Protein–RNA interactions for Protein: Q9Y3X0

CCDC9, Coiled-coil domain-containing protein 9, humanhuman

Known RBP Predictions only

Length 531 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
CCDC9Q9Y3X0 RHOA-202ENST00000418115 2031 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.05■■□□□ 1.76
CCDC9Q9Y3X0 BSCL2-201ENST00000278893 1364 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC26.05■■□□□ 1.76
CCDC9Q9Y3X0 MICA-209ENST00000449934 1386 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.05■■□□□ 1.76
CCDC9Q9Y3X0 AC242852.2-201ENST00000615738 1807 ntBASIC26.04■■□□□ 1.76
CCDC9Q9Y3X0 EP400NL-214ENST00000641289 2402 ntBASIC26.04■■□□□ 1.76
CCDC9Q9Y3X0 CXCR3-202ENST00000373693 1624 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.04■■□□□ 1.76
CCDC9Q9Y3X0 SPHK1-201ENST00000323374 2138 ntTSL 1 (best) BASIC26.04■■□□□ 1.76
CCDC9Q9Y3X0 PSMB5-205ENST00000493471 1117 ntTSL 1 (best) BASIC26.04■■□□□ 1.76
CCDC9Q9Y3X0 SKP2-204ENST00000508514 821 ntTSL 3 BASIC26.04■■□□□ 1.76
CCDC9Q9Y3X0 AP003041.3-201ENST00000527151 707 ntBASIC26.04■■□□□ 1.76
CCDC9Q9Y3X0 CKBP1-201ENST00000565489 1086 ntBASIC26.04■■□□□ 1.76
CCDC9Q9Y3X0 FAM104A-205ENST00000581110 512 ntTSL 2 BASIC26.04■■□□□ 1.76
CCDC9Q9Y3X0 ZNF554-204ENST00000591265 1148 ntTSL 5 BASIC26.04■■□□□ 1.76
CCDC9Q9Y3X0 ASAH1-251ENST00000637561 929 ntTSL 2 BASIC26.04■■□□□ 1.76
CCDC9Q9Y3X0 RNF39-201ENST00000244360 2206 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.04■■□□□ 1.76
CCDC9Q9Y3X0 GRM6-202ENST00000517717 2673 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC26.04■■□□□ 1.76
CCDC9Q9Y3X0 ACSF2-207ENST00000504392 1881 ntTSL 2 BASIC26.04■■□□□ 1.76
CCDC9Q9Y3X0 PSMD6-201ENST00000295901 1430 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.04■■□□□ 1.76
CCDC9Q9Y3X0 SLC25A42-201ENST00000318596 3120 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.03■■□□□ 1.76
CCDC9Q9Y3X0 IGDCC4-201ENST00000352385 6508 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.03■■□□□ 1.76
CCDC9Q9Y3X0 AUP1-201ENST00000377526 1695 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.03■■□□□ 1.76
CCDC9Q9Y3X0 AC121338.2-201ENST00000622535 1744 ntBASIC26.03■■□□□ 1.76
CCDC9Q9Y3X0 CYP2A6-201ENST00000301141 1764 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.03■■□□□ 1.76
CCDC9Q9Y3X0 ETV7-206ENST00000615781 1776 ntTSL 1 (best) BASIC26.03■■□□□ 1.76
CCDC9Q9Y3X0 UBTF-213ENST00000533177 3011 ntTSL 5 BASIC26.03■■□□□ 1.76
CCDC9Q9Y3X0 C10orf91-202ENST00000392630 1846 ntTSL 2 BASIC26.03■■□□□ 1.76
CCDC9Q9Y3X0 CRELD2-204ENST00000407217 1230 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC26.03■■□□□ 1.76
CCDC9Q9Y3X0 AC092329.2-201ENST00000598402 547 ntBASIC26.03■■□□□ 1.76
CCDC9Q9Y3X0 ZSCAN1-203ENST00000601162 813 ntTSL 1 (best) BASIC26.03■■□□□ 1.76
CCDC9Q9Y3X0 NOL12-207ENST00000611699 903 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.03■■□□□ 1.76
CCDC9Q9Y3X0 NPAP1P7-201ENST00000613027 823 ntBASIC26.03■■□□□ 1.76
CCDC9Q9Y3X0 AL513523.10-201ENST00000623024 1186 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC26.03■■□□□ 1.76
