Protein–RNA interactions for Protein: Q9BYB0

SHANK3, SH3 and multiple ankyrin repeat domains protein 3, humanhuman

Predictions only

Length 1,731 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
SHANK3Q9BYB0 AC011247.3-202ENST00000605062 570 ntTSL 4 BASIC25.45■■□□□ 1.66
SHANK3Q9BYB0 IL15-208ENST00000529613 1355 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC25.45■■□□□ 1.66
SHANK3Q9BYB0 CD37-204ENST00000535669 1674 ntTSL 2 BASIC25.45■■□□□ 1.66
SHANK3Q9BYB0 WWOX-205ENST00000539474 1670 ntTSL 5 BASIC25.45■■□□□ 1.66
SHANK3Q9BYB0 ADM-206ENST00000528655 1889 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.45■■□□□ 1.66
SHANK3Q9BYB0 CDR2-201ENST00000268383 2702 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.44■■□□□ 1.66
SHANK3Q9BYB0 DACT1-204ENST00000541264 2610 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC25.44■■□□□ 1.66
SHANK3Q9BYB0 AC133561.1-201ENST00000568600 2415 ntBASIC25.44■■□□□ 1.66
SHANK3Q9BYB0 BRD9-202ENST00000467963 2156 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC25.44■■□□□ 1.66
SHANK3Q9BYB0 KLHDC4-203ENST00000347925 1821 ntTSL 1 (best) BASIC25.44■■□□□ 1.66
SHANK3Q9BYB0 COMTD1-201ENST00000372538 976 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.44■■□□□ 1.66
SHANK3Q9BYB0 CKBP1-201ENST00000565489 1086 ntBASIC25.44■■□□□ 1.66
SHANK3Q9BYB0 NT5C-210ENST00000582160 860 ntTSL 2 BASIC25.44■■□□□ 1.66
SHANK3Q9BYB0 AC239803.1-201ENST00000594189 1278 ntTSL 5 BASIC25.44■■□□□ 1.66
SHANK3Q9BYB0 AL807752.6-202ENST00000622933 765 ntAPPRIS P5 TSL 3 BASIC25.44■■□□□ 1.66
SHANK3Q9BYB0 NKX6-2-201ENST00000368592 2673 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.44■■□□□ 1.66
SHANK3Q9BYB0 P4HA3-202ENST00000427714 2248 ntTSL 2 BASIC25.44■■□□□ 1.66
SHANK3Q9BYB0 NEIL1-206ENST00000564784 2019 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC25.44■■□□□ 1.66
SHANK3Q9BYB0 CERS1-205ENST00000623927 2558 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.44■■□□□ 1.66
SHANK3Q9BYB0 KRT17-205ENST00000540235 1438 ntTSL 5 BASIC25.43■■□□□ 1.66
SHANK3Q9BYB0 DDAH2-211ENST00000375787 1330 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC25.43■■□□□ 1.66
SHANK3Q9BYB0 TMEM240-201ENST00000378733 718 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC25.43■■□□□ 1.66
SHANK3Q9BYB0 CRELD2-204ENST00000407217 1230 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC25.43■■□□□ 1.66
SHANK3Q9BYB0 AL451069.1-201ENST00000455414 634 ntTSL 1 (best) BASIC25.43■■□□□ 1.66
SHANK3Q9BYB0 RPARP-AS1-206ENST00000596366 631 ntTSL 3 BASIC25.43■■□□□ 1.66
SHANK3Q9BYB0 SETD3-209ENST00000630307 1281 ntTSL 5 BASIC25.43■■□□□ 1.66
SHANK3Q9BYB0 AC009542.2-201ENST00000637483 1189 ntTSL 5 BASIC25.43■■□□□ 1.66
SHANK3Q9BYB0 AVPR2-202ENST00000358927 1763 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC25.43■■□□□ 1.66
SHANK3Q9BYB0 AC093323.1-201ENST00000307533 2311 ntTSL 1 (best) BASIC25.43■■□□□ 1.66
SHANK3Q9BYB0 VLDLR-AS1-205ENST00000599229 1346 ntTSL 1 (best) BASIC25.43■■□□□ 1.66
SHANK3Q9BYB0 DUX4-205ENST00000570263 768 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC25.43■■□□□ 1.66
