Protein–RNA interactions for Protein: P12109

COL6A1, Collagen alpha-1(VI) chain, humanhuman

Predictions only

Length 1,028 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
COL6A1P12109 GUSB-202ENST00000421103 1742 ntTSL 2 BASIC28.96■■■□□ 2.23
COL6A1P12109 CAPNS1-201ENST00000246533 1918 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC28.96■■■□□ 2.23
COL6A1P12109 CHST11-203ENST00000547956 936 ntTSL 2 BASIC28.95■■■□□ 2.22
COL6A1P12109 EBAG9-202ENST00000395785 1467 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.95■■■□□ 2.22
COL6A1P12109 YBX2-201ENST00000007699 1590 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.95■■■□□ 2.22
COL6A1P12109 KRT18P60-201ENST00000312876 1297 ntBASIC28.94■■■□□ 2.22
COL6A1P12109 AC004987.1-201ENST00000428627 508 ntBASIC28.94■■■□□ 2.22
COL6A1P12109 FGF13-AS1-202ENST00000446383 584 ntTSL 3 BASIC28.94■■■□□ 2.22
COL6A1P12109 HOMER3-207ENST00000594794 903 ntTSL 5 BASIC28.94■■■□□ 2.22
COL6A1P12109 COPZ2-210ENST00000621465 895 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.94■■■□□ 2.22
COL6A1P12109 PRRX2-201ENST00000372469 1311 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.94■■■□□ 2.22
COL6A1P12109 BTBD19-201ENST00000409335 1214 ntTSL 5 BASIC28.93■■■□□ 2.22
COL6A1P12109 RARRES2P1-201ENST00000474487 481 ntBASIC28.93■■■□□ 2.22
COL6A1P12109 TCEA2-204ENST00000395053 1733 ntTSL 1 (best) BASIC28.93■■■□□ 2.22
COL6A1P12109 CNIH2-203ENST00000528852 1524 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC28.93■■■□□ 2.22
COL6A1P12109 FTCD-202ENST00000397743 1834 ntTSL 1 (best) BASIC28.92■■■□□ 2.22
COL6A1P12109 ATOH7-201ENST00000373673 1480 ntAPPRIS P1 BASIC28.92■■■□□ 2.22
COL6A1P12109 IGFBPL1-201ENST00000377694 1093 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC28.92■■■□□ 2.22
COL6A1P12109 ATP5G2P3-201ENST00000429083 425 ntBASIC28.92■■■□□ 2.22
COL6A1P12109 RASSF7-202ENST00000397583 1928 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC28.92■■■□□ 2.22
COL6A1P12109 ADAT3-201ENST00000329478 1620 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.91■■■□□ 2.22
COL6A1P12109 ENDOG-201ENST00000372642 1172 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.91■■■□□ 2.22
COL6A1P12109 PLEKHF2-202ENST00000519516 1144 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC28.9■■■□□ 2.22
COL6A1P12109 TPRA1-201ENST00000296210 1725 ntTSL 1 (best) BASIC28.89■■■□□ 2.22
COL6A1P12109 UPF3A-209ENST00000492270 494 ntTSL 2 BASIC28.89■■■□□ 2.22
COL6A1P12109 RAB4B-203ENST00000594800 1173 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC28.89■■■□□ 2.22
COL6A1P12109 ARL8A-204ENST00000614750 1727 ntTSL 3 BASIC28.89■■■□□ 2.21
COL6A1P12109 LAGE3-201ENST00000357360 949 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.88■■■□□ 2.21
COL6A1P12109 NIT1-201ENST00000368007 1749 ntTSL 2 BASIC28.88■■■□□ 2.21
COL6A1P12109 GUK1-208ENST00000366728 842 ntTSL 2 BASIC28.87■■■□□ 2.21
COL6A1P12109 GSX2-202ENST00000503800 1181 ntTSL 5 BASIC28.87■■■□□ 2.21
COL6A1P12109 TTC39C-209ENST00000584250 1048 ntTSL 1 (best) BASIC28.87■■■□□ 2.21
COL6A1P12109 EIF5A-202ENST00000336458 1511 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.87■■■□□ 2.21