CCDC9Q9Y3X0 FAM19A5-202ENST00000358295 2638 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC26.03■■□□□ 1.76
CCDC9Q9Y3X0 C10orf55-202ENST00000412307 2360 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC26.03■■□□□ 1.76
CCDC9Q9Y3X0 SHMT1-201ENST00000316694 2464 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.03■■□□□ 1.76
CCDC9Q9Y3X0 SLC10A3-201ENST00000263512 2161 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC26.02■■□□□ 1.76
CCDC9Q9Y3X0 FIBP-202ENST00000357519 1248 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.02■■□□□ 1.76
CCDC9Q9Y3X0 SPEG-204ENST00000396689 1274 ntTSL 1 (best) BASIC26.02■■□□□ 1.76
CCDC9Q9Y3X0 AC012618.3-203ENST00000426044 917 ntTSL 2 BASIC26.02■■□□□ 1.76
CCDC9Q9Y3X0 LY6E-213ENST00000522528 606 ntTSL 3 BASIC26.02■■□□□ 1.76
CCDC9Q9Y3X0 TRAF3IP2-AS1-208ENST00000525151 609 ntTSL 1 (best) BASIC26.02■■□□□ 1.76
CCDC9Q9Y3X0 CALM1-205ENST00000553542 877 ntTSL 5 BASIC26.02■■□□□ 1.76
CCDC9Q9Y3X0 AL121832.1-201ENST00000615180 677 ntTSL 3 BASIC26.02■■□□□ 1.76
CCDC9Q9Y3X0 RNF187-203ENST00000639044 708 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC26.02■■□□□ 1.76
CCDC9Q9Y3X0 LY6E-203ENST00000517503 1335 ntAPPRIS ALT2 TSL 3 BASIC26.02■■□□□ 1.76
CCDC9Q9Y3X0 CACYBP-201ENST00000367679 2766 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.02■■□□□ 1.76
CCDC9Q9Y3X0 BEST2-204ENST00000553030 2000 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC26.02■■□□□ 1.76
CCDC9Q9Y3X0 CDKN2C-203ENST00000396148 2086 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.02■■□□□ 1.76
CCDC9Q9Y3X0 PIP5KL1-202ENST00000388747 2198 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC26.02■■□□□ 1.76
CCDC9Q9Y3X0 CEBPB-AS1-201ENST00000613921 2648 ntTSL 3 BASIC26.01■■□□□ 1.76
CCDC9Q9Y3X0 KRT14-201ENST00000167586 1662 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.01■■□□□ 1.75
CCDC9Q9Y3X0 FDFT1-201ENST00000220584 2176 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.01■■□□□ 1.75
CCDC9Q9Y3X0 CALY-201ENST00000252939 2271 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.01■■□□□ 1.75
CCDC9Q9Y3X0 TMEM42-201ENST00000302392 1026 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.01■■□□□ 1.75
CCDC9Q9Y3X0 JUNB-201ENST00000302754 1820 ntAPPRIS P1 BASIC26.01■■□□□ 1.75
CCDC9Q9Y3X0 RAB28-202ENST00000330852 1715 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC26.01■■□□□ 1.75
CCDC9Q9Y3X0 PLAC8-202ENST00000411416 786 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.01■■□□□ 1.75
CCDC9Q9Y3X0 NTMT1-205ENST00000459968 1123 ntTSL 2 BASIC26.01■■□□□ 1.75
CCDC9Q9Y3X0 NTMT1-207ENST00000482347 1072 ntTSL 2 BASIC26.01■■□□□ 1.75
CCDC9Q9Y3X0 AC019068.1-202ENST00000483218 768 ntTSL 3 BASIC26.01■■□□□ 1.75
CCDC9Q9Y3X0 ZNF436-AS1-206ENST00000518821 461 ntTSL 2 BASIC26.01■■□□□ 1.75
CCDC9Q9Y3X0 CRACR2B-207ENST00000528542 1792 ntTSL 1 (best) BASIC26.01■■□□□ 1.75
CCDC9Q9Y3X0 FOSL1-203ENST00000531493 1200 ntTSL 1 (best) BASIC26.01■■□□□ 1.75
CCDC9Q9Y3X0 HMBS-214ENST00000542729 1469 ntTSL 2 BASIC26.01■■□□□ 1.75