SHANK3Q9BYB0 CHRNB1-207ENST00000575379 1095 ntTSL 2 BASIC25.43■■□□□ 1.66
SHANK3Q9BYB0 mascRNA-menRNA.2-201ENST00000616984 58 ntBASIC25.43■■□□□ 1.66
SHANK3Q9BYB0 RIPPLY3-201ENST00000329553 2235 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.43■■□□□ 1.66
SHANK3Q9BYB0 C12orf42-205ENST00000548048 1532 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC25.42■■□□□ 1.66
SHANK3Q9BYB0 TSC22D4-202ENST00000393991 1469 ntTSL 2 BASIC25.42■■□□□ 1.66
SHANK3Q9BYB0 ZMYM5-202ENST00000382905 1382 ntTSL 1 (best) BASIC25.42■■□□□ 1.66
SHANK3Q9BYB0 ISYNA1-201ENST00000338128 2420 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.42■■□□□ 1.66
SHANK3Q9BYB0 CPEB1-218ENST00000620182 2422 ntTSL 2 BASIC25.42■■□□□ 1.66
SHANK3Q9BYB0 ANKRD29-201ENST00000322980 1658 ntTSL 2 BASIC25.42■■□□□ 1.66
SHANK3Q9BYB0 TRPT1-202ENST00000394546 1058 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC25.42■■□□□ 1.66
SHANK3Q9BYB0 AF186192.2-201ENST00000524514 423 ntTSL 3 BASIC25.42■■□□□ 1.66
SHANK3Q9BYB0 TRPT1-210ENST00000541278 941 ntTSL 2 BASIC25.42■■□□□ 1.66
SHANK3Q9BYB0 IFI27L2-206ENST00000556727 556 ntTSL 3 BASIC25.42■■□□□ 1.66
SHANK3Q9BYB0 CMTM3-210ENST00000565666 769 ntTSL 3 BASIC25.42■■□□□ 1.66
SHANK3Q9BYB0 BCL2L12-208ENST00000600947 633 ntTSL 1 (best) BASIC25.42■■□□□ 1.66
SHANK3Q9BYB0 RNF187-203ENST00000639044 708 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC25.42■■□□□ 1.66
SHANK3Q9BYB0 WIPI1-202ENST00000546360 1575 ntTSL 2 BASIC25.42■■□□□ 1.66
SHANK3Q9BYB0 CAPN10-208ENST00000404753 2570 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC25.42■■□□□ 1.66
SHANK3Q9BYB0 PCSK6-218ENST00000619160 3093 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC25.42■■□□□ 1.66
SHANK3Q9BYB0 KRT8P45-201ENST00000414328 1447 ntBASIC25.41■■□□□ 1.66
SHANK3Q9BYB0 ACY1-206ENST00000476351 1409 ntTSL 3 BASIC25.41■■□□□ 1.66
SHANK3Q9BYB0 ZDHHC20-201ENST00000320220 1351 ntTSL 1 (best) BASIC25.41■■□□□ 1.66
SHANK3Q9BYB0 POMGNT2-202ENST00000441964 2531 ntAPPRIS P1 TSL 4 BASIC25.41■■□□□ 1.66
SHANK3Q9BYB0 GPRC5C-205ENST00000481232 1592 ntTSL 1 (best) BASIC25.41■■□□□ 1.66
SHANK3Q9BYB0 RPA2-201ENST00000313433 1237 ntTSL 1 (best) BASIC25.41■■□□□ 1.66
SHANK3Q9BYB0 HDAC11-204ENST00000404040 967 ntTSL 3 BASIC25.41■■□□□ 1.66
SHANK3Q9BYB0 AC005091.1-201ENST00000441955 1190 ntTSL 3 BASIC25.41■■□□□ 1.66
SHANK3Q9BYB0 BIRC5-207ENST00000590449 568 ntTSL 1 (best) BASIC25.41■■□□□ 1.66
SHANK3Q9BYB0 AC012313.10-201ENST00000623509 926 ntBASIC25.41■■□□□ 1.66
SHANK3Q9BYB0 VPS72-207ENST00000640458 689 ntTSL 5 BASIC25.41■■□□□ 1.66
SHANK3Q9BYB0 NAE1-201ENST00000290810 1837 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.41■■□□□ 1.66
SHANK3Q9BYB0 TNFAIP8L3-202ENST00000637513 2002 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.41■■□□□ 1.66
SHANK3Q9BYB0 ETV2-203ENST00000402764 1487 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC25.41■■□□□ 1.66
SHANK3Q9BYB0 MPPED1-203ENST00000443721 2507 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC25.41■■□□□ 1.66
SHANK3Q9BYB0 SUMF2-202ENST00000342190 1876 ntTSL 1 (best) BASIC25.41■■□□□ 1.66