COL6A1P12109 ABHD17A-202ENST00000292577 1757 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.87■■■□□ 2.21
COL6A1P12109 MCCD1-201ENST00000376191 955 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.86■■■□□ 2.21
COL6A1P12109 AC148477.6-201ENST00000623746 465 ntBASIC28.86■■■□□ 2.21
COL6A1P12109 ZMYND19-201ENST00000298585 1375 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.86■■■□□ 2.21
COL6A1P12109 AC010864.1-201ENST00000609407 1511 ntBASIC28.85■■■□□ 2.21
COL6A1P12109 HES7-202ENST00000541682 1674 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC28.85■■■□□ 2.21
COL6A1P12109 DSG2-202ENST00000585206 1081 ntTSL 2 BASIC28.84■■■□□ 2.21
COL6A1P12109 TSPAN3-203ENST00000424443 1530 ntTSL 2 BASIC28.84■■■□□ 2.21
COL6A1P12109 AC092296.2-201ENST00000589470 999 ntBASIC28.83■■■□□ 2.21
COL6A1P12109 MMP28-203ENST00000612672 1092 ntTSL 1 (best) BASIC28.83■■■□□ 2.21
COL6A1P12109 GNAS-AS1_1.1-201ENST00000621898 103 ntBASIC28.83■■■□□ 2.21
COL6A1P12109 SAP25-204ENST00000622764 1031 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC28.83■■■□□ 2.21
COL6A1P12109 STUB1-205ENST00000565677 1560 ntTSL 1 (best) BASIC28.83■■■□□ 2.21
COL6A1P12109 GAL3ST1-204ENST00000402369 1712 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC28.83■■■□□ 2.21
COL6A1P12109 AC138207.2-201ENST00000583377 492 ntTSL 2 BASIC28.82■■■□□ 2.2
COL6A1P12109 SLC9A3-AS1-207ENST00000607286 1357 ntTSL 5 BASIC28.82■■■□□ 2.2
COL6A1P12109 PPP1R14A-201ENST00000301242 777 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.81■■■□□ 2.2
COL6A1P12109 PLEKHJ1-204ENST00000586608 935 ntTSL 3 BASIC28.8■■■□□ 2.2
COL6A1P12109 FSD1L-204ENST00000469022 1836 ntTSL 1 (best) BASIC28.8■■■□□ 2.2
COL6A1P12109 TMEM55B-202ENST00000398020 1696 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC28.8■■■□□ 2.2
COL6A1P12109 COQ2-202ENST00000311469 1641 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC28.8■■■□□ 2.2
COL6A1P12109 OLFM2-201ENST00000264833 2019 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.79■■■□□ 2.2
COL6A1P12109 MSRB2-201ENST00000376510 1803 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.79■■■□□ 2.2
COL6A1P12109 MTCP1-202ENST00000369476 2274 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC28.79■■■□□ 2.2
COL6A1P12109 GKAP1-203ENST00000376371 1778 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.78■■■□□ 2.2
COL6A1P12109 AL161658.1-201ENST00000623641 1967 ntBASIC28.77■■■□□ 2.2
COL6A1P12109 MSX1-201ENST00000382723 1939 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.77■■■□□ 2.2
COL6A1P12109 C9orf50-201ENST00000372478 1620 ntAPPRIS P2 TSL 2 BASIC28.77■■■□□ 2.2
COL6A1P12109 AC135983.2-203ENST00000454486 1613 ntBASIC28.77■■■□□ 2.2
COL6A1P12109 ENKD1-201ENST00000243878 1579 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.77■■■□□ 2.2
COL6A1P12109 WHAMMP2-203ENST00000563942 1603 ntBASIC28.76■■■□□ 2.2
COL6A1P12109 LACTBL1-202ENST00000618559 1500 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC28.76■■■□□ 2.19
COL6A1P12109 PSMG4-207ENST00000451246 824 ntTSL 3 BASIC28.76■■■□□ 2.19