CCDC9Q9Y3X0 AK2-210ENST00000548033 936 ntTSL 1 (best) BASIC26.01■■□□□ 1.75
CCDC9Q9Y3X0 IFI27L1-206ENST00000554562 571 ntTSL 3 BASIC26.01■■□□□ 1.75
CCDC9Q9Y3X0 LGALS9C-209ENST00000581545 1378 ntTSL 5 BASIC26.01■■□□□ 1.75
CCDC9Q9Y3X0 FAM129C-207ENST00000599124 1918 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC26.01■■□□□ 1.75
CCDC9Q9Y3X0 TEX13A-202ENST00000609007 1349 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.01■■□□□ 1.75
CCDC9Q9Y3X0 HYMAI.1-201ENST00000620949 238 ntBASIC26.01■■□□□ 1.75
CCDC9Q9Y3X0 CNOT9-209ENST00000627282 1621 ntTSL 2 BASIC26.01■■□□□ 1.75
CCDC9Q9Y3X0 CRTC2-203ENST00000368633 2644 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.01■■□□□ 1.75
CCDC9Q9Y3X0 PHACTR2-208ENST00000440869 2569 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC26.01■■□□□ 1.75
CCDC9Q9Y3X0 EYA2-203ENST00000357410 2465 ntTSL 1 (best) BASIC26■■□□□ 1.75
CCDC9Q9Y3X0 ALG1L9P-201ENST00000508969 2165 ntTSL 1 (best) BASIC26■■□□□ 1.75
CCDC9Q9Y3X0 DMAP1-202ENST00000361745 1545 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26■■□□□ 1.75
CCDC9Q9Y3X0 PPM1D-204ENST00000629650 1525 ntTSL 5 BASIC26■■□□□ 1.75
CCDC9Q9Y3X0 ANKRD2-202ENST00000307518 1449 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26■■□□□ 1.75
CCDC9Q9Y3X0 Metazoa_SRP.28-201ENST00000366402 260 ntBASIC26■■□□□ 1.75
CCDC9Q9Y3X0 RASGRP2-208ENST00000394428 444 ntTSL 2 BASIC26■■□□□ 1.75
CCDC9Q9Y3X0 CXCL12-204ENST00000395793 665 ntTSL 5 BASIC26■■□□□ 1.75
CCDC9Q9Y3X0 AL603832.1-201ENST00000421943 449 ntTSL 5 BASIC26■■□□□ 1.75
CCDC9Q9Y3X0 AC137630.1-201ENST00000452042 782 ntTSL 4 BASIC26■■□□□ 1.75
CCDC9Q9Y3X0 DGUOK-AS1-203ENST00000453103 601 ntTSL 3 BASIC26■■□□□ 1.75
CCDC9Q9Y3X0 KRT17P6-201ENST00000453795 1220 ntBASIC26■■□□□ 1.75
CCDC9Q9Y3X0 Z85996.1-201ENST00000494644 937 ntBASIC26■■□□□ 1.75
CCDC9Q9Y3X0 CCNJL-205ENST00000519673 940 ntTSL 2 BASIC26■■□□□ 1.75
CCDC9Q9Y3X0 AC004263.2-201ENST00000617183 678 ntBASIC26■■□□□ 1.75
CCDC9Q9Y3X0 SHMT1-202ENST00000352886 2437 ntTSL 2 BASIC26■■□□□ 1.75
CCDC9Q9Y3X0 KAT5-201ENST00000341318 2296 ntTSL 1 (best) BASIC26■■□□□ 1.75
CCDC9Q9Y3X0 GLG1-214ENST00000627032 2147 ntTSL 5 BASIC26■■□□□ 1.75
CCDC9Q9Y3X0 LSR-203ENST00000360798 1963 ntTSL 2 BASIC26■■□□□ 1.75
CCDC9Q9Y3X0 FAM43A-201ENST00000329759 2494 ntAPPRIS P1 BASIC25.99■■□□□ 1.75
CCDC9Q9Y3X0 APBB1-210ENST00000530885 1626 ntTSL 2 BASIC25.99■■□□□ 1.75
CCDC9Q9Y3X0 CECR2-202ENST00000342247 6178 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC25.99■■□□□ 1.75
CCDC9Q9Y3X0 DTNBP1-203ENST00000355917 1359 ntTSL 5 BASIC25.99■■□□□ 1.75
CCDC9Q9Y3X0 VLDLR-AS1-205ENST00000599229 1346 ntTSL 1 (best) BASIC25.99■■□□□ 1.75
CCDC9Q9Y3X0 DBNDD2-202ENST00000360981 1078 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.99■■□□□ 1.75
CCDC9Q9Y3X0 EFCAB2-203ENST00000366523 1233 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC25.99■■□□□ 1.75
CCDC9Q9Y3X0 AP000523.1-201ENST00000398242 1049 ntBASIC25.99■■□□□ 1.75
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 39 ms