415 PGM5-201ENST00000396392 1782 ntTSL 1 (best) BASIC21.51■■□□□ 1.03
USF1P22415 COL13A1-210ENST00000517713 2007 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC21.5■■□□□ 1.03
USF1P22415 TOMM40-201ENST00000252487 1707 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC21.5■■□□□ 1.03
USF1P22415 TOMM40-202ENST00000405636 1709 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC21.5■■□□□ 1.03
USF1P22415 AC022413.1-201ENST00000624602 984 ntBASIC21.5■■□□□ 1.03
USF1P22415 ANKRD13D-211ENST00000511455 2139 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.5■■□□□ 1.03
USF1P22415 SH3GL3-202ENST00000427482 1806 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.5■■□□□ 1.03
USF1P22415 PHOX2A-201ENST00000298231 1699 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.48■■□□□ 1.03
USF1P22415 BOK-AS1-201ENST00000434306 643 ntTSL 1 (best) BASIC21.48■■□□□ 1.03
USF1P22415 RAB26-201ENST00000210187 1675 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.47■■□□□ 1.03
USF1P22415 TSPAN3-203ENST00000424443 1530 ntTSL 2 BASIC21.47■■□□□ 1.03
USF1P22415 TAF10-201ENST00000299424 1215 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.47■■□□□ 1.03
USF1P22415 LAGE3-201ENST00000357360 949 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.47■■□□□ 1.03
USF1P22415 HES4-202ENST00000428771 1040 ntTSL 2 BASIC21.47■■□□□ 1.03
USF1P22415 C16orf95-206ENST00000618367 974 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC21.47■■□□□ 1.03
USF1P22415 AC135983.2-203ENST00000454486 1613 ntBASIC21.47■■□□□ 1.03
USF1P22415 SSTR4-201ENST00000255008 1427 ntAPPRIS P1 BASIC21.46■■□□□ 1.03
USF1P22415 PDF-201ENST00000288022 1158 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.46■■□□□ 1.03
USF1P22415 LINC01918-201ENST00000436841 797 ntTSL 2 BASIC21.46■■□□□ 1.03
USF1P22415 GRK6-206ENST00000507633 1660 ntTSL 5 BASIC21.46■■□□□ 1.03
USF1P22415 NGB-201ENST00000298352 1884 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.45■■□□□ 1.02
USF1P22415 NPC2-207ENST00000555619 1035 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC21.45■■□□□ 1.02
USF1P22415 PXDC1-202ENST00000380283 2190 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.45■■□□□ 1.02
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 49.3 ms