COL6A1P12109 LYSMD2-202ENST00000454181 1228 ntTSL 1 (best) BASIC28.76■■■□□ 2.19
COL6A1P12109 KCTD15-206ENST00000588881 1211 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC28.76■■■□□ 2.19
COL6A1P12109 KLF16-204ENST00000617223 1133 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.76■■■□□ 2.19
COL6A1P12109 GPR137-202ENST00000377702 1478 ntTSL 1 (best) BASIC28.76■■■□□ 2.19
COL6A1P12109 SIAH1-203ENST00000394725 2147 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC28.75■■■□□ 2.19
COL6A1P12109 UCK1-201ENST00000372208 2063 ntTSL 1 (best) BASIC28.75■■■□□ 2.19
COL6A1P12109 AC107214.1-201ENST00000457303 559 ntTSL 1 (best) BASIC28.75■■■□□ 2.19
COL6A1P12109 EPB41L4A-AS2-201ENST00000623705 1396 ntBASIC28.75■■■□□ 2.19
COL6A1P12109 FCGRT-217ENST00000599988 660 ntTSL 5 BASIC28.74■■■□□ 2.19
COL6A1P12109 OPRD1-202ENST00000621425 1217 ntTSL 1 (best) BASIC28.74■■■□□ 2.19
COL6A1P12109 BCL7B-201ENST00000223368 1975 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.73■■■□□ 2.19
COL6A1P12109 TBX2-AS1-202ENST00000589814 539 ntTSL 3 BASIC28.73■■■□□ 2.19
COL6A1P12109 PELI3-203ENST00000524466 1671 ntTSL 1 (best) BASIC28.73■■■□□ 2.19
COL6A1P12109 ECEL1P2-201ENST00000461596 1295 ntBASIC28.72■■■□□ 2.19
COL6A1P12109 C19orf12-207ENST00000592153 1504 ntTSL 1 (best) BASIC28.71■■■□□ 2.19
COL6A1P12109 C20orf24-201ENST00000342422 896 ntTSL 2 BASIC28.71■■■□□ 2.19
COL6A1P12109 C20orf24-202ENST00000344795 1114 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.71■■■□□ 2.19
COL6A1P12109 LSM6-202ENST00000502781 1352 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.7■■■□□ 2.18
COL6A1P12109 AC110285.7-201ENST00000624417 1536 ntBASIC28.69■■■□□ 2.18
COL6A1P12109 PI4KAP1-202ENST00000611748 1906 ntTSL 1 (best) BASIC28.69■■■□□ 2.18
COL6A1P12109 TNFRSF12A-201ENST00000326577 1033 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.69■■■□□ 2.18
COL6A1P12109 SERP2-201ENST00000379179 784 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.69■■■□□ 2.18
COL6A1P12109 HES4-204ENST00000484667 667 ntTSL 3 BASIC28.69■■■□□ 2.18
COL6A1P12109 CDC34-201ENST00000215574 1471 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.69■■■□□ 2.18
COL6A1P12109 MARCKSL1-201ENST00000329421 1699 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.68■■■□□ 2.18
COL6A1P12109 ILDR2-208ENST00000529387 1238 ntTSL 5 BASIC28.68■■■□□ 2.18
COL6A1P12109 SEC11C-204ENST00000587834 1202 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.68■■■□□ 2.18
COL6A1P12109 C16orf59-202ENST00000483320 1709 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC28.67■■■□□ 2.18
COL6A1P12109 CSPG5-205ENST00000610462 2073 ntTSL 5 BASIC28.67■■■□□ 2.18
COL6A1P12109 GNG10-201ENST00000374293 1491 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.66■■■□□ 2.18
COL6A1P12109 MIR219A2-201ENST00000608502 1504 ntBASIC28.66■■■□□ 2.18
COL6A1P12109 RPS2-210ENST00000530225 765 ntTSL 2 BASIC28.66■■■□□ 2.18
COL6A1P12109 AC127502.1-201ENST00000399971 1502 ntBASIC28.65■■■□□ 2.18
COL6A1P12109 MLST8-203ENST00000397124 1691 ntAPPRIS P3 TSL 5 BASIC28.65■■■□□ 2.18
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 12.3 ms