SHANK3Q9BYB0 ENOPH1-203ENST00000509635 1874 ntTSL 3 BASIC25.41■■□□□ 1.66
SHANK3Q9BYB0 C1QL4-201ENST00000334221 2071 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.41■■□□□ 1.66
SHANK3Q9BYB0 RPUSD2-202ENST00000559271 1558 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC25.41■■□□□ 1.66
SHANK3Q9BYB0 PMPCA-203ENST00000399219 1987 ntTSL 2 BASIC25.4■■□□□ 1.66
SHANK3Q9BYB0 DAP-202ENST00000432074 1048 ntTSL 2 BASIC25.4■■□□□ 1.66
SHANK3Q9BYB0 SMIM29-209ENST00000636500 1186 ntTSL 1 (best) BASIC25.4■■□□□ 1.66
SHANK3Q9BYB0 PRELID3A-201ENST00000336990 1715 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC25.4■■□□□ 1.66
SHANK3Q9BYB0 PRELID3A-202ENST00000440960 1716 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.4■■□□□ 1.66
SHANK3Q9BYB0 FAM118A-202ENST00000405673 1612 ntTSL 5 BASIC25.4■■□□□ 1.66
SHANK3Q9BYB0 JPT1-203ENST00000409753 1605 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.4■■□□□ 1.66
SHANK3Q9BYB0 STK25-234ENST00000535007 2459 ntTSL 2 BASIC25.4■■□□□ 1.66
SHANK3Q9BYB0 B4GALNT1-208ENST00000550764 1967 ntTSL 1 (best) BASIC25.4■■□□□ 1.66
SHANK3Q9BYB0 EMC8-202ENST00000435200 1935 ntTSL 2 BASIC25.4■■□□□ 1.66
SHANK3Q9BYB0 NNT-AS1-206ENST00000606697 1945 ntTSL 2 BASIC25.4■■□□□ 1.66
SHANK3Q9BYB0 ILF2-202ENST00000368681 726 ntTSL 2 BASIC25.4■■□□□ 1.66
SHANK3Q9BYB0 AC022154.1-201ENST00000600303 766 ntTSL 3 BASIC25.4■■□□□ 1.66
SHANK3Q9BYB0 AC215522.2-202ENST00000633163 1143 ntTSL 5 BASIC25.4■■□□□ 1.66
SHANK3Q9BYB0 HTATSF1-201ENST00000218364 2775 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.4■■□□□ 1.66
SHANK3Q9BYB0 FAM66C-208ENST00000541558 2087 ntTSL 2 BASIC25.39■■□□□ 1.66
SHANK3Q9BYB0 IRX4-201ENST00000231357 2221 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.39■■□□□ 1.66
SHANK3Q9BYB0 SLC25A29-202ENST00000392908 2242 ntTSL 2 BASIC25.39■■□□□ 1.66
SHANK3Q9BYB0 ABCG4-204ENST00000615496 2459 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC25.39■■□□□ 1.65
SHANK3Q9BYB0 CFL1-201ENST00000308162 1234 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.39■■□□□ 1.65
SHANK3Q9BYB0 KCNMB3-202ENST00000349697 1228 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC25.39■■□□□ 1.65
SHANK3Q9BYB0 MRPL43-205ENST00000370234 798 ntTSL 1 (best) BASIC25.39■■□□□ 1.65
SHANK3Q9BYB0 C21orf91-202ENST00000400558 1090 ntTSL 1 (best) BASIC25.39■■□□□ 1.65
SHANK3Q9BYB0 VENTXP5-201ENST00000523979 775 ntBASIC25.39■■□□□ 1.65
SHANK3Q9BYB0 HYMAI.1-201ENST00000620949 238 ntBASIC25.39■■□□□ 1.65
SHANK3Q9BYB0 HMBS-221ENST00000544387 1351 ntTSL 2 BASIC25.39■■□□□ 1.65
SHANK3Q9BYB0 BBC3-201ENST00000300880 1347 ntTSL 1 (best) BASIC25.38■■□□□ 1.65
SHANK3Q9BYB0 OR13J1-201ENST00000377981 1339 ntAPPRIS P1 BASIC25.38■■□□□ 1.65
SHANK3Q9BYB0 CACNG5-202ENST00000533854 1311 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC25.38■■□□□ 1.65
SHANK3Q9BYB0 TRAPPC3-209ENST00000616395 1336 ntTSL 3 BASIC25.38■■□□□ 1.65
SHANK3Q9BYB0 SLC35E4-202ENST00000406566 2081 ntTSL 1 (best) BASIC25.38■■□□□ 1.65
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 25.9 